1、蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì) 的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu) 功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如， 疏水性圖譜可通知來預(yù)測跨膜螺旋。同時，也有很多短片段被細胞用來將目的蛋 白質(zhì)向特定細胞器進行轉(zhuǎn)移的靶標(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序 列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測蛋白質(zhì) 的功能?；纠砘再|(zhì)分析：/protparam/信號肽預(yù)測：http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合

2、成場所與功能場所常被一層或多層細胞膜所隔開，這 樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運。合成的蛋白質(zhì)只有準確地定向運行才能保證生命活動 的正常進行。一般來說，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通 過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水 性氨基酸序列的RNA片段，這個氨基酸序列就這個氨基酸序列就是信號肽序列。 含有信號肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細胞外，可能作為重要的細胞因子起作用， 從而具有潛在的應(yīng)用價值。糖基化位點預(yù)測： HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Net_NGlyc/ http:/www.cbs.dtu.dk/se

3、rvices/Net NGlyc/跨膜區(qū)分析：TMORED蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的 錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細胞的功能狀 態(tài)密切相關(guān)。蛋白酶的結(jié)構(gòu)功能進行預(yù)測和分析： HYPERLINK http:/smart.embl-heidelberg.de/ http:/smart.embl-heidelberg.de/ 同源建模分析： HYPERLINK http:/swissmodel.expasy.Org/SWISS-MODEL.html http:/swissmodel.expasy.Org/SWISS-MODEL.h

4、tml 二級結(jié)構(gòu)及折疊類預(yù)測：Predictprotein特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測：COILS MacStripe疏水性分析：ExPASy的ProtScale基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測：至少有80個氨基酸長度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著 性意義。類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入 NCBI/BLAST( HYPERLINK /blast /blast)，選擇程序 BLASTP 就可網(wǎng)上分析?；趍otif、結(jié)構(gòu)位點、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預(yù)測蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對其的分析也是生 物信息學(xué)的一個部分。同時，分子進化方

5、面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有 不同的進化速率，一些氨基酸必須在進化過程中足夠保守以實現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。 在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列(consensus sequence)或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù) 據(jù)庫。Motif 數(shù)據(jù)庫-PROSITE最好的是 PROSITE/prosite)。InterProScan是EBI開發(fā)的一個集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點的數(shù)據(jù)庫， 其中把 SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等數(shù)據(jù)庫提 供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，mot

6、if等信息統(tǒng)一起來，提供了 一個較為全央的分析工具。 HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html簡單模塊構(gòu)架搜索工具(simple modular architecture research tool，SMART)一 個較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的 結(jié)構(gòu)域同時提供相關(guān)的資源的鏈接 HYPERLINK http:/smart.embl-heidelberg.de/ http:/smart.embl-heidelberg.de/InterP

7、roScan綜合分析網(wǎng)站InterProScan是EBI開發(fā)的一個集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點的數(shù)據(jù)庫， 其中把 SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等數(shù)據(jù)庫提 供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來，提供了 一個較為全央的分析工具。 HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析簡單模塊構(gòu)架搜索工具(simple modular architecture research

8、tool，SMART)一 個較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的 結(jié)構(gòu)域同時提供相關(guān)的資源的鏈接 HYPERLINK http:/smart.embl-heidelberg.de/ http:/smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測PDB數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB，)其中有大量工具用于查看 PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址: HYPERLINK /microbio/rasmol /microbio/rasmol)PDBFinder數(shù)據(jù)庫是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二

9、級庫，它包含PDB序列，作者， R因子，分辨率、二級結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫每次發(fā)布新版，PDBFinder 在EBI自動生成，網(wǎng)址為“ HYPERLINK http:/www.sander.embheideberg.de/pdbfinder/ftp:/swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder www.sander.embheideberg.de/pdbfinder/ftp:/swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder.NRL-3D數(shù)據(jù)庫：是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫，可用于查詢蛋白序列時行相 似性分析以確定其結(jié)構(gòu) HYPERLINK

10、 /Dan/protein/nrl3d.html /Dan/protein/nrl3d.htmlISSD數(shù)據(jù)庫：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其每個條目包含一個基因的編碼序列，同相 應(yīng)的氨基酸序列對比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 HYPERLINK tein.bio.msu.su/issd tein.bio.msu.su/issdHSSP數(shù)據(jù)庫：是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，每一條PDB項目 都有一個對應(yīng)的 HSSP 文件， HYPERLINK http:/www.sander.embl-heidelberg.de/hssp www.sander.embl-heidelberg.de/hssp

11、 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫對已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫，位于劍橋的站點也提供 BLAST 檢索服務(wù) HYPERLINK http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，以ASN格式反蚋的PDB 中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時提供一個配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D， HYPERLINK /Structure/ /Structure/ Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動結(jié)構(gòu)對比程序Da

12、li比較 而形成的折疊單元和家庭分類庫。 HYPERLINK http:/www.embl-ebi.ac.uk/dali www.embl-ebi.ac.uk/dali 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測基于序列進行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻描述，本質(zhì)上，這些研究 可被分為兩大類:基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。文獻報道 PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種 資源。其網(wǎng)址為 HYPERLINK http:/www.embl-heidel-berg.d www.embl-heidel-berg.d . tprotein.html，也可通過 email: HYP

13、ERLINK mailto:predictproteinembl-heidelberg.de predictproteinembl-heidelberg.de 進行數(shù)據(jù)分析。蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測新蛋白質(zhì)序列 的功能有重要意義，同源蛋白質(zhì)(homolog)進一步劃分為直系同源(ortholog)和旁 系同源(paralog)，前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指 在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的 a珠蛋白、P珠蛋白和肌紅蛋白。蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(ProtoMap)是對SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫

14、中的全部蛋白質(zhì)由計算機自動時行層次分類，把 相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫。teinmap.cs.huji.ac.il蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進化分析如果發(fā)現(xiàn)一個未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列 具有較高的同源性(大于30%)那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的 成員，從而可從分子時化的角度對蛋白質(zhì)序列進行綜合分析。常用在線蛋白工具BCM Search Launcher蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測綜合站點，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要， 使用各種在線預(yù)測工具，包括 Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAP S、TMpred、SOUS

15、I、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、S OPM，使用十分方便。/seq-search/oDAS：蛋白跨膜預(yù)測服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測跨膜區(qū)域。TopPred 2：斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測服務(wù)器提供的膜蛋白拓撲學(xué)預(yù)測 Topology prediction of membrane proteins 在線工具。SOSUI：東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)(Tokyo University of Agriculture and Technology)提供 的膜蛋白分類和二級結(jié)構(gòu)預(yù)測在線工具。PSIpred - MEMSAT2：本蛋白

16、結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器允許你提交一個蛋白序列，進行 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。HMMTOP：預(yù)測蛋白序列的跨膜螺旋與拓撲結(jié)構(gòu)服務(wù)器。TMpred：預(yù)測蛋白序列跨膜區(qū)。TMHMM：預(yù)測蛋白的跨膜螺旋。The PredictProtein server：提供蛋白數(shù)據(jù)庫查詢，預(yù)測蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)。SMART：提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等。 SPLIT：膜蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器。PRED-TMR：提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計分析的預(yù)測蛋白跨膜片段的服務(wù) CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，預(yù)測蛋白的跨膜區(qū)。TMAP

17、：提供預(yù)測蛋白跨膜片段的服務(wù)。MULTALIN：蛋白序列對照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。Protein Sequence Analysis(PAS)PAS服務(wù)器為美國波士頓大學(xué)生物分子工程研究中心(山。BioMolecular Engineering Research Center )開發(fā)，提交氨基酸序列，預(yù)測二級結(jié)構(gòu)及折疊區(qū)域。 巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具，絕對精選。PRS： EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸組成而非氨基酸序列順序進行蛋白 家族及各種特性預(yù)測的服務(wù)器，并將結(jié)果通過EMAIL發(fā)給您。AAA： EMBL氨基酸分析服務(wù)器，與上一個服務(wù)類似，以氨基酸殘基組成為蛋 白分析基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)庫進行分析。Motif 數(shù)據(jù)庫-PROSITE最好的是 PROSITE/prosite)InterProScan是EBI開發(fā)的一個集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點的數(shù)據(jù)庫，其中把SWISS-PROT, TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等數(shù)據(jù)庫提供的蛋白質(zhì)序列中的 各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來，提供了一個