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文檔簡介
GaussView界面教程【1】——界面介紹Gview是一個專門設計于高斯配套使用的軟件,其主要用途有兩個:構(gòu)建高斯的輸入文件;以圖的形式顯示高斯計算的結(jié)果。除了可以自己構(gòu)建輸入文件外,Gview還可讀入Chem3D,HyperChem和晶體數(shù)據(jù)等諸多格式的文件。從而使其可以于諸多圖形軟件連用,大大拓寬了使用范圍。Enild^rFt■臣勿眉Enild^rFt■臣勿眉nt:曲自開啟GaussView會看到一大一小兩個窗口,后面灰色背景的窗口為選擇窗口,在里面選擇要輸入的分子或基團;前面紫色的窗口為繪圖窗口,使用鼠標繪制想要繪制的圖形。菜單欄
【File】主要功能是建立,打開,保存和打印當前的文件【Edit】完成對分子的剪貼、拷貝、刪除、抓圖等【View】與顯示分子相關的都在這個菜單下,如顯示氫原子、鍵、元素符號、坐標等【Calculate】直接向Gaussian提交計算【Results】接收并顯示Gaussian計算后的結(jié)果[Windows】控制窗體,如關閉、恢復等【Help】幫助快速工具欄快速工具欄【左面第一個】選擇元素與價鍵,單擊打開會看到一個元素周期表,通過它可以選擇需要繪制的元素以及價態(tài)。ElementFragments0NEl 0N IEI0N■HS H0HH0E]|囤因目國阿網(wǎng)購網(wǎng)回屈田叵]網(wǎng)國網(wǎng)網(wǎng)衛(wèi)田:因囤朗國兩禺阿國回ISelectC:=Lrb:因囤朗國兩禺阿國回ISelectC:=Lrbo口卩丫且勿用口匕孤鴻留影【左面第二個】環(huán)工具,作用與上一個差不多,只是這里提供的都是環(huán)狀化合物殘基;住RingFra-gtvients住RingFra-gtvients左面第三個】提供常用的R基團模板,其中包括乙基、丙基、異丙基、異丁基3、常用工具欄3、常用工具欄CHj C血CHs沁一*cVvChfeCHa—C—Chb匚比=/CH=C-00%——C=N%z/〉=oOMSOTSH一C=0◎Sif^n>y<IR-GroupFragments左面第四個】氨基酸殘基,使用它可以迅速繪制氨基酸左面第五個】用戶自定義基團,您可以將常用的基團存放到此處u<1序早丨Hl粘別渾%I這條快速編輯欄中從左到右依次是【鍵調(diào)整】|【鍵角調(diào)整】|【二面角調(diào)整】|【查詢已有結(jié)構(gòu)】|【增加化學鍵】|【刪除化學鍵】|【翻轉(zhuǎn)原子】|【單個選擇】|【框選】|【去除選擇】|【全選】這里面的所有選項都可以通過在繪圖窗口點擊右鍵得到。這兩條條工具欄是最常用的,幾乎所有軟件都有的新建打開等工具GaussView教程【2】——構(gòu)建分子這里以構(gòu)建一個間氟苯乙烷分子并從GaussView里遞交計算為例來說明。1、開啟Gview2、雙擊丿按鈕,選擇苯基(第一個),會看到主程序框體中出現(xiàn)苯環(huán)回孤鴻密影=V勢釦汕樸剖冷再丨、春回孤鴻密影=V勢釦汕樸剖冷再丨、春矚I閩爭羽屯□弭2爲GaussView5,0,8FileEditViewCalculateResultsWindowsHelp1gOefaultScheme)Bui1darSragnent:benzene6在工作窗口單擊,可以看到工作窗口也出現(xiàn)了一個苯環(huán)。單擊左鍵,可以將主程序框體中的分子或基團加入到工作窗口;按上下左右鍵,或者左鍵單擊不放移動鼠標,可以調(diào)節(jié)分子的角度滾動鼠標滾輪,可以放大縮小分子;按住shift鍵,左鍵單擊不放移動鼠標,可以移動分子;當工作窗口內(nèi)有多個分子時(在構(gòu)建大的分子時,這種情況很容易出現(xiàn))用Shift+Alt+鼠標左鍵組合,移動想要移動的分子;用Ctrl+Alt+鼠標左鍵組合調(diào)節(jié)其中一個分子的角度;雙擊土:1圖標(或者左鍵不放),在元素周期表中選擇【F】元素,回到工作窗口在苯的任意一個【H】上單擊,使之變成【F】雙擊"圖標,從鏈烴庫中選擇【乙基】(第一個),然后點擊間位上的【H】即可
01=1G1:M1:VL-Nes%r孤鴻留影18atom^66electrons,neutral,singlet01=1G1:M1:VL-Nes%r孤鴻留影18atom^66electrons,neutral,singletBuildSelectPlacement至此,分子式已經(jīng)構(gòu)建完成,Gview存儲個人常用分子的功能,雙擊view上的」圖標,在下面的對話框中鍵入相關項目,保存即可。(注:我的程序此項功能不行,用戶自定義基團)G-BLliS-VlCYV寶(US卜fuLlIia'Ffi^itnlF!l^EditVrewCa^cul^ileSewIts-WindowsHelp?rib|pi-ia&hz口弋攔九G-BLliS-VlCYV寶(US卜fuLlIia'Ffi^itnlF!l^EditVrewCa^cul^ileSewIts-WindowsHelp?rib|pi-ia&hz口弋攔九沖十昇血諂?乂1陽護I魅門刁趙宙扌^Gi;Ml;Vl-Hew查看分子坐標:單擊Gview界面的圖標,查看分子的坐標。L.華冋Q1.3^471的L3SOOOOOL.5HMK0lis.ssoeieP2Q.paL.華冋Q1.3^471的L3SOOOOOL.5HMK0lis.ssoeieP2Q.pa13434l2QuQtr?997Qieo.oa^?120.00^31^至此,我們保存一下我們構(gòu)建好的間氟苯乙烷分子,在繪圖界面右鍵單擊【File】――【Save】然后選擇保存路徑即可。GaussView教程【3】——向Gaussian提交計算
上一講我們已經(jīng)構(gòu)建好了一個間氟苯乙烷分子,現(xiàn)在打開間氟苯乙烷分子。點擊Gview界面上的【Calculate】 【GaussianCalculateSetup】從對話框中我們可以選擇許多參數(shù),下面依次選擇一下
【JobType】工作類型:【Energy能量】|【Optimization優(yōu)化】|【Frequency頻率】|【Opt+Freq優(yōu)化+頻率】|【Scan掃描】|【Stability穩(wěn)定性】|【NMR核磁】,這里我們選擇【NMR】核磁【Method】方法:每種計算模式都提供了若干種方法,這里選擇默認值即可【Title】題目:這項可以根據(jù)自己的項目自行命名【Link0】給檢查點文件命名其它選擇默認即可選好后點擊【Submit】提交至Gaussian,并保存。(最好存到安裝文件所在磁盤)
系統(tǒng)會詢問是否提交至Gaussian,選擇【OK】,Gaussian會自動開啟并計算,計算時間因硬件配置而異□E畫rrrHUDE畫一Gaussian09R.evisiors-A.02-£MP□□晝BatchData:ActiveJob:孤鴻留影PerformirgtheIriitialMOGues:s1.0991098A symmetry_□E畫rrrHUDE畫一Gaussian09R.evisiors-A.02-£MP□□晝BatchData:ActiveJob:孤鴻留影PerformirgtheIriitialMOGues:s1.0991098A symmetry_99cartesianbasis£iFileProcessUtilities-Vie-wHelp” _istut'nedon-1&2primitive^aussiansr33bet:aelecti?ans417.22340&49S&ISHUniq=ISSFac=7-50D-01NfttFHM=S0HfiOHFHconput^dus:insiPRISM.HBF= 99HBFU= 99Rotationalconstants:CGHZ>: 3.08048&1Gtandar-d.basis:3-21GC&D,7F>Ther-ear-e99symmetryadaptedbas:isFunctionsoFIntegr-albu.f£er-s:uillbe 2&2144ifDi'dsIon日-Ra.£fene11i1intejft'alFoiMTiat:.Two—eLeetr-onintejft'al&ymniet:t'yi99ba.si_sFuncti-Dns,33alphaelecti'Dnsnu.cLea.r-r-epuls:ionNfitoms= 18Nfictive=One-electr-onint&sirals:HBasis= 99RedA0=THBsUse= 991.0OD-0&計算完畢后系統(tǒng)會提示關閉Gaussian,點擊【是】匚Processing:|匚D:\GOgW\1.LOGOutputFile:[F「明豐|D:^G09W\M01.exeisprocessing...計算完畢后會生成兩個文件,.log的是系統(tǒng)日志,便于查看計算結(jié)果。這里我們選擇.chk文件【Ok】接下來我們又一次看到了剛才繪制的那個分子,表面上沒什么不同,但這次我們可以預言它的許多性質(zhì)了,在GView的主界面點擊【Results】 【Summary】可以看到剛才的計算總結(jié),點擊【ViewFile】可以看到日志文件。
趙G2:M1:V1-Gsu55ianCalculationSutnrriaryTitleC*rd QiiiredFileName1FileType.ctik匚alcul&tion.TypeSFCalcTilation.Method.KHFB&sisSet3-21(S□SpinSingletTotaJ.Hneirgy-405.37E859S2a.u.JUISGradi&n.tH血rm0.00000000乩u.Lma.ginaryFreqDipoleMoment2
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