EST聚類、常見問題及解決方案

曾曉維葉琳2006-52023/4/181ESTcoursesatWIGS目標(biāo)基因的分析及應(yīng)用數(shù)據(jù)公布，形成文章cDNA文庫(kù)的構(gòu)建隨機(jī)挑取克隆進(jìn)行5’或3’端測(cè)序序列前處理聚類和拼接基因注釋及功能分類文庫(kù)檢查！2023/4/182ESTcoursesatWIGS要點(diǎn)：為什么要聚類？

如何聚類？PhrapCAP3TigrAssemblergap4

結(jié)果分析常見問題及解決方案2023/4/183ESTcoursesatWIGS聚類方法overlap-layout-consensusPhrap,CAP,StadenPackage,TigrAssembler,d2_cluster,etc.功能聚類其他2023/4/185ESTcoursesatWIGS聚類前處理載體檢測(cè)污染檢測(cè)低質(zhì)量序列處理待聚類物種(組織)的高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物 lesson.seq.screen lesson.seq.screen.qual(可選的)2023/4/186ESTcoursesatWIGSPhrap基于swat算法使用全序列質(zhì)量信息全基因組、EST通常與Phred和consed聯(lián)合應(yīng)用2023/4/187ESTcoursesatWIGSPhrap命令及參數(shù)phraplesson.seq.screen-minmatch20-minscore40-view-new_ace>phrap.out結(jié)果 lesson.seq.screen.contigs lesson.seq.screen.singlets lesson.seq.screen.view lesson.seq.screen.ace phrap.out2023/4/188ESTcoursesatWIGSCAP3命令及參數(shù)cap3lesson.seq.screen–o21>cap3.out結(jié)果 lesson.seq.screen.cap.contigs lesson.seq.screen.cap.singlets lesson.seq.screen.cap.ace2023/4/1810ESTcoursesatWIGSStadenPackage測(cè)序項(xiàng)目管理的整合軟件包組裝、突變檢測(cè)、序列分析、序列峰圖及對(duì)reads文件操縱基因組、ESTUNIX/windows2023/4/1811ESTcoursesatWIGSPregap4,Gap4命令及參數(shù)Minimumexactmatch：14Maximumnumberofpads：25Maximumpercentagemismatch：5%Maximumconsensuslength：100000Maximumdatabasesize：8000結(jié)果lesson.0.aux，lesson.0lesson.list.report2023/4/1813ESTcoursesatWIGS其它軟件D2_cluster(StackPACK)

TigrAssembler

DNAStar:綜合性序列工具軟件，功能很廣，名氣很大.囊括分子生物學(xué)領(lǐng)域大多數(shù)內(nèi)容.2023/4/1814ESTcoursesatWIGS結(jié)果分析Contigs+singletsContigs組成2023/4/1815ESTcoursesatWIGS解決方案ParametersESTs2ContigBlastn/BlastxsearchAssembleindividually2023/4/1817ESTcoursesatWIGS上機(jī)實(shí)習(xí)原始數(shù)據(jù)：200條沒有質(zhì)量文件的EST序列162個(gè)原始的峰圖文件實(shí)習(xí)步驟：在windows下操作stadenpackage,以完成對(duì)這些數(shù)據(jù)的拼接2023/4/1818ESTcoursesatWIGSThankyou!2023/4/1819ESTcoursesatWIGS1。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。601GCCTGCAGGTTCGACTCTAGAGGATCCCCTCACTTTTCAGTATTTCGTACAGTTTTCTGA2TTTTTATACTGGGTTCCTTGTTTTTCTTTTACAAAGATTTTTTGAAATATTAAAACTAAA3ATGTGTATAATAAAAATTGTATACCAATTTCAGTGATAAATAATTTATTTTATAGAAAAA4AGAAGAACAAAGCTGATGATTAAAACTGAACTCGATTTTCTGATTGGAAGAACTTGTACC5AATCGATGATATGAGATGTTAAAAACTGGGAATTGATATTTAACCGATTGAACCTGAATG6AAAAACCACGG-CC-GAAAATTAAATTATTATTTT-AATTGACATTTTTG-AAAATTTCC7CCCGTAATTTTTAT-GCAATTTTAAATTGAAGGTTTATTAATTGGTGGAATGG-GCTTTT8TTAGGTGTTGCAAC-ACCTATT-CCC