植物數(shù)量性狀位點（QTL）圖位克隆第五章第四節(jié)數(shù)量性狀變異的遺傳基礎生物自然群體在形態(tài)、生理、行為和抗性等性狀上存在極大的變異，表現(xiàn)為數(shù)量性狀遺傳。數(shù)量性狀涉及多個位點，每一位點的效應微小，存在等位基因的變異，等位基因的效應通過每個個體所處的環(huán)境表現(xiàn)出來。P=G+E+G×E當前生物學的一個重大挑戰(zhàn)是明確數(shù)量性狀變異的遺傳基礎數(shù)量性狀位點(QTL)QuantitativeTraitLocus(QTL)是生物基因組上的某個區(qū)段，它含有一個或多個基因，影響數(shù)量性狀的變異。QTL可以通過多態(tài)性分子標記與性狀的連鎖關系而確定下來，即QTL定位。QTL初定位

-查找QTL在基因組上的大概位置

初定位的群體：連鎖群體和關聯(lián)群體：連鎖群體：人工群體，利用雜交過程中產(chǎn)生的重組，通過分子標記多態(tài)性與性狀變異的連鎖關系定位QTL。關聯(lián)群體：自然群體，利用進化或育種過程中所積累的重組和變異，通過基因組中的連鎖不平衡（LD）來確定遺傳多態(tài)性與性狀變異的關系。缺點：定位結果很大程度上依賴于群體結構和等位基因頻率。連鎖群體的基因組結構和QTL初定位連鎖群體：臨時性分離群體：自交群體（如F2、F3）和回交群體（BC1、BC2）等。永久性分離群體：重組自交系群體(RIL)和加倍單倍體群體(DH)等。在分離群體基礎上篩選的極端個體群體。123456789101112123456789101112123456789101112F2RIL表型鑒定以單株或其后代家系為基礎，準確性不高，不能重復試驗。簡單，遺傳變異豐富，可以同時估計加性和顯性效應。后代穩(wěn)定，不發(fā)生分離，鑒定性狀以純合株系為基礎，準確性高。群體準備周期長，只能估計加性效應。早代多次互交，增加重組。F2群體QTL初定位0/2:homozygousgenotypes1:heterozygousgenotype關聯(lián)群體的基因組結構和QTL初定位關聯(lián)群體QTL初定位Diagramofgenomereshufflingbetween25diversefoundersandthecommonparentandtheresulting5000immortalgenotypes.YuJetal.Genetics2008;178:539-551連鎖-關聯(lián)群體的基因組結構和QTL初定位PolandJAetal.PNAS2011;108:6893-6898用NAM群體鑒定出了29個QTL，抗性等位基因用紅色，感病等位基因用綠色。公共親本B73自交系和25個核心自交系的小斑病抗性QTL精細定位

-確定QTL在基因組上的準確位置

在禾谷類作物中，許多影響重要農(nóng)藝性狀的QTL已被定位，相比較而言，克隆到基因卻非常少。一般來講，初定位的QTL置信區(qū)間在10-30cM，包含幾百個基因。不清楚QTL是對應一個基因？還是多個緊密連鎖的基因?如果對應有多個基因，基因的效應相同?還是相反？是否累加?等等必需精細定位QTL，克隆對應的基因。QTL是通過統(tǒng)計分析得到的，定位在染色體某一置信區(qū)間內(nèi)。增加分子標記和完善統(tǒng)計分析軟件，對置信區(qū)間的縮小并不是很有效。精細定位，即在QTL初定位基礎上，針對目標區(qū)間構建遺傳背景一致的次級遺傳分離群體，把復雜性狀QTL界定于更小的基因組區(qū)域內(nèi)。將QTL作為一個主Mendelian因子來進行精細定位。QTL精細定位的可行性QTL精細定位決定于三個基本要素：1)高密度標記；2)關鍵重組個體；3)重組個體性狀的準確鑒定。

目標：QTL--QTG--QTN

Locus-Gene-NucleotideQTL精細定位三要素QTL精細定位—標記密度基因組大規(guī)模重測序、SNP芯片、比較基因組學等保證在目標基因區(qū)域獲得高密度的分子標記。禾谷類作物的基因組重測序產(chǎn)生了海量的SNP信息，用于開發(fā)目標基因區(qū)域的高密度分子標記。玉米的HapMap計劃(Goreetal.2009)有160萬SNP。水稻中，Huangetal.(2010)檢測到360萬非冗余的SNP位點，平均9.32SNPs/kb。QTL精細定位—關鍵重組個體成功的QTL精細定位依賴于關鍵重組個體，也即在目標QTL區(qū)域有高頻率的染色體交換發(fā)生。重組頻率在染色體的不同區(qū)域變異很大，產(chǎn)生所謂的重組熱點和重組冷點區(qū)域。如QTL位于重組熱點，就易獲得關鍵重組個體；不然就需要很大的分離群體，或連續(xù)多代，或組配多個組合等方法篩選。染色體不同區(qū)域重組頻率的高低與著絲粒位置、染色體結構、親本在QTL區(qū)域的序列差異等均相關。玉米染色體的重組頻率和基因密度分布K.Fengleretal.,inpress,PlantGenome通過控制群體結構和后代測定等手段來消除遺傳背景的影響，同時增加重組機會。在目標QTL區(qū)間建立高分辨率的分子標記圖譜，分析目標QTL與標記的連鎖關系。主要采用近等基因系(Near-isogeniclines,NILs),染色體片段代換系(chromosomesegmentsubstitutionlines，CSSLs)或導入系(introgressionline,ILs),及基于重組自交系衍生的雜合自交家系(heterogeneousinbredfamily,HIF)或剩余雜合體(residualheterozygousline,RHL)。QTL精細定位—性狀的準確鑒定利用單QTL-NIL群體的精細定位。篩選在目標QTL區(qū)間具有差異、遺傳背景完全一致的QTL近等基因系(nearisogenicline，NIL)，配組構建群體，或者篩選在目標區(qū)間呈雜合型、遺傳背景呈純合型的單株，自交建立分離群體，通過對分離群體單株或單株自交后代測定，分析表型差異，精細定位目標QTL區(qū)間。Advantage:

IdenticalbackgroundDisadvantage：Laborious&Longtime

consumedQTL精細定位策略—單QTL-NILQTL1fromP1isobtainedbyMASusingP2asarecurrentparent.TheresultingNIL1hasachromosomesegmentthatincludesQTL1,butisotherwiseidenticaltotheP2geneticbackground.染色體片段代換系CSSLs，即在受體(供體)親本的遺傳背景中建立供體(受體)親本的“基因文庫”，代換系覆蓋全基因組且相互重疊。由代換系組配的分離群體消除了大部分遺傳背景的干擾及QTL之間的互作，可提高QTL定位的效率和精度，從而可進一步縮小QTL區(qū)間。QTL精細定位策略—CSSLsCSSL(ChromosomeSegmentSubstitutionLine)基于重組自交系（RIL）衍生的雜合自交家系(heterogeneousinbredfamily，HIF)或剩余雜合體(residualheterozygousline,RHL)的QTL精細定位。RIL群體是連續(xù)自交產(chǎn)生的，隨著代數(shù)的增加，染色體上的大多數(shù)位點逐步純合，一般到F5代就只有6.25％的位點處于雜合狀態(tài)。在QTL初定位基礎上，利用分子標記從RIL群體中篩選目標QTL雜合而背景純合的RHL自交，構建類似單QTL-NIL群體。從RIL群體中篩選，時間短，花費少，現(xiàn)在較多地用于QTL精細定位。QTL精細定位策略—HIF或RHLRHL(ResidualHeterozygousLine)玉米抗病QTL精細定位中遇到的問題玉米的抗病大多數(shù)屬數(shù)量性狀遺傳，優(yōu)良抗病基因多為稀有基因。因此，分離不同的抗病基因需要組配不同的群體。由于玉米染色體結構復雜性，抗病QTL位點的關鍵重組個體不易獲得?？共⌒誀钤谀攴荨⒌攸c間的變異很大，關鍵重組個體的性狀鑒定困難。現(xiàn)有的QTL精細定位方法不適用1)Variabilityinsymptomdevelopment

2)DifficultyinphenotypicevaluationGenotypeEnvironmentsGenotypeEnvironmentsPathogenMorphologicalTraitsDiseaseresistance基于重組個體后代測定的連續(xù)精細定位方法Recurrentparent×F1RecurrentparentMASBC2F1×RecurrentparentBC3F1ProgenyRecurrentparentBC3F1RecombinantsMASBCn+1F1ProgenyBCnF1RecombinantsDonorparentProgenytestingandMAS××F2

QTLanalysisBC1×RecurrentparentRecurrentparent×ProgenytestingandMASCompletionoffinemappingThesequentialQTLfine-mappingprocedureMAS:Marker-assistedselectionProgenytesting:InvestigationofbothgenotypeandphenotypeforeachprogenyR:118S:132R:235S:74ResistantR:166S:139R:177S:133P-value<0.001P-value:0.675SusceptibleProgenyevaluationtodetectaQTLinthedonorsegmentqHSR1ProgenyGenotypeprogenyGenotypeWithoutdonorregionWithoutdonorregionWithdonorregionWithdonorregion47.2%76.1%57.1%54.4%NumbersofprogenyrequiredtodetecttheQTLsatvariousR2valuesBackcrossgenerationsuitabletostarttheQTLfinemappingTheadvantagesofthesequential