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文檔簡介

1、。1.登錄和文件傳輸?shù)卿浄绞绞莝sh,類似于telnet。推薦的登錄工具是putty或安全外殼(/html/download/ser/20070917/35112.html,不需要安裝綠色版本)在地址欄中輸入該集群的登錄地址(對應(yīng)于節(jié)點1的局域網(wǎng)地址),點擊“打開”,將出現(xiàn)一個登錄窗口。輸入用戶名和密碼。文件傳輸是sftp,類似于傳統(tǒng)的ftp,但它的協(xié)議更安全、更可靠。推薦的工具是filezilla。(/p/filezilla/download?filename=filezilla _ 3 . 3 . 2 _ wi

2、n32 . zip,不需要安裝綠色版本)輸入登錄地址9,輸入用戶名和密碼,填寫端口22(本軟件支持ftp,端口為21),點擊快速連接即可使用。操作方法類似于常用的ftp工具。2.圖形窗口支持Linux推薦vnc。Vnc可以在服務(wù)器端保持用戶的操作狀態(tài),即使斷開連接,也不會影響正在進行的操作和計算。登錄到linux服務(wù)器并在命令行上運行vncserver。首次運行時,您需要輸入VNC登錄的密碼:根據(jù)提示輸入新的vnc密碼。該密碼與用戶登錄密碼無關(guān),并且在登錄vnc時是必需的。此處提示的節(jié)點1:2是vnc成功打開的端口。運行vncclient,輸入登錄服務(wù)器地址和端口號,單

3、擊確定,輸入之前設(shè)置的密碼,然后進入圖形窗口。注意:1.第一次啟動vncserver后,vnc連接始終可用,所有圖形窗口都保留在Linux服務(wù)器上。因此,每次服務(wù)器重新啟動后,只需運行一次vncserver。由于有許多用戶,請不要啟動一個以上。2.如果需要使用節(jié)點2的圖形界面,可以執(zhí)行ssh -X節(jié)點2。3.工作提交3.1。流利的3.1.1。圖形模式下的操作首先,通過VNC登錄圖形界面。如果沒有終端,請單擊桌面上的左鍵選擇Xterm,并輸入以下命令運行:這里我的主機是用戶指定的主機文件,內(nèi)容如下:節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點2節(jié)點2節(jié)點2節(jié)點2-t8指定八個核心參與計算,即節(jié)點1上的四個核心和

4、節(jié)點2上的四個核心。在圖形界面下導(dǎo)入cas和數(shù)據(jù)文件,修改和設(shè)置邊界條件等。并計算它們(與在窗口下運行獨立的Fluent相同,但省略):注意:當(dāng)使用圖形界面在VNC運行流暢時,不需要保持電腦和服務(wù)器之間的連接。只要vncserver沒有重新啟動,它就可以隨時連接到原始窗口。3.1.2。以命令行模式運行要創(chuàng)建script1文件:腳本1內(nèi)容如下:(注:fl5m1.cas是cas的文件名,可根據(jù)實際情況修改;求解/迭代25意味著迭代25個步驟,步驟的數(shù)量可以根據(jù)需要進行修改。)使用命令行計算流暢性:這里我的主機是用戶指定的主機文件,內(nèi)容如下:節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點1節(jié)點2節(jié)點2節(jié)點2節(jié)點2-t8指定

5、八個核心參與計算,即節(jié)點1上的四個核心和節(jié)點2上的四個核心。3.1.3。作業(yè)調(diào)度模式下的操作注意:PBS僅在流暢的命令行操作模式下提交作業(yè)1.編譯腳本script1,如下所示(以與上述腳本相同的方式):檔案/剛果民盟fl5m1.cas.gz求解/迭代25/file/wcd fl5m1_final.dat并行/定時器/用法出口是2.編輯pbs腳本fluent.pbs,內(nèi)容如下:#!/bin/bash#PBS -N作業(yè)1-8cpu節(jié)點數(shù)=1:ppn=8#公共廣播服務(wù)-運行經(jīng)驗輸入文件=腳本1OUTPUTFILE=script1.logcd $PBS_O_WORKDIR# pib.dapl表示使用i

6、b協(xié)議和udapl方式。t8表示使用# 8處理器#NP= cat $ PBS _ NODEFILE | WC-l 1日期流暢的3d-t $ NP-CNF=$ PBS _ NODEFILE-g-I $ INPUT $ OUTPUT日期退出0提交工作:qsub fluent.pbs使用qstat -a、pbsnodes -a和top命令檢查作業(yè)是否正常排隊。注意:紅色字體需要根據(jù)實際情況改變,黑色字體是固定格式。3.1.4。獲得計算結(jié)果1.如果fluent是通過圖形界面運行的,您可以選擇將dat文件保存在當(dāng)前工作目錄或菜單中的其他目錄下,然后使用ftp軟件將dat文件下載到終端pc上,然后進行后處

7、理。2.如果用命令行的方式運行流利,dat文件自動保存到當(dāng)前目錄,文件名由腳本1文件的內(nèi)容決定(例如 file/wcd fl5m1_final.dat 則表示dat文件為fl5m1_final.dat),用軟件將dat文件下載到終端個人計算機機上,即可進行后處理。3.2 .Ansys作業(yè)3.2.1 .圖形方式運行通過vnc登錄以后,運行啟動121,即可進入ansys界面,選擇相關(guān)的模塊點擊奔跑即可。3.2.2 .命令行方式運行在命令行方式下,不能進行交互的圖形操作,所有的命令需要通過命令流來實現(xiàn)。假設(shè)寫好的命令流文件為inp,運行方式如下:單節(jié)點:輸入。InP輸出。原木多節(jié)點運行:ANSYS

8、121-機器節(jié)點1:16:節(jié)點2:16-I輸入。InP輸出。原木3.2.3 .作業(yè)調(diào)度方式運行編寫一個pbs腳本ansys.pbs如下所示:#!/bin/bash#公共廣播服務(wù)-運行經(jīng)驗# # # #您只需要和可以編輯的是在兩行之間# # # # # # # # # # # # # # # # # # # #我的測試基站節(jié)點數(shù)=1:ppn=16輸入文件=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #結(jié)尾# # # # # #

9、# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #cd $PBS_O_WORKDIRnp=1對于類別$PBS_NODEFILE 中的節(jié)點;做主機=$NODE如果-z $最后一個主機;然后如果$ host=$ last host;然后np=expr $ np 1其他if-z $ MLIst;然后mList=$lasthost:$np其他mList=$ mList : $最后一個主機: $ NP船方不負(fù)擔(dān)裝貨費用np=1船方不負(fù)擔(dān)裝貨費用船方不負(fù)擔(dān)裝貨費用lasthost=$host完成的if-z $ MLIst;然后mList=$lasth

10、ost:$np其他mList=$ mList : $最后一個主機: $ NP船方不負(fù)擔(dān)裝貨費用ANSYS 121-dis-machines $ MList-I $ INPUTTFILE-o $ OUTPUTFILE寫完以后提交方式與流利的相同,qsub ansys.pbs即可。3.3 .CFX作業(yè)3.3.1 .圖形方式運行在圖形窗口中運行cfx5即可。3.3.2 .命令行方式運行CFX支持鼠肺炎病毒和平均彈著點兩種方式的并行,通常平均彈著點的性能更好一些,建議采用。同時還有當(dāng)?shù)氐暮头植际降膬煞N運行模式,單機上建議采用當(dāng)?shù)氐哪J?,而跨?jié)點時只能采用分布式的模式。cfx5solve命令可直接進入求

11、解模式。cfx5solve -def基準(zhǔn)。定義-距離節(jié)點1*8在本機上用8個核心并行CFX 5分辨率基準(zhǔn)。定義-距離節(jié)點1*8,節(jié)點2*8采用2個節(jié)點各8個核心進行分布式并行計算3.3.3 .作業(yè)調(diào)度方式運行測試節(jié)點34 CFX BM$卡特彼勒PBS _ CFX。IB#!/bin/bash#PBS -N CFX_8cpu節(jié)點數(shù)=1:ppn=8輸入文件=基準(zhǔn)定義輸出文件=基準(zhǔn)日志# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #您不需要修改# # # # # # #

12、下面的行# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #PeHostfile2MachineFile()cat $1 |讀取行時;做# echo $line主機=echo $ line#在此添加代碼,將常規(guī)主機名映射到自動柜員機主機名if-z $ MLIst;然后mList=$host*1 其他mList=$mList,$主機*1 船方不負(fù)擔(dān)裝貨費用echo $mList完成的CFX _ PBS _ NODEFILE=/tmp/CFX _ whoami _ $ PBS _

13、JOBID pehostfile 2計算機文件$ PBS _ NODEFILE | sed的# b節(jié)點#g $CFX_PBS_NODEFILENPROCS= WC-l $ PBS _ NODEFILE cd $PBS_O_WORKDIRCFX 5解析-def $ INPUTFILE-par-dist tail-n1 $ CFX _ PBS _ NODEFILE 1寫完腳本就可以按如下方式提交作業(yè):testnode34 cfxbm$ qsub cfx.pbs3.4 .ABAQUS作業(yè)3.4.1 .圖形方式運行在圖形窗口中運行abaqus cae即可。3.4.2 .命令行方式運行單節(jié)點運行:梁荷載

14、。InP中央處理器=8跨節(jié)點運行:首先需要添加指定運行節(jié)點。在工作目錄進行以下操作:echo mp_host_list=node1 ,8,node2 ,8 abaqus_v6.env表示分別從節(jié)點1、節(jié)點2調(diào)用8個核心來進行計算。設(shè)置好了環(huán)境變量以后,通過梁荷載。輸入處理器=16輸入來運行。3.4.3 .作業(yè)調(diào)度方式運行測試節(jié)點34 CFX BM$卡特彼勒PBS _ CFX。IB#!/bin/bash作業(yè)編號節(jié)點數(shù)=2:ppn=8#公共廣播服務(wù)-運行經(jīng)驗#在此處更改您的輸入文件和作業(yè)名稱# # #INPUTFILE=studyQA_std.inp作業(yè)= echo $ INPUTFILE | cut-d ,-f1 acd $PBS_O_WORKDIR源/公共/軟件/Abaqus-6.9/Abaqus。噓中央處理器=$(文件中心-1 $公共廣播服務(wù)_節(jié)點文件| awk 打印$ 1 )mp_host_list=對于以美元表示的n(排序-u $PBS_NODEFILE)做主機列表= $ 主機列表$ n,$(grep -c $n $PBS_NODEFILE

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