1、【分享】MS晶體建?；痉椒ǎ▓F(tuán)簇模型）作者：guolianshun （站內(nèi)聯(lián)系 TA）收錄：2010-10-11發(fā)布：2010-09-28第一種情況：從程序自帶的各種晶體及有機(jī)模型中導(dǎo)入體系的晶胞打開 MS,由 fileimportstructuresmetalspure-metalsFe導(dǎo)入 Fe 的晶胞。由 buildSurfacescleave Surfaces 打開對(duì)話框.在對(duì)話框中輸入要建立的晶面（hkl）,選擇position，其中depth控制晶面層數(shù)。進(jìn)入buildSupercell,輸入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。到該步驟，我們已經(jīng)建立了一個(gè)周期性的超晶胞。如果要做周

2、期性計(jì)算，則應(yīng)選擇buildCrystalsbuild vaccum slab,其中真空層通常選擇10埃以上。如果建立團(tuán)簇模型則選 擇buildSymmetryNon-periodic Structure,去掉模型的周期性，并跟據(jù)自己的實(shí)際需要?jiǎng)h 除部分原子，得到想要的團(tuán)簇模型。在表面插入分子時(shí)通過菜單欄上的幾個(gè)小圖標(biāo)添加即可。第二種情況：手動(dòng)建模，優(yōu)點(diǎn)是可控制晶格常數(shù)。首先從文獻(xiàn)中查到晶體的晶格常數(shù)的實(shí)驗(yàn)值。打開 buildCrystalsbuild crystals,可見到對(duì)話框。在對(duì)話框中選擇空間群與點(diǎn)群，然后在Lattice Parameter中設(shè)置晶胞基矢的長度及夾 角。然后打開bu

3、ildAdd atom，從對(duì)話框中輸入坐標(biāo)。這里只需輸入幾個(gè)有代表性的原子 的坐標(biāo)，不必全部輸入。在坐標(biāo)輸入前首先在option頁面中選擇coordinate system，或者 分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或者卡迪爾坐標(biāo)。以下步驟重復(fù)2-5步。需要注意的是，采取什么樣的團(tuán)簇并不是任意的。原因是很多模型構(gòu)造出來后在優(yōu)化過程中往往不收斂。要避免這個(gè)問題的辦法是查閱文獻(xiàn)，參考文獻(xiàn)上模型進(jìn)行選取，因?yàn)樗?們的模型通常是經(jīng)過試驗(yàn)證實(shí)收斂的。幾點(diǎn)說明與高斯相比，dmol3能夠計(jì)算的體系更大。如果要研究表面的吸附，而模擬表面的團(tuán)簇 模型又比較大，建議采用dmol3。如果計(jì)算的是局部化學(xué)反應(yīng)，而體系也不是很大，則可以 使用高斯

4、。關(guān)于是否考慮周期性條件的問題研究金屬表面時(shí)，團(tuán)簇計(jì)算方法在前些年由于計(jì)算量小曾經(jīng)被廣泛的應(yīng)用過，直到現(xiàn)在也被 很多人在使用著，主要被用來計(jì)算吸附和多個(gè)分子的共吸附等，即不考慮化學(xué)鍵的斷裂。近 年來由于國際上計(jì)算能力的提升，人們開始考慮周期性條件，這點(diǎn)從JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等雜志上刊出的文章里也可以看出，但是計(jì)算量要大很多。需要注意的是，由于團(tuán)簇計(jì)算方法沒有考慮周期性，即在k空間里只計(jì)算了r點(diǎn)，采用該 方法計(jì)算表面的化學(xué)鍵的斷裂（即表面擴(kuò)散問題等）時(shí)有可能受到質(zhì)疑。在研究表面時(shí)，通常把團(tuán)簇固定，只優(yōu)化吸附在表面的分子，這一點(diǎn)可以通過菜單欄上 的ModifyConstra

5、int實(shí)現(xiàn)。首先選定團(tuán)簇中需要固定的原子，然后在下面的對(duì)話框中打勾。 同時(shí)也可以在Measurement里固定部分鍵長和鍵角。關(guān)于計(jì)算參數(shù)設(shè)置主要有幾個(gè)參數(shù)需要注意1對(duì)于Electronic頁面，需要注意的是Core treatment,對(duì)于過渡金屬原子通常需要考慮相 對(duì)論效應(yīng)，因此一般不使用All Electron方法。其他幾種方法任選。Basis set應(yīng)為DNP, Setup下的Quality 一般選fine。為了提高計(jì)算速度，一個(gè)較好的 辦法是先用粗糙的Basis set和Quality進(jìn)行優(yōu)化，然后再提高精度。2 還有一個(gè)非常重要的選項(xiàng)是ElectronicMoreSCF里的Use

6、smearing。這個(gè)關(guān)鍵字有 助于加快收斂，但是設(shè)的多大往往會(huì)產(chǎn)生錯(cuò)誤的結(jié)果，它也相當(dāng)于允許的誤差范圍。具體設(shè) 置辦法可參考help。其他的關(guān)鍵字可酌情設(shè)置。chpzmm（站內(nèi)聯(lián)系TA）好貼啊，對(duì)于初學(xué)者來說可以少走很多彎路，摸著石頭過河了。謝謝！liuchan1023（站內(nèi)聯(lián)系 TA）嗯，不錯(cuò)，是好東西。awmc2008（站內(nèi)聯(lián)系TA）D:D學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，謝謝樓主。jphuang_63（站內(nèi)聯(lián)系 TA）我正需要計(jì)算不同密勒指數(shù)方向上的磁性，感謝分享！avast2009（站內(nèi)聯(lián)系 TA）主要建模方法提到了，不錯(cuò)lgxyz（站內(nèi)聯(lián)系TA）請(qǐng)問用dmol算團(tuán)簇和用vasp算團(tuán)簇的區(qū)別：dmol里只有

7、一個(gè)，vasp里每個(gè)團(tuán)簇在一個(gè)格子里，也是有周期性的。請(qǐng)教二者的區(qū)別？hooge（站內(nèi)聯(lián)系TA）實(shí)實(shí)在在的好東西，可是你這里的團(tuán)簇是怎么定義的，周期性和團(tuán)簇的關(guān)系是什么，為什么 要切個(gè)表面開始呢。xiaoqian830606（站內(nèi)聯(lián)系 TA）如何去除模型中的周期性呢？具體的操作是什么呢？guolianshun （站內(nèi)聯(lián)系 TA）Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-10-18 2250:如何去除模型中的周期性呢？具體的操作是什么呢？把例子擺上來，方法不一?？梢灾苯覲1也可以超胞等等，多試試，或者加專業(yè)群lidaoyong（站內(nèi)聯(lián)系 TA）“對(duì)于過渡金屬原子通常需要考慮相對(duì)論效應(yīng)，因此一般不使用All Electron方法”，請(qǐng)問有沒有相關(guān)參考文獻(xiàn)？cuimingshan（站內(nèi)聯(lián)系 TA）Originally posted by guolianshun at 2010-09-28 1014:第一種情況：從程序自帶的各種晶體及有機(jī)模型中導(dǎo)入體系的晶胞1. 打開 MS，由 fileimportstructuresmetalspure-m