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文檔簡介

1、PDB數據庫簡介,生物數據庫的種類,生物數據庫的種類,序列數據庫 核酸序列數據庫 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白質序列數據庫(Swissprot,PIR) 結構數據庫 蛋白質結構數據庫( PDB ) 蛋白質分類數據庫(SCOP、CATH ) 其它數據庫,Protein Data Bank 蛋白質結構數據庫 /pdb/home/home.do,一、基本概況,美國Brookhaven實驗室1971年建立的大分子結構數據庫,PDB蛋白質晶體結構資料數據庫 (Protein Date Bank)。 PDB數據庫的維護由結構生物信息學研究合作組織 (

2、Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 負責。,1、數據,來源 主要通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等）測定的生物大分子的三維結構。 主要是蛋白質的三維結構，還包括核酸、糖類、蛋白質與核酸復合物的三維結構。 信息 原子的空間坐標、引用文獻、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、雙硫鍵連結模式、與蛋白質結合的ligand、參與生化功能的residue等。,2、數據結構,結構記錄,名稱、參考文獻、 序列、一級結構、 二級結構和原子坐 標等信息。,顯式序列 信息,隱式序列 信息,以關鍵字SEQRES

3、 作為顯式序列標 記，以該關鍵字 打頭的每一行都 是關于序列的信 息。,即為立體化學 數據，包括每 個原子的名稱 和原子的三維 坐標。,3、數據查詢,PDB中的記錄有唯一的PDB-ID，包括4個字符串，可由大寫字母AZ和數字09組合而成，如1LDM。 PDB和它的鏡像站點提供每個PDB記錄的查詢，可按一些專門的查詢項目（如提交數據、作者姓名、結構表達）進行檢索。,是pdb文件在數據庫中的編號, 從PDB數據庫下載結構常會得 到一個以這個編號命名的 pdb文件，如1LDM.pdb,二、簡單使用,搜索欄,高級搜索,搜索到408條結果,精化搜索結果,檢索CDK2,相關介紹,下載氨基酸序列及 二級結構的信息,分辨率不同,配體不同,PDB數據庫文件,包括分子類別、發(fā)布日期，PDB-ID,關鍵字列表,測定結構所用的試驗方法,以關鍵字SEQRES打頭 306個氨基酸的顯式序列信息,X軸坐標,Y軸坐標,Z軸坐標,原子,氨基酸,PDB數據庫的詳細字段說明,PDB數據庫的詳細字段說明,PDB數據庫的詳細字段說明,詳細信息,三維結構,-螺旋,-折疊,配體小分子,三、結構模型顯示,生物大分子三維立體結構顯示的軟件：PyMol、RasMol、Chimer

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