1、、NCBI上下載基因序列、mRNA、CDS序列的方法1.打開NCBI網(wǎng)站，第一個框選擇Gene,第二個框輸入基因名稱，如ALK基因，點擊Search。2.進(jìn)入第二頁面后，會看到如下一系列跟ALK基因相關(guān)的信息，根據(jù)description和location的信息，找到自己需要的基因?？丈蛑斜硎镜氖俏锓N，我需要的是人類的基因，故選擇第一個。點擊八1（進(jìn)入下一個頁面。SearchresultsIteMS：1to20Of2651FirstLastOSee3信口73discontinuHd酬rgHaceditems.Name/GeneIDDescriptionLocationAliasesMIMALK

2、wnmpEsticIvmphoFniareceptortyrosineChromosome2,NC_DDQ002.1I2CD246,NBLST3105590ID：238kin召sjHome電加(huimar)|(29192774.2992161kcomplementmanaplasticlymphomiakinaseMusChromosome17:NC_OOD083.6CD246,TcrzID：11632mtssculus(housemouse)(71B6898a.7260648,complennentAikArapIasticlymphomakinaseChromosome2RNT_0337

3、78.4Dmel_CGS250:ALK,CG825C:DAIk,ID;53425Drasophiarneanogaster(fruitfly)(16625291.16640011complement)DAlk53:DmelCG8250,alk,dALK,mili3.進(jìn)入后，會看到以下關(guān)于ALK基因的詳細(xì)信息:修NCBIResourcesHowitt叵Gene修NCBIResourcesHowitt叵GeneGeneSearchAdvancedOfficialSymbolOfficialFullNamePriiriiarysourceSeerehtBdGenetypeRefSeqstatusOr

4、ganismLineageAis口knownasSummarySendio.Sendio.ALKanaplasticlymphomareceptortyrosinekinaseHomosapiens(huinan)GeneID:238,updatedan6-Dec-2016上SummaryALKLyTGHEanaplasticlymphomareceptortyrosinekinasepuxidcdbj卜RM/laerublENSG口口口了門4MIMR555。,延即OTTHUMGUOODDISSDWproteincodingREVIEWEDHono5/pien：5Eukaryota;Metaz

5、oa;Chordata:Crianiata;Vertebrata;Euteleostomi;Mammalia;Eutheria：Euarchortoglires;Primates;Haplorrhini;Catarrhini:Hominidae:HomoCD246;NBLST3ThisgenesncodGareceptartyrosinekinass,whichtslDingstotheinsulinreceptorsuperfamily.ThisprotsincomprisesanieKiracellulardomain,anhydrophobicstretchcorrespondingto

6、a&inglpasstransmembraneregion,andanintracsluiarkinasedomain.Itplar/samimportailrolsinthedlevslopimientofthebrainandexertsits-affectsnrcncij%rtfiirrusiiimncinFhan口mv四uicleTinicmonoIn口ciKaonfriiinrihnh口arnroninaHmi+s+odnramrihfiicirlineorinc.n.ftiimdniiremr-liudlinnnFifanl口lornordI這些信息可以略過，往下查看，點擊下圖紅色

7、框中的SeeALKinGenomeDataViewer,進(jìn)入下個頁面。GenomeDataViewertPkk砧陽麗卡SefertanagserriXytocrangelleoaramViewQO-，二-WIHUnlHomosapiens:GRCh33.p(GCFJOT0004406.3S)Chr2NC_ODJOOZ12|:29.12M-2999MGenomeDataViewertPkk砧陽麗卡SefertanagserriXytocrangelleoaramViewQO-，二-WIHUnlHomosapiens:GRCh33.p(GCFJOT0004406.3S)Chr2NC_ODJOOZ1

8、2|:29.12M-2999M15ORBrunr-.-rrrm,-TTTTTHfiMoglaInL目Js.ln=1Js.mn-n-SWHUyaRMEHR4GenomiccontextLocatian:2p232-p2S.1Exoncount:29.AjinotatiorireteaseStatusAs-&embllyChrLocalignwscuiTentG.RCh3S,p7(GCF_00Q00H33)2NC_a0ODO2.12(29192774.29921611,cdhpigmentW5previousassemblyGiRCh37,pl3fGCFJQ0OM405沏2NC_Q00002.11

9、(29J1S64O,30144477.cornplememt)4.進(jìn)入后會看到如下頁面，：4NCBlResourcesHwTo將鼠標(biāo)箭頭放在圖中紅色框中的綠色線上2-5秒，不用點擊。會看到下面的界面：（有些基因會出現(xiàn)好幾個，根據(jù)自己的要求選擇）云子產(chǎn)uhkkDownload:NP。0429。,MM。04304.。云子產(chǎn)uhkkDownload:NP。0429。,MM。04304.。MF04295.ZHIIINFOCHZ95,ZandNMO043m.4Liniks&Tools|VIEW8口工95331721髭wGsD:238(ALK)一ViewHGHC：4Z7ViewHIM:10.55901*-

10、1A.111二1J.Titte:ansplasoclymplhomarecefitartymsinekinaseLocation:conpleiment(291.192J7741.29j921611)Length:728.BSE_IP4IIIIIlliIINP,001274457.1iiiiii11iinIIIIII11IIIIIIIIH11IIIIiiIii11IIiiIII口1IIIllllllllllIIIIIIIUIIIIIIIII11IIIIIIIIIIIXP_0052GG19.LXP_01153112.1XPjffi7l2l67.1MPJ305266201BLASTGenomic:

11、NC0gCON(2丸152774,，23r92L611)FASTRViH:口仁000002.12f困j,西,921,611)IGEnEankVievM：NC0QQ32.12129：19乙774.29：9216后第一個紅色框中：NP004295.2表示蛋白質(zhì)序列，NP代表蛋白質(zhì)，004295是編號，后面的.2代表更新狀態(tài)，數(shù)值越大，版本越新。NM004304.4表示mRNA序列，NM表示mRNA，004304是編號，后面的.4代表更新狀態(tài)，數(shù)值越大，版本越新。第二個紅色框中：CCDS33172.1表示CDS序列，CCDS表示CDS，命名規(guī)則同上。第三個紅色框中：NC000002.12(29,19

12、2,774.29,921,611)表示完整的基因序列，NC表示基因組。括號中的數(shù)字表示這個基因的堿基長度，從29,192,774bp到29,921,611bp。要下載蛋白序列、mRNA序列、CDS序列、基因序列，直接點擊紅色框中的鏈接即可。5.這里下載基因序列，點擊后出現(xiàn)如下界面：點擊右邊的Sendcompleterecordfileformat（有好幾種格式）CreateFile。常用的是FASTA格式和GenBank格式。GenBank格式保存的信息更全面。彳NCB【ResouncesHowToNucleotideNucleotidemACCESSIONVERSIONDELINKKEYWO

13、RDSSOURCEDownload1items.Send:tCompleteRecordACCESSIONVERSIONDELINKKEYWORDSSOURCEDownload1items.Send:tCompleteRecordOCodingSequences(jCliptxjard(.)CollectionsAnalysisToolGenBankShowGlAdvancedGenBankHomosapienschromosome2,GRCh38.p7PrimaryAssemblyNICBlReferenceSequence:NC_000002.12FASTAGmphicsLOCUSNC_D

14、00Q02LOCUSNC_D00Q02DEFINITIONHomosapienschromosonie2,GRCh.39.p7Primary國匚00口002REGION:29192774.29921611GPC_000001294NC_OOOQ02.12BioProject:PRJNAZEEAssembly:GCF00口口口14Q5.33ef5eq.Homosapiens(human)CHIGAHISMjlciin口mapimrimZukaxyota;Metazoa;Chorddta;Cranidta;Verzebrata;EuteLeostomi;至此就把ALK基因的序列下載了。幾種代號的意

15、思ACCESSION是NCBI序列數(shù)據(jù)中我們常用到編號（另一個是GI）.ACCE羽ION形式為C1其中CC為兩字母，其不同組合又可以區(qū)分為蛋白序列.核酸序列或基因組序列,而題位數(shù)不等的數(shù)字；ACCESSION后面又會加版本號，以CC_#濟(jì)形式表示,最后的尾數(shù)遞增表示序列信息較之前的版本有所修改,這樣ACCEE5I。N+版本號就是一個唯一的表示.代表一個唯一的序列,而且這個編號不會改變口ACCESSIONMOLECULEMETHODNOTEAC.123456GenomicMixed一些可供選擇的注釋毒和原核生物。）基因組序列主要用來標(biāo)記病AP123456NC_123456ProteinMixed

16、AC_標(biāo)記序列對應(yīng)的蛋白產(chǎn)物。AP123456NC_123456GenomicMixed完整的基因組分子序列，標(biāo)記的類別包活基因組、染色體、細(xì)胞器、質(zhì)粒。NG.123456GenomicMixed不籃整的基因組區(qū)域，提供NCBI基因組注釋途徑。比較有代表性有不轉(zhuǎn)錄的假基因或者那些源難自行化注釋的基因組簇。NMJ23456mRNAMixed轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物序列；成熟mRN儂錄本序列）NM_123456789、七微信號：HelULire一般來說,mRHa和基因組序列是我們主要的尋找對如果想找標(biāo)準(zhǔn)序列的話rmRNA就采用NM_開頭的，基因組用NC_或者AC_開頭的口soeasy1NP_123456NP_1234567S9ProteinMixed磨白聲