1、1PubMed/MEDLINE2PUBMEDPubMed包含2300多萬篇生物醫(yī)學(xué)文獻（來源于MEDLINE，life science期刊和在線圖書）。文獻包含的領(lǐng)域：生物醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生(biomedicine and health)，生命科學(xué)(life sciences)，行為科學(xué)(behavioral sciences)， 化學(xué)（chemical Sciences)， 生物工程(bioengineering)。PubMed還提供一些相關(guān)的NCBI molecular biology資源的網(wǎng)站和鏈接。PubMed由the National Center for Biotechnology Inf

2、ormation (NCBI)負責(zé)開發(fā)和維護。3PUBMEDthe National Institutes of Health (NIH) 美國國立衛(wèi)生研究院，是世界上從事生命科學(xué)研究最重要的研究機構(gòu)之一，始創(chuàng)于1887年。the U.S. National Library of Medicine (NLM) 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館，1968年歸屬NIH。the National Center for Biotechnology Information (NCBI) 美國國家生物技術(shù)信息中心，歸屬NLM，建于1988年。4MEDLINE(MEDLARS on-line)MEDLINE是NLM最主要

3、的一個文獻數(shù)據(jù)庫。收錄生命科學(xué)（側(cè)重于生物醫(yī)學(xué)）領(lǐng)域1900多萬篇期刊論文，最明顯的特征是用了NLM的醫(yī)學(xué)主題詞(Medical Subject Headings, MeSH)作了索引。期刊入選：大多數(shù)期刊來源于“文獻入選評審委員會”(the Literature Selection Technical Review Committee, LSTRC)的審核。MEDLINE是組成PUBMED的主體，Entrez搜索引擎的一部分。5MEDLINE時間：1946-來源：當(dāng)前，5600種期刊，39種語言；老期刊有60種語言。文獻的建立來源于NLM，國際合作伙伴和合作機構(gòu)。更新：從2005年開始，每天

4、更新數(shù)據(jù)2000-4000條（周二到周六），更新在11月到12月期間會暫停幾周，因為要制定新的MeSH表。6MEDLINE數(shù)據(jù)構(gòu)成：統(tǒng)計2005-2009添加的文獻記錄，45%的文獻出版地在美國，91%的文獻出版語種為英語，83%的文獻有作者摘要。MedlinePlus：是NLM創(chuàng)建的一個公眾健康網(wǎng)站,它的目標(biāo)用戶為病人，家人，以及朋友。 MedlinePlus以通俗的語言介紹疾病，癥狀，以及其他健康問題。世界各地均可免費訪問，內(nèi)容實時更新，值得信賴。 7PUBMED收錄范圍PUBMED起始于1996年。收錄2300多萬篇文獻。MEDLINE是其主體部分。除此之外，還包括： 1.In-proc

5、ess citations：沒有經(jīng)過“質(zhì)量控制”檢查并標(biāo)引MeSH之前的數(shù)據(jù)，或者是轉(zhuǎn)換成“out-of-scope”狀態(tài)之前的數(shù)據(jù)。 2.“out-of-scope”：來自一些MEDLINE期刊，主要是指科學(xué)概論和普通化學(xué)類的期刊，因為只有生命科學(xué)方面的文獻才能標(biāo)引MeSH。8PUBMED收錄范圍 3.“Ahead of Print” citations：來自MEDLINE收錄期刊，早于文章最后出版的數(shù)據(jù)。 4.Pre-1966 citations：沒有用當(dāng)前的MeSH完成標(biāo)引。 5.來源于其他生命科學(xué)期刊的文獻，向PMC(Pubmed Central)提供全文并經(jīng)過NLM質(zhì)量審核。 6.作

6、者手稿：NIH資助的科研人員。 7.來源于NCBI Bookshelf的圖書文獻。9PUBMED收錄范圍MEDLINE：是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（National Library of Medicine, NLM）首要的生物醫(yī)學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫，MEDLINE最明顯的特征就是用Medical Subject Headings(MeSH)作了標(biāo)引，內(nèi)容涉及醫(yī)學(xué)學(xué)科的各個領(lǐng)域。記錄標(biāo)注為：PubMed - indexed for MEDLINE10PUBMED收錄范圍In Process Citations：沒有完成MeSH標(biāo)引、加入到MEDLINE之前的數(shù)據(jù)，是一個臨時性醫(yī)學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫。它每天都在不斷地接

7、受新數(shù)據(jù)，可為用戶提供基本的文獻條目和文摘，其文獻條目在標(biāo)引和加工后向MEDLINE移交（周二到周六）。記錄標(biāo)注為：PubMed - in process11PUBMED收錄范圍Publisher Supplied Citations：出版商直接向PubMed提供電子記錄，記錄中用PubMed-as supplied by publisher標(biāo)記表示。大部分記錄會發(fā)展為“in-process”狀態(tài)，稍后成為“indexed for MEDLINE” 狀態(tài)，但是，并不是所有的記錄都能被MEDLINE 收錄，因此還會保留PubMed-as supplied by publisher或PubMed。

8、出版商也可能還會提供一些期刊發(fā)行前的一些數(shù)據(jù)，這些記錄會被標(biāo)記為：Epub ahead of print。記錄標(biāo)注為：PubMed - as supplied by publisher 12PUBMED檢索字段描述及標(biāo)簽Affiliation ADArticle Identifier AIDAll Fields ALLAuthor AUAuthor Identifier AUIDBook bookComment CorrectionsCorporate Author CNCreate Date CRDTCompletion Date DCOMEC/RN Number RNEditor EDEn

9、trez Date EDATFilter FILTERFirst Author Name 1AUFull Author Name FAUFull Investigator Name FIRGrant Number GRInvestigator IRISBN ISBNIssue IPJournal TALanguage LALast Author LASTAULocation ID LIDMeSH Date MHDAMeSH Major Topic MAJRMeSH Subheadings SHMeSH Terms MHModification Date LRNLM Unique ID JIDO

10、ther Term OTOwnerPagination PGPersonal Name as Subject PSPharmacological Action PAPlace of Publication PLPMID PMIDPublisher PUBNPublication Date DPPublication Type PTSecondary Source ID SISubset SBSupplementary ConceptNMText Words TWTitle TITitle/Abstract TIABTransliterated Title TTUID PMIDVersionVo

11、lume VI13PUBMED檢索字段Affiliation AD提供第一作者所在機構(gòu)名稱和地址（包括e-mail）。如：shantou ad AND hospital adArticle Identifier AID包括一些由期刊出版商提供的文獻標(biāo)識符號，比如：DOI(digital object identifier，數(shù)字對象標(biāo)識符 )，是數(shù)字資源的“條形碼” ，為網(wǎng)絡(luò)信息提供了具有唯一性的標(biāo)識和永久性的有效鏈接。這些數(shù)據(jù)可用來產(chǎn)生LinkOut鏈接。All Fields ALL 不加標(biāo)簽的檢索詞及加all fields標(biāo)簽的檢索詞將用“Automatic Term Mapping”功能來

12、處理。不可以匹配檢索的檢索詞在檢索所有字段時不包括Place of PublicationPL和Transliterated TitleTT字段。用雙引號雙引的詞、用*省略的詞，在檢索時會檢索所有字段，但不使用“Automatic Term Mapping”功能。PubMed自動忽略stopwords。14Stopwords 15PUBMED檢索字段Author AU格式：last name空格最多2個首字母空格后綴縮寫，如：smith jc, obrien jc jr 句點“.”或逗號“,”不能出現(xiàn)在last name后面，要不然，在檢索時，首字母和后綴縮寫會被忽略。 自動截詞檢索：obri

13、en j au-obrien ja, obrien jb, obrien jc jr 關(guān)閉自動截詞：“Smith j”auSmith jAuthor Identifier auid 作者標(biāo)識符包含出版商提供的與作者、團體或投資者名字有關(guān)的唯一標(biāo)識符。如：ORCID(Open Researcher and Contributor ID), ISNI(the International Standard Name Identifier), VIAF(Virtual International Authority File)16PUBMED檢索字段Book book包含圖書文獻，如：generevi

14、ews book 利用如下：ataxia AND pmcbookchapter books and chapters: pmcbook books: pmcbooktitle book chapters: pmcbookchapter，可檢索所有圖書或圖書章節(jié)內(nèi)容。17PUBMED檢索字段Comment Correction Type Comment in: hascommentin Comment on: hascommenton Erratum in: haserratumin Erratum for: haserratumfor Corrected and republished in:

15、 hascorrectedrepublishedin Corrected and republished from: hascorrectedrepublishedfrom Partial Retraction in: haspartialretractionin Partial Retraction of: haspartialretractionof Republished in: hasrepublishedin Republished from: hasrepublishedfrom Retraction in: hasretractionin Retraction of: hasre

16、tractionof Update in: hasupdatein Update of: hasupdateof Summary for patients in: hassummaryforpatientsin Original Report in: hasoriginalreportin18PUBMED檢索字段Corporate Author CN團體作者或集體作者。2000年以前標(biāo)引的文獻和某些在2000-2001年標(biāo)引的文獻中，團體作者名稱出現(xiàn)在文獻題名的末尾。Create Date CRDT 記錄首次建立的日期。Completion Date DCOM NLM完成數(shù)據(jù)處理的日期。Edi

17、tor ED 圖書或圖書章節(jié)的編者。 EC/RN Number RN由國際酶學(xué)委員會(Enzyme Commission , EC)分配給特定酶的編號以及美國化學(xué)文摘社(Chemical Abstracts Service, CAS)的給出的化學(xué)物質(zhì)登記號，如：1-5-20-4rn19PUBMED檢索字段Entrez Date EDAT文獻添加到PubMed的日期。 1996:1997edat, 1998/01:1998/04edatFilter FILTER SB 由PubMED系統(tǒng)鏈接的外部資源站點(LinkOut)所使用的用來限定文獻的技術(shù)標(biāo)識，包括： (1)loallsb - Cita

18、tions with LinkOut links in PubMed; (2)free full textsb - Citations that include a link to a free full-text article; (3)full textsb - Citations that include a link to a full-text article. 20PUBMED檢索字段First Author Name 1AU文獻中的第一作者。如：”Smith jc”1auFull Author Name FAU作者全名(2002年起）。如：julia s wong, wong j

19、ulia sFull Investigator or Collaborator Name FIR研究者或合作者的全名，如：harry janes or janes harryGrant Number GR包含合同號碼或科研基金號碼。ISBN ISBN 國際標(biāo)準(zhǔn)書號(International Standard Book Number)Issue IP期刊的期號。21PUBMED檢索字段Investigator IR主要研究者或合作者姓名。如：soller b ir Journal TA包含期刊縮寫刊名，全稱刊名或ISSN號碼。如：J Biol Chem, Journal of Biologic

20、al Chemistry, 0021-9258。有的刊名如帶有括號或方括號，檢索時要去掉，如：J Hand Surg Am J Hand Surg Am Language LA文獻出版語種。如：chila chinesela，但是日語例外，jpnla japaneselaLast Author Name LASTAU文獻中最后作者姓名。22PUBMED檢索字段Location ID LID包含DOI或publisher ID，用于定位在線文獻的標(biāo)記頁數(shù)。MeSH Date MHDA標(biāo)引MeSH主題詞的日期，格式：YYYY/MM/DD mhda 2000/03/15 mhda, 2000 mhd

21、a, 2000/03 mhda, 2000:2001 mhdaMeSH Major Topic MAJR主要MeSH主題詞（帶有*號），指出文章所要討論的主要主題。如：Cytokines/physiology* 23PUBMED檢索字段MeSH Subheadings SH (1)副主題詞與主題詞一起使用是用來描述一個主題的某一個特定方面，如：the drug therapy of asthma（哮喘） asthma/drug therapy; (2)“free float”（自由浮動）Subheadings，如: hypertension mh AND toxicity sh; (3)副主題

22、詞可以自動擴展，如要關(guān)閉自動擴展，sh:noexp, 如：therapy sh:noexp; (4)副主題詞可簡寫為：dh sh = diet therapy sh MeSH Terms MHNLMs Medical Subject Headings(MeSH)在MEDLINE中是用來描述生物醫(yī)學(xué)期刊文獻主題內(nèi)容的控制性詞匯，數(shù)量大約26,000。 (1)如果只是用主題詞檢索文獻，一定要使用標(biāo)簽mh或majr。在詞匯自動轉(zhuǎn)換中，有一些概念可能轉(zhuǎn)換為兩個或更多個主題詞，為了避免，可使用下面例子：“cold” mh; 24PUBMED檢索字段 (2)MeSH也會自動擴展下位主題詞，需要關(guān)閉，使用m

23、h:noexp，如：neoplasms mh:noexp (3)MeSH/Subheading檢索，使用MeSH Terms/Subheadings，如：neoplasms/diet therapy，或neoplasms/dh，主題詞/副主題詞也會自動擴展； (4)如果要關(guān)閉自動擴展，可采用field:noexp, 如：hypertension mh:noexp, or hypertension majr:noexp, or hypertension/therapy mh:noexp; (5)如主題詞中出現(xiàn)括號，可這樣處理：Benzo(a)pyrene benzo a pyrene mh Mo

24、dification Date LR 文獻的最新修訂日期。25PUBMED檢索字段NLM Unique ID JIDNLMs Integrated Library System LocatorPlus為引用期刊分配的標(biāo)識符，如：0375267 jid. Other Term OT大部分non-MeSH subject terms (keywords), 用Text Word tw 和Other Term ot檢索。Ownerowner + 提供數(shù)據(jù)的機構(gòu)名稱縮寫，如：ownernasa. Pagination PG標(biāo)記頁數(shù)(First Page)26PUBMED檢索字段Personal Nam

25、e as Subject PS人名主題詞，限定檢索人名作為文獻的主題。如：varmus hps. Pharmacological Action PA某些物質(zhì)已知有特定的藥物作用。會同時出現(xiàn)于MeSH和Supplementary Concept Records中。Place of Publication PL出版地，這個字段不包含在All Fields ALL和Text Words TW中檢索。PMCID & MID 檢索PubMed Central or 手稿標(biāo)識符(Manuscript Identifiers)用的ID號，如PMC2600426。PMID PMID PubMed Identi

26、fier(PMID),如：17170002, 16381840pmid, lipmanau 16381840pmid27PUBMED檢索字段Publication Date DP文獻出版日期，格式：YYYY/MM/DD dp, 如：1998/03/06dp, 1996:1998dp, 1998/01:1998/04dp。還有下面的用法：“l(fā)ast X days”dp, “l(fā)ast X months”dp, “l(fā)ast X year”dp 文獻如果電子出版日期和印刷出版日期不同，也可檢索，電子出版日期檢索用EPDAT，印刷出版日期檢索用PPDATPublication Type PT文獻類型，包

27、括綜述、臨床試驗、通信等，如：reviewpt 文獻類型也會自動擴展檢索，如需關(guān)閉，使用：pt:noexp，如：reviewpt:noexpPublisher PUBN 出版商名稱。28PUBMED檢索字段Secondary Source ID SI用于限定檢索與PubMED系統(tǒng)中的文獻條目相關(guān)的分子序列資源數(shù)據(jù)庫（如GenBanksi）和/或該數(shù)據(jù)庫中的存取號（如：AF001892si， genbank/AF001892 si）。Subset SB文獻子集?？捎谩眘ubject”, “citation status”, “journal category”實現(xiàn)限制檢索。 Subjects:

28、AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, Dietary Supplements, etc Citation Status Subsets: publisher, inprocess, medline, oldmedline, pubmednotmedline Journal/Citation Subsets: 見附件29PUBMED檢索字段Supplementary Concept NM 包括化學(xué)、協(xié)議或疾病條目。Text Words TWIncludes all words and numbers in the title, abst

29、ract, other abstract, MeSH terms, MeSH Subheadings, Publication Types, Substance Names, Personal Name as Subject, Corporate Author, Secondary Source, Comment/Correction Notes, and Other TermsOT。包括NASA Space Flight Mission。 Title TI期刊文獻和圖書標(biāo)題中的文字和數(shù)字。Title/Abstract TIABtitle, abstract, other abstract中的

30、文字和數(shù)字。30PUBMED檢索字段Transliterated Title TT最初出版語種為非英語文獻標(biāo)題中的文字和數(shù)字。在這些語種中，非羅馬語系語種，題名被直譯。TT字段不包含在ALL和TW字段中，必須使用TT來作檢索。如：medicinettVersion 格式：PMID.version，如：20029666.4，文摘格式會顯示有”O(jiān)ther version”鏈接，列出版本號和相應(yīng)出版日期。只有最新版本的文獻會編制索引，因此以前版本中內(nèi)容，如：作者名字、文摘內(nèi)容等，在PubMed中不能檢索。 使用” ispreviousversion ”可檢索先前所有版本的文獻。Volume VI期刊

31、出版的卷號。31PubMed系統(tǒng)的主要特點 詞匯自動轉(zhuǎn)換功能（Automatic Term Mapping, ATM）在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞，系統(tǒng)將使用如下表或索引，對檢索詞進行轉(zhuǎn)換后再檢索。MeSH (Medical Subject Headings) translation tableJournals translation tableFull Author translation tableAuthor indexFull Investigator (Collaborator)translation tableInvestigator (Collaborator) i

32、ndex. 32PubMed系統(tǒng)的主要特點MeSH Translation Table MeSH轉(zhuǎn)換表(MeSH Translation Table)，包括MeSH詞、參見詞、副主題詞、出版物類型、Pharmacologic action terms等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞，就會自動將其轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH詞，并同時檢索All Fields。例如： 鍵入“Vitamin h”，系統(tǒng)將其轉(zhuǎn)換成“biotin”MeSH Terms OR “biotin”All Fields OR “vitamin h”All Fields后進行檢索。 Pharmacologic Action詞

33、 MeSH Terms, Pharmacologic Action, and All Fields IL-22 “interleukin-22”Substance Name OR “interleukin-22”All Fields OR “il 22”All Fields, 而不是 ILAll Fields AND 22All Fields. Protein C “protein c”MeSH Terms OR “protein c”All Fields, 而不是 ProteinAll Fields or CAll Fields. 33PubMed 系統(tǒng)的主要特點Journals trans

34、lation table 刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Tanslation Table），包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號。該轉(zhuǎn)換表能把鍵入的刊名全稱轉(zhuǎn)換為“MEDLINE縮寫Journal”后進行檢索。 如：在檢索提問框中鍵入：“new england journal of medicine”，PubMed將其轉(zhuǎn)換為N Engl J MedJournal OR new england journal of medicineAll Fields后進行檢索。34PubMed 系統(tǒng)的主要特點Full Author translation table（作者全名轉(zhuǎn)換表）julia s

35、 wong Wong, Julia SFull Author Name wong julia s Wong, Julia SFull Author Name (1)區(qū)分Last Name, 使用”,”: james, ryan (2) vollmer charles jr Vollmer, Charles JrFull Author Name (3)區(qū)分是否Full Author Name, 使用fau: peterson dofau. 35PubMed 系統(tǒng)的主要特點Author index ryanau jamesau ryanau AND jamesauFull Investigator

36、 (Collaborator) translation table Investigator (Collaborator) index 36PubMed 系統(tǒng)的主要特點如果在上述表或索引中仍找不到相匹配的詞時，PubMed就將短語分開，再重復(fù)以上順序單獨分別查找，直到找到相匹配的詞。如果仍找不到匹配詞，則用AND 將短語中的單個詞連接起來在All中查找。single cell (single personMeSH Terms OR (singleAll Fields AND personAll Fields) OR single personAll Fields OR singleAll Fi

37、elds) AND (cellular phoneMeSH Terms OR (cellularAll Fields AND phoneAll Fields) OR cellular phoneAll Fields OR cellAll Fields OR cellsMeSH Terms OR cellsAll Fields)37PubMed檢索 基本檢索(Basic Search) 38ExampleFind citations about bronchodilators（支氣管擴張劑） for treating asthma（哮喘） in children. bronchodilators

38、, asthma and children (bronchodilator agentsMeSH Terms OR (bronchodilatorAll Fields AND agentsAll Fields) OR bronchodilator agentsAll Fields OR bronchodilatorsAll Fields OR bronchodilator agentsPharmacological Action) AND (asthmaMeSH Terms OR asthmaAll Fields) AND (childMeSH Terms OR childAll Fields

39、 OR childrenAll Fields)39PubMed檢索作者檢索(Searching by Author)40ExampleAdvanced Search Search by Author, Journal, Publication Date, and more41PubMed檢索刊名檢索(Searching by journal title)42Advanced Search Previewing（預(yù)覽）the number of search results Advanced Search - Preview Displaying the search detailsCombin

40、ing searches using history AND、OR、NOT、Delete、Go、Details、Save in My NCBISearching by a specific field “Search by Author, Journal, Publication Date, and more ”Limiting searches Browsing the index of terms43Search Details44Search History45Searching by a specific field 46PubMed檢索限定檢索(Limits)詳細列表：Full Te

41、xt, Free Full Text, and Abstracts Humans or Animals: Humans or AnimalsGender: Male or FemaleType of Article: Clinical Trial, Editorial, Letter, Review, etc.Languages: English, French, German, Italian, Japanese, etc.Subsets: Core clinical journals, Dental journals, Nursing journals, etc.Ages 47Limits

42、48Index of Fields and Field Values49短語檢索(Searching for a phrase)：也可稱為強迫詞組檢索，即，將短語用雙引號“”引起來，作為一個詞組檢索。如“single cell”，作為一個詞組檢索，系統(tǒng)不進行自動轉(zhuǎn)換匹配，也不進行Mesh詞的擴展檢索?！発idney allograft（腎同種異體移植）” kidney allograftAll Fieldskidney allografttw用連字符號”-”：first-line first-lineAll Fieldskidney allograft* kidney allograftAll

43、 Fields OR kidney allograftedAll Fields OR kidney allograftingAll Fields OR kidney allograftsAll Fields50PubMed截詞檢索截詞檢索功能(Truncating search terms) flavor* flavored, flavorful, flavoring, etc.只檢索最前600個變化詞。如：Tox* Wildcard search for tox* used only the first 600 variations. Lengthen the root word to se

44、arch for all endings.截詞檢索會關(guān)閉“automatic term mapping”。如：heart attack* heart attackAll Fields OR heart attack/strokeAll Fields OR heart attacksAll Fields51PubMed檢索Single Citation Matcher52PubMed檢索Batch Citation Matcher: 以指令式的方式檢索數(shù)據(jù)庫中共有幾篇相關(guān)文獻，輸入方式： journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_

45、key| 見下圖：53Batch Citation Matcher54布爾邏輯運算符(AND, OR, NOT)Find citations on DNA that were authored by Dr. Crick in 1993:dna mh AND crick au AND 1993 dp Find articles on the effects of heat or humidity（濕） on multiple sclerosis（多發(fā)性硬化癥）:(heat OR humidity) AND multiple sclerosis Find citations about arthr

46、itis（關(guān)節(jié)炎） excluding the Publication Type Letter:arthritis NOT letter pt 55PubMed檢索臨床查詢(Clinical Queries)：這是一個專門為臨床醫(yī)生設(shè)計的檢索入口。有以下三方面的功能：Search by Clinical Study Category Finding Systematic Reviews Medical Genetics Searches 56PubMed檢索Search by Clinical Study Category（臨床研究范疇）Category: etiology, diagnosi

47、s, therapy, prognosis（預(yù)后），clinical prediction guides（診治預(yù)測指南）Scope: narrow, specific search/broad, sensitive search Example: Find research on diagnosing cystic fibrosis（囊腫性纖維化（屬遺傳性胰腺病）. On the Clinical Queries page click Search by Clinical Study Category. Enter cystic fibrosis in the search box. Click “diagnosis” under Category and “narrow, specific search” under Scope, click Go.57PubMed檢索Finding systematic reviews: systematic reviews, meta-analyses, reviews of clinical trials, evidence-based medicine, consensus development conferences, gu