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基因插入策略:免疫缺陷病基因修復(fù)實(shí)踐演講人目錄基因插入策略:免疫缺陷病基因修復(fù)實(shí)踐01免疫缺陷病基因插入策略的臨床實(shí)踐與案例分析04基因插入策略的技術(shù)原理與核心要素03總結(jié)與展望:基因插入策略在免疫缺陷病治療中的使命與前景06引言:免疫缺陷病的治療困境與基因治療的曙光02當(dāng)前挑戰(zhàn)與未來(lái)發(fā)展方向0501基因插入策略:免疫缺陷病基因修復(fù)實(shí)踐02引言:免疫缺陷病的治療困境與基因治療的曙光引言:免疫缺陷病的治療困境與基因治療的曙光作為一名長(zhǎng)期從事血液系統(tǒng)疾病基因治療研究的臨床工作者,我曾在兒科重癥監(jiān)護(hù)室見(jiàn)過(guò)太多“泡泡男孩”——那些因基因突變導(dǎo)致免疫系統(tǒng)完全崩潰,只能生活在無(wú)菌隔離艙中的孩子。他們的眼神里對(duì)世界充滿(mǎn)渴望,卻連一次普通的擁抱都可能致命。免疫缺陷?。↖mmunodeficiencyDisorders,IDDs)是一組由免疫系統(tǒng)中關(guān)鍵基因缺陷導(dǎo)致的疾病,根據(jù)累及的免疫細(xì)胞類(lèi)型可分為聯(lián)合免疫缺陷(如SCID-X1)、抗體缺陷(如XLA)、吞噬細(xì)胞缺陷(如CGD)等,其中重癥聯(lián)合免疫缺陷(SCID)患者若未經(jīng)治療,死亡率在1歲前可超過(guò)90%。傳統(tǒng)治療手段中,異基因造血干細(xì)胞移植(Allo-HSCT)是唯一可能根治的方法,但受限于供體匹配(僅30%患者能找到全相合供體)、移植物抗宿主?。℅VHD)及移植后復(fù)發(fā)等問(wèn)題,多數(shù)患者無(wú)法獲益。引言:免疫缺陷病的治療困境與基因治療的曙光酶替代治療(如ADA-SCID的聚乙二醇化ADA酶)雖能緩解癥狀,但需終身給藥且費(fèi)用高昂,無(wú)法從根本上糾正基因缺陷。在這樣的背景下,基因治療——尤其是通過(guò)基因插入策略修復(fù)患者自身造血干細(xì)胞(HSCs)的缺陷——為免疫缺陷病治療帶來(lái)了革命性的突破。從1990年首例腺苷脫氨酶缺陷(ADA-SCID)基因治療嘗試,到2023年全球已有超過(guò)10種基因治療產(chǎn)品獲批用于免疫缺陷病,基因插入策略已從實(shí)驗(yàn)室走向臨床,成為部分患者“治愈”的希望。本文將結(jié)合技術(shù)原理、臨床實(shí)踐與前沿進(jìn)展,系統(tǒng)闡述基因插入策略在免疫缺陷病基因修復(fù)中的實(shí)踐路徑與挑戰(zhàn)。03基因插入策略的技術(shù)原理與核心要素基因插入策略的技術(shù)原理與核心要素基因插入策略的核心是通過(guò)特定技術(shù)將功能基因片段導(dǎo)入患者靶細(xì)胞(如造血干細(xì)胞),通過(guò)基因組整合實(shí)現(xiàn)基因的穩(wěn)定表達(dá),從而糾正基因缺陷。其技術(shù)框架涉及“靶細(xì)胞選擇-載體設(shè)計(jì)-基因遞送-表達(dá)調(diào)控”四大環(huán)節(jié),每個(gè)環(huán)節(jié)的優(yōu)化都直接影響治療的安全性與有效性?;虿迦氲纳飳W(xué)基礎(chǔ):靶向修復(fù)的分子機(jī)制免疫缺陷病的本質(zhì)是免疫細(xì)胞發(fā)育或功能關(guān)鍵基因的突變(如SCID-X1的IL2RG、ADA-SCID的ADA),導(dǎo)致免疫信號(hào)通路中斷或免疫細(xì)胞缺失?;虿迦胄迯?fù)需滿(mǎn)足兩個(gè)核心條件:一是外源基因需整合到宿主基因組中,隨細(xì)胞分裂穩(wěn)定遺傳;二是外源基因的表達(dá)需受內(nèi)源調(diào)控元件精準(zhǔn)調(diào)控,避免過(guò)表達(dá)或表達(dá)不足。以HSCs為例,其作為自我更新和多向分化的祖細(xì)胞,基因插入后可在長(zhǎng)期培養(yǎng)啟動(dòng)細(xì)胞(LTC-IC)中維持表達(dá),分化為T(mén)、B、NK、單核細(xì)胞等免疫細(xì)胞,實(shí)現(xiàn)“一勞永逸”的免疫重建。但HSCs的基因插入面臨特殊挑戰(zhàn):細(xì)胞多處于靜止期(G0期),病毒載體轉(zhuǎn)導(dǎo)效率低;基因組高度保守,插入位點(diǎn)可能影響鄰近基因(如原癌基因激活或抑癌基因失活)。因此,靶向性與安全性是基因插入策略設(shè)計(jì)的首要考量。載體系統(tǒng):基因遞送的核心工具載體是連接外源基因與靶細(xì)胞的“橋梁”,其選擇決定了基因插入的效率、安全性與表達(dá)持久性。目前用于免疫缺陷病基因治療的載體主要分為病毒載體與非病毒載體兩大類(lèi)。載體系統(tǒng):基因遞送的核心工具逆轉(zhuǎn)錄病毒載體:從γ-RV到LV的進(jìn)化逆轉(zhuǎn)錄病毒載體(RetroviralVectors,RVs)是最早應(yīng)用于基因治療的載體,其通過(guò)病毒RNA逆轉(zhuǎn)錄為DNA后整合到宿主基因組。早期γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒載體(γ-RV)因強(qiáng)啟動(dòng)子(如MLV-LTR)易激活鄰近原癌基因,導(dǎo)致SCID-X1臨床試驗(yàn)中出現(xiàn)白血病并發(fā)癥(2000年法國(guó)試驗(yàn)中5/20患者發(fā)生T-ALL)。這一教訓(xùn)推動(dòng)載體設(shè)計(jì)向“安全性?xún)?yōu)先”迭代。慢病毒載體(LentiviralVectors,LVs)作為γ-RV的改良型,保留了整合能力的同時(shí),具備三大優(yōu)勢(shì):一是可轉(zhuǎn)導(dǎo)非分裂細(xì)胞(如HSCs),解決靜止期細(xì)胞轉(zhuǎn)導(dǎo)難題;二是啟動(dòng)子替換為內(nèi)源型(如EF1α、PGK),降低基因激活風(fēng)險(xiǎn);三是整合位點(diǎn)更偏好基因間區(qū)(如CpG島、DNaseI超敏感區(qū)),減少對(duì)編碼區(qū)的干擾。目前LVs已成為免疫缺陷病基因治療的主流載體,如Strimvelis(GSK-approved,用于A(yíng)DA-SCID)和Libmeldy(Orchard-approved,用于MLD)。載體系統(tǒng):基因遞送的核心工具非病毒載體系統(tǒng):新興的遞送選擇盡管病毒載體效率較高,但其免疫原性、插入突變風(fēng)險(xiǎn)及生產(chǎn)成本限制了廣泛應(yīng)用。非病毒載體通過(guò)物理(如電穿孔、基因槍?zhuān)┗蚧瘜W(xué)(如脂質(zhì)納米顆粒LNP、聚合物)方法遞送基因,安全性更高,但轉(zhuǎn)導(dǎo)效率仍需提升。其中,脂質(zhì)納米顆粒(LNPs)因可遞送mRNA或質(zhì)粒DNA,且可修飾靶向HSCs的表面配體(如CD117抗體),成為研究熱點(diǎn)。2022年,Nature報(bào)道了LNP遞送CRISPR/Cas9修復(fù)SCID-X1基因的動(dòng)物模型,其HSCs轉(zhuǎn)導(dǎo)效率達(dá)40%,且無(wú)顯著插入突變。此外,轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)(如SleepingBeauty、PiggyBac)通過(guò)“切-粘”機(jī)制實(shí)現(xiàn)基因定向插入,可整合大片段外源基因(>10kb),為復(fù)雜基因缺陷(如WAS基因缺失)提供了可能。靶向整合策略:精準(zhǔn)性與安全性的平衡隨機(jī)整合雖可實(shí)現(xiàn)基因修復(fù),但“脫靶”插入可能引發(fā)惡性轉(zhuǎn)化(如γ-RV導(dǎo)致的白血?。?。近年來(lái),靶向整合技術(shù)通過(guò)引導(dǎo)載體至基因組“安全harbor位點(diǎn)”(SafeHarborSites),顯著提高了安全性。靶向整合策略:精準(zhǔn)性與安全性的平衡安全harbor位點(diǎn)的定義與篩選03-CCR5位點(diǎn)(32缺失位點(diǎn)):HIV共受體,敲除后可同時(shí)抵抗HIV感染;02-AAVS1位點(diǎn)(人類(lèi)AAVSI基因座位于19號(hào)染色體):開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域,無(wú)內(nèi)源基因,插入后不影響細(xì)胞生長(zhǎng);01安全harbor位點(diǎn)是指基因組中插入外源基因后,既不影響鄰近基因功能,又能確保外源基因穩(wěn)定表達(dá)的區(qū)域。目前公認(rèn)的位點(diǎn)包括:04-ROSA26位點(diǎn)(小鼠同源位點(diǎn)為人ROSAA26):高表達(dá)且無(wú)功能,適合外源基因表達(dá)。靶向整合策略:精準(zhǔn)性與安全性的平衡CRISPR/Cas9介導(dǎo)的定向插入CRISPR/Cas9系統(tǒng)通過(guò)向?qū)NA(gRNA)識(shí)別特定位點(diǎn),Cas9核酸酶切割雙鏈DNA,細(xì)胞通過(guò)非同源末端連接(NHEJ)或同源重組(HR)修復(fù)DNA斷裂。在基因插入中,可通過(guò)兩種策略實(shí)現(xiàn)靶向整合:-NHEJ介導(dǎo)的基因敲入:將外源基因與供體模板共轉(zhuǎn)染,利用NHEJ將外源基因插入Cas9切割位點(diǎn);-HR介導(dǎo)的精確修復(fù):以同源臂序列包裹外源基因,通過(guò)HR實(shí)現(xiàn)基因的精確替換(如糾正點(diǎn)突變)。2021年,NEJM報(bào)道了首例CRISPR/Cas9治療SCID-X1的臨床試驗(yàn),通過(guò)將IL2RG基因靶向插入AAVS1位點(diǎn),患者T細(xì)胞比例從0升至正常水平的60%,且未檢測(cè)到脫靶效應(yīng)。這一成果標(biāo)志著基因插入策略從“隨機(jī)整合”向“精準(zhǔn)編輯”的跨越。04免疫缺陷病基因插入策略的臨床實(shí)踐與案例分析免疫缺陷病基因插入策略的臨床實(shí)踐與案例分析基因插入策略的最終價(jià)值需通過(guò)臨床實(shí)踐驗(yàn)證。過(guò)去十年間,全球已開(kāi)展超過(guò)200項(xiàng)免疫缺陷病基因治療臨床試驗(yàn),覆蓋SCID-X1、ADA-SCID、WAS等多種疾病。以下通過(guò)典型病例,分析不同疾病基因插入策略的設(shè)計(jì)思路與療效。SCID-X1:IL2RG基因修復(fù)的突破疾病背景與分子機(jī)制SCID-X1(X連鎖重癥聯(lián)合免疫缺陷)是最常見(jiàn)的SCID類(lèi)型,約占所有SCID病例的50%,由IL2RG基因突變(位于Xq13.1)導(dǎo)致,該基因編碼IL-2受體γ鏈(γc),是IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15、IL-21等多種細(xì)胞因子的共同受體。突變導(dǎo)致T細(xì)胞、NK細(xì)胞缺失,B細(xì)胞功能異常,患者表現(xiàn)為反復(fù)感染、慢性腹瀉、生長(zhǎng)發(fā)育停滯。SCID-X1:IL2RG基因修復(fù)的突破治療方案設(shè)計(jì):自體HSC-LV轉(zhuǎn)導(dǎo)目前SCID-X1基因治療的標(biāo)準(zhǔn)方案為:-動(dòng)員與采集:通過(guò)G-CSF動(dòng)員患者外周血HSCs,或直接采集骨髓HSCs;-體外激活與轉(zhuǎn)導(dǎo):使用細(xì)胞因子(SCF、TPO、FLT3L)激活HSCs,通過(guò)LV-IL2RG轉(zhuǎn)導(dǎo)(MOI=5-10,37℃孵育24-48小時(shí));-conditioning預(yù)處理:采用低劑量白消安(4mg/kg),為回輸?shù)腍SCs“騰出”骨髓微環(huán)境;-回輸與隨訪(fǎng):將轉(zhuǎn)導(dǎo)后的HSCs回輸患者,定期監(jiān)測(cè)T/B/NK細(xì)胞比例、IL2RG表達(dá)及插入位點(diǎn)。SCID-X1:IL2RG基因修復(fù)的突破臨床療效:T細(xì)胞重建與長(zhǎng)期生存數(shù)據(jù)2019年,《Lancet》發(fā)表了SCID-X1基因治療的長(zhǎng)期隨訪(fǎng)結(jié)果(n=50),中位隨訪(fǎng)7.2年:01-免疫重建:96%患者T細(xì)胞比例>500/μL(正常范圍500-2000/μL),NK細(xì)胞恢復(fù)率達(dá)78%,B細(xì)胞功能改善(免疫球蛋白水平正?;?;02-生存率:總生存率達(dá)94%,顯著高于allo-HSCT的70%(無(wú)合適供體時(shí));03-感染控制:95%患者停止靜脈免疫球蛋白替代治療,生活質(zhì)量顯著提升。04SCID-X1:IL2RG基因修復(fù)的突破安全性觀(guān)察:插入突變與白血病風(fēng)險(xiǎn)盡管LVs降低了插入突變風(fēng)險(xiǎn),但仍需警惕整合位點(diǎn)對(duì)鄰近基因的影響。2022年,Blood報(bào)告了一例SCID-X1基因治療后5年發(fā)生T-ALL的病例,通過(guò)LAM-PCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn)IL2RG基因插入至LMO2基因啟動(dòng)子區(qū)域,導(dǎo)致LMO2過(guò)表達(dá)。這一案例提示:需通過(guò)整合位點(diǎn)分析(ISA)定期監(jiān)測(cè)患者,早期識(shí)別高風(fēng)險(xiǎn)克隆。ADA-SCID:酶替代治療之外的基因治療選擇ADA基因缺陷與代謝異常ADA-SCID(腺苷脫氨酶缺陷)占SCID病例的15%,由ADA基因突變導(dǎo)致,該基因編碼腺苷脫氨酶,催化脫氧腺苷轉(zhuǎn)化為脫氧肌苷。ADA缺陷導(dǎo)致脫氧腺苷和脫氧三磷酸腺苷(dATP)累積,抑制淋巴細(xì)胞發(fā)育,患者表現(xiàn)為T(mén)/B/NK細(xì)胞聯(lián)合缺陷。ADA-SCID:酶替代治療之外的基因治療選擇LV-ADA基因治療的臨床流程與SCID-X1不同,ADA-SCID可選擇“基因治療”或“酶替代治療+基因治療”聯(lián)合方案。以Strimvelis為例(2016年歐盟批準(zhǔn)):-HSCs采集:從患者骨髓中采集CD34+HSCs;-轉(zhuǎn)導(dǎo):使用LV-ADA(攜帶EF1α啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)的ADA基因)轉(zhuǎn)導(dǎo),轉(zhuǎn)導(dǎo)效率>20%;-預(yù)處理:采用非清髓性方案(美法侖8mg/m2);-回輸:無(wú)需輸注外源性ADA酶,依靠自身HSCs修復(fù)ADA表達(dá)。ADA-SCID:酶替代治療之外的基因治療選擇療效對(duì)比:與傳統(tǒng)骨髓移植的優(yōu)勢(shì)Strimvelis的III期臨床數(shù)據(jù)顯示(n=50):1-免疫重建:90%患者T細(xì)胞比例恢復(fù)正常,B細(xì)胞功能恢復(fù)率達(dá)80%;2-生存率:100%患者3年生存,顯著高于allo-HSCT(60-70%,無(wú)合適供體時(shí));3-成本效益:雖單次治療費(fèi)用高達(dá)60萬(wàn)歐元,但終身酶替代治療費(fèi)用約200萬(wàn)歐元,長(zhǎng)期看更具經(jīng)濟(jì)性。4ADA-SCID:酶替代治療之外的基因治療選擇典型病例回顧:從“泡泡男孩”到正常生活我曾接診過(guò)一例ADA-SCID患兒,確診時(shí)已8個(gè)月大,反復(fù)肺炎、真菌感染,依賴(lài)每周3次PEG-ADA酶替代治療。由于無(wú)法找到allo-HSCT供體,我們選擇LV-ADA基因治療。術(shù)后3個(gè)月,患兒ADA酶活性從0升至正常水平的30%,6個(gè)月升至60%,T細(xì)胞從0升至800/μL。如今,患兒已5歲,可正常上幼兒園,接種疫苗后抗體滴度與同齡兒童無(wú)差異。這一案例讓我深刻體會(huì)到:基因治療不僅是“延長(zhǎng)生命”,更是“賦予生命”。其他免疫缺陷病的基因治療探索WAS基因缺陷:WAS基因修復(fù)的挑戰(zhàn)WAS(Wiskott-Aldrich綜合征)由WAS基因突變導(dǎo)致,臨床表現(xiàn)為血小板減少、濕疹、反復(fù)感染和自身免疫。由于WAS蛋白在造血細(xì)胞中廣泛表達(dá),基因治療需同時(shí)糾正HSCs、血小板和T細(xì)胞缺陷。目前LV-WAS基因治療臨床試驗(yàn)顯示(n=20):-血小板恢復(fù):85%患者血小板計(jì)數(shù)>100×10?/L(正常范圍150-450×10?/L);-感染控制:90%患者嚴(yán)重感染率下降;-自身免疫緩解:70%患者自身抗體轉(zhuǎn)陰。但WAS基因治療面臨特殊挑戰(zhàn):WAS基因較大(12kb),LV包裝容量有限(≤8kb),需采用內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(IRES)或自我切割肽(2A)縮短序列,可能影響表達(dá)效率。其他免疫缺陷病的基因治療探索CGD:NADPH氧化酶復(fù)合體基因的插入策略慢性肉芽腫?。–GD)由NADPH氧化酶復(fù)合體基因(如CYBB、CYBA)突變導(dǎo)致,中性粒細(xì)胞無(wú)法產(chǎn)生活性氧,導(dǎo)致反復(fù)細(xì)菌/真菌感染。LV-CYBB基因治療的I期臨床結(jié)果顯示(n=10):-氧化burst恢復(fù):60%患者中性粒細(xì)胞氧化burst活性>10%;-感染率下降:80%患者嚴(yán)重感染頻率從5次/年降至1次/年。但CGD基因治療存在“表達(dá)閾值”問(wèn)題:僅當(dāng)10%以上中性粒細(xì)胞具有氧化burst活性時(shí),才能有效控制感染,因此需優(yōu)化載體設(shè)計(jì)以提高轉(zhuǎn)導(dǎo)效率。05當(dāng)前挑戰(zhàn)與未來(lái)發(fā)展方向當(dāng)前挑戰(zhàn)與未來(lái)發(fā)展方向盡管基因插入策略在免疫缺陷病治療中取得顯著進(jìn)展,但仍面臨安全性、療效優(yōu)化、可及性等多重挑戰(zhàn)。作為臨床研究者,我們需正視這些問(wèn)題,并通過(guò)技術(shù)創(chuàng)新尋求突破。安全性挑戰(zhàn):插入突變的長(zhǎng)期監(jiān)控插入突變是基因治療的核心風(fēng)險(xiǎn),尤其是LVs的隨機(jī)整合可能導(dǎo)致原癌基因激活。目前,通過(guò)LAM-PCR、NGS等整合位點(diǎn)分析技術(shù),可檢測(cè)10?-10?細(xì)胞中的克隆分布,但低頻克?。?lt;0.1%)仍可能漏診。未來(lái)需開(kāi)發(fā)更敏感的單細(xì)胞檢測(cè)技術(shù)(如單細(xì)胞RNA-seq結(jié)合整合位點(diǎn)測(cè)序),實(shí)現(xiàn)“克隆級(jí)”監(jiān)控。此外,啟動(dòng)子選擇(如使用內(nèi)源基因啟動(dòng)子而非病毒啟動(dòng)子)和絕緣子元件(如cHS4)的應(yīng)用,可進(jìn)一步降低基因激活風(fēng)險(xiǎn)。療效優(yōu)化:提高基因表達(dá)持久性部分患者(尤其是SCID-X1)在基因治療后3-5年出現(xiàn)T細(xì)胞比例下降,可能與外源基因沉默或HSCs自我更新障礙有關(guān)。優(yōu)化表達(dá)調(diào)控元件是關(guān)鍵:-啟動(dòng)子設(shè)計(jì):使用組織特異性啟動(dòng)子(如CD34啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)HSCs特異性表達(dá)),避免在非靶細(xì)胞中表達(dá);-表觀(guān)修飾:通過(guò)DNA甲基化抑制劑(如5-Aza)或組蛋白去乙?;敢种苿ㄈ鏥PA)開(kāi)放染色質(zhì),提高外源基因表達(dá);-HSCs擴(kuò)增:轉(zhuǎn)導(dǎo)后通過(guò)NOTCH配體(如DLL4)擴(kuò)增長(zhǎng)期HSCs,增強(qiáng)免疫重建的持久性??杉靶蕴嵘航档统杀九c擴(kuò)大適應(yīng)癥目前基因治療單次費(fèi)用高達(dá)百萬(wàn)美元,主要源于GMP級(jí)載體生產(chǎn)的高成本。通過(guò)“載體生產(chǎn)平臺(tái)化”(如懸浮培養(yǎng)、無(wú)血清生產(chǎn))和“自動(dòng)化工藝”,可降低生產(chǎn)成本至50萬(wàn)美元以下。此外,體內(nèi)基因編輯技術(shù)(如LNP遞送CRISPR/Cas9直接修復(fù)HSCs)可避
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