合成生物學“細胞工廠”生產過程的實時代謝流分析與優(yōu)化軟件服務合同鑒于甲方希望利用先進的合成生物學技術，通過構建和優(yōu)化“細胞工廠”以實現特定化學物質的高效、低成本生產，并希望通過實時代謝流分析技術對生產過程進行精細調控和優(yōu)化；

乙方擁有在合成生物學、代謝工程及實時代謝流分析領域的專業(yè)技術、軟件平臺和豐富經驗，能夠為甲方提供“細胞工廠”生產過程的實時代謝流分析與優(yōu)化軟件服務；

為明確雙方的權利與義務，經友好協商，達成如下協議：

###**一、服務內容**

1.**實時代謝流分析平臺搭建**：乙方根據甲方的“細胞工廠”模型需求，提供定制化的實時代謝流分析軟件平臺，包括數據采集模塊、代謝通路分析模塊、動態(tài)調控模塊及可視化界面。

2.**數據采集與整合**：乙方協助甲方采集“細胞工廠”培養(yǎng)過程中的關鍵代謝物濃度、酶活性等實時數據，并整合至分析平臺。

3.**代謝通路分析與瓶頸識別**：乙方利用軟件平臺對“細胞工廠”的代謝網絡進行動態(tài)模擬，識別生產過程中的速率限制步驟和代謝瓶頸。

4.**優(yōu)化方案設計**：基于分析結果，乙方提供基因工程、酶工程或培養(yǎng)條件優(yōu)化等策略建議，以提升目標產物的產量或降低副產物生成。

5.**軟件培訓與技術支持**：乙方為甲方提供實時代謝流分析軟件的操作培訓，并承諾在服務期內提供技術支持，解決使用過程中遇到的問題。

###**二、服務周期與費用**

1.**服務周期**：本合同項下的服務自雙方簽署之日起至合同終止，具體分為三個階段：

-第一階段：平臺搭建與初步分析（為期3個月）；

-第二階段：深度優(yōu)化與驗證（為期6個月）；

-第三階段：成果交付與后續(xù)支持（為期3個月）。

2.**費用與支付方式**：

-第一階段費用：人民幣伍拾萬元整（￥500,000.00），合同簽署后7日內支付；

-第二階段費用：人民幣壹佰萬元整（￥1,000,000.00），完成階段性報告后支付；

-第三階段費用：人民幣伍拾萬元整（￥500,000.00），項目驗收后支付。

費用包含軟件開發(fā)、數據分析、技術支持及培訓費用，不含甲方提供的實驗材料成本。

###**三、知識產權歸屬**

1.**背景知識產權**：雙方各自擁有的獨立知識產權仍歸各自所有。

2.**項目成果知識產權**：

-由乙方獨立開發(fā)的軟件平臺及相關算法，其知識產權歸乙方所有；

-雙方共同完成的優(yōu)化方案或改進技術，其知識產權歸雙方共有，具體權利義務另行協商。

乙方應協助甲方在服務期內產生的數據及分析結果形成技術文檔，用于甲方內部生產改進。

###**四、保密條款**

1.雙方應對本合同履行過程中知悉的對方商業(yè)秘密、技術信息等承擔保密義務，未經對方書面同意，不得泄露給第三方或用于合同目的之外的其他用途。

2.保密期限為合同終止后3年，或直至相關信息進入公共領域為止。

###**五、違約責任**

1.若乙方未能按合同約定完成服務內容，應承擔相應的違約責任，并退還已收取的部分費用。

2.若甲方未能按時支付費用，每逾期一日，應按逾期金額的千分之五向乙方支付違約金。

###**六、合同終止**

1.本合同在以下情形下終止：

-雙方協商一致解除；

-一方嚴重違約，守約方有權解除；

-服務周期屆滿且雙方無續(xù)約意向。

2.合同終止后，乙方應向甲方交付所有已完成的軟件平臺、分析報告及技術文檔，甲方支付全部未付款項。

###**七、爭議解決**

因本合同引起的或與本合同有關的任何爭議，雙方應友好協商解決；協商不成的，任何一方均有權向乙方所在地人民法院提起訴訟。

###**八、其他**

1.本合同自雙方簽字蓋章之日起生效，一式兩份，甲乙雙方各執(zhí)一份。

2.未經雙方書面同意，任何一方不得修改或轉讓本合同。

3.本合同未盡事宜，雙方可另行簽訂補充協議，補充協議與本合同具有同等法律效力。

**甲方（蓋章）：**_________________________

**授權代表（簽字）：**_________________________

**日期：**_________________________

**乙方（蓋章）：**_________________________

**授權代表（簽字）：**_________________________

**日期：**_________________________

###**附件列表**

1.**實時代謝流分析軟件平臺用戶手冊**

2.**“細胞工廠”初始代謝模型數據**

3.**服務階段驗收標準與報告模板**

4.**背景知識產權說明文件**

5.**保密信息清單（可選）**

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###**違約行為羅列及認定**

####**甲方違約行為**

1.**未按時支付費用**：包括階段付款逾期、拒絕支付未完成服務的費用等。

-**認定**：根據合同金額和逾期天數計算違約金（千分之五/日）。

2.**提供虛假或關鍵不完整的數據**：導致乙方無法完成分析或優(yōu)化。

-**認定**：乙方有權暫停服務或解除合同，已付款項不予退還。

####**乙方違約行為**

1.**未按期交付核心服務內容**：如平臺搭建延遲、分析結果嚴重偏差等。

-**認定**：按延遲程度扣減相應費用，若影響甲方生產，需額外提供補償方案。

2.**泄露甲方商業(yè)秘密**：包括技術數據、成本信息等。

-**認定**：承擔賠償責任（如實際損失×2），并可能被訴侵權。

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###**法律名詞解釋**

1.**實時代謝流分析**：通過實時監(jiān)測代謝物濃度，動態(tài)模擬細胞內代謝網絡，以優(yōu)化生產效率的技術方法。

2.**知識產權歸屬**：指合同中約定成果（如軟件代碼、專利）的歸屬權，通常需明確是獨占、共有或授權使用。

3.**商業(yè)秘密**：不為公眾所知、具有商業(yè)價值并經權利人采取保密措施的技術信息或經營信息。

4.**違約金**：當事人約定或法律規(guī)定的，因違約行為需支付的金錢責任。

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###**執(zhí)行過程中可能遇到的問題及解決辦法**

####**問題1：數據質量不足**

-**現象**：甲方提供的實驗數據不連續(xù)或存在異常值，影響分析準確性。

-**解決辦法**：

-合同中明確數據提交標準（如采樣頻率、檢測方法）；

-乙方提供數據清洗工具或預處理服務。

####**問題2：優(yōu)化方案未達預期**

-**現象**：乙方提出的基因改造建議效果不佳，導致甲方產量未提升。

-**解決辦法**：

-約定優(yōu)化效果的量化標準（如目標產物提高≥20%）；

-免費提供二次優(yōu)化方案（若非乙方主觀失誤）。

####**問題3：知識產權糾紛風險**

-**現象**：甲方擔心乙方軟件侵犯第三方專利。

-**解決辦法**：

-乙方提供專利合規(guī)證明；

-合同中約定侵權責任由乙方承擔。

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###**適用場景總結**

1.**生物制藥企業(yè)**：優(yōu)化抗生素或疫苗生產菌株。

2.**化工企業(yè)**：通過工程菌生產生物基化學品（如乙醇、乳酸）。

3.**科研機構**：開發(fā)新型代謝通路用于基礎研究。

4.**農業(yè)領域**：改良作物光合效率或抗逆性。

5.**合同需特別注意**：涉及基因編輯技術的場景需額外審查監(jiān)管合規(guī)性（如CRISPR專利爭議）。

###**特殊應用場合及需增加的條款**

**1.場合：生物基材料生產（如生物塑料PHA）**

***特殊需求：**生產過程可能涉及復雜的代謝平衡調控，副產物（如乳酸）積累可能影響目標產物PHA的合成。需要更精細的過程調控和長期穩(wěn)定性驗證。

***需增加條款：**

***條款：長期穩(wěn)定性測試與驗證**

***內容：**乙方需對優(yōu)化后的“細胞工廠”在連續(xù)培養(yǎng)（例如，至少30代）或間歇培養(yǎng)（例如，6個月周期）下的性能進行測試，確保目標產物產量和純度穩(wěn)定，并提交詳細測試報告。若穩(wěn)定性未達約定標準（如初始產量的90%），乙方需提供額外的穩(wěn)定性提升方案。

***條款：副產物抑制與管理**

***內容：**明確約定針對可能影響目標產物合成的副產物（如在本例中為乳酸），乙方需提供至少兩種不同的管理策略（如反饋抑制調控、基因劑量調整），并進行分析評估。

**2.場合：抗腫瘤藥物前體化合物生產**

***特殊需求：**藥物前體合成路徑可能復雜且對宿主細胞毒性較高，需要高濃度目標產物產出，同時需嚴格控制代謝副產物，且涉及嚴格的生物安全等級要求。

***需增加條款：**

***條款：生物安全與風險評估**

***內容：**乙方需提供針對高毒性中間體或最終產物的生物安全風險評估報告。若涉及改造高風險菌株，需明確生物安全操作規(guī)范（如BSL級別要求），并承擔因自身操作違反規(guī)范導致的安全責任。

***條款：高濃度目標產物優(yōu)化承諾**

***內容：**明確乙方需致力于將目標產物濃度提升至特定水平（如細胞干重或培養(yǎng)基體積的X%），并分階段提供進展報告。若最終濃度未達約定下限，需退還部分服務費或提供免費強化優(yōu)化服務。

**3.場合：燃料乙醇工業(yè)化生產**

***特殊需求：**工業(yè)化規(guī)模要求低成本、高效率、耐高濃度底物（如糖蜜、玉米漿）的菌株。需關注發(fā)酵過程的動態(tài)調控和放大效應。

***需增加條款：**

***條款：工業(yè)發(fā)酵適應性驗證**

***內容：**乙方需在至少兩種代表性的工業(yè)級底物（如甲方提供的實際原料）上測試優(yōu)化后的“細胞工廠”性能，驗證其在真實生產環(huán)境下的適應性和效率，并提供測試報告。

***條款：過程放大與優(yōu)化**

***內容：**增加關于中試或工業(yè)化規(guī)模（如100L以上）發(fā)酵的模擬或實際測試要求，乙方需提供考慮放大效應的優(yōu)化建議。

**4.場合：環(huán)境污染物（如石油烴）降解工程菌構建**

***特殊需求：**需要長期、持續(xù)地分泌降解酶或維持特定代謝活性，可能涉及多基因表達調控，且需在復雜環(huán)境（如土壤、水體）中表現穩(wěn)定。

***需增加條款：**

***條款：長期外源代謝活性維持**

***內容：**若優(yōu)化涉及外源基因表達，需明確約定外源基因的穩(wěn)定表達機制（如強啟動子、核糖體結合位點優(yōu)化）及長期活性維持策略，并提供相關驗證數據。

***條款：極端環(huán)境適應性（如適用）**

***內容：**若工程菌需在特定極端環(huán)境（如高溫、高鹽、高壓）下工作，需增加相關適應性改造的條款，并明確性能指標（如存活率、降解效率）。

**5.場合：合成生物學工具酶開發(fā)**

***特殊需求：**重點在于開發(fā)具有新功能或更高效率的工具酶，而非直接生產最終產品。需要詳細的酶學性質表征和知識產權（特別是專利）的明確約定。

***需增加條款：**

***條款：工具酶專利策略與歸屬**

***內容：**明確乙方在開發(fā)過程中產生的新酶或關鍵改造區(qū)域的專利申請策略（如是否申請專利、申請主體）。約定由誰承擔專利申請和維護費用，以及專利權歸屬的具體細節(jié)。

***條款：詳細酶學表征要求**

***內容：**列出對工具酶的具體表征指標（如比活性、米氏常數Km、最適pH/溫度、底物特異性、穩(wěn)定性等），并要求乙方提供完整的酶學性質報告。

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###**附件條款補充**

**1.當有第三方介入時，需要增加的第三方的款項（責權利）及具體內容**

***場景描述：**甲方可能引入設備供應商、上游原料供應商或其他技術服務方（如基因合成公司），這些第三方與“細胞工廠”的生產或優(yōu)化過程相關。

***需增加的附件條款（可命名為“第三方參與管理”）：**

***條款：第三方識別與信息提供**

***內容：**甲方應在合同簽訂后XX日內，向乙方提供可能參與本項目的關鍵第三方清單（名稱、角色、合作內容）。若第三方提供的技術或服務對乙方分析或優(yōu)化有影響（如提供的菌株、原料批次差異），甲方有義務及時通知乙方。

***條款：第三方接口協調**

***內容：**若第三方提供的服務（如基因合成、設備安裝）與乙方提供的軟件分析或模型優(yōu)化存在接口或數據交換需求，甲方負責協調雙方溝通，確保信息順暢。因協調不力導致的延誤或錯誤，由甲方承擔相應責任。

***條款：第三方責任界定（可選）**

***內容：**可約定，若因第三方提供的產品（如基因片段質量不合格）或服務（如設備故障）直接導致乙方服務無法按預期完成，相關責任由提供該產品或服務的第三方承擔，甲方應在合理范圍內協助乙方向第三方追責。

**2.當以上合同是以甲方為主導時，需要額外增加的甲方主動性（責權利）合同條款及具體內容**

***場景描述：**甲方在項目方向、實驗執(zhí)行、數據提供等方面扮演更主動的角色。

***需增加的合同條款（可命名為“甲方主導責任條款”）：**

***條款：關鍵實驗資源提供保障**

***內容：**甲方承諾提供必要的實驗設施（如生物反應器、發(fā)酵罐）、核心試劑、宿主菌株基礎庫等，并保證其處于良好運行狀態(tài)。若因甲方提供的資源問題導致乙方無法開展必要實驗，甲方應承擔相應延誤責任。

***條款：優(yōu)先決策權（特定領域）**

***內容：**對于與甲方核心業(yè)務直接相關的最終工藝參數選擇（如目標產物純化策略、培養(yǎng)基優(yōu)化細節(jié)），甲方擁有最終決策權，但需在乙方提供技術評估報告后做出決策。

***條款：數據真實性及完整性保證**

***內容：**甲方保證向乙方提供的所有背景數據（如原始菌株代謝譜、底物成分）真實、準確、完整。因數據虛假或不全導致乙方分析結果偏差或無法服務的，甲方承擔全部責任，并可能被要求退還費用。

**3.當以上合同是以乙方為主導時，需要額外增加的乙方主動性（責權利）合同條款及具體內容**

***場景描述：**乙方在技術方案制定、平臺開發(fā)、分析主導等方面擁有更大自主權。

***需增加的合同條款（可命名為“乙方主導責任條款”）：**

***條款：技術方案主導與甲方確認機制**

***內容：**乙方在服務各階段擁有技術方案制定的主導權，但關鍵方案（如引入核心改造基因、調整軟件核心算法）需在實施前提交甲方進行技術評審和確認。甲方應在收到方案后XX日內給予書面反饋。

***條款：軟件平臺迭代與更新義務**

***內容：**乙方承諾，在服務期內及之后的一定年限內（如1年），將持續(xù)對實時代謝流分析軟件進行功能迭代和性能優(yōu)化，并根據合同約定或實際需求進行版本更新，并通知甲方。

***條款：乙方知識產權的許可使用**

***內容：**明確乙方提供的軟件平臺及部分分析算法（若未明確歸乙方所有）在甲方使用范圍內的許可性質（如是否為排他性、是否可再許可給第三方等），以及可能的許可費用（若適用）。

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###**原始合同所需的所有的詳細的附件列表**

1.**實時代謝流分析軟件平臺用戶手冊**(包含界面操作、功能介紹、數據導入導出說明等)

2.**“細胞工廠”初始代謝模型數據**(包括基因組序列、已發(fā)表代謝通量數據、初步實驗測量數據等)

3.**服務階段驗收標準與報告模板**(明確各階段交付物的質量要求和格式)

4.**背景知識產權說明文件**(列出雙方各自擁有的可能影響本項目的已授權專利、軟著等)

5.**保密信息清單（可選）**(明確約定哪些信息屬于需要保密的范圍)

6.**第三方參與管理（如適用）**(見上文補充條款內容，可單獨成附件)

7.**甲方主導責任條款確認函（如適用）**(甲方確認理解并同意其主導責任)

8.**乙方主導責任條款確認函（如適用）**(乙方確認理解并同意其主導責任)

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###**原始合同所涉及到的法律名詞及名詞解釋**

1.**實時代謝流分析(Real-timeMetabolicFluxAnalysis):**通過實時監(jiān)測生物體內關鍵代謝物濃度變化，結合模型計算，動態(tài)追蹤代謝物跨步驟的流動速率（通量），從而評估代謝網絡狀態(tài)、識別瓶頸并進行過程調控的一種技術方法。

2.**知識產權歸屬(IntellectualPropertyOwnership):**指合同中約定創(chuàng)造性的智力成果（如軟件代碼、專利申請權、技術秘密等）的法定權利歸屬主體（例如，屬于甲方、乙方單獨所有，或雙方共同所有）。

3.**商業(yè)秘密(TradeSecret):**指不為公眾所知悉、能為權利人帶來經濟利益、具有實用性并經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息（如配方、工藝流程、客戶名單、技術數據等）。

4.**違約金(LiquidatedDamages):**合同雙方事先約定的，在一方違反合同時應向對方支付的一定金額的金錢，用以彌補守約方的實際損失或作為懲罰。

5.**合同終止(TerminationofContract):**指合同因約定的終止條件成就（如合同履行完畢、協商一致解除、一方違約導致合同目的無法實現等）而歸于消滅的法律狀態(tài)。

6.**生物安全(BiologicalSafety):**指為防止生物因子（如病原微生物、轉基因生物）對人體健康、生態(tài)環(huán)境造成危害而采取的一系列防護措施和管理制度。

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###**本合同在實際操作過程中，會遇到的相關問題及注意事項進行羅列，并給出具體的解決辦法**

1.**問題：數據質量與完整性不足**

***現象：**甲方提供的初始數據零散、錯誤或缺失關鍵測量點，影響模型構建和分析精度。

***解決辦法：**

***預防：**合同中明確約定所需數據的類型、格式、采樣頻率和精度要求。要求甲方在項目啟動前提供詳細的數據清單和獲取方式。

***處理：**若數據不滿足要求，乙方有權暫停服務，要求甲方補充或修正。若甲方無法提供所需數據，項目可能需要調整范圍或目標。乙方應提供數據清洗和插值方法建議，并在報告中說明數據限制對結果的影響。

2.**問題：分析結果與實際生產偏差**

***現象：**軟件模擬的優(yōu)化方案在實際發(fā)酵罐中效果不佳，與模擬結果差異較大。

***解決辦法：**

***預防：**合同中增加“工業(yè)放大適應性驗證”條款（見特殊場合補充），要求在中試規(guī)模進行驗證。

***處理：**分析偏差原因（可能是模型簡化、實際環(huán)境條件未考慮、菌株穩(wěn)定性問題等）。乙方應結合實際生產數據，重新運行模型或調整參數。若偏差顯著且非甲方原因，乙方應承擔相應優(yōu)化工作，直至達到約定標準或雙方協商新的驗收標準。

3.**問題：知識產權糾紛風險**

***現象：**乙方開發(fā)的軟件或提出的改造方案可能侵犯第三方專利，或甲方使用的背景技術可能涉及乙方專利。

***解決辦法：**

***預防：**乙方應在合同前進行專利自由實施（FTO）分析。合同中明確約定知識產權歸屬，并要求乙方提供相關專利合規(guī)性保證或承諾。甲方需確保其使用的技術不侵犯第三方權利。

***處理：**如發(fā)生侵權糾紛，由侵權方承擔全部法律責任和費用。合同中可約定違約金或賠償上限，以降低風險。

4.**問題：保密信息泄露風險**

***現象：**在合作過程中，甲方的核心技術數據或乙方的分析算法被不相關人員知悉或泄露。

***解決辦法：**

***預防：**簽訂詳細的保密協議（NDA），明確保密范圍、期限、責任和違約后果。對接觸敏感信息的員工進行保密培訓。限制參與項目的第三方接觸核心保密信息。

***處理：**一旦發(fā)生泄露，立即采取措施（如通知對方、凍結相關數據訪問）并調查原因。根據合同追究泄密方的責任，并要求賠償損失。

5.**問題：項目范圍蔓延（ScopeCreep）**

***現象：**甲方在項目執(zhí)行過程