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文檔簡介

1、案例研究地塞米松應答通路檢測與分析問題的提出 藥物的功效，是藥物應答分子通路狀態(tài)的最終體現(xiàn)。近年來，以通路為核心的研究，日趨成為藥物研發(fā)的熱點。 1）致病通路是藥物治療的新靶點。 2）藥物應答通路的狀態(tài)時聯(lián)合用藥的依據(jù) 3）藥物應答通路分析提供了上市藥物的新 用途。 問題的提出 目前通路分析工具并不十分適合用于藥物應答的通路的分析。 其主要缺陷為： 1）多數(shù)以差異表達基因為計算對象，忽略 了應答通路內(nèi)部的相關基因； 2）不考慮基因-基因信號作用的順序； 3）應通路整體為研究對象，而忽略了其內(nèi) 部具有具體功能（如促增殖、抑凋亡）的子路徑。問題的提出 因此，本研究擬以通路中從細胞膜到細胞核的具體功

2、能子路徑為研究對象，通過適宜的數(shù)學評價方法，建立檢測和分析地塞米松應答通路狀態(tài)。5（1）子通路拆分子通路定義子通路拆分子通路拆分子通路數(shù)目長度平均長度含有基因數(shù)目877322-259.574179 子通路長度分布圖從子通路角度更清晰地分析生物學狀態(tài)子通路中基因 高度冗余（2）顯著子通路鑒別假設：藥物刺激前后子通路的狀態(tài)不一致Gene AGene BGene CS1S2距離越大子通路越顯著p=rank(dxy)/104 ABC（2）顯著子通路鑒別地塞米松刺激PC3細胞表達譜數(shù)據(jù)（CMAP ID：2709）基因高度冗余顯著子通路長度分布子通路顯著性評價顯著子通路數(shù)目含有的基因數(shù)目長度覆蓋的通路數(shù)目

3、82528252-1892長的子通路中是否含有短的子通路？是否幾個基因的改變 可同時使長短通路改變 假設顯著子通路的狀態(tài)僅由幾個基因支配（3）重要基因組合提取.不同長度子通路前n個基因累積貢獻率大于80%的子通路比例分布圖前六個基因代表子通路80%以上狀態(tài)僅幾個基因代表子（3）重要基因組合提取.555個重要基因組合Prostate Cancer通路中的重要基因組合 Pathway in Cancer中的重要基因組合抑制血管生成 促進增殖（3）重要基因組合提取基因冗余性高，哪些更重要？前十個重要基因組合8個基因抑制淋巴細胞轉(zhuǎn)移 ？聯(lián)合用藥 治療癌癥抑制血管生成 555個重要基因組合,含213個基因平臺期促增殖 （4）主效網(wǎng)絡構建地塞米松應答主效網(wǎng)絡孤立節(jié)點（5）與傳統(tǒng)方法比較評價通路顯著性DAVID(2)DAVID(1.5)DAVID(1.2)GeneTrail子通路通路個數(shù)01112152119

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