ICS65.020.30

CCSB30

6523

昌吉回族自治州地方標準

DB6523/T408—2024

羊基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程

Technicalcodeofpracticeforsheepgenomicselectionbreeding

2024-12-10發(fā)布2024-12-30實施

昌吉回族自治州市場監(jiān)督管理局發(fā)布

DB6523/T408—2024

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導(dǎo)則第1部分：標準化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)

定起草。

本文件由新疆康普森生物技術(shù)有限公司提出。

本文件由昌吉回族自治州農(nóng)業(yè)農(nóng)村局歸口并組織實施。

本文件起草單位：新疆康普森生物技術(shù)有限公司、昌吉國家農(nóng)業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)示范區(qū)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展

局。

本文件主要起草人：孫曉梅、李小波、劉繼強、莫緒成、文虎、丁宗林、魏蓮清、汪建國、郭若婷、

哈斯亞提·托遜江、贠鵬、張佳偉、買進財、汪麗玲、毛志福、馬亞楠。

本文件實施應(yīng)用中的疑問，請咨詢昌吉回族自治州農(nóng)畜產(chǎn)品檢驗檢測中心。

對本文件的修改意見和建議，請反饋至昌吉回族自治州農(nóng)畜產(chǎn)品檢驗檢測中心、昌吉回族自治州農(nóng)

業(yè)農(nóng)村局、昌吉回族自治州市場監(jiān)督管理局。

新疆康普森生物技術(shù)有限公司（新疆昌吉回族自治州昌吉市綠洲路街道昌五路95號），聯(lián)系電

話傳真:19909946079，郵政編碼:831100。

昌吉國家農(nóng)業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)示范區(qū)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展局（新疆昌吉市烏伊路東路333號），聯(lián)系電

話傳真郵政編碼:831100。

昌吉回族自治州農(nóng)業(yè)農(nóng)村局（昌吉市北京路45號），聯(lián)系電話傳真

郵政編碼:831100。

昌吉回族自治州市場監(jiān)督管理局（昌吉市西外環(huán)與健康西路交匯處），聯(lián)系電話

傳真郵政編碼:831199。

I

DB6523/T408—2024

羊基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程

1范圍

本文件規(guī)定了羊基因組的參考群建立、生產(chǎn)性能測定、系譜信息登記、基因型測定、數(shù)據(jù)的整理及

糾偏、育種值預(yù)測、候選群遺傳評估及選留的要求。

本文件適用于規(guī)?；N羊場的基因組選擇育種。

2規(guī)范性引用文件

下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，

僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本

文件。

GB/T34796-2017水溶液中核酸的濃度和純度檢測紫外分光光度法

GB/T4883-2008數(shù)據(jù)的統(tǒng)計處理和解釋正態(tài)樣本離群值的判斷和處理

NY/T1673-2008畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測技術(shù)規(guī)程

NY/T1872-2010種羊遺傳評估技術(shù)規(guī)范

NY/T1236-2023種羊生產(chǎn)性能測定技術(shù)規(guī)范

3術(shù)語和定義

下列術(shù)語和定義適用于本文件。

3.1

參考群referencepopulation

同時具有基因組信息與表型測定信息的個體所組成的群體。

3.2

候選群candidatepopulation

只有基因型，需利用參考群建立的模型才能預(yù)測其個體育種值的個體，即初步確定為留種對象的個

體所組成的群體。

3.3

育種值breedingvalue

個體育種值的簡稱，又稱為種用價值。個體可遺傳給下一代的控制一個數(shù)量性狀的所有基因座上基

因加性效應(yīng)的總和。

3.4

脫氧核糖核酸deoxyribonucleicacid

分子結(jié)構(gòu)復(fù)雜的有機化合物，作為染色體的一個成分而存在于細胞核內(nèi)，儲藏大量遺傳信息，以引

導(dǎo)生物發(fā)育與生命機能運作，縮寫為DNA。

3.5

單核苷酸多態(tài)性singlenucleotidepolymorphism

由單個核苷酸的改變而引起的DNA序列的改變，造成包括人類在內(nèi)的物種之間染色體基因組的多樣

性，縮寫為SNP。

1

DB6523/T408—2024

3.6

基于基因組信息的最佳線性無偏預(yù)測genomicbestlinearunbiasedprediction

基于遺傳關(guān)系矩陣來預(yù)測基因組育種值，采用高通量標記構(gòu)建個體間的遺傳關(guān)系矩陣，然后用線性

混合模型來預(yù)測育種值，縮寫為GBLUP。

3.7

基因組育種值genomicestimatedbreedingvalue

基于全基因組的分子標記信息，利用統(tǒng)計學(xué)模型估計個體的遺傳價值，縮寫為GEBV。

4操作步驟要求

4.1羊基因組選擇參考群建立

選擇表型信息準確、系譜信息完整、群體結(jié)構(gòu)合理的600只以上同品種羊構(gòu)建參考群，參考群體規(guī)

模越大，基因組選擇準確性越高。若單個羊場無法滿足參考群建立的規(guī)模要求，可聯(lián)合多個羊場或育種

單位來構(gòu)建參考群。

4.2生產(chǎn)性能測定

羊的生產(chǎn)性能測定應(yīng)按照NY/T1236-2023規(guī)定執(zhí)行。不同育種目標下常用測定內(nèi)容應(yīng)符合表1的

要求，測定項目包括但不僅限于表1中的內(nèi)容。。

表1不同育種目標的主要測定內(nèi)容

育種目標測定內(nèi)容

生長體重、體長、體高、胸圍、胸深、胸寬、管圍、十字部高、睪丸圍等

繁殖出生重、配種受胎率、情期受胎率、產(chǎn)羔率、胎產(chǎn)羔數(shù)、繁殖率、存活率等

屠宰與胴體屠宰率、凈肉率、胴體凈肉率等

肉質(zhì)肉色、大理石紋、肌肉pH、吸水力、肌內(nèi)脂肪含量、肌肉嫩度等

毛用毛長、細度、剪毛量、凈毛率等

4.3系譜信息登記

羊的系譜信息登記應(yīng)按照NY/T1872-2010要求執(zhí)行。

4.4基因型測定

4.4.1樣品采集

4.4.1.1樣品可以是組織樣、血液樣,也可以是可提取DNA的生物學(xué)樣品。

4.4.1.2樣品采集應(yīng)避免個體間DNA交叉污染，每個個體的采樣工具應(yīng)更換或清洗、消毒。

4.4.1.3采樣時，應(yīng)填寫采樣日期、采樣地點、被采個體信息（耳號、年齡、性別）、樣品編號、采

樣人等信息，并妥善保存相關(guān)記錄。

4.4.1.4樣品采集后應(yīng)冷凍保存，存儲溫度不應(yīng)高于-20℃，應(yīng)采用干冰運輸。

4.4.2基因組DNA的提取與檢測

4.4.2.1樣品基因組DNA提取方法應(yīng)按照NY/T1673-2008的規(guī)定執(zhí)行。

4.4.2.2基因組DNA的純度的檢測方法和要求應(yīng)按照GB/T34796-2017的規(guī)定執(zhí)行。

2

DB6523/T408—2024

4.4.2.3基因組DNA濃度應(yīng)在2000ng/μL～5000ng/μL，總含量要求大于100μg，數(shù)量要求10μL～20

μL。

4.4.3基因分型

采用全基因組SNP芯片或全基因組重測序方式進行基因分型。全基因組SNP芯片可檢測的SNP位點

數(shù)應(yīng)在五萬個以上。全基因組重測序深度應(yīng)為10×以上，數(shù)據(jù)量應(yīng)達到27GB/樣。

4.5數(shù)據(jù)的整理及糾偏

4.5.1系譜信息糾偏

應(yīng)檢查系譜信息，發(fā)現(xiàn)下列問題應(yīng)對系譜進行糾偏，剔除異常樣本：

a)重復(fù)個體編號；

b)父母本交叉?zhèn)€體；

c)個體互為祖先和后代；

d)遺傳力和遺傳相關(guān)是否正常。

4.5.2生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)整理

羊生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)應(yīng)符合正態(tài)分布，數(shù)據(jù)量較少時，宜采用箱線圖的圖形化方法進行檢測，數(shù)據(jù)量較

多時，宜采用3σ準則進行檢測，即數(shù)值分布在(μ-3σ,μ+3σ)中，若出現(xiàn)數(shù)據(jù)集中顯著偏離其他值的單個

或多個數(shù)據(jù)，通過刪除這些離群值，來整理生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)。正態(tài)樣本離群值的判斷參照GB/T4883-2008

要求執(zhí)行。

4.6基因組育種值預(yù)測

4.6.1基因組育種值預(yù)測

基因組育種值預(yù)測宜選擇GBLUP模型，通過HIBLUP等育種值預(yù)測軟件估計模型的遺傳方差、殘差

方差等參數(shù)。將整理后的系譜信息、生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)及基因分型數(shù)據(jù)帶入預(yù)測模型，計算個體基因組育種

值(GEBV)。

4.6.2模型評估與驗證

對4.6.1使用的預(yù)測模型進行交叉驗證，即分數(shù)據(jù)為訓(xùn)練集與驗證集，用前者構(gòu)建模型預(yù)測后者育

種值并與實際表型值比較，計算預(yù)測相關(guān)系數(shù)。當預(yù)測相關(guān)系數(shù)大于0.6，則說明模型性能較好，能夠

進行育種值預(yù)測；當預(yù)測相關(guān)系數(shù)不大于0.6時，則需要對模型進行調(diào)整，如重新選擇模型、優(yōu)化模型

參數(shù)或增