富集分生，畢生緣；培訓(xùn)。 富集分析的意 從數(shù)以千計(jì)的 里面查找其傾向參與的調(diào)控通路，2GO富集結(jié)果展 3GO富集結(jié)果展 生，畢生緣；培訓(xùn)。 功功能富集分析生 AAting / AA功能富功能富集分析生

tainig. .io/ ysismp.pdf生 /i.Lp/Sme/Inde/GOenri entplot.html GOGO富集分析的工具–clueGO，操作簡生按圖示輸入名字（名字格式支持多種）Start即可（clueGo/ehbio_salmon..DESeq2.untrt._lowerThan_.trt.id.xls生，畢生，畢生緣；培GO富集分析的工具–clueGO，更新方 多種網(wǎng)絡(luò)布支持近200個(gè)物生，畢生緣；培訓(xùn)。 GO富集分析的工具–clueGO，交互探 GO富集分析工具–clueGO，多個(gè)數(shù)據(jù)集比較生，畢生緣；培訓(xùn)。 Raw Raw (.fastq (.gtf

(2x150 功功能富集分析R生生，畢生緣；培訓(xùn)。 功功能富集分析R生 (2x150 (.fastqCDNARaw 生，畢生緣；培訓(xùn)。 (2x150

功功能富集分析R生生，畢生緣；培訓(xùn)。 分析結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò) 生，畢生緣；培訓(xùn)。 分析結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò) ID類型ID類型(屬性文件GO富集分析結(jié)果(網(wǎng)絡(luò)文件

表達(dá)表達(dá)(屬性文件表達(dá)(屬性文件,table,用于繪制環(huán)形圖生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA富集分生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEAGSEA–unsignedlog2Fold生 ysisofexpressedpredictedpost-transcriptionaldecoytargetsinMDA-MB-231;allexpressedgenesweresortedbysiOIP5-AS1toNTabsolutefoldchanges,GSEAusedweightedenrientstatisticsandratioofclasses,withp-valuescomputedusing1kgene-setpermutations.Cell GSEAGSEAunsignedlog2FoldChange（HSCgenesetsareenrichedinGSEAofallZNF384rcasespositiveenrientforgenesupregulatedinETP-ALL(a negativeenrientforgenesupregulatedinPh-likeALLinotherB-ALLcases.Nature 相關(guān)相關(guān)的GSEA生正因一示正因一示顯著相關(guān)和負(fù)相關(guān)的相關(guān)性系數(shù)作為值進(jìn)GSEA分析901個(gè)MF GO條目去冗余 396個(gè)MF條目，用做檢測基集(條目集重合小于75%)熱圖每一行為一個(gè)條目，每列為一種，顏色 normalizedenrientscore代碼GSEA標(biāo)準(zhǔn)化富集得分(NES)熱圖分 GSEAwasperformedusingPreRankedweightedmode.Log2FCvaluesforeachscreenwerecomputedintoZscores,andtheaverageZscoreofallORFscorrespondingtoagivengenewascalculated,andusedtogeneratetheGSEArankorderedlist.GSEAwasrunconsideringallthecanonicalpathwaysgenesets(c2.cp.V5.1.symbols)excepttheminimumgenesetsizewasreducedto10(fromdefault=15),tocompensateforthesmallersizeofthisdataset.Redundantgenesetswereexcluded(including,insomecases,genesetsthatwerenon-redundantinnamebutcontainedsimilargenes)andadditionalgenesetsaddedsothateachscreenhadatotaloftengenesets GSEA富集結(jié)果展 involvedinfundamentalbiologicalprocesses.GenesetenrientysiswasperformedongenesrankedbyaverageCS(crisprgenescore).生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEAGSEA通路FDR和NES展生 CellEpigeneticmodificationleveland GenesetenrientplotshowingthatgenesassociatedwithhighlevelsofH3K9acandH3K27acareenrichedfortwoindependentlydefinedpluripotencygenesets:MullerPluriNetandWongESCCorePvaluesarecalculatedbasedon1,000permutationsbytheGSEAalgorithmwerenotadjustedformultiple 超級超級增強(qiáng)子調(diào)控胚胎干細(xì)胞相生Super-enhancersareassociatedwithgenesencodingtranscriptionfactors,coactivators,andchromatinregulatorsimportantformaintenanceofESCstate.Thegenesetenrientysis(GSEA)ofsuper-enhancer-associatedgenesrevealsthatthesegenesencoderegulatorswhoseshRNAknockdownmostimpactOct4expressionandESCstate.KnockdownofgenesimportantforESCidentitycausesOct4loss,whichisreflectedbyanegativeZscore.pvalue(10?2)wascalculatedaspartoftheGSEA生，d畢ire生c緣t.；c培o訓(xùn)m版/s權(quán)c所ie有n。 c功能富集分析功能富集分析生Rawsequence(.fastq(.fafile)(.gtffile)

生，畢生緣；培 功能富集功能富集分析生

(.fastq

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(.gtf生，畢生緣；培GSEA展示的多種方式，多通 生，畢生緣；培訓(xùn)。 不同統(tǒng)計(jì)量的計(jì)算結(jié)果比 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA展示的多種方式，展示NES 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA分析軟GSEA分析軟件安生生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA啟動(dòng)界 i.LDH/3Nd3urhfRGkw-輸入數(shù)據(jù) 表達(dá)量gct格 測試數(shù) 生ht畢tp生緣s培o訓(xùn)f版tw權(quán)所a有reLLbD/gsea/datasets.3j6s 生輸入數(shù)據(jù)–樣品分 息cls文生生，畢生緣；培訓(xùn)。 輸入數(shù)據(jù) 注釋gmt文 生，畢生緣；培訓(xùn)。 息同時(shí)導(dǎo)入生，畢生緣；培訓(xùn)。 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA結(jié)果解 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA結(jié)果總結(jié) 生，畢生緣；培訓(xùn)。 GSEA結(jié)果解 生，畢生緣；培訓(xùn)