超級(jí)計(jì)算中心介紹

上機(jī)指南作者：卡卡西超級(jí)計(jì)算中心介紹

歷史2002年底，學(xué)校決定建設(shè)第五公共服務(wù)平臺(tái)，即科學(xué)計(jì)算平臺(tái)（超級(jí)計(jì)算平臺(tái)）。2003年10月初步建成中國(guó)科大-中國(guó)惠普高性能運(yùn)算聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室，后經(jīng)幾年的不斷發(fā)展擴(kuò)建，逐步建設(shè)成為現(xiàn)在的中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)超級(jí)計(jì)算中心，簡(jiǎn)稱超算中心。

現(xiàn)狀超算中心是學(xué)校六大公共實(shí)驗(yàn)中心之一，掛靠校網(wǎng)絡(luò)信息中心，是中科院超級(jí)計(jì)算環(huán)境合肥分中心、國(guó)家超算天津中心中科大分中心、中國(guó)教育網(wǎng)格中科大節(jié)點(diǎn)、國(guó)家網(wǎng)格合肥分中心。

宗旨本著推動(dòng)科學(xué)研究、促進(jìn)人才培養(yǎng)的建設(shè)方針，中心面向校內(nèi)所有有高性能計(jì)算需求的科研院系、實(shí)驗(yàn)室、教師、學(xué)生提供高性能計(jì)算服務(wù)。為科研教學(xué)提供服務(wù)超算系統(tǒng)運(yùn)行維護(hù)用戶超算設(shè)備托管用戶培訓(xùn)技術(shù)支持用戶程序開發(fā)優(yōu)化2002年底，提出建設(shè)超算中心2003年10月：初步建成以惠普服務(wù)器為主的超算平臺(tái)，1萬(wàn)億次/秒，800萬(wàn)元2008年50年校慶，聯(lián)想捐贈(zèng)聯(lián)想深騰1800集群，4.7萬(wàn)億次/秒，200萬(wàn)元2008年，IBMJS22刀片集群，1.8萬(wàn)億次/秒，220萬(wàn)元2010年，聯(lián)想深騰7000GGPU集群，CPU:7.2萬(wàn)億次/秒，GPU:200萬(wàn)億次/秒，中國(guó)科學(xué)院超算環(huán)境GPU中心，500萬(wàn)元2011-2012年，刀片及胖節(jié)點(diǎn)集群，15.46萬(wàn)億次/秒，400萬(wàn)元2012年，國(guó)家超算天津中心中科大分中心，

計(jì)算云和大數(shù)據(jù)處理平臺(tái)（45節(jié)點(diǎn)）和存儲(chǔ)云（532T），180萬(wàn)元2013年，ChinaGrid高性能計(jì)算集群，14.64萬(wàn)億次/秒，160萬(wàn)元2013年，新超算機(jī)房啟用，地點(diǎn)在東區(qū)新圖書館一樓，1100萬(wàn)元2014年，曙光TC4600百萬(wàn)億次超算系統(tǒng)，105萬(wàn)億次/秒，623萬(wàn)元中科院超級(jí)計(jì)算環(huán)境合肥分中心超級(jí)計(jì)算中心里程碑科大超算三層資源架構(gòu)租用校外超級(jí)計(jì)算資源

（中國(guó)科學(xué)院超級(jí)計(jì)算中心上海超級(jí)計(jì)算中心國(guó)家超級(jí)計(jì)算中心）萬(wàn)核校超級(jí)計(jì)算中心自有平臺(tái)千核實(shí)驗(yàn)室、課題組自建平臺(tái)幾十到數(shù)百核可滿足的并行度需求現(xiàn)有計(jì)算平臺(tái)總計(jì)算能力

378萬(wàn)億次/秒

CPU：151萬(wàn)億次/秒

GPU：222萬(wàn)億次/秒

MIC：5萬(wàn)億次/秒曙光TC4600百萬(wàn)億次超算系統(tǒng)ChinaGrid高性能計(jì)算集群刀片及胖節(jié)點(diǎn)超算系統(tǒng)聯(lián)想深騰7000GGPU集群126臺(tái)

服務(wù)器120臺(tái)曙光TC4600V2刀片4臺(tái)IO節(jié)點(diǎn)2臺(tái)管理登陸節(jié)點(diǎn)115萬(wàn)億次/秒，2880CPU核心

7.5TB內(nèi)存每個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)：兩顆IntelXeonE5-2680v312核CPU，共24核64GBDDR4ECC內(nèi)存計(jì)算能力：0.96萬(wàn)億次/秒69TBLustre并行文件存儲(chǔ)系統(tǒng)4個(gè)IO節(jié)點(diǎn)8x8GbpsFC主機(jī)端口1GBps文件吞吐能力56GbpsFDRInfiniBand高速計(jì)算網(wǎng)絡(luò)108口+36口InfiniBand交換機(jī)全線速互聯(lián)曙光TC4600百萬(wàn)億次超算系統(tǒng)大規(guī)?？绻?jié)點(diǎn)MPI并行應(yīng)用，如VASP，SIESTA，F(xiàn)luent；付費(fèi)使用704CPU核心1440GB內(nèi)存2臺(tái)MIC服務(wù)器（7110P*2)2臺(tái)GPU服務(wù)器（K40C*2）56GbpsFDRInfiniBand14.64萬(wàn)億次/秒ChinaGrid高性能計(jì)算集群跨節(jié)點(diǎn)MPI并行應(yīng)用，如VASP，SIESTA，F(xiàn)luent；MIC、CUDA程序?qū)W習(xí)與測(cè)試1528CPU核心3864GB內(nèi)存13TB存儲(chǔ)12臺(tái)多CPU大共享內(nèi)存胖節(jié)點(diǎn)服務(wù)器15.46萬(wàn)億次/秒刀片和胖節(jié)點(diǎn)超算系統(tǒng)對(duì)計(jì)算網(wǎng)絡(luò)要求不高的應(yīng)用，如MATLAB、VASP和SIESTA等應(yīng)用

某些需要單節(jié)點(diǎn)大內(nèi)存多CPU核心的應(yīng)用，如Gaussian等800CPU核心1600GB內(nèi)存72塊GPU計(jì)算卡20GbpsInfiniBandCPU:7.2萬(wàn)億次/秒GPU:216萬(wàn)億次/秒聯(lián)想深騰7000GGPU集群適合需要跨節(jié)點(diǎn)MPI并行和GPU并行應(yīng)用，如VASP，SIESTA，F(xiàn)luent系統(tǒng)管理、作業(yè)調(diào)度及運(yùn)行監(jiān)控IBMPlatformLSF作業(yè)管理系統(tǒng)開源的Ganglia運(yùn)行監(jiān)控系統(tǒng)自行開發(fā)的

系統(tǒng)作業(yè)實(shí)時(shí)統(tǒng)計(jì)系統(tǒng)并行科技提供的

Paramon應(yīng)用運(yùn)行特征收集器專業(yè)軟件用戶成果顯著不完全統(tǒng)計(jì)，受到超算中心支持的論文有563篇。2012年支持的論文有了大幅增長(zhǎng)，2013年支持的論文首次超過100篇。超算中心主頁(yè)

成果展示

支持用戶發(fā)表的論文http:///cgzs/201511/t20151122_230888.html重要論文越來(lái)越多最近5年，超算中心支持的重要論文包括2篇Nature，1篇NatureNanotechnology，2篇NatureCommunication，6篇物理評(píng)論快報(bào)（PRL），9篇美國(guó)化學(xué)學(xué)會(huì)會(huì)刊（JACS）。超算應(yīng)用：重要成果超算支持的成果發(fā)表在Nature：

常溫下受限水的二維方形冰結(jié)構(gòu)研究取得重要進(jìn)展

(Nature,

519

(7544):

443-445,

2015)超算應(yīng)用：重要成果使用拉曼散射區(qū)別表面上相鄰的分子NatureNanotechnology，2015年楊金龍教授超算應(yīng)用：重要成果多層石墨烯的壓電效應(yīng)

（DOI:10.1038/ncomms9119）NatureCommunication，2015年9月喬振華教授超算應(yīng)用：重要成果通過有機(jī)金屬制備的含有氮原子泡沫的石墨具有顯著的鋰陽(yáng)極性能

（DOI:10.1038/ncomms6261）NatureCommunication，2014年陳乾旺教授等千核應(yīng)用：暗物質(zhì)研究膨脹宇宙背景下暗物質(zhì)在引力作用下的運(yùn)動(dòng)軟件：L-Gadget21024個(gè)CPU核心千核應(yīng)用：超然沖壓發(fā)動(dòng)機(jī)超燃沖壓發(fā)動(dòng)機(jī)燃燒室中的燃燒過程軟件：OpenFOAM960個(gè)CPU核心千核應(yīng)用：銅納米線研究1.28億個(gè)Cu原子的銅納米線中剪切滑移帶的產(chǎn)生軟件：Lammps1536個(gè)CPU核心千核應(yīng)用：DNA分子采用全原子經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)方法在NPT系綜下模擬了總數(shù)為25萬(wàn)個(gè)原子的DNA體系，對(duì)DNA在短鏈尺度上的結(jié)構(gòu)和力學(xué)性質(zhì)進(jìn)行了研究。軟件：Gromacs1440個(gè)CPU核心超算應(yīng)用：物理使用量子算法分解整數(shù)

(Phys.Rrev.Lett.,108(2012)130501)彎折導(dǎo)致石墨膜的層間剪切形變效果(Appl.Phys.Lett.,100(2012)101909)超算應(yīng)用：化學(xué)水無(wú)阻礙穿過石墨基薄膜(Science,27(2012)335442)BN負(fù)載Au上的CO催化氧化(武曉君組提供)超算應(yīng)用：核科學(xué)缺陷密度的演化輻照下W中缺陷的產(chǎn)生及其演化（潘必才組提供）超算應(yīng)用：材料科學(xué)石墨生長(zhǎng)的模擬(楊金龍組提供)面心立方晶體（黃金）中電子散射

的量子軌跡（丁澤軍組提供）超算應(yīng)用：生物科學(xué)DNA的HollidayJunction的拉伸和扭轉(zhuǎn)模擬雙穩(wěn)基因開關(guān)中的第三個(gè)穩(wěn)定態(tài)(Phys.Rev.Lett.,109(2012)248107)超算應(yīng)用：新能源拋物線形太陽(yáng)能集中器和球形接收器的優(yōu)化

(RenewableEnergy53(2013)18)低壓下叔丁醇的熱分解的研究

(Energy,43(2012),94)超算應(yīng)用：汽車工程與江淮汽車合作研究汽車安全問題江淮和悅獲“中國(guó)C-NCAP五星安全認(rèn)證”主任：

李京(lj@)副主任：

李會(huì)民(hmli@)系統(tǒng)和用戶管理、技術(shù)支持：

張運(yùn)動(dòng)(zhangzyd@)技術(shù)支持、應(yīng)用開發(fā)：

沈瑜(shenyu@)辦公電話子郵箱：sccadmin@中心主頁(yè)：辦公地址：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)東區(qū)新圖書館一樓通訊地址：安徽省合肥市金寨路96號(hào)郵政編碼：230026請(qǐng)支持超算中心的發(fā)展用戶：年底及時(shí)反饋成果統(tǒng)計(jì)在論文致謝中提及超算中心學(xué)校超算中心對(duì)科研起重要作用，應(yīng)支持超算中心發(fā)展超算中心擴(kuò)大計(jì)算能力，減少排隊(duì)時(shí)間增加工作人員，提供更多方面的服務(wù)超級(jí)計(jì)算中心上機(jī)指南從瀏覽網(wǎng)頁(yè)開始:賬戶申請(qǐng)登錄軟件使用Linux基本命令文本編輯器程序編譯任務(wù)提交常用科研軟件任務(wù)狀態(tài)查詢VPN服務(wù)普通賬戶申請(qǐng)閱讀申請(qǐng)注意事項(xiàng)，根據(jù)需要選擇合適的服務(wù)器下載申請(qǐng)表填寫用email將申請(qǐng)表發(fā)給sccadmin@注意；學(xué)生申請(qǐng)前要得到導(dǎo)師同意，給sccadmin發(fā)email要抄送給導(dǎo)師。首次登錄后根據(jù)提示修改密碼，注意使用復(fù)雜程度足夠高的密碼。不要把密碼告訴任何人，包括管理員。請(qǐng)及時(shí)反饋科研成果，發(fā)表論文請(qǐng)加入致謝。軟件設(shè)置與登錄XShell+XFTP界面更友好多tab窗口適合同時(shí)登錄多個(gè)服務(wù)器PuTTY+WinSCPPuTTY界面更簡(jiǎn)潔WinSCP可根據(jù)文件類型調(diào)用不同的編輯器XShell設(shè)置：服務(wù)器名稱：自己設(shè)置協(xié)議：SSH主機(jī)：服務(wù)器IP地址端口號(hào)：22Xshell設(shè)置：字符編碼服務(wù)器默認(rèn)使用UTF-8編碼以支持中文Xshell使用：常用工具XFTP使用文件傳輸注意傳輸模式：二進(jìn)制文本文本文件的換行：Windows換行：\n\rLinux換行：\n不正確的換行會(huì)導(dǎo)致文件顯示不正確（Linux到Windows）或者腳本無(wú)法被執(zhí)行（Windows到Linux）。PuTTY設(shè)置：

服務(wù)器啟動(dòng)后進(jìn)入設(shè)置界面PuTTY設(shè)置：編碼PuTTY設(shè)置：字體SourceCodePro等寬字體，方便縮進(jìn)對(duì)齊能夠明顯區(qū)分容易混淆的數(shù)字字母：0,O;I,l,1插曲：常用字體ConsolasMonacoInconsolataPuTTY設(shè)置：顏色PuTTY設(shè)置：保存PuTTY使用：?jiǎn)?dòng)首次啟動(dòng)會(huì)有提示：對(duì)服務(wù)器驗(yàn)明正身輸入用戶名密碼（密碼不回顯）出現(xiàn)登錄提示：系統(tǒng)介紹，提交作業(yè)范例，注意事項(xiàng)，近日提示等等檢查1.磁盤空間是否正常最近2.登錄IP是否正常再次查看登錄提示：

cat/etc/motdPuTTY使用：菜單PuTTY會(huì)把所有鍵盤指令傳給服務(wù)器，因此不支持windows標(biāo)準(zhǔn)的鍵盤快捷鍵（比如F10、ALT+Space等等）點(diǎn)擊窗口左上角圖標(biāo)或者右鍵點(diǎn)擊標(biāo)題欄可調(diào)出菜單界面更友好的PuTTY：PieTTY賬戶安全問題定期修改密碼：passwd命令不要使用弱密碼黑客破解使用弱密碼的普通用戶

利用系統(tǒng)漏洞獲得管理員權(quán)限弱密碼：短密碼，生日，常見單詞，包含用戶名的密碼，純數(shù)字、字母，鍵盤鍵位順序……例子：123456、910901、hello、lilei1990（假設(shè)用戶名是lilei）、asdfg、1qaz2wsx危險(xiǎn)客戶端非官網(wǎng)下載的putty客戶端被修改，導(dǎo)致用戶賬戶密碼泄露怎么創(chuàng)建一個(gè)好密碼一句話首字母（符號(hào)）組合；某些字母換成數(shù)字符號(hào)（火星文）例子：3th,zgyzjwnss三天后，整個(gè)宇宙將為你閃爍用密碼管理軟件自動(dòng)生成記住無(wú)規(guī)律的復(fù)雜密碼例：KeePass可以根據(jù)需要自動(dòng)生成不同強(qiáng)度的密碼：NCexUaUDSjJUBT9G1CTSXNclWJvRczso##Q{5hVzuSN(xEU7O%fTWinSCP設(shè)置：服務(wù)器文件協(xié)議：SFTP主機(jī)名：服務(wù)器IP地址端口號(hào)：22用戶名：ssh用戶名密碼：用戶密碼右鍵點(diǎn)擊站點(diǎn)名稱可進(jìn)行重命名等各種操作WinSCP設(shè)置：界面WinSCP界面：CommanderWinSCP界面：Explorer類似Windows的文件管理器可以鼠標(biāo)拖動(dòng)方式管理文件、傳輸文件，鼠標(biāo)雙擊打開編輯文件WinSCP設(shè)置：編輯器Windows下編輯，保存后自動(dòng)上傳服務(wù)器針對(duì)不同的文件類型設(shè)置不同的編輯器例子：Fortran文件用Programmersnotepad；Shell、awk腳本用SciTE；Matlab腳本用Gvim;Markdown標(biāo)記語(yǔ)言用markdownpad2……;雙擊自動(dòng)下載打開編輯，保存后自動(dòng)上傳更新。插曲：編輯器區(qū)別不顯示字符（空格與tab，LF與CR+LF）語(yǔ)法高亮自動(dòng)補(bǔ)全代碼折疊對(duì)不等寬字體的支持…文件傳輸二進(jìn)制模式和文本模式：換行問題Linux基本命令登錄服務(wù)器后進(jìn)入linux字符界面，當(dāng)前目錄為用戶的主目錄（~），除IBMJS22外，其他服務(wù)器的默認(rèn)Shell是Bash。常用Bash命令：ls:列出當(dāng)前目錄下文件(參數(shù)：-h,-l,-a,…)cd：改變目錄pwd：查看當(dāng)前工作目錄cat:查看文件內(nèi)容more/less：分頁(yè)顯示常用linux程序：編輯器：nano，vim壓縮打包程序：tar,gzip,bzipTab補(bǔ)全：輸入命令或者參數(shù)前幾個(gè)字符后按tab，如果只有一種可能則自動(dòng)補(bǔ)全，否則再按一次tab會(huì)列出所有可能選擇。--help:一般命令加上—help可輸出提示信息。獲得幫助查看命令手冊(cè)：man獲得更詳細(xì)的幫助:info環(huán)境變量環(huán)境變量：運(yùn)行環(huán)境中存在的通用變量查看環(huán)境變量：env設(shè)置環(huán)境變量：export重要環(huán)境變量：PATH:運(yùn)行程序路徑LD_LIBRARY_PATH：動(dòng)態(tài)鏈接庫(kù)路徑OMP_NUM_THREADS：OpenMP默認(rèn)線程數(shù)MKL_NUM_THREADS：IntelMKL默認(rèn)線程數(shù)EDITOR：默認(rèn)編輯器編輯文件:Nano單模式編輯器大部分指令都是ctrl/alt/快捷鍵Ctrl+G：獲取幫助(Gethelp)編輯文件：VIM多模式編輯器普通模式：?jiǎn)?dòng)后默認(rèn)進(jìn)入普通模式。該模式下可執(zhí)行一般的編輯命令，比如復(fù)制、剪切、粘貼移動(dòng)光標(biāo)等。編輯命令為普通按鍵，一般無(wú)需ctrl或者alt；任何模式下按Esc鍵都會(huì)返回普通模式。插入模式：在普通模式下按i（在光標(biāo)當(dāng)前位置插入文本）或者a（在光標(biāo)后面一個(gè)字符的位置插入）等命令可進(jìn)入插入模式。該模式下可輸入文件內(nèi)容?？梢暷Ｊ剑涸谄胀Ｊ较掳磛進(jìn)入可視模式（按ctrl+v進(jìn)入列選擇模式）。在可視模式下移動(dòng)光標(biāo)會(huì)選擇一段文本，這時(shí)執(zhí)行其他命令將作用到選中的文本上。命令模式：在普通模式下按:進(jìn)入?？蛇M(jìn)行打開/保存文件（:o:e），退出vim(:q:q!)，搜索/替換(/?s)等操作編輯文件:VIMvimtutor:最好的入門教程.在命令行下輸入:vimtutor編輯文件：VIM簡(jiǎn)單指令：i/a/o/O（在當(dāng)前位置/下個(gè)字符/下一行/上一行插入文字）h/j/k/l（向左/上/下/右移動(dòng)光標(biāo)），gg/G/0/$（移動(dòng)光標(biāo)到文件開始/文件結(jié)束/當(dāng)前行開始/當(dāng)前行結(jié)束）w/W/b/B(按單詞/詞組移動(dòng))x（剪切/刪除一個(gè)字符），p/P（下個(gè)字符位置/當(dāng)前位置上粘貼），復(fù)雜指令：動(dòng)詞+賓語(yǔ)，數(shù)字修飾，其他修飾動(dòng)詞：y（復(fù)制），d（刪除），c（更改：刪除已有內(nèi)容并進(jìn)入插入模式），……賓語(yǔ)：gg（文件頭），G（文件尾），0（行首），$（行尾），w（單詞），b/[/{（小/中/大括號(hào)），’/”（單/雙引號(hào)），……數(shù)字修飾：命令前加數(shù)字表示重復(fù)該命令幾次其他修飾：i（括號(hào)/引號(hào)內(nèi)部），a（包括括號(hào)/引號(hào)所有內(nèi)容）快捷操作：yy（復(fù)制當(dāng)前行），dd（刪除當(dāng)前行）……例子：從當(dāng)前光標(biāo)復(fù)制到行尾：y$刪除2個(gè)單詞：2dw改變單引號(hào)內(nèi)容：光標(biāo)移動(dòng)到括號(hào)部分后順序按下

ci‘刪除包括小括號(hào)的所有內(nèi)容：光標(biāo)移動(dòng)到括號(hào)部分后順序按下

dab編輯文件：VIM文件操作：:e+文件名

–

打開文件:e+目錄名–打開目錄文件列表

:e!–將文件恢復(fù)到上一次保存時(shí)狀態(tài):w–保存文件:w+文件名–將編輯內(nèi)容保存到文件:q–退出vim:q!–放棄未保存的修改強(qiáng)制退出vim簡(jiǎn)單搜索命令：/（向后搜索）?（向前搜索）*（搜索光標(biāo)處單詞）替換命令：當(dāng)前行替換：:s/xxx/yyy全文替換：s前加%，

:%s/xxx/yyy替換一行中的多個(gè)匹配項(xiàng)：最后加/g，:s/xxx/yyy/g自動(dòng)補(bǔ)全：插入模式下按ctrl+p編譯程序：IntelFORTRAN單文件編譯：ifort

-o可執(zhí)行文件名

源程序文件名一般應(yīng)加入-O2優(yōu)化參數(shù)多文件編譯：直接編譯：ifort

-o可執(zhí)行文件名所有源程序文件列表寫makefile然后使用make命令編譯OpenMP程序：加入-openmp參數(shù)：ifort–openmp–o可執(zhí)行文件名

源程序文件名運(yùn)行前要設(shè)置并行線程數(shù)：exportOMP_NUM_THREADS=16編譯MPI并行程序：用mpiifort代替ifort編譯提交作業(yè)運(yùn)行時(shí)要加入mpijob參數(shù)我要提交任務(wù)排隊(duì)不插隊(duì)——用bsub而不是直接運(yùn)行日志文件很重要-o%J.log-e%J.err具體隊(duì)列設(shè)置請(qǐng)看登錄提示或者登錄服務(wù)器后使用cat/etc/motd命令注意：合理使用隊(duì)列不通過隊(duì)列直接運(yùn)行的程序會(huì)被隨時(shí)中止實(shí)際使用CPU超出申請(qǐng)CPU的任務(wù)也會(huì)被隨時(shí)中止使用VASP提示：VASP通信開銷大，盡量避免跨節(jié)點(diǎn)運(yùn)行，如果必須跨節(jié)點(diǎn)運(yùn)行要使用帶infiniband的服務(wù)器：ustcgpu和ChinaGrid服務(wù)器上有編譯好的vasp，在~/.bashrc里面加入：PATH=$PATH:/opt/vasp5.2/vasp;exportPATH（sugon和chinagrid集群）PATH=$PATH:/opt/vasp5.2/vasp5.2/vasp;exportPATH（ustcgpu集群）來(lái)設(shè)置PATH環(huán)境變量；或者將相應(yīng)目錄里面的vasp復(fù)制到個(gè)人的~/bin目錄即可使用。

運(yùn)行VASP，需要使用mpijob隊(duì)列

bsub-qlong-n96-o%J.log-e%J.errmpijobvasp參考資料：

/zlsc/jsrj/201011/t20101108_75098.html使用Gaussian跨節(jié)點(diǎn)并行效果差可能消耗內(nèi)存較大：如果有必要請(qǐng)申請(qǐng)sugon集群上的大內(nèi)存隊(duì)列fat48和fat64使用Gaussian的用戶需要在申請(qǐng)表中說(shuō)明Gaussian用戶環(huán)境變量設(shè)置將下面設(shè)置加入用戶的.bashrc中

g09root=/opt/g09-D01GAUSS_SCRDIR=/tmpexportg09rootGAUSS_SCRDIR.$g09root/g09/bsd/file運(yùn)行Gaussianbsub–qnormal–n12–o%J.log–e%J.errg09jobname注意輸入文件擴(kuò)展名是gjf或com參考資料：http:///zlsc/jsrj/201011/t20101108_75104.html使用Gaussian：更多設(shè)置內(nèi)存設(shè)置默認(rèn)使用256MB（32MW）動(dòng)態(tài)內(nèi)存使用%Mem設(shè)置內(nèi)存，單位可以是雙精度字(8字節(jié))，KB,MB,GB,TB,KW,MW,GW,TW%Mem=40000000(使用320MB)%Mem=1GB一般來(lái)說(shuō)，使用N個(gè)基函數(shù)的話需要最少3N2雙精度字使用CPU設(shè)置%procshared參數(shù)請(qǐng)注意設(shè)置的CPU核心數(shù)和申請(qǐng)的CPU核心數(shù)一致臨時(shí)文件設(shè)置臨時(shí)文件包括：檢查點(diǎn)文件（.chk）,讀寫文件（.rwf），雙電子積分文件（.int），雙電子積分的導(dǎo)數(shù)文件（.d2e）。其中，一般情況下讀寫文件是最大的。臨時(shí)文件可以指定名稱和位置：%RWF=路徑%Int=路徑%D2E=路徑臨時(shí)文件還可以分割為多個(gè)文件，例如：%RWF=位置1，大小1，位置2，大小2，……注意：目錄必須在末尾包含斜線(/)使用MATLAB設(shè)置環(huán)境變量：

在.bashrc里面加入：

PATH=$PATH:/opt/MATLAB/R2015a/bin;exportPATH

R2015a為版本號(hào)，每個(gè)系統(tǒng)可能不一樣，請(qǐng)自行查看沒有圖形界面，只能啟動(dòng)字符界面使用matlab-r腳本文件名（不包括.m擴(kuò)展名）來(lái)非交互模式運(yùn)行程序提交任務(wù)示例：

串行任務(wù)：

bsub-qserial-o%J.log-e%J.errmatlab-rserial_job>result

并行任務(wù)：

bsub-qnormal-n12-o%J.log-e%J.errmatlab-rparallel_job>result我的任務(wù)怎么樣了常用LSF命令我自己有什么任務(wù)：bjobs我要看所有人的任務(wù)：bjobs-uall哪些人在排隊(duì)：bjobs-p-uall終于開始運(yùn)行了，看看怎么樣了：bpeek查看已經(jīng)完成的任務(wù)bacct-l任務(wù)號(hào)我的任務(wù)正常么？查看到系統(tǒng)上查看實(shí)時(shí)運(yùn)行情況：top更方便的查看：網(wǎng)頁(yè)監(jiān)控，Ganglia監(jiān)控查看系統(tǒng)實(shí)時(shí)負(fù)載：top使用ssh登錄系統(tǒng)找到自己作業(yè)所在的計(jì)算節(jié)點(diǎn):bjobsssh到該節(jié)點(diǎn)后運(yùn)行top命令在top運(yùn)行界面按1可查看每個(gè)cpu核心負(fù)載注意檢查負(fù)載是否正常，比如sy占用率很高則表明系統(tǒng)沒有完全用來(lái)計(jì)算（比如在sugon系統(tǒng)上跨節(jié)點(diǎn)計(jì)算vasp造成通信占用時(shí)間過長(zhǎng)。）網(wǎng)頁(yè)監(jiān)控超算主頁(yè)

運(yùn)行監(jiān)控點(diǎn)擊圖片可查看系統(tǒng)運(yùn)行統(tǒng)計(jì)信息Ganglia監(jiān)控超算主頁(yè)

運(yùn)行監(jiān)控Ganglia系統(tǒng)監(jiān)控可查看各個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)CPU、內(nèi)存、硬盤、網(wǎng)絡(luò)等具體信息ChinaGrid集群還可以查看Infiniband利用情況校外使用服務(wù)器僅限校內(nèi)直接登錄，校外使用需要通過VPN服務(wù)教師請(qǐng)使用網(wǎng)絡(luò)中心提供的VPN服務(wù)學(xué)生可申請(qǐng)超算中心VPN：http:///vpnVPN無(wú)法連接時(shí)請(qǐng)?zhí)峁┚唧w登錄信息有問題了