解讀與報(bào)告專家共識(shí)》總結(jié)了臨床基因組測(cè)序(clinicalGS,cGS)1基因組測(cè)序本共識(shí)討論的基因組測(cè)序基于短讀長(zhǎng)的高通量測(cè)序技術(shù)(也被稱為二代測(cè)序，nextgenerationsequencing,NGS),不包括長(zhǎng)讀長(zhǎng)或2檢測(cè)流程門診中識(shí)別患者并皮+皮+的解讀與咨詢初步數(shù)據(jù)質(zhì)量控制(QCI)數(shù)據(jù)質(zhì)量控制(QC2)報(bào)告解讀咨詢：臨床效用臨床醫(yī)師遺傳咨詢師基因檢測(cè)中心/分子醫(yī)學(xué)中心Fig.1ThebriefworkflowofclinicalGStesting1.檢測(cè)前遺傳咨詢：包括如何識(shí)別適合的患者(不是所有的遺傳變異都適合使用cGS)、采集表型信息、進(jìn)行知情同意和完善檢測(cè)申請(qǐng)信息；3.干實(shí)驗(yàn)階段：指通過生物信息學(xué)(下文簡(jiǎn)稱為生信)算法識(shí)別或樣本污染)的過程，這兩個(gè)階段是評(píng)估cGS分析驗(yàn)證測(cè)試性能的關(guān)共識(shí)意見推薦由基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)統(tǒng)一的cGS檢測(cè)申請(qǐng)單模板，以確保實(shí)驗(yàn)室能全面準(zhǔn)確地獲取關(guān)鍵信息。推薦在臨床與實(shí)驗(yàn)室間建立完善的溝通機(jī)制，以確保對(duì)先證者及家系成員的表型進(jìn)行詳細(xì)、全面、動(dòng)態(tài)和持續(xù)的采集，包括先證者的臨床特征和家族史等關(guān)鍵信息。cGS檢測(cè)的知情同意應(yīng)遵循尊重自主、有利、不傷害和公平的基意見解讀cGS數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制主要包含兩個(gè)層面：溯源質(zhì)控和數(shù)據(jù)質(zhì)控。溯源質(zhì)控包括性別溯源、樣本溯源和數(shù)據(jù)污染分析等。數(shù)據(jù)質(zhì)控包括原始數(shù)據(jù)量、數(shù)據(jù)質(zhì)量值、N堿基比例、GC含量分布、插入片段長(zhǎng)度分布、比對(duì)率、重復(fù)比例、平均測(cè)序深度、全基因組20×以上覆蓋區(qū)域和轉(zhuǎn)換顛換率等多種指標(biāo)。若出現(xiàn)“溯源質(zhì)控”異常，需與臨床醫(yī)師確認(rèn)后再?zèng)Q定數(shù)據(jù)是否應(yīng)重新進(jìn)行檢測(cè)?？紤]到質(zhì)控，本共識(shí)不涉及產(chǎn)前或口腔黏膜細(xì)胞等樣本形式。對(duì)于流產(chǎn)組織等可能影響測(cè)序質(zhì)量的樣本類型，需要由檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室根據(jù)質(zhì)控結(jié)果決定是否繼續(xù)實(shí)驗(yàn)和分析。樣本溯源使用分子標(biāo)簽技術(shù)，家系親緣分析等保障樣本溯源的準(zhǔn)確性通過/失敗使用性染色體覆蓋度或SRY基因計(jì)算并推測(cè)測(cè)序樣本性別通過/失敗12通過/失敗原始數(shù)據(jù)量(Gb)測(cè)序下機(jī)原始數(shù)據(jù)量≥100Gb數(shù)據(jù)質(zhì)量值Q30%)測(cè)序下機(jī)原始數(shù)據(jù)中測(cè)序質(zhì)量評(píng)分大于30的百分比N堿基比例(%)測(cè)序序列中無法準(zhǔn)確比對(duì)及分析的百分比≤5%接頭序列比例(%)測(cè)序序列兩端接頭二聚體比例≤1%GC分布(%)插入片段長(zhǎng)度中位數(shù)(bp)比對(duì)率(%)重復(fù)比例(%)測(cè)序數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的占比≤1平均測(cè)序深度(x)有效數(shù)據(jù)回貼后全基因組的平均覆蓋深度≥3全基因組20×以上覆蓋區(qū)域(%)全基因組范圍內(nèi)20×深度以上的區(qū)域占比可評(píng)估數(shù)據(jù)穩(wěn)定性兩性畸形可能；:數(shù)據(jù)污染質(zhì)控異常的樣本，應(yīng)與臨床醫(yī)師確認(rèn)樣本混雜的客觀情況，如流產(chǎn)組織或送檢樣本為嵌合體意見解讀數(shù)據(jù)注釋旨在提供在變異檢測(cè)階段無法獲得的關(guān)鍵信息，以輔助三級(jí)分析中對(duì)變異的致病性評(píng)級(jí)和篩選。建議按功能模塊組織注釋流程，包括區(qū)分公共與本地知識(shí)庫、注釋工具集及參數(shù)、流程細(xì)節(jié)和測(cè)變異注釋應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注基因組版本、數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化、坐標(biāo)描述系統(tǒng)和變異對(duì)基因調(diào)控的影響。注釋大類數(shù)據(jù)注釋基于位點(diǎn)的致病性分析注釋，參考美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)據(jù)集時(shí)(例如來自外顯子捕獲測(cè)序或GS),應(yīng)靈活計(jì)算合理的學(xué)會(huì)(TheAmerican接的影響、對(duì)基因調(diào)控的影響等。應(yīng)注意轉(zhuǎn)錄本的選擇(推薦采用MANESelect,致病性評(píng)級(jí)提供所需測(cè)評(píng)分或分級(jí)等此部分應(yīng)額外關(guān)注信息更新，尤其是在現(xiàn)有的致病性結(jié)論相互沖突時(shí)其他自定義注釋包括標(biāo)記出自行整理和維護(hù)的需要特殊關(guān)注的位點(diǎn)黑/白名單"等基于基因功能與關(guān)聯(lián)列或串聯(lián)重復(fù)序列的特殊基因(如CYP21A2、SMNT、PHOX2B)等變異注釋過程中的注變異位點(diǎn)的注釋高度依意事項(xiàng)參考基因組版本的參考基因組版本，尤在對(duì)CNV或SV等區(qū)段型變異進(jìn)行注釋時(shí)，應(yīng)注意覆蓋比例的閾值，避免將僅局部順式單核苷酸變異時(shí)注釋已知調(diào)控元件、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)信息(如Hi-C)、組蛋白:一般將需要重點(diǎn)保留的已知致病變異列為白名單，需要直接過濾掉、無需考慮的變異列為黑名共識(shí)意見推薦GS解讀分析包括過濾和優(yōu)先級(jí)排序兩部分，建議綜合基因型驅(qū)動(dòng)與表型驅(qū)動(dòng)的方法進(jìn)行。意見解讀體診斷率。共識(shí)意見意見解讀基因型驅(qū)動(dòng)分析會(huì)對(duì)所有可疑的遺傳變異進(jìn)行篩查而不考慮受檢者特定疾病的相關(guān)性，是無偏分析方法的核心組成部分。表型驅(qū)動(dòng)分析能全面評(píng)估疾病相關(guān)但經(jīng)基因型驅(qū)動(dòng)分析后達(dá)不到報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)的變異。在進(jìn)行表型驅(qū)動(dòng)分析時(shí)，實(shí)驗(yàn)室必須建立一套機(jī)制來定義給定表型的候選基因列表。表3cGS檢測(cè)到的相關(guān)變異類型的解釋和報(bào)告考慮因素變異類型主要解釋單核苷酸變異驅(qū)動(dòng)和基因型驅(qū)動(dòng)的過濾策略剪接注釋、轉(zhuǎn)錄特異性影響等)小插入/缺失·按照與SNV相同的過濾和分類步驟進(jìn)行評(píng)估小范圍，以供評(píng)估和報(bào)告異檢測(cè)算法偏好導(dǎo)致結(jié)果不準(zhǔn)確，需要人工拷貝數(shù)變異·PCR-free測(cè)序使得GS數(shù)據(jù)在編碼和非編碼區(qū)variation,CNV)域覆蓋均勻，可更敏感地檢測(cè)大片段CNV.且對(duì)一般基于測(cè)序質(zhì)量、參考人群頻率以及所覆蓋的外顯子區(qū)域進(jìn)行過濾分析。在解讀過程中要核查·應(yīng)用過濾策略篩選或與變異數(shù)據(jù)庫中的既往變異比較時(shí)，應(yīng)考慮CNV片段大小的多樣性和所除與疾病相關(guān)的CNV外，涉及大片段、包含基因數(shù)量足夠多的CNV也應(yīng)納入分析。在分析CNV時(shí)還應(yīng)考慮由于片段大小和斷點(diǎn)識(shí)別結(jié)構(gòu)變異GS可識(shí)別斷點(diǎn)序列從而檢測(cè)平衡易位和更復(fù)雜的結(jié)構(gòu)變異。由于對(duì)正常人群中變異的認(rèn)識(shí)不夠充分，目前SV檢測(cè)主要用于：·檢測(cè)反復(fù)出現(xiàn)的致病性平衡SVs·對(duì)通過序列覆蓋深度檢測(cè)到的CNVs進(jìn)行重新·針對(duì)已知區(qū)域或感興趣基因的SV(例如平衡重目前的SV檢測(cè)仍主要用于輔助CNV檢測(cè)。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)明確SV的分析范圍和敏感性的局限。當(dāng)難以判讀eGS檢出的SV結(jié)果時(shí)，可考慮采用其他方法進(jìn)行驗(yàn)證。常規(guī)驗(yàn)證方法為(1)對(duì)于核型分析可能看得到的分辨率，檢查核型分析；(2)易位或異常染色體結(jié)構(gòu)，考慮FISH;(3)針對(duì)斷裂點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性PCR+Sanger測(cè)序；(4)其他基因組學(xué)方式，如長(zhǎng)片段測(cè)序純合區(qū)域·單個(gè)染色體上廣泛的同源單體型區(qū)(ROH)可能跨越多個(gè)染色體的ROH可能是由近親關(guān)系引表明存在單親二體性(UPD),應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注位于起的。當(dāng)檢測(cè)到已知的父源或母源印跡異常6.7、11、14、15、20號(hào)染色體上與UPD遺傳導(dǎo)致疾病的ROH或UPD時(shí)，推薦通過甲基·特制算法可用于高同源性或具有已知假基因的區(qū)域中篩選變異短串聯(lián)重復(fù)序列·相對(duì)于ES,GS可更好無偏移地檢測(cè)STR·若檢測(cè)結(jié)果中提及STR及重復(fù)度，在進(jìn)一步遺·人工核查STR位點(diǎn)的原始數(shù)據(jù)是重要的QC步驟當(dāng)前GS檢測(cè)STR的算法在靈敏度和特異性-GS可檢測(cè)線粒體變異，但需要考慮不同樣本類型(如血液、肌肉組織、皮膚組織等)的差異和局常僅報(bào)告已知致病性變異在解讀線粒體變異時(shí)應(yīng)考慮檢材選擇而導(dǎo)致的檢測(cè)局限性，以及組織特異性表現(xiàn)。分析線粒體變異結(jié)果時(shí)應(yīng)考慮線粒體單倍群?jiǎn)栴}。此外，對(duì)于GS分析，線粒體來源的核序·GS在檢測(cè)嵌合型CNV時(shí)，敏感性可能會(huì)比嵌合由于覆蓋深度較低，GS檢測(cè)體細(xì)胞嵌合變異的能力低于ES或靶向測(cè)序(targetpanel)技術(shù)不一定能準(zhǔn)確識(shí)別斷點(diǎn)，甚至漏檢。推薦檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)在遵循NGS檢測(cè)一般規(guī)則和相關(guān)政策法規(guī)的基礎(chǔ)上制定符合本實(shí)驗(yàn)室的報(bào)告規(guī)則?？紤]到GS檢測(cè)結(jié)果的復(fù)雜性，建議在知情同意階段與受試者和臨床醫(yī)生溝通報(bào)告規(guī)則。對(duì)于致病基因所致遺傳疾病，建議在報(bào)告中提供相應(yīng)的知識(shí)內(nèi)容，供臨床醫(yī)生和受試者參考。建議同時(shí)提供中、英文的疾病名稱及MIM編號(hào)，并描述疾病的主要臨床表現(xiàn)，該基因的遺傳模式、變異來源以及基因型-表型的關(guān)系分析等，并給出主要參考文獻(xiàn)。七、重分析1、重分析應(yīng)何時(shí)、由誰啟動(dòng)?共識(shí)意見推薦在送檢醫(yī)生或患者提出重分析要求時(shí)，或按實(shí)驗(yàn)室制定的定期計(jì)劃來開展重分析。推薦在個(gè)案水平和隊(duì)列水平展開重分析，前者可獲得更詳細(xì)患者資料來提高陽性率，后者通過對(duì)相似表型的多個(gè)患者的數(shù)據(jù)進(jìn)行重分中的意外發(fā)現(xiàn)。 (通常至少1年，可為23年),或在檢測(cè)或生信分析有重要技術(shù)更新時(shí)啟動(dòng)。意見解讀若實(shí)驗(yàn)室有對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行重分析的規(guī)定/方案/計(jì)劃/政策，應(yīng)在檢測(cè)前咨詢時(shí)告知患者。應(yīng)告知患者重分析可能改變前一次檢測(cè)結(jié)論，即曾經(jīng)報(bào)告的致病性/可能致病性變異可能會(huì)在重分析中降級(jí)為良性/可能良性變異；或者，良性/可能良性變異也可能會(huì)在重分析中升級(jí)為致病性/可能致病性變異。患者提供最新聯(lián)系方式以供后續(xù)隨訪對(duì)于重分析十分重要，但患者也有拒絕被隨訪的權(quán)利，應(yīng)予以尊重。3、重分析包含哪些內(nèi)容/數(shù)據(jù)?共識(shí)意見推薦使用原送檢樣本產(chǎn)生的FASTQ文件和最新的分析系統(tǒng)進(jìn)行，并結(jié)合患者更新的表型信息和病歷，更新的文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫，對(duì)已報(bào)告和未報(bào)告的變異進(jìn)行重新分析。意見解讀重分析將使用此前測(cè)序產(chǎn)生的FASTQ文件和當(dāng)前實(shí)驗(yàn)室最新版本的分析系統(tǒng)，結(jié)合患者家系更新的表型信息和醫(yī)療記錄，以及最新的文