1、比對論文：基于譜的蛋白質(zhì)序列比對方法研究【中文摘要】隨著生物信息學(xué)的發(fā)展,大量的蛋白質(zhì)需要進行分析。但對于許多蛋白質(zhì)序列,人類并不清楚它們之間的進化關(guān)系,也不清楚它們所具有的生物學(xué)功能。這就需要對蛋白質(zhì)進行序列比對以確定它們的進化關(guān)系,以及預(yù)測它們的生物學(xué)功能。本文首先介紹了在生物信息學(xué)中廣泛應(yīng)用的幾種蛋白質(zhì)序列比對方法,并對他們的特點進行了總結(jié)。然后給出了蛋白質(zhì)序列比對的譜方法,并將譜方法和BLAST方法在比對精確度上進行了比較。在譜方法中,對于兩條待比對的序列,首先根據(jù)它們各自的相關(guān)序列計算出兩個譜；然后對這兩個譜進行比較,得出一個關(guān)系矩陣；再根據(jù)關(guān)系矩陣,采用動態(tài)規(guī)劃方法求出這兩條序列的

2、比對結(jié)果；最后,根據(jù)比對結(jié)果評價這兩條序列的相關(guān)性。實驗數(shù)據(jù)表明,在待測蛋白質(zhì)序列長度較長時,譜方法的比對精確度比BLAST方法有較明顯的優(yōu)勢?！居⑽恼縒ith the development of bioinformatics, a large number of proteins need for analysis. However for many protein sequences, the human is not clear evolutionary relationships between them, or the biological function. Protein

3、sequence alignment is useful for determining evolutionary relationships of protein, and forecasting the biological function.This paper introduces some protein sequence alignment methods which are widely used, and their characteristics are summarized. Then profile method is described. A.【關(guān)鍵詞】比對 蛋白質(zhì)序列

4、 精確度【英文關(guān)鍵詞】Alignment Protein Sequence Accuracy【目錄】基于譜的蛋白質(zhì)序列比對方法研究摘要3-4Abstract4第一章 緒論7-131.1 背景介紹7-91.2 研究現(xiàn)狀9-111.3 本文工作11-13第二章 相關(guān)算法13-172.1 現(xiàn)有算法概述13-142.2 BLAST算法14-15 BLAST概述14 計算過程14-152.3 其他算法15-16 FASTA算法15-16 隱馬爾可夫模型162.4 本章小結(jié)16-17第三章 譜方法17-333.1 蛋白質(zhì)序列的譜17-21 譜方法的思路17-18 得分矩陣18-19 計算譜的幾種方法19-

5、213.2 GRIBSKOV的譜方法21-23 Gribskov譜的計算21-22 計算Dayhoff矩陣22-233.3 改進的譜方法23-25 Henikoff的譜方法23-24 譜方法的步驟24-253.4 構(gòu)造探測序列集合253.5 計算譜25-283.6 計算關(guān)系矩陣28-30 比較譜的幾種方法28-29 計算關(guān)系矩陣29-303.7 計算比對結(jié)果30-32 空位罰分函數(shù)30-31 初始化矩陣31 計算路徑矩陣31-323.8 本章小結(jié)32-33第四章 對譜方法運算時間的優(yōu)化33-374.1 并行計算序列的譜33-35 并行計算平臺33 并行計算譜33-354.2 矩陣計算中的優(yōu)化35-37第五章 實驗結(jié)果分析37-435.1 比