1、生物信息學實驗,實習1：常用生物信息中心瀏覽及查詢 一、 實習目標： 1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上網(wǎng)的方法自學各網(wǎng)站相關介紹。 2、了解北大生物信息學中心等幾大中文生物信息學網(wǎng)站。 3、利用NCBI的Entrenz查詢系統(tǒng)和EBI的SRS檢索文獻和核酸或蛋白質序列。 1、生物信息學網(wǎng)站瀏覽,NCBI 輸入網(wǎng)址(/),/,2）European Molecular Biology Laboratory 輸入網(wǎng)址：http:/www.ebi.ac.uk/embl/,3） DDBJ (DN

2、A Data Bank of Japan ）輸入網(wǎng)址：http:/www.ddbj.nig.ac.jp/,4）北大生物信息學中心 網(wǎng)頁,2、查詢,1)Entrez (/Entrez/)查詢,(1)查詢編碼擬南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列 選擇gene 輸入arabidopsis phyE,點擊下圖1標題phytochrome E那一行,arabidopsis phyE（光敏色素E）基因位于的染色體,由網(wǎng)頁可知該基因位于擬南芥： Arabidopsis thaliana chromosome 4,（2）查詢編

3、碼擬南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列,選中: nucleotide 輸入: arabidopsis phyE,點擊右下角Arabidopsis thaliana(29),點擊3標題搜索結果,由搜索結果知： 序列編號： ACCESSION ： NM_117923 堿基 ： 3648 bp,點擊FASTA，,huo,編碼擬南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因mRNA的Fasta格式序列,點擊該處顯示蛋白質的編碼信息,點擊該網(wǎng)頁中的 NP-193547.4 獲得其蛋白質的序列,獲得蛋白質：LOCUS NP_193547 1112 aa linea

4、r PLN 28-MAY-2011可知氨基酸數(shù)目：1112aa,由記錄查找過程知： 該基因位于擬南芥的第四條染色體上 由3648堿基構成；編碼1112個氨基酸。 accession號是多少？ arabidopsis phyEmRNA的accession號：NM_117923,（2） 查詢ID號為AAH05255的蛋白質序列并最終獲得它的Fasta格式序列,AAH05255的蛋白質,它來源于什么物種？ Homo sapiens (human) 包含有多少個氨基酸？ 110aa 是什么蛋白？ Protein 1.110 /product=“insulin” (胰島素),由搜索結果知：Protein

5、 1.110 /product=“insulin” (胰島素),AAH05255的蛋白質的Fasta格式序列,3）查詢一篇關于phyA的查考文獻,選中： Pubmed 輸入： Arabidopsis phyA,有關phyA的一篇文獻,文獻名稱：Arabidopsisphytochrome a is modularly structured to integrate the multiple features that are required for a highly sensitized phytochrome. 作者名字:Oka Y,Ono Y,Toledo-Ortiz G,Kokaji

6、K,Matsui M,Mochizuki N,Nagatani A 雜志名稱: Plant Cell. 出版日期:2012 Jul;24(7):2949-62. Epub 2012 Jul 27.,實習二 BLAST和Fasta的使用 一、實習目標 1掌握BLAST的基本功能并可熟練使用 2了解FastA的基本功能及使用方法 1BLAST 用NCBI中的BLAST在線工具搜索與其相匹配的序列。,點擊進入NCBI的主界面，點BLAST,點擊Basic BLAST下的protein blast,瀏覽，選中文件中名為Rho文件,搜索結果如下：,BLAST結果逐條顯示,由網(wǎng)頁結構顯示：accessio

7、n NP_000530.1的序列相識度最高為100%,點擊第一條進入NP_000530.1,點擊GENE ID: 6010 RHO 獲得其序列信息,搜索的序列來自于Homo sapiens的rhodopsin（視紫紅質）相似度到達100%,實習三 基因預測Genscan 和 ORF Finder 一 實習目標： 1、掌握ORF Finder 對原核生物基因組進行基因預測。 2、能夠利用genscan進行基因預測。 3、能夠對預測的結果進行分析。 1. Genscan的使用 1.1、從NCBI下載基因序列核酸序列，保存其fasta格式到記事本（H.sapiens ENO3）,NCBI下載H.sa

8、piens ENO3基因序列核酸序列,H.sapiens ENO3基因序列核酸序列其fasta格式,2.使用genscan進行基因預測：輸入網(wǎng)址： /GENSCAN.html,Organism選中： Vertebrate Print option選中： Predicted CDS and peptide 將搜索到的H.sapiens ENO3基因序列核酸序列輸入到方框內,Predict genes/exons結果輸出,起始位置、終止位置,該基因起始外顯子從1624堿基處開始，到1708堿基處結束；接著有7個中間外顯子；終止外顯子在6837堿基處結束，其后還

9、有polyA信號,中間外顯子,起始外顯子,終止外顯子,H.sapiens ENO3所編碼的蛋白質序列,H.sapiens ENO3基因的CDS,2. ORF Finder 的使用,1.到ORF Finder進行基因預測 要求：通過簡單的文字描述和圖片記錄預測過程；分析預測結果：預測出Rickettsia conorii 包含多少個長度大于300bp 的基因？列舉幾個它們在基因組中的起始終止位置？是正鏈還是負鏈？長度是多少？它們分別編碼多少個氨基酸？有無重疊基因？（提示：列表說明）,輸入網(wǎng)址:/gorf/gorf.html進入以下界面:,Myc

10、oplasma capricolum 基因組核酸序列預測結果:,點擊（例子1）,無重疊序列,點擊（例子2）,有重疊序列,有重疊序列,點擊（例子3）,Rickettsia conorii分析預測結果,預測出Rickettsia conorii 包含多少個長度大于300bp 的基因？,實習4：多重序列對位- Clustal X及蛋白質結構預測Swiss-mode 一、實習目標： 1. 掌握Clustal X的基本功能及使用 2了解Clustal X 的使用范圍及優(yōu)缺點。 3學會使用Swiss-model 做簡單的預測工作。,二、實習內容： 1.ClustalX 進行多重序列比對,從“開始”啟動“程

11、序”中的clustalx-windows-xp-2.0進入如圖多重序列比對界面,點擊“file”中的 “Load Sequences”在C盤中找到p53mRNA,序列上傳后的最初界面，還沒有進行比對,在“Aligment”中選擇“Aligment parameter”中的“multiqle Aligment parameter”查看設置參數(shù),參數(shù)界面；點擊“OK”,點擊,點擊Aligment下的“Do Complete Aligment”進行多重序列比對,點擊“OK”即可，會生成兩個文件,對比完后的“CLUSTALX”,P53-mrna對比前后,以同樣的步驟p53-protein進行多重序列比對,對比完后的“CLUSTALX”,P53-protein比對前后,六個文件,六個文件：比對文本 dnd文件,P53-mrna對比前后,P53-protein比對前后,2.進入Swiss-model網(wǎng)頁,