1、.網(wǎng)絡藥理虛擬篩選方法簡介網(wǎng)絡藥理虛擬篩選方法簡介2013-2-25.2什么是網(wǎng)絡藥理學？v從系統(tǒng)生物學和生物網(wǎng)絡平衡的角度闡釋疾病從系統(tǒng)生物學和生物網(wǎng)絡平衡的角度闡釋疾病的發(fā)生發(fā)展過程；的發(fā)生發(fā)展過程；v從改善或恢復生物網(wǎng)絡平衡的整體觀角度認識從改善或恢復生物網(wǎng)絡平衡的整體觀角度認識藥物與機體的相互作用并指導新藥發(fā)現(xiàn)。藥物與機體的相互作用并指導新藥發(fā)現(xiàn)。 在高通量組學數(shù)據(jù)分析、計算機模擬計算及在高通量組學數(shù)據(jù)分析、計算機模擬計算及網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫檢索的基礎上，進行生物網(wǎng)絡的網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫檢索的基礎上，進行生物網(wǎng)絡的構(gòu)建及分析，進而進行藥物作用機制的研究構(gòu)建及分析，進而進行藥物作用機制的研究及創(chuàng)新藥物的

2、發(fā)現(xiàn)及創(chuàng)新藥物的發(fā)現(xiàn).3網(wǎng)絡藥理學的研究思路v思路一：根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有數(shù)據(jù)，建立特定藥物作用機制網(wǎng)絡預測模型，數(shù)據(jù)，建立特定藥物作用機制網(wǎng)絡預測模型，預測藥物作用靶點預測藥物作用靶點/ /機制，從生物網(wǎng)絡平衡的機制，從生物網(wǎng)絡平衡的角度解析藥物作用的藥理學機制；角度解析藥物作用的藥理學機制；v思路二：利用各種組學技術以及高內(nèi)涵利用各種組學技術以及高內(nèi)涵/ /高通高通量技術，觀察藥物對模型量技術，觀察藥物對模型( ( 分子、細胞、組織分子、細胞、組織或或/ /和動物和動物) ) 的作用或模型對藥物的作用，針的作用或模型對藥物的作用，針對所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)

3、，采用生物信息學的手段對所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)，采用生物信息學的手段分析和構(gòu)建藥物分析和構(gòu)建藥物- -靶點靶點- -疾病網(wǎng)絡，建立預測模疾病網(wǎng)絡，建立預測模型，進而解析所研究藥物的網(wǎng)絡藥理學機制。型，進而解析所研究藥物的網(wǎng)絡藥理學機制。.4虛擬篩選步驟v一、準備待篩選分子v二、靶點篩選v三、通路篩選v四、網(wǎng)絡藥理圖.5一 、準備待篩選分子Chembiooffice2008以上版本作圖，文件格式須為以上版本作圖，文件格式須為sdf.6二、二、 靶點篩選靶點篩選點擊此處上傳分子結(jié)構(gòu)，每次只能投入1個分子結(jié)構(gòu).7Jod ID是下載結(jié)果的“密碼”.8下載結(jié)果.9Fit為分子和靶點的匹配為分子和靶點的匹配度，

4、越高代表越匹配。度，越高代表越匹配。靶點名稱靶點名稱與人類相關的靶點代碼與人類相關的靶點代碼.10三三 、通路的篩選、通路的篩選 將前面工作中得到的與人類相關的靶點代碼全部換成類似于P00517 的形式，以投入博奧數(shù)據(jù)庫得到與靶點相關的通路。以靶點PDPK1_HUMAN 為例：此為蛋白編號靶點蛋白名稱.11將得到靶點編號投入到博奧數(shù)據(jù)庫注冊并登陸上傳project建議自己申請！建議自己申請！.12選擇與人類相關的選擇與人類相關的.13靶點填于此處.14.15靶點靶點-通路通路一般選擇一般選擇p值小值小于于0.01的通路的通路.16將選擇的靶點在將選擇的靶點在uniprot上查的蛋白名稱上查的蛋

5、白名稱.17四、網(wǎng)絡藥理圖四、網(wǎng)絡藥理圖將化合物對應靶點，靶點對應通路于同一將化合物對應靶點，靶點對應通路于同一EXCELL中。中。注意：要做成兩列即：注意：要做成兩列即：化合物靶點靶點通路然后將表格導入然后將表格導入Cytoscape軟件（官方下載地址：軟件（官方下載地址： ），也可使用其），也可使用其他作圖軟件。他作圖軟件。.18點擊對形狀和背景進行更改節(jié)點連線背景.19為了方便對圖進行編輯和更改，我們可以導入attributes。令通路等于2，化合物名稱等于3?？稍诖颂帉Ｒ坏膶衔?、靶點。通路進行更改顏色.20也可以專一性的進行形狀的更改.21網(wǎng)絡藥理學與實驗相關的環(huán)節(jié)網(wǎng)絡藥理學與實驗相關的環(huán)節(jié)v基于實驗結(jié)果構(gòu)建網(wǎng)絡所需基本數(shù)據(jù)的獲取基于實驗結(jié)果構(gòu)建網(wǎng)絡所需基本數(shù)據(jù)的獲取v對所建立的網(wǎng)絡預測模型進行實驗驗證對所建立的網(wǎng)絡預測模型進行實驗驗證 目前網(wǎng)絡藥理學研究在實驗研究水平所目前網(wǎng)絡藥理學研究在實驗研究水平所涉及的相關技術除了組學涉及的相關技術除了組學( ( 基因組、蛋白質(zhì)基因組、蛋白質(zhì)組、代謝組和糖組等組、代謝組和糖組等) ) 技術外，主要包括技術外，主要包括3 3 個方面?zhèn)€方面: :高通量高通量/ /高內(nèi)涵技術、雙高通量