1、微生物的分類與命名,靳奉理,第一節(jié) 微生物在生物中的分類地位 第二節(jié) 細(xì)菌的分類 第三節(jié) 病毒的分類,第一節(jié) 微生物在生物中的分類地位,六界 四界 （一）無細(xì)胞結(jié)構(gòu) 病毒界 病毒界 （二）有細(xì)胞結(jié)構(gòu) 1、無核膜 原核生物界 原核原生物 2 、有核膜 原生物界 細(xì)胞無分化 真核原生生物界 真核原生物 細(xì)胞有分化 真菌界 植物界 植物界 動(dòng)物界 動(dòng)物界,第二節(jié) 細(xì)菌的分類,一、分類單元及其等級(jí) 二、微生物的命名 三、細(xì)菌分類和伯杰氏手冊 四、 細(xì)菌分類鑒定的特征和技術(shù),一、分類單元及其等級(jí) 界Kingdom 門Phylum亞門 綱Class亞綱 目Order亞目 科Family亞科 屬Genus

2、種Species,常用的細(xì)菌分類術(shù)語,培養(yǎng)物（culture),是指一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長物。 菌株（strain)，從自然界分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法（如通過誘變）所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個(gè)新的菌株，以便與原來的菌株相區(qū)別。,型（form或type),常指亞種以下的細(xì)分，當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為心的亞種時(shí)，可以細(xì)分為不同的型。 種（species),是生物分類中基本的分類單元和分類等級(jí)。,二. 微生物的命名,1.分類單元的命名 屬名 屬名用一個(gè)單數(shù)主格名詞或當(dāng)作名詞用的形容詞來表示，可以是陽性

3、、陰性或中性，首字母要大寫。 種名 和其他生物一樣，細(xì)菌的種名也用雙名法（binomial nomenclature）命名，即種的學(xué)名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。 亞種名 亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構(gòu)成。,2. 命名模式及其指定 如前所述，由于細(xì)菌分類單元的劃分缺乏一個(gè)易于操作的統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，為了減少因采用不同標(biāo)準(zhǔn)界定分類單元所造成的混亂， 細(xì)菌系統(tǒng)分類也像其他生物分類一樣采用“模式概念”。即根據(jù)命名法規(guī)要求，正式命名的分類單元應(yīng)指定一個(gè)命名模式（簡稱模式）作為該分類單元命名的依據(jù)。,3. 新名稱的發(fā)表 根據(jù)細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細(xì)菌名稱應(yīng)在公開發(fā)行的刊物上進(jìn)

4、行。 若新名稱是在國際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志（IJSB）以外的其他雜志上發(fā)表的，還必須經(jīng)過新名稱的合格化發(fā)表，被認(rèn)為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否則不算合格發(fā)表，也不能取得國際上的承認(rèn)。 發(fā)表新名稱時(shí)，應(yīng)在新名稱之后加上所屬新分類等級(jí)的縮寫詞，如新目“ord.nov.”、新屬“gen.nov.”、新種“sp.nov.”等。,三、細(xì)菌分類和伯杰氏手冊,20世紀(jì)60年代以前，國際上不少細(xì)菌分類學(xué)家都曾對細(xì)菌進(jìn)行過全面的分類，提出過一些在當(dāng)代有影響的細(xì)菌分類系統(tǒng)。但70年代以后，對細(xì)菌進(jìn)行全面分類的、影響最大的是伯杰氏手冊。所以該書目前已成為對細(xì)菌進(jìn)行分類鑒定的主要參考書。,四、

5、細(xì)菌分類鑒定的特征和技術(shù),（一）形態(tài)學(xué)和生理生化特征 （二）血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型 （三）氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析 （四）核酸的堿基組成和分子雜交,（一）形態(tài)學(xué)和生理生化特征,1形態(tài)學(xué)特征 （1）細(xì)菌形態(tài)：形狀、大小、排列 （2）培養(yǎng)特征：菌落特征 （3）特殊結(jié)構(gòu)：鞭毛、芽孢、莢膜、孢子 （4）染色反應(yīng)：革蘭、抗酸 （5）內(nèi)含物：異染顆粒、伴孢晶體 （6）運(yùn)動(dòng)性：,2生理生化特征 （1）生理： 需氧性、溫敏性、噬鹽性、與宿主的關(guān)系、生活史（有性生殖情況）等 （2）生化： 營養(yǎng)類型（自養(yǎng)/異養(yǎng)）、對碳源的利用能力、對氮源的利用能力、對生長因子的需要、對抗生素及抑菌劑的敏感性、代謝產(chǎn)物（酶、毒素

6、等）、對 pH 的適應(yīng)性等 腸桿菌科細(xì)菌的分類主要靠生理生化,（二）血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型,1血清學(xué)試驗(yàn) 細(xì)菌細(xì)胞與病毒等都含有蛋白質(zhì)、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物質(zhì)，由于不同微生物抗原物質(zhì)結(jié)構(gòu)不同，賦予它們不同的抗原特征。 一種細(xì)菌的抗原除了可與它自身的抗體起特異性免疫反應(yīng)外，若它與其它種類的細(xì)菌有共同的抗原組分，它們的抗原抗體之間就會(huì)發(fā)生交叉反應(yīng)。,2.噬菌體分型 在原核生物中已普遍發(fā)現(xiàn)有相應(yīng)種類的噬菌體.噬菌體對宿主的感染和列解作用具有高度的特異性,即一種噬菌體往往只能感染或裂解某種細(xì)菌,甚至只裂解種內(nèi)的某些菌株. 所以,根據(jù)噬菌體的宿主范圍可將細(xì)菌分為不同的噬菌型和利用噬菌體裂解這樣的

7、特異性進(jìn)行細(xì)菌鑒定. 這對于追溯傳染病來源、流行病調(diào)查以及病原菌的檢測鑒定有重要意義.,（三）氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析,蛋白質(zhì)是基因的產(chǎn)物,.蛋白質(zhì)的氨基酸順序直接反映mRNA順序而與編碼基因密切相關(guān). 因此,可以通過對某些同源蛋白質(zhì)氨基酸順序的比較來分析不同生物系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,序列相似性越高,其親緣關(guān)系愈近. 因此可以根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列資料構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹和進(jìn)行分類.,（四）核酸的堿基組成和分子雜交,比較DNA和堿基組成和進(jìn)行核酸分子雜交,是目前通過直接比較基因組進(jìn)行生物分類最常用的兩種方法. 1.DNA的堿基組成(G+C)% 2核酸的分子雜交 DNADNA雜交、DNArDNA雜交、核酸探

8、針,第三節(jié) 病毒的分類,一、病毒分類機(jī)構(gòu) 二、病毒分類原理及其依據(jù) 三、病毒的分類系統(tǒng) 四、病毒分類現(xiàn)狀 五、病毒的命名,一、病毒分類機(jī)構(gòu),1966年莫斯科 國際病毒命名委員會(huì) 1973年 國際病毒分類委員會(huì)（ICTV） International Committee on Taxonomy of Virus 是病毒分類與命名的國際權(quán)威機(jī)構(gòu),二、病毒分類原理及其依據(jù),原理：強(qiáng)調(diào)其分類和命名的穩(wěn)定性、實(shí)用性、認(rèn)可性和靈活性。穩(wěn)定性是指病毒名稱及其隸屬關(guān)系一旦確定下來，就應(yīng)該盡可能的保留。實(shí)用性是指病毒分類體制應(yīng)該對病毒學(xué)研究領(lǐng)域是有用的。認(rèn)可性是指病毒分類階元和名稱應(yīng)該為病毒學(xué)研究者樂意接受和使

9、用，所以，認(rèn)可性也是實(shí)用性的必然結(jié)果。靈活性是指病毒分類階元可以依據(jù)某些新發(fā)現(xiàn)而進(jìn)行重新修訂和再確定,二、病毒分類原理及其依據(jù),依據(jù) 病毒粒子特性 抗原性質(zhì) 病毒生物學(xué)特性,病毒粒子特性,病毒形態(tài)：如大小、形狀、包膜和包膜突起的有無，衣殼結(jié)構(gòu)及其對稱性； 病毒生理生化和物理性質(zhì)：如分子量，沉降系數(shù)，浮力密度，病毒粒子在不同pH、溫度、Mg2+、Mn2+、變性劑、輻射中的穩(wěn)定性； 病毒基因組，如基因組大小、核酸類型、單雙鏈、線狀或環(huán)狀，正負(fù)鏈，G+C所占的比例、核苷酸序列等； 病毒蛋白，如結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白的數(shù)量，大小以及功能和活性，氨基酸序列等； 病毒脂類含量和特性； 碳水化合物含量和特性。

10、,病毒抗原性質(zhì)和生物學(xué)特性,病毒抗原性質(zhì)：包括病毒血清學(xué)性質(zhì)與其抗原的關(guān)系。 病毒生物學(xué)特性： 包括病毒天然的宿主范圍； 病毒在自然狀態(tài)下的傳播與媒介體的關(guān)系； 病毒的地理分布，致病機(jī)理，組織嗜親性； 病毒引起的病理和組織病理學(xué)特點(diǎn)。,三、病毒的分類系統(tǒng),Order目 一群具有某些共同特征的科。 基因組不同，但有相似的基因組次序、結(jié)構(gòu)及復(fù)制方式，甚至編碼相似的功能蛋白的共同保守序列。詞尾virales Family科 詞尾 vivide Subfamily亞科 Genus 屬 詞尾 virus Species種 科和屬是病毒分類的最主要單位,四、病毒分類現(xiàn)狀,1995年F.A.Marphy (

11、墨菲) 第六次病毒學(xué)分類報(bào)告將病毒分為三類：DNA、RNA、DNA/RNA反轉(zhuǎn)錄病毒。 2000年ICTV第七次分類報(bào)告在部分科上建立了3個(gè)目：尾病毒目、單負(fù)股病毒目、套式病毒目，4000余種病毒分為64個(gè)科、233屬，脊椎動(dòng)物病毒為主的有27科。 2005年出版的病毒分類：國際病毒分類委員會(huì)第八次報(bào)告，超過5450株病毒可以歸類到3個(gè)病毒目、或73個(gè)病毒科或73個(gè)病毒科、9個(gè)病毒亞科、287個(gè)病毒屬、1938個(gè)病毒種,二、病毒的分類系統(tǒng) 1995年，由Murphy等整理發(fā)表了第六次病毒學(xué)分類報(bào)告，將動(dòng)物病毒分為三大類；第一類是DNA病毒；第二類為DNA和RNA反錄病毒；第三類是RNA病毒。經(jīng)過以后的幾次修改和補(bǔ)充，2000年出版了第7次分類報(bào)告，在部分科之上建立了3個(gè)目，其中一個(gè)尾病毒目（Nidovirales），涉及噬菌體，另2個(gè)目涉及動(dòng)物病毒，分別是單負(fù)股病毒目（Mononegavirales）和套式病毒目（Nidovirales）。另外將衛(wèi)星病毒、類病毒和朊病毒歸在亞病毒類。其中類病毒科的詞尾為“viroidae”、屬名詞尾