舉例演示利用ORFfinderNCBI搜索Ecoli部分基因組序列上的第1頁/共14頁當(dāng)一個(gè)新基因被識(shí)別，其DNA序列被解讀，我們能搞清相應(yīng)的蛋白序列是什么嗎？

那么我們怎么樣能知道相應(yīng)的蛋白序列是什么呢？

第2頁/共14頁在沒有其它信息的前提下，DNA序列可以按六種框架閱讀和翻譯（每條鏈三種，對應(yīng)三種不同的起始密碼子）。ORF識(shí)別包括檢測這六個(gè)閱讀框架并決定哪一個(gè)包含以啟動(dòng)子和終止子為界限的DNA序列而其內(nèi)部不包含啟動(dòng)子或終止子，符合這些條件的序列有可能對應(yīng)一個(gè)真正的單一的基因產(chǎn)物。第3頁/共14頁在細(xì)菌基因組中，基因很少有內(nèi)含子的中斷。因此，檢測基因的有效途徑是對基因組序列進(jìn)行六個(gè)可讀框的翻譯并識(shí)別長的可讀框(ORF)。

ORF的識(shí)別是證明一個(gè)新的DNA序列為特定的蛋白質(zhì)編碼基因的部分或全部的先決條件。

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什么是ORF？ORF（開放閱讀框

）:是一段較長（>300bp）的有義密碼子序列，位于起始密碼子(usually,ATG)和終止密碼子(無義密碼子,TGA,TAGorTAA)之間。認(rèn)識(shí)第5頁/共14頁NCBIORFfinderORFFinder

是一個(gè)圖形的序列分析工具，通過執(zhí)行六個(gè)可讀框的翻譯，分析并找到序列的ORF區(qū)(開放讀碼框架)，這個(gè)工具使用標(biāo)準(zhǔn)的或其它特殊的遺傳密碼子列出所有可能的ORF區(qū)，并推導(dǎo)出氨基酸序列。對于復(fù)雜的真核生物基因組，則需要更復(fù)雜的統(tǒng)計(jì)分析方法。第6頁/共14頁1，輸入GI號(hào)或Accession，或直接輸入序列的fasta格式

第7頁/共14頁2，結(jié)果出現(xiàn)六個(gè)圖形，這是根據(jù)六種不同的編碼方式得到的（包括正反鏈）。第8頁/共14頁3，拿到氨基酸序列后，你可以直接做blastp，如果有匹配到，就是正確的ORF區(qū)了。另外也可以用Pfam的方法，在Pfam數(shù)據(jù)庫搜索。第9頁/共14頁4，結(jié)果表明該ORF編碼的蛋白是屬于BTB家族的。第10頁/共14頁注意說明，你可以同時(shí)用幾個(gè)工具來驗(yàn)證，如blastp,Pfam,CDD。但有時(shí)的結(jié)果不一定全部一致。這有可能是因?yàn)椴煌臄?shù)據(jù)庫，存放的數(shù)據(jù)有些差異，算法也有些差異，是屬于正常的?；旧洗蟛糠侄际强煽康牡?1頁/共14頁NCBI主頁我們來做個(gè)示范