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文檔簡介
ICS67.120.10
CCSB4542
湖北省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB42/T1591—2020
畜禽肉及肉制品中牛羊豬雞鴨源性成分
定性PCR檢測(cè)方法
Detectionofbovine,ovine,caprine,pig,chickenandduckderivedmaterialsinmeats
andmeatproductsoflivestockandpoultrybyqualitativepolymerasechainreaction
(PCR)method
2020-07-07發(fā)布2020-11-07實(shí)施
湖北省市場(chǎng)監(jiān)督管理局??發(fā)布
DB42/TXXXXX—XXXX
目次
前言.......................................................................................................................................................................II
1范圍...................................................................................................................................................................1
2規(guī)范性引用文件...............................................................................................................................................1
3術(shù)語和定義.......................................................................................................................................................1
4原理...................................................................................................................................................................1
5試劑和材料.......................................................................................................................................................1
6儀器和設(shè)備.......................................................................................................................................................3
7分析步驟...........................................................................................................................................................3
8結(jié)果分析...........................................................................................................................................................5
9結(jié)果判定與表述...............................................................................................................................................5
10PCR產(chǎn)物測(cè)序結(jié)果判定與表述......................................................................................................................5
11檢測(cè)過程中防止交叉污染的措施.................................................................................................................5
12廢棄物處理.....................................................................................................................................................5
附錄A(資料性)擴(kuò)增產(chǎn)物序列(來源NCBI)............................................................................................7
I
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DB42/T1591
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2020
前言
本文件按照GB/T1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定
起草。
請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別這些專利的責(zé)任。
本文件由華中農(nóng)業(yè)大學(xué)提出。
本文件由湖北省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳歸口。
本文件起草單位:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、武漢市動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心。
本文件主要起草人:劉榜,王文君,付明,周翔,陶利文,劉祖紅,王小康,張慶德,阮征。
本文件實(shí)施中的疑問可咨詢湖北省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳,聯(lián)系電話郵箱:hbsnab@126.com;
華中農(nóng)業(yè)大學(xué),聯(lián)系電話郵箱:liubang@。對(duì)本文件的有關(guān)修改意
見及建議請(qǐng)反饋至華中農(nóng)業(yè)大學(xué),聯(lián)系電話郵箱:xys@。
II
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2020
畜禽肉及肉制品中牛羊豬雞鴨源性成分
定性PCR檢測(cè)方法
1范圍
本文件規(guī)定了牛(普通牛、瘤牛、牦牛和水牛)、羊(綿羊和山羊)、豬(家豬和野豬)、雞、鴨
源性成分的定性PCR檢測(cè)方法。
本文件適用于牛(普通牛、瘤牛、牦牛和水牛)、羊(綿羊和山羊)、豬(家豬和野豬)、雞、鴨
的肉及肉制品中源性成分的定性PCR檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB/T6682分析實(shí)驗(yàn)室用水規(guī)格和試驗(yàn)方法
GB/T19495.2轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求
GB/T27403-2008實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制規(guī)范食品分子生物學(xué)檢測(cè)
3術(shù)語和定義
本文件沒有需要界定的術(shù)語和定義。
4原理
根據(jù)牛、羊、豬、雞和鴨的物種特異性序列,設(shè)計(jì)特異性引物,對(duì)待檢樣品提取的DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,
依據(jù)擴(kuò)增特異性片段的結(jié)果,判斷待檢樣品中是否含有牛、羊、豬、雞和鴨源性成分。
5試劑和材料
5.1除另有規(guī)定外,試劑為分析純或生化試劑。實(shí)驗(yàn)用水符合GB/T6682的要求。
5.2瓊脂糖。
5.3GelRed核酸染料。
注:根據(jù)需要可選擇其他效果相當(dāng)?shù)暮怂崛玖献鳛楹怂犭娪镜娜旧珓?/p>
5.410mol/L氫氧化鈉溶液:在160mL水中加入80.0g氫氧化鈉(NaOH),溶解后,冷卻至室溫,
再加水定容至200mL。
5.50.5mol/L乙二銨四乙酸二鈉溶液(pH8.0):稱取18.6g乙二銨四乙酸二鈉(EDTA-Na2),加
入70mL水中,再加入適量氫氧化鈉溶液(5.4),加熱至完全溶解后,冷卻至室溫,用氫氧化鈉溶液
(5.4)調(diào)pH至8.0,加水定容至100mL。在103.4kPa(121℃)條件下滅菌20min。
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5.61mol/L三羥甲基氨基甲烷-鹽酸溶液(pH8.0):稱取121.1g三羥甲基氨基甲烷(Tris)溶解
于800mL水中,用鹽酸(HCl)調(diào)pH至8.0,加水定容至1000mL。在103.4kPa(121℃)條件下
滅菌20min。
5.75mol/L氯化鈉溶液:稱取29.22g氯化鈉(NaCl)溶于80mL水中,加水定容至100mL。在103.4
kPa蒸汽壓(121℃)條件下滅菌20min。
5.810%十二烷基磺酸鈉溶液:稱取10g十二烷基磺酸鈉(C12H25SO4Na,SDS),加入80mL水中,加
熱至完全溶解后,冷卻至室溫,加水定容至100mL。在103.4kPa蒸汽壓(121℃)條件下滅菌20min。
5.9DNA提取細(xì)胞裂解液:量取200mL乙二銨四乙酸二鈉溶液(5.5),200mL三羥甲基氨基甲烷-
鹽酸溶液(5.6),40mL氯化鈉溶液(5.7),200mL十二烷基磺酸鈉溶液(5.8),混合后用水定容
至1000mL,室溫保存,備用。
5.1020mg/mL蛋白酶K溶液:將200mg蛋白酶K(ProteinaseK)溶于9.5mL水中,輕搖至完全溶
解后,加水定容至10mL。于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
5.11Tris-飽和酚。
5.12氯仿:異戊醇(24:1):將氯仿和異戊醇按照24:1的比例配制。
5.13無水乙醇。
5.1475%乙醇。
5.15TE緩沖液(pH8.0):分別量取10mL三羥甲基氨基甲烷-鹽酸溶液(5.6)和2mL乙二銨四乙
酸二鈉溶液(5.5)溶液,加水定容至1000mL。在103.4kPa(121℃)條件下滅菌20min。
5.1650×TAE緩沖液:稱取242.2g三羥甲基氨基甲烷(Tris),先用500mL水加熱攪拌溶解后,
加入100mL乙二銨四乙酸二鈉溶液(5.5),用冰乙酸調(diào)pH至8.0,然后加水定容到1000mL。使用
時(shí)用水稀釋成1×TAE。
5.17Taq酶。
5.1810×PCR緩沖液。
5.19dNTP混合液。
5.206×DNA上樣緩沖液。
5.21DNA分子量標(biāo)記:可清楚的區(qū)分100bp~1000bp的DNA片段。
5.22物種特異性引物(表1)。
5.23引物溶液:用TE緩沖液(5.15)或水分別將引物稀釋到10μmol/L。
5.24PCR產(chǎn)物回收試劑盒。
表1物種特異性引物信息
物種引物名稱引物序列片段大小/bp
Bovinae-F5′-CAGACAAAGGTCAGGAAGTAATC-3′
牛223
Bovinae-R5′-AGATGAGGGAAGAGCAGGTCTG-3′
Ovis-F5′-GCAAGAATGGCACCCAAGAC-3′
羊237
Ovis-R5′-TGCCATGTGTGCCGCATTTG-3′
Sus-F5′-GCAATGCTCCAAGGACTTAGTGA-3′
豬154
Sus-R5′-TGTGCTCAAATAGGAAGGTTGTCA-3′
Gallus-F5′-GCAAGGAGATGTAACCCAGTAAAG-3′
雞252
Gallus-R5′-AGAATCAATCAGAAAAATGAAGCC-3′
Anas-F5′-GTCAACGATTGCCCCGAAAC-3′
鴨222
Anas-R5′-GGGGACTTTGACGGCATCTT-3′
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6儀器和設(shè)備
6.1分析天平:感量不小于0.1mg。
6.2PCR擴(kuò)增儀:升降溫速度>1.5℃/s,孔間溫度差異<1.0℃。
6.3電泳槽、電泳儀等電泳裝置。
6.4紫外透射儀。
6.5紫外分光光度計(jì)。
6.6凝膠成像系統(tǒng)或照相系統(tǒng)。
6.7微量可調(diào)移液器:0.1μL~2.5μL,1μL~10μL,10μL~100μL,100μL~1000μL。
6.8渦旋振蕩器。
6.9高速冷凍離心機(jī)(最大離心力≥12000g)。
6.10恒溫水浴鍋。
7分析步驟
7.1樣品制備
采集一定量的畜禽肉或肉制品并勻漿,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
7.2DNA模板制備
7.2.1試樣DNA提取
試樣DNA提取步驟如下:
a)稱取上述勻漿樣品0.1g,剪碎或在液氮中充分研磨成粉末后轉(zhuǎn)移至2mL離心管中(不需要
研磨的試樣直接加入);
b)向樣品加入1mL細(xì)胞裂解液(5.9),然后加入30μL蛋白酶K(5.10)溶液,混勻,56℃消
化6h~10h至無明顯組織塊,4℃,12000g離心10min,取上清移至新的2mL離心管中;
c)加入等體積的Tris-飽和酚(5.11),緩慢顛倒混勻10min,4℃,12000g離心10min,
取上清液移至新的2mL離心管中;
d)加入0.5倍體積的Tris-飽和酚(5.11)和0.5倍體積的氯仿:異戊醇(24:1)(5.12),緩
慢顛倒混勻10min,4℃,12000g離心10min;
e)取上清液移至新的2mL離心管中,加入等體積的氯仿:異戊醇(24:1)(5.12),緩慢顛倒
混勻10min,4℃,12000g離心5min;
f)多次重復(fù)操作步驟e),直到兩相中間不能看到明顯的變性蛋白質(zhì)為止,取上清液移至新的4mL
離心管中;
g)加入2倍體積-20℃預(yù)冷的無水乙醇(5.13),輕輕搖晃至絮狀沉淀析出,12000g離心5min~
10min,倒掉上清液;
h)加入1mL75%乙醇(5.14)洗滌沉淀,12000g離心3min,吸去上清液,重復(fù)1次~2次;
i)室溫下放置使殘余乙醇完全揮發(fā),加入30μL~50μLTE緩沖液(5.15)溶解DNA沉淀,-20℃
保存DNA溶液。
7.2.2DNA質(zhì)量評(píng)估
使用紫外分光光度計(jì)對(duì)試樣DNA的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估,檢測(cè)260nm和280nm處的吸光值A(chǔ)260和A280,滿
足以下要求則適宜進(jìn)行PCR擴(kuò)增:
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a)DNA濃度為50ng/μL~1000ng/μL;
b)A260/A280比值應(yīng)在1.8~2.0之間。
7.3PCR反應(yīng)
7.3.1試樣PCR反應(yīng)
每個(gè)試樣PCR反應(yīng)設(shè)置3個(gè)平行。
在PCR反應(yīng)管中按表2依次加入反應(yīng)試劑,混勻。也可采用經(jīng)驗(yàn)證的、等效的定性PCR反應(yīng)
試劑盒配制反應(yīng)體系。
將PCR反應(yīng)管放入離心機(jī),2000g離心1min,取出后放入PCR儀。
進(jìn)行PCR反應(yīng)。反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性5min;95℃變性30s,60℃退火30s,72℃
延伸15s,32次循環(huán);72?℃終延伸2min;4℃降溫2min。
反應(yīng)結(jié)束后取出PCR管,對(duì)PCR反應(yīng)產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測(cè)。
表2PCR檢測(cè)反應(yīng)體系
試劑用量/μL終濃度
雙蒸水13.1
10×Buffer21×
dNTPs混合液(各2.5mmol/L)1.6各0.2mmol/L
5U/μLTaq酶0.10.025U/μL
10μmol/L上游引物0.60.3μmol/L
10μmol/L下游引物0.60.3μmol/L
25ng/μLDNA模板2.02.5ng/μL
總體積20.0
注:若采用定性PCR試劑盒,則按試劑盒說明書的推薦用量配制反應(yīng)體系,但正向引物和反向引物用量按表2執(zhí)行。
7.3.2對(duì)照PCR反應(yīng)
在試樣PCR反應(yīng)的同時(shí),應(yīng)設(shè)置陰性對(duì)照、陽性對(duì)照和空白對(duì)照。
分別以牛、羊、豬、雞和鴨的基因組DNA作為陽性對(duì)照;以除上述目標(biāo)物種以外的常見動(dòng)物的基因
組DNA作為陰性對(duì)照;以水作為空白對(duì)照。
各對(duì)照PCR反應(yīng)體系中,除模板外,其余組分及PCR反應(yīng)條件與試樣PCR(7.3.1)相同。
7.4PCR產(chǎn)物電泳檢測(cè)
稱量瓊脂糖(5.2)適量,加入1×TAE緩沖液(5.16)至終濃度為20mg/mL,加熱溶解,配制成瓊
脂糖溶液。每100mL瓊脂糖溶液中加入5μLGelRed核酸染料(5.3),混勻,稍適冷卻后,將其倒入電
泳板上,插上梳板,室溫下凝固成凝膠后,放入含1×TAE緩沖液(5.16)電泳槽中,垂直向上輕輕拔去
梳板。取5μLPCR產(chǎn)物與1μL6×DNA上樣緩沖液(5.18),混合后加入凝膠點(diǎn)樣孔,同時(shí)在其中一個(gè)
點(diǎn)樣孔中加入DNA分子量標(biāo)記(5.19),接通電源,在2V/cm~5V/cm條件下電泳檢測(cè)。
7.5凝膠成像分析
電泳結(jié)束后,取出瓊脂糖凝膠,置于凝膠成像儀上成像。根據(jù)DNA分子量標(biāo)記判斷擴(kuò)增目的條帶的
片段大?。ū?),將電泳結(jié)果形成電子文件存檔。如需通過序列分析確認(rèn)PCR擴(kuò)增片段是否為目的DNA
片段,按照7.6和7.7的規(guī)定執(zhí)行。
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7.6PCR產(chǎn)物回收
按PCR產(chǎn)物回收試劑盒說明書,回收PCR擴(kuò)增的DNA片段。
7.7PCR產(chǎn)物測(cè)序驗(yàn)證
將回收的PCR產(chǎn)物進(jìn)行雙向測(cè)序,PCR擴(kuò)增引物作為測(cè)序引物,測(cè)序原理同Sanger測(cè)序法。將獲得
的序列分別與牛源性成分的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列、羊源性成分的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列、豬源性成分的PCR擴(kuò)
增產(chǎn)物序列、雞源性成分的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列和鴨源性成分的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列(附錄A)進(jìn)行比對(duì)和
結(jié)果判定。
8結(jié)果分析
陽性對(duì)照的PCR反應(yīng)中可擴(kuò)增出與預(yù)期大小一致的DNA片段(牛、羊、豬、雞、鴨的片段大小分別為:
223bp、237bp、154bp、252bp、222bp),而陰性對(duì)照及空白對(duì)照中均未擴(kuò)增出預(yù)期DNA片段,表
明PCR反應(yīng)體系正常工作,否則重新進(jìn)行檢測(cè)。
9結(jié)果判定與表述
9.1陽性結(jié)果判定與表述
試樣中X的特異性DNA序列得到擴(kuò)增且擴(kuò)增片段大小與預(yù)期片段大小一致,表明樣品中檢測(cè)出X源性
成分,表述為“樣品中檢測(cè)出X源性成分,結(jié)果為陽性”。
注:X代表牛、羊、豬、雞、鴨中任一待測(cè)物種。
9.2陰性結(jié)果判定與表述
試樣中X的特異性DNA序列未得到擴(kuò)增或擴(kuò)增片段大小與預(yù)期片段大小不一致,表明樣品中未檢測(cè)出
X源性成分,表述為“樣品中未檢測(cè)出X源性成分,結(jié)果為陰性”。
注:3個(gè)PCR平行擴(kuò)增的結(jié)果不一致的,應(yīng)重復(fù)檢測(cè)。重復(fù)檢測(cè)結(jié)果仍不一致的,以多數(shù)結(jié)果為最終結(jié)果。
10PCR產(chǎn)物測(cè)序結(jié)果判定與表述
若測(cè)序結(jié)果與附錄A中對(duì)應(yīng)物種的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列的符合程度在95%以上(含95%),則判斷為所擴(kuò)
增片段為對(duì)應(yīng)物種DNA片段,即檢測(cè)到對(duì)應(yīng)物種源性成分;若符合程度在95%以下,則判斷為所擴(kuò)增片段
不是對(duì)應(yīng)物種DNA片段,即沒有檢測(cè)到對(duì)應(yīng)物種源性成分。
11檢測(cè)過程中防止交叉污染的措施
按照GB/T27403-2008中附錄D的規(guī)定執(zhí)行。
12廢棄物處理
檢測(cè)過程中的廢棄物,收集后按照GB/T19495.2規(guī)定的廢棄物處理要求進(jìn)行無害化處理。
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A
A
附錄A
(資料性)
擴(kuò)增產(chǎn)物序列(來源NCBI)
A.1牛源性成分的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列(223bp):
1CAGACAAAGGTCAGGAAGTAATCCCAGCGCTCATCCCCCCTGGGAAGCACCCAGGGCTTG
61CCCCAAGATGTGGCCTCCAGTTCCCTGTCAAGACTGTAGCCCTACTAGGAGCTGCAGTCT
121GGCCCCGAGGCCCCTGCTGGGTCTCAGCGGTCCCCTATCAGGGACCAGTGGGACCCTCTC
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