1、分子標(biāo)記輔助選擇育種,第一章 遺傳標(biāo)記概述,定義：指可以明確反映遺傳多態(tài)性的生物 特征。 特點(diǎn)：能夠穩(wěn)定遺傳而且遺傳方式簡(jiǎn)單。 經(jīng)典遺傳學(xué)，多態(tài)性指等位基因的變異。 現(xiàn)代遺傳學(xué)，多態(tài)性指基因組中任何座位 上的相對(duì)差異。,一、 遺傳標(biāo)記的概念,形態(tài)學(xué)標(biāo)記 細(xì)胞學(xué)標(biāo)記 生化標(biāo)記 分子標(biāo)記,二、 遺傳標(biāo)記的種類,(一) 形態(tài)學(xué)標(biāo)記,形態(tài)標(biāo)記：是指那些能夠明確顯示遺傳多態(tài)性的外觀性狀，如株高、穗形、粒色或芒毛等的相對(duì)差異。,優(yōu)點(diǎn)：形態(tài)標(biāo)記簡(jiǎn)單直觀、經(jīng)濟(jì)方便； 缺點(diǎn): (1)數(shù)量在多數(shù)植物中是很有限的; (2)且多態(tài)性較差，表現(xiàn)易受環(huán)境影響， (3)有一些標(biāo)記與不良性狀連鎖。 (4)形態(tài)標(biāo)記的獲得需要通

2、過誘變、分離純合的過 程，周期較長。因此形態(tài)標(biāo)記在作物遺傳育種 中的作用是有限的。,(二) 細(xì)胞學(xué)標(biāo)記,細(xì)胞學(xué)標(biāo)記：是指能明確顯示遺傳多態(tài)性的細(xì)胞學(xué)特征。 染色體的結(jié)構(gòu)特征: 染色體的核型和帶型 染色體的數(shù)量特征: 整倍性和非整倍性,水稻IR36初級(jí)三體的形態(tài)特征,優(yōu)點(diǎn)：受環(huán)境影響較小 缺點(diǎn)（1）標(biāo)記材料的產(chǎn)生需要花費(fèi)大量的人力、 物力進(jìn)行培養(yǎng)選擇； （2）有些物種對(duì)染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目的變異 的耐受性差，難以獲得相應(yīng)標(biāo)記材料； （3）標(biāo)記的數(shù)目有限。,酶蛋白質(zhì)和非酶蛋白質(zhì),種子貯藏蛋白,醇溶蛋白,谷蛋白,水溶蛋白,同工酶,等位酶,(三) 生化標(biāo)記,isozyme,allozyme,大豆同工酶圖譜

3、,優(yōu)點(diǎn)： 蛋白質(zhì)是基因表達(dá)的產(chǎn)物，與形態(tài)標(biāo)記和細(xì)胞學(xué)標(biāo)記相比，數(shù)量上更豐富，受環(huán)境影響更小。 缺點(diǎn)： （1）每一種同工酶標(biāo)記都需要特殊的顯色方法和技術(shù)； （2）某些酶的活性具有發(fā)育和組織階段的特異性； （3）局限于反映基因組的表達(dá)信息； （4）標(biāo)記的數(shù)量有限。,(四) DNA分子標(biāo)記,1.概念 DNA分子標(biāo)記：指以DNA遺傳多態(tài)性為基礎(chǔ)的一類遺傳標(biāo)記。DNA水平的遺傳多態(tài)性表現(xiàn)為核苷酸序列的任何差異，甚至是單個(gè)核苷酸的變異。,2.分子標(biāo)記的特點(diǎn),能穩(wěn)定遺傳； 多態(tài)性高、揭示的信息量大； 無表型效應(yīng)； 不受環(huán)境影響； 不受組織和發(fā)育階段的影響； 表現(xiàn)中性 ,第二章 DNA標(biāo)記技術(shù),RFLP (

4、restriction fragment length polymorphism，限制性內(nèi)切酶酶切片段長度多態(tài)性) 標(biāo)記；,第一節(jié) 基于DNA-DNA雜交的DNA標(biāo)記,原理：生物在長期進(jìn)化的過程中，會(huì)在種、屬甚至品種間同源DNA序列的限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)上出現(xiàn)差異，在限制性內(nèi)切酶作用下產(chǎn)生許多大小不等的DNA片段，用放射性同位素標(biāo)記的DNA作探針，把與被標(biāo)記DNA相關(guān)的片段檢測(cè)出來，與DNA探針特異結(jié)合的特定限制性酶切片段即為RFLP分子標(biāo)記。,酶切位點(diǎn)突變,W1,M1,插入突變,W2,M2,缺失突變,W3,M3,8.0,2.5,8.0,W1,M1,W3,M3,W2,M2,8.0,10.5,1

5、.6,9.6,8.0,6.9,6.9,8.0,9.6,8.0,2.5,2.5,8.0,2.5,2.5,2.5,Probe,酶切位點(diǎn),RFLP實(shí)例,total DNA,RE,electrophoresis,blotting,probe(p32),hybridization,多態(tài)性來源 RE 酶切位點(diǎn)的點(diǎn)突變 限制性酶切片段內(nèi)的大片段的插入與缺失 特征特性 特定位點(diǎn)，穩(wěn)定，共顯性 DNA用量大，周期長，同位素,技術(shù)路線,第三節(jié) 基于PCR的分子標(biāo)記,94 ,37 ,72 ,PCR procedure,Cycle 1 2分子,Cycle 2 4 分子,RAPD (Randomly Amplified

6、 Polymorphism DNA),一、 RAPD 標(biāo)記,原理,周期短，操作簡(jiǎn)單，靈敏度高，DNA用量少,Simple Sequence Repeats SSR,5 repeats,7 repeats,P2 P1,二、SSR標(biāo)記,A 9 repeats,B 5 repeats,C 13 repeats,PCR,A,B,C,SSR多態(tài)性分析示意圖,ABC分別代表不同的基因型,原理,SSR引物在大豆中的擴(kuò)增譜帶,（1）數(shù)量豐富，廣泛分布于整個(gè)基因 （2）具有較多的等位性變異； （3）共顯性標(biāo)記，可鑒別出雜合子和純合子； （4）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠； （5）由于創(chuàng)建新的標(biāo)記時(shí)需知道重復(fù)序列兩端

7、的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費(fèi)用也較高。,SSR標(biāo)記的主要特點(diǎn),三、ISSR標(biāo)記（Inter-simple sequence repeats）,原理：利用真核生物基因組中廣泛存在的SSR序列，設(shè)計(jì)出各種能與SSR序列結(jié)合的PCR引物，對(duì)兩個(gè)相距較近、方向相反的SSR序列之間的DNA區(qū)段進(jìn)行擴(kuò)增。,四、 SSCP (單鏈構(gòu)象的多態(tài)性) (Single Strand Conformation Polymorphism),變性 復(fù)性,五. DD-PCR (Differential display-PCR),主要原理：,利用真核生物mRNA結(jié)尾處有POLY（A）結(jié)構(gòu)，在其3端設(shè)計(jì)象5-T11GA

8、樣引物，該引物可與mRNA總數(shù)的十二分之一結(jié)合，從而使這部分基因得到逆轉(zhuǎn)錄，同時(shí)結(jié)合5端的隨機(jī)引物（20條10-mer），可以使不同長度的基因得到擴(kuò)增。,AATTTTTTTT ACTTTTTTTT AGTTTTTTTT TATTTTTTTT TCTTTTTTTT TGTTTTTTTT CATTTTTTTT CCTTTTTTTT CGTTTTTTTT GATTTTTTTT GCTTTTTTTT GGTTTTTTTT,提取mRNA； 特定引物（12分之一）反轉(zhuǎn)錄； 特定引物和RP結(jié)合RT-PCR； 把不同處理的樣品擴(kuò)增產(chǎn)物按引物組合分別進(jìn)行電泳比較cDNA帶，從而找出差別cDNA。,具體操作：,（

9、1）簡(jiǎn)便、靈敏、高效、省時(shí)，能快速顯示mRNA的 組成。 （2）所需的mRNA量少。 （3）各樣本mRNA的差異可同時(shí)進(jìn)行比較。 （4）擴(kuò)出的cDNA可直接用于測(cè)序、文庫篩選等。,特點(diǎn),Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP標(biāo)記,原理,第四節(jié) 基于PCR和限制性酶切的分子標(biāo)記,AFLP procedure,AFLP引物 1.核心堿基序列(core)：與接頭互補(bǔ) 2.限制性內(nèi)切酶識(shí)別序列（ENZ) 3.引物3末端的選擇堿基(EXT),EcoRI adaptor: 5-CTCGTAGACTGCGTACC-3 3-CTGACGCATGGTTAA5 E0

10、0: 5-GACTGCGTACCAATTC3 MseI adaptor: 3AATGAGTCCTGAGTAG5 M00 5 TACTCAGGACTCAT-3 3GAGTCCTGAGTAGCAG-5,52,51,（1）只需要極少量的DNA模板；（2）不需要Southern雜交；（3）不需要預(yù)先知道DNA的序列信息；（4）重復(fù)性好，可快速獲得大量信息。（5）受專利保護(hù),AFLP 標(biāo)記的主要特點(diǎn),主要類型DNA分子標(biāo)記的比較,第五節(jié) DNA分子標(biāo)記在植物生物技術(shù)中的應(yīng)用,一、構(gòu)建高密度的遺傳連鎖圖 在經(jīng)典遺傳學(xué)中由于遺傳標(biāo)記的數(shù)量較少，只能建立稀疏且分布不均勻的遺傳連鎖圖。DNA分子標(biāo)記數(shù)量豐富，為

11、高密度遺傳圖譜的制作提供了可能，促進(jìn)DNA指紋的分析。,二、進(jìn)行基因定位 基因定位就是尋找與目的的基因緊密連鎖的遺傳標(biāo)記并確定其在染色體上的位置，高密度遺傳連鎖圖的建立使目的基因的定位更為方便。,三、遺傳多樣性和物種親緣關(guān)系 DNA標(biāo)記可以覆蓋整個(gè)基因組，能客觀、準(zhǔn)確地檢測(cè)物基因組DNA水平的差異。,四、種質(zhì)鑒定 利用DNA分子標(biāo)記可以鑒別品種，評(píng)估品種純度，分析農(nóng)藝性狀基因，分離和鑒別遺傳材料。,植物育種都是依植株的表型性狀進(jìn)行選擇的。DNA 標(biāo)記的出現(xiàn)使植物育種從表型選擇過渡到分子育種 的新階段。,五、育種中的分子標(biāo)記輔助選擇,第三章 分子圖譜的構(gòu)建,第一節(jié) 圖譜構(gòu)建的理論基礎(chǔ),一、染色體

12、遺傳理論,(1)體細(xì)胞核內(nèi)的染色體成對(duì)存在，其中一條來自父本， 一條來自母本，成對(duì)染色體的兩個(gè)成員是同源的。 (2)每條染色體在個(gè)體的生命周期中均能保持其結(jié)構(gòu)上的 恒定性和遺傳上的連續(xù)性，因而在個(gè)體的發(fā)育過程中 起著一定的作用。 (3)在減數(shù)分裂中，同源染色體的兩個(gè)成員相互配對(duì)，隨 后又發(fā)生分離，走向細(xì)胞的兩極，從而形成兩個(gè)單倍 體性細(xì)胞。,二、基因重組和連鎖理論,在細(xì)胞減數(shù)分裂時(shí)，非同源染色體上的基因相互獨(dú) 立、自由組合，同源染色體上的基因產(chǎn)生交換與重 組，交換的頻率隨基因間距離的增加而增大。 同一染色體上的基因在遺傳過程中一般傾向于維系 在一起，而表現(xiàn)為基因連鎖。 重組是通過一對(duì)同源染色體

13、的兩個(gè)非姊妹染色單體 之間的交換來實(shí)現(xiàn)的。,連鎖圖譜構(gòu)建的理論基礎(chǔ)是染色體的交換與重組！,重組型配子占總配子的比例稱為重組率。 重組率的高低取決于交換的頻率，而兩對(duì)基因之間的交換頻 率取決于它們之間的直線距離。 重組率的值變化于完全連鎖時(shí)的0%到完全獨(dú)立時(shí)的50%之間。 重組率可用來表示基因間的遺傳圖距，圖距單位用厘摩（centi-Morgan，cM）表示，1cM的大小大致符合1%的重組率。,三、圖譜制作的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理,兩個(gè)基因座位于同一染色體上且相距較近，則在分離后代中通常表現(xiàn)為連鎖遺傳。對(duì)兩個(gè)基因座之間的連鎖關(guān)系進(jìn)行檢測(cè)，稱為兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)。 在進(jìn)行連鎖測(cè)驗(yàn)之前，必須了解各基因座位的等位基因分離是

14、否符合孟德爾分離比例，這是連鎖檢驗(yàn)的前提。,（一）兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn),兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)雜交圖示 遺傳作圖,假設(shè)兩座位間存在連鎖（r 3；而要否定連鎖的存在，則要求似然比小于100:1，即LOD2,（二）多點(diǎn)測(cè)驗(yàn),在事先未知各基因座位于哪條染色體的情況下，可先進(jìn)行兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)，根據(jù)兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)的結(jié)果，將那些基因座分成不同的連鎖群，然后再對(duì)各連鎖群（染色體）上的座位進(jìn)行多點(diǎn)連鎖分析。,又發(fā)現(xiàn)粗翅脈(bi)也位于X染色體上,那么,它與w和y的距離和位置又如何?,不能確定三個(gè)位點(diǎn)的順序,三點(diǎn)測(cè)驗(yàn),1.在測(cè)交后代中，如果有6種表型說明沒有雙交換發(fā)生， 兩兩位點(diǎn)間分別發(fā)生了一次單交換 2.牢記親本類型，然后一次只考慮兩個(gè)位點(diǎn)與親本

15、的連鎖關(guān)系比較。 如：親本中y與w連在一起，后代中不在一起的必然是發(fā)生了交換， 即它們的交換率為1.38，其他位點(diǎn)依次類推。 三個(gè)位點(diǎn)間只有單交換時(shí)：,一次三點(diǎn)測(cè)驗(yàn)即可做出連鎖圖,（三）交換干擾與作圖函數(shù),兩個(gè)基因座之間便可能在兩處同時(shí)發(fā)生遺傳物質(zhì)的交換，即雙交換。在染色體某區(qū)段上發(fā)生的雙交換，其實(shí)際頻率往往少于由單交換概率相乘所估得的理論值。這是因?yàn)橐粋€(gè)位置上所發(fā)生的交換會(huì)減少其周圍另一個(gè)單交換的發(fā)生，這種現(xiàn)象稱為交叉干擾。,雙交換,1.3+32.8=34.1（理論） 為什么y與m的觀察值為33.5？,第二節(jié) 作圖群體的建立,概念： 遺傳連鎖圖譜：分子標(biāo)記在染色體上的相對(duì)位置或排列情況。,構(gòu)

16、建分子遺傳連鎖圖譜的步驟,一、親本的選配,親本間的DNA多態(tài)性,選擇親本時(shí)應(yīng)盡量選用純度高的材料，并進(jìn)一步通過自交進(jìn)行純化,要考慮雜交后代的可育性,選配親本時(shí)還應(yīng)對(duì)親本及其F1雜種進(jìn)行細(xì)胞學(xué)鑒定,二、分離群體類型的選擇,（一）F2代群體,優(yōu)點(diǎn)：建立F2群體容易,缺點(diǎn)（1）雜合基因型，顯性標(biāo)記，將無法識(shí)別顯性純合基因 型和雜合基因型,（2）不易長期保存,（二）BC1群體,（Aa）a,BC1群體中每一分離的基因座只有兩種基因型，它直接反映了F1代配子的分離比例，因而BC1群體的作圖效率最高,X,（三）RIL群體,RI（重組自交系）群體是雜種后代經(jīng)過多代自交而產(chǎn)生的一種作圖群體，通常從F2代開始，采

17、用單粒傳的方法來建立。,RI群體的優(yōu)點(diǎn)是可以長期使用，可以進(jìn)行重復(fù)試驗(yàn),（Recombination Inbred Line, RIL）,（四）DH群體,單倍體經(jīng)過染色體加倍形成的二倍體稱為雙單倍體（DH）,F1植株的花藥進(jìn)行離體培養(yǎng)，誘導(dǎo)產(chǎn)生單倍體植株， 然后對(duì)染色體進(jìn)行加倍產(chǎn)生DH植株,不同作圖群體的特點(diǎn),常見的作圖群體,P1 AA aa P2,F1 Aa aa P2,F2 1AA : 2Aa : 1aa BC1 1Aa : 1aa,單粒傳,RI 1AA : 1aa,DH 1AA : 1aa,花培,（永久性）,（永久性）,三、群體大小的確定,作圖群體所需樣本容量的大小取決于以下兩個(gè)方面：

18、一是從隨機(jī)分離結(jié)果可以辨別的最大圖距， 二是兩個(gè)標(biāo)記間可以檢測(cè)到重組的最小圖距。,第三節(jié) DNA標(biāo)記分離數(shù)據(jù)的數(shù)學(xué)處理,DNA標(biāo)記基因型的表現(xiàn)形式是電泳帶型，將電泳帶型數(shù)字化是DNA標(biāo)記分離數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)學(xué)處理的關(guān)鍵。,進(jìn)行DNA標(biāo)記帶型數(shù)字化的基本原則是，必須區(qū)分所有可能的類型和情況，并賦與相應(yīng)的數(shù)字或符號(hào)。,一、分離數(shù)據(jù)的收集與數(shù)字化,二、遺傳圖距與物理距離對(duì)應(yīng)關(guān)系的估計(jì),三、構(gòu)建DNA標(biāo)記圖譜的計(jì)算機(jī)軟件,常用軟件有LINKAGE、MAPMAKER/EXP等。 LINKAGE軟件 ftp:/ /software/linkage MAPMAKER/

19、EXP /distri-bution/software/mapmaker3,第四節(jié) DNA標(biāo)記連鎖圖譜的完善,根據(jù)分子標(biāo)記與已知染色體位置的形態(tài)標(biāo)記的連鎖關(guān) 系來確定分子標(biāo)記連鎖群屬于哪條染色體。 利用非整倍體或染色體結(jié)構(gòu)變異材料，如水稻中利用 三體、玉米中利用A/B易位系、小麥中利用缺體/四體 染色體代換系等，將分子標(biāo)記連鎖群歸屬到相應(yīng)的染 色體上。,一、DNA標(biāo)記連鎖群的染色體定位,主基因的定位，其平均間隔要求在1020cM或更小。 QTL定位的連鎖圖，其標(biāo)記的平均間隔要求在10cM以下。 基因克隆，則要求目標(biāo)區(qū)域標(biāo)記的平均間隔在1cM以

20、下。,二、飽和DNA標(biāo)記連鎖圖的制作,遺傳圖譜飽和度:是指單位長度染色體上已定位的標(biāo)記數(shù) 或標(biāo)記在染色體上的密度一個(gè)基本的染色體連鎖框架圖 大概要求在染色體上的標(biāo)記平均間隔不大于20cM。,遺傳圖譜達(dá)到特定飽和度所需的標(biāo)記數(shù),第四章 質(zhì)量性狀的分子標(biāo)記,利用近等基因系分析法和分離體分組混合分析法是快速有效地尋找與質(zhì)量性狀基因緊密連鎖的分子標(biāo)記的主要途徑。,第一節(jié) 近等基因系分析法,一組遺傳背景相同或相近，只在個(gè)別染色體區(qū)段上存在差異的株系，稱為近等基因系（NIL）。,一、近等基因系的培育,二、近等基因系分析法的基本原理,三、近等基因系分析法應(yīng)用實(shí)例,抗、感基因池間引物篩選,F2代單株P(guān)CR擴(kuò)增

21、,MAPMAKER/EXP（V3.0b）分析F2擴(kuò)增結(jié)果,親本、F1、F2 DNA提取,親本間引物篩選,Kosambi函數(shù)將重組值轉(zhuǎn)換為遺傳圖距,SSR體系建立,第二節(jié) 分離體分組混合分析法（BSA）,Bulked Segregation Analysis,AA,aa,Aa,A基因池,a基因池,BSA法,R,R,r,r,二、 BSA的應(yīng)用實(shí)例,PI296341西瓜抗西瓜枯萎??；97108感病品種,P1296341X9710 F1,F2,利用分子標(biāo)記迄今已在小麥、玉米、棉花上定位了許多抗病基因、農(nóng)藝性狀基因，如 小麥抗白粉病（P m1、 P m2、 P m3、 P m4a、 P m12 ）基因、

22、抗葉銹基因、抗條銹基因(Yr1-Yr23)、春化反應(yīng)基因、耐鹽基因、育性恢復(fù)基因等； 棉花與棉花纖維發(fā)生有關(guān)的基因、抗黃萎病基因、與長絨和高產(chǎn)性有關(guān)的基因等； 玉米如抗大斑病基因、矮生基因、產(chǎn)量性狀的基因定位等,第五章 數(shù)量性狀的分子標(biāo)記,控制數(shù)量性狀的基因在基因組中的位置稱為數(shù)量性狀基因座（QTL）。利用分子標(biāo)記進(jìn)行遺傳連鎖分析，可以檢測(cè)出QTL，即QTL定位（QTL mapping）。,第一節(jié) QTL定位的原理和步驟,一、QTL定位的原理,二、QTL定位需要的條件和技術(shù)路線,作圖群體,分子標(biāo)記表型數(shù)據(jù),分子標(biāo)記連鎖圖,數(shù)量性狀表型數(shù)據(jù),QTL定位分析,QTL定位結(jié)果,標(biāo)記作圖方法,QTL定

23、位方法,三、QTL單標(biāo)記定位法,M,M,M,m,m,m,m,m,m,m,m,m,m,m,M,M,（一）t 測(cè)驗(yàn),適用群體 DH RI BC1 以DH群體為例： 設(shè)QTL與標(biāo)記間重組率為 r,t 測(cè)驗(yàn)結(jié)果的解釋,標(biāo)記均值差的期望值,可見 t 值隨重組率（r）的增大而減?。?當(dāng) r = 0.5（QTL與標(biāo)記沒有連鎖）時(shí)，t = 0； 當(dāng) r = 0（QTL與標(biāo)記完全連鎖）時(shí)，t 值最大； t 值隨QTL效應(yīng)（ QQ qq ）的增大而增大； 當(dāng) t t，則接受 t 0，說明存在QTL。,分析示例,（結(jié)果顯示在標(biāo)記3附近可能有QTL）,（二）QTL區(qū)間定位法,基本思想：用相鄰的兩個(gè)標(biāo)記檢測(cè)位于它們之間

24、的QTL 數(shù)學(xué)模型（以DH群體為例） yi = + bxi + i 式中： yi 某個(gè)株系的性狀值 模型均值 b 被檢QTL的效應(yīng)值 xi 該株系中被檢QTL的基因型指示變量 （QQ：xi = 1; qq: xi = 1） i 誤差,各個(gè)株系中被檢QTL的基因型（亦即回歸模型中自變量x*的值）是未知的，但可根據(jù)兩側(cè)標(biāo)記的基因型來推算被檢QTL為某種基因型（QQ或qq）的概率。,A r1 Q r2 B,a q b,r,假設(shè)在某個(gè)標(biāo)記區(qū)間中存在一個(gè)QTL（如下圖）,重組率 r1、r2 和 r 可以利用作圖函數(shù)從圖距換算得到。,注： s = 1 r, t = r1r2,根據(jù)兩側(cè)標(biāo)記基因型和標(biāo)記與QT

25、L間的重組率推算出的QTL各種基因型的概率以及 x* 的期望值,用 x* 的期望值取代其真值，代入回歸模型中，即可用最小二乘法進(jìn)行回歸分析，由此可估計(jì)出QTL的效應(yīng)值 b*，并進(jìn)行顯著性測(cè)驗(yàn)。,顯著性測(cè)驗(yàn)的假設(shè) 無效假設(shè) H0: 被檢測(cè)的位置沒有QTL，即 b* = 0 備擇假設(shè) H1: 被檢測(cè)的位置存在QTL，即 b* 0,似然比檢驗(yàn) LR = n ln RSS(b* 0) / RSS(b* = 0) 也可用LOD統(tǒng)計(jì)量： LOD 0.217 LR 其中： RSS(b* = 0) 無效假設(shè)下的最小剩余平方和 RSS(b* 0) 備擇假設(shè)下的最小剩余平方和,以一定步長（如1 cM），沿整條染色

26、體逐點(diǎn)檢測(cè)，可以得到LOD（或LR）沿染色體位置變化的曲線。大于顯著閾值的LOD曲線高峰所對(duì)應(yīng)的染色體位置就是存在QTL可能性最大的位置。,番茄第10號(hào)染色體上與果實(shí)性狀有關(guān)的QTL的區(qū)間定位結(jié)果,果實(shí)pH值,果實(shí)重,果實(shí)可溶固形物濃度,三、QTL復(fù)合區(qū)間定位法,基本思想：用標(biāo)記來消除遺傳背景對(duì)被檢區(qū)間的影響 數(shù)學(xué)模型（以DH群體為例） y = b0 + b*x* + i bi xi + 式中： bi 第 i 標(biāo)記的偏回歸系數(shù) xi 第 i 標(biāo)記的基因型指示變量 （MM：xi = 1; mm: xi = 1） 其它符號(hào) 含義與區(qū)間定位模型相同 可以看出，復(fù)合區(qū)間定位模型比區(qū)間定位模型多了一項(xiàng)

27、i bi xi ，稱為余因子項(xiàng)，它是性狀值對(duì)標(biāo)記的回歸項(xiàng)。,QTL定位的計(jì)算機(jī)軟件,t 測(cè)驗(yàn)和方差分析 可使用常用的統(tǒng)計(jì)軟件，如SAS、SPSS等 區(qū)間定位 Mapmaker/QTL 復(fù)合區(qū)間定位 QTL Cartographer 中文版軟件 QTL工具箱（QTLKit） 包含了 t 測(cè)驗(yàn)、方差分析、聯(lián)合定位、區(qū)間定位和復(fù)合區(qū)間定位幾種方法,第六章 分子標(biāo)記輔助選擇,分子標(biāo)記輔助選擇（Marker-assisted selection，MAS）就是利用與基因緊密連鎖的分子標(biāo)記，對(duì)目的基因進(jìn)行輔助選擇，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)基因的有效利用。,第一節(jié) 分子標(biāo)記輔助選擇的原理,分子標(biāo)記輔助選擇主要是根據(jù)與目標(biāo)基因緊密連鎖的分子標(biāo)記基因型的檢測(cè)來推測(cè)、獲得目標(biāo)基