核酸序列的獲取與比對(duì)實(shí)驗(yàn)課二第一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日1上機(jī)練習(xí)內(nèi)容1從數(shù)據(jù)庫(kù)獲取核酸序列信息2序列搜索比對(duì)3序列特征分析第二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日1從數(shù)據(jù)庫(kù)獲取基因mRNA序列信息第三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日3以NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)為例學(xué)習(xí)如何獲取核酸序列及序列相關(guān)信息NCBIGenBank第四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日4CCL21HomePage第五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日5第六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日6第七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日7Results第八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日8HomePage第九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日9HomePage第十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日10CCL21第十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日11Results第十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日12HomePage第十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日13HomePage第十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日14CCL21第十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日15Results第十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日16Results第十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日17Results第十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日18第十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日19Results第二十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日20第二十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日21第二十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日22第二十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日23Results第二十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日24第二十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日25第二十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日26…………第二十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日27…………第二十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日28…………第二十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日29CCL21mRNA序列CCL21mRNA登錄號(hào)CCL21編碼蛋白CCL21登錄號(hào)第三十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日30………基因序列信息基因相關(guān)信息第三十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日31Genbank

格式注解第三十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日32LOCUS條目名稱(chēng)（標(biāo)識(shí)符）DEFINITION序列的定義，說(shuō)明ACCESSION序列編號(hào)，具有唯一性和永久性VERSION版本KEYWORDS由序列提交者提供，包括序列的基因產(chǎn)物及相關(guān)信息SOURSE序列來(lái)源，說(shuō)明序列的來(lái)源物種，來(lái)源組織等REFERENCE和序列相關(guān)的文獻(xiàn)，包括題目，作者等信息FEATURES具有特定格式，包含大量的信息和內(nèi)容，用來(lái)詳細(xì)描述序列特性及相關(guān)內(nèi)容BASECOUNT堿基組成ORIGIN堿基序列，并以//作為序列條目結(jié)束的標(biāo)記序列文件的主要結(jié)構(gòu)：第三十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日33第三十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日34…………….第三十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日35成功提取CCL21mRNA全長(zhǎng)序列提取完成第三十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日36…………….第三十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日37編碼序列第三十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日38成功提取CCL21mRNA編碼序列提取完成第三十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日39AdvancedSearch第四十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日40AdvancedSearch第四十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日41第四十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日42第四十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日43第四十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日44第四十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日452序列搜索比對(duì)第四十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日46NCBI主站點(diǎn)：

對(duì)一般用戶(hù)來(lái)說(shuō)，目前常用的辦法是通過(guò)NCBI國(guó)際著名生物信息中心的BLAST服務(wù)器進(jìn)行搜索。序列比對(duì)神器-BLAST第四十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日47HomePage第四十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日48第四十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日49HomePage第五十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日50第五十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日51第五十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日52第五十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日53主要的BLAST程序程序名查詢(xún)序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對(duì)。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對(duì)。第五十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日54第五十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日55第五十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日56GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG第五十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日57數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)述nrmonthdbestdbstshtgsyeastE.colipdbkabatvectormitoalugss非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDB序列，除了EST、STS、GSS和0,1,2階段的HTGS序列nr中過(guò)去30天的最新序列非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的EST部分非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的STS部分0,1,2階段的高產(chǎn)量基因組序列(3階段完成的HTG序列在nr庫(kù)里)酵母的全基因組序列大腸桿菌的全基因組序列由三維結(jié)構(gòu)庫(kù)來(lái)的核酸序列Kabat的免疫學(xué)相關(guān)序列庫(kù)Genbank的載體子集線(xiàn)粒體核酸序列REPBASE中Alu重復(fù)序列翻譯而來(lái)，用來(lái)遮蔽查詢(xún)序列中的重復(fù)片段，基因組勘測(cè)序列(GenomeSurveySequence)BLAST的核酸數(shù)據(jù)庫(kù)第五十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日58GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG第五十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日59結(jié)果頁(yè)面第六十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日60結(jié)果頁(yè)面第六十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日613序列特征分析第六十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日62基因序列特征分析主要內(nèi)容一、開(kāi)放閱讀框—ORF二、啟動(dòng)子—promoters三、CpG島——CpGislands四、microRNA-mRNA分析

第六十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日63第六十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日64第六十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日65第六十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日66第六十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日67第六十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日68第六十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日69第七十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日70第七十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日71第七十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日72第七十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日73第七十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日741GenBank第七十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日752Fastanucleotide3Fastaprotein第七十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日76啟動(dòng)子預(yù)測(cè)及分析工具

（參考教材）PromoterScan

第七十七頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日77第七十八頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日78第七十九頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日79啟動(dòng)子原件第八十頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日80啟動(dòng)子原件轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)第八十一頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日81第八十二頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日82利用CpGPlot預(yù)測(cè)分析CpG島CpGPlot是預(yù)測(cè)CpG島的在線(xiàn)工具，它是由歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室EMBL——EuropeanMolecularBiologyLaboratory提供的。其網(wǎng)址為：

第八十三頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日83SPARCL1promotersequence第八十四頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日84第八十五頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日85L81167.1序列第八十六頁(yè)，共八十八頁(yè)，2022年，8月28日86microRNA-mRNA分析工具TargetScan（htt