1、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測2生物信息學分子三維結(jié)構(gòu)查看及分析軟件VMD下載：/Research/vmd/從PDB數(shù)據(jù)庫下載任一個.pdb文件，用寫字板打開，對照VMD顯示出來的東東，熟悉一下.pdb文件格式。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)PyMOL 47分子三維結(jié)構(gòu)查看及分析軟件PyMOL蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫CATH是一個按等級分類PDB中蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫。只有分辨率在4埃以內(nèi)的晶體結(jié)構(gòu)以及NMR結(jié)構(gòu)才被分類。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類結(jié)合了自動與手動兩個過程。總共有四個水平上的分類：Class Architecture Topology Homologous supe

2、rfamilyGo to: http:/英國醫(yī)學研究委員會（Medical Research Council, MRC）的分子生物學實驗室和蛋白質(zhì)工程研究中心于2014年2月正式發(fā)布了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫SCOP（structural classification of proteins）的全面升級版SCOP2。該數(shù)據(jù)庫在搜集、整理、分析PDB數(shù)據(jù)中已知的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，詳細描述了已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)在結(jié)構(gòu)、進化事件與功能類型三個方面的關(guān)系。 數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建除了使用計算機程序外，主要依賴于人工驗證。SCOP2把SCOP中僅基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的樹狀等級分類系統(tǒng)發(fā)展成為單向非循環(huán)網(wǎng)狀分類系統(tǒng)。SCO

3、P2分類基于四個層次，從頂部到底部分別為：類（Class）、折疊（Fold）、超家族（Super family）、家族（Family）http:/scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 SCOP蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 SCOP蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 SCOP第一層CLASS分為5個classes。途徑數(shù)據(jù)庫KEGG途徑數(shù)據(jù)庫是存儲的是人工繪制的途徑圖譜，包括了目前已知的所有分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和生物反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)：總途徑圖，代謝途徑圖，遺傳信息加工圖，環(huán)境信息加工圖，細胞過程圖，機體系統(tǒng)圖，人類疾病相關(guān)途徑圖，藥物開發(fā)圖。 Go to: http:/www.genome.jp

4、/kegg/pathway.htmlX-ray Crystallography Nuclear Magnetic Resonance (NMR) 200AA如何獲得蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)1. 實驗方法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)測定SDU Experts in X-ray CrystallographyProf. SUN Jinpeng Ph.D. sunjinpeng Institute of Biochemistry and Molecular BiologySchool of Medicine, SDUProf. GU Lichuan Ph.D. lcgu State Key Laboratory

5、 of Microbial Technology School of Life Sciences, SDU如何獲得蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)1. 實驗方法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)測定MEAKIVKVLDSSRCEDGFGKKRKRAASYAAYVTGVSCAKLQNVPPPNGQCQIPDKRRRLEGENKLSAYENRSGKALVRYYTYFKKTGIAKRVMMYENGEWNDLPEHVICAIQNELEEKSAAIEFKLCGHSFILDFLHMQRLDMETGAKTPLAWIDNAGKCFFPEIYESDERTNYCHHKCVEDPKQNAPHDIKLRLEIDVNGGETPRLNLEECSD

6、ESGDNMMDDVPLAQRSSNEHYDEATEDSCSRKLEAAVSKWDETDAIVVSGAKLTGSEVLDKDAVKKMFAVGTASLGHVPVLDVGRFSSEIAEARLALFQKQVEITKKHRGDANVRYAWLPAKREVLSAVMMQGLGVGGAFIRKSIYGVGIHLTAADCPYFSARYCDVDENGVRYMVLCRVIMGNMELLRGDKAQFFSGGEEYDNGVDDIESPKNYIVWNINMNTHIFPEFVVRFKLSNLPNAEGNLIAKRDNSGVTLEGPKDLPPQLESNQGARGSGSANSVGSSTTRPKSPWMPFPTLF

7、AAISHKVAENDMLLINADYQQLRDKKMTRAEFVRKLRVIVGDDLLRSTITTLQNQPKSKEIPGSIRDHEEGAGGLinputoutput如何獲得蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)2. 計算方法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測從頭計算法同源建模法穿線法綜合法機器學習法如何獲得蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)2. 計算方法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測同源建模法：相似的氨基酸序列對應(yīng)著相似的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。三級結(jié)構(gòu)預(yù)測-同源建模法SWISS-MODEL 73自動同源建模法: SWISS-MODELSWISS-MODEL做出來的結(jié)果可以在SCI刊物論文上作為一項結(jié)果來發(fā)表，但前提條件是模板與目標的序列ide

8、ntity要足夠高，至少高于30%，因為SWISS-MODEL是單純的同源建模法，基本屬于結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件里的“傻瓜機”。Seq.txtSWISS-MODEL 自動同源建模法: SWISS-MODEL結(jié)果在線等3-5分鐘1. Identification of a homologue or homologues (sequence identity = 30%) of known structure as template(s) for modeling the target sequence.半手動同源建模法2. Generating and improving an alignment of

9、the target sequence with the template sequence(s). Usually the knowledge based manual adjustment is necessary.半手動同源建模法3. Building coordinates of the three-dimensional model based on the alignment. Modeller, ModLoop, Swiss-Model, 半手動同源建模法4. Evaluation of the model and then to loop the previous steps

10、according the evaluation results until the model becomes satisfactory.半手動同源建模法SWISS-MODEL 半手動同源建模法: SWISS-MODEL如果目標序列與模板序列相似度極高，那么同源建模法是最準確的方法。三級結(jié)構(gòu)預(yù)測-同源建模法特例情況，雖然序列一致度達到很高水平，但是結(jié)構(gòu)卻并不相同。BMC Struct Biol, 2012, 12:23三級結(jié)構(gòu)預(yù)測-同源建模法如果目標序列與模板序列之間的一致度 30%，那么同源建模法是不適用的。三級結(jié)構(gòu)預(yù)測-同源建模法穿線法：不相似的氨基酸序列也可能對應(yīng)著相似的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。三級結(jié)構(gòu)預(yù)測-穿線法已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)十幾萬，不同的結(jié)構(gòu)拓撲 1313。如何獲得蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)2. 計算方法 - 穿線法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測I-TASSER /I-TASSER自動穿線法: I-TASSERI-TASSER: 在線的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器，在近7屆蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測比賽（CASP7/8/9/10/11/12/13/14）中皆排名第