高通 分 案例分析和報(bào)告解王高通量技術(shù)（下一代、二代（NextgenerationNGS在遺傳性疾病中的全組全外顯子組

產(chǎn)前（?。╄b定致病、臨床靶向目標(biāo)（Panel）：臨床第一部分NGS實(shí)驗(yàn)流第二部分鑒定遺傳病新致病第四部分NGS目前主要存在問(wèn)第一部NGS實(shí)驗(yàn)流↓高通↓文庫(kù)IonTorrent(LifePacificRocheAlignedReads,OnDepth,CoverageSNVsSensitivity,數(shù)據(jù)生物信息學(xué)經(jīng)典：SAMtools和商業(yè)化的：NextGENe、Omixon和Avadis等；、建庫(kù)公司免費(fèi)COSMIC：腫瘤數(shù)據(jù)解SNVs 過(guò)濾掉人群常見的高頻變異：3%、斷變異的“致病性”； 根據(jù)家系遺傳方式過(guò)濾變異：顯性、隱性或De突變數(shù)據(jù)庫(kù)：HGMD、ClinVarIngenuityVariantysis 特色：IPA（Ingenuity c1315-第二部鑒定遺傳病新致病第二部

遺傳傳統(tǒng)的致病鑒定方全外顯子組&新致病全外顯子組僅占整個(gè)組的1%左右，但約有85%的疾Millersyndrome:NGSCase1:功能不足（早衰早衰（POF）是指功能衰竭所導(dǎo)致的40歲之前即文庫(kù)質(zhì)量鑒

影響： VCF文件（all

FileFormatandConversionViewSNVs數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)解 FilterConfidence(SequencingCommonVariants(PopulationPredictedDeleterious(Missense,Splicing, ysis(Dominant,recessive,deBiologicalcontext(Phenotype,PathwayPOICommon Predicteddeleterious:Pathogenicorlikely ysis:AutosomalCandidatecausalvariants:8mutationsin5genes候選致病PLoSGenet.studystudyprovidingdirectevidenceofgenemutationinprimaryovarianWangJ,ZhangW,JiangH,WuBL;PrimaryOvarianInsufficiencyCollaboration.NEnglJMed.2014;370(10):972-4.第三部NGS在遺傳病分子、研究中的應(yīng)用DiagnosticTechniquesinNextgeneration全外顯子215例遺傳病WES檢測(cè)已知致表型復(fù)雜，臨床不相對(duì)明確，但致病較結(jié)結(jié)樣本Aligned

Reads

ge(×)

XYL-XYL-XYL-XYL-XYL-ZA-HME-HME-結(jié)樣樣 In 結(jié)不同深度對(duì)于SNVs的檢出能深深SNVs檢出GM12878cell215例遺傳病WES結(jié)果明確“致病”：102例（102/215,47.44%）常顯：52例；常隱：27例； X：23例變異（共129個(gè)）：44個(gè)Novel；15個(gè)DeNovo“可疑” 結(jié)AlleleDropout舉例：PedigreeofModeofinheritance:Symptoms:Sixfingersandtoes10associatedgeneinWholeExomeSequencingand IV- 30SNVs CommonVariants(1%,dominant) PredictedDeleterious(pathogenicandlikely ysis(ExcludeBiologicalcontext(bone

13(13 CheckHGMDandLiterature:

GLI3GLI3geneHasadualfunctionasatranscriptionalactivatorandarepressorofthesonichedgehog(Shh)pathway,andplaysaroleinlimbDisorders/DiseasesGreigcephalo-poly-syndactylysyndrome(GCPS)[MIM:175700].Pallister-Hallsyndrome(PHS)[MIM:146510].PolydactylypostaxialtypeA1,B(PAPA1,B)[MIM:174200].Polydactylypreaxialtype4(POP4)[MIM:174700].c.1927G>A,R643*(reported):Phenotype:Polydactylypostaxialtype.AmJHumGenet.1999;65(3):645-55.SangerSangerSequencingII-YYII-NNII-NNII-NNIII-YYIII-NNYY生后數(shù)日出現(xiàn)哺乳力低下、等非特異性癥狀，無(wú) 30SNVs CommonVariants(3%,recessive) PredictedDeleterious(pathogenicandlikely ysis(ExcludeBiologicalcontext(recessive

7(4CheckHGMDandLiterature CPS1(CompoundWES存在問(wèn)Panel-臨可可操作性強(qiáng)，成本可接Panel:遺傳性骨髓衰竭綜合征BonemarrowCongenitalIncreasedriskofAnemia—Diamond-BlackfananemiaNeutropenia---Shwaan-Diamondsyndrome;severecongenitalneutropenia(kostmannsyndrome)Thrombocytopenia---Congenitalamegakaryocyticthrombocytopenia,ThrombocytopeniaAbsentRadius(TAR)Pancytopenia---Fanconianemia;dyskeratosisbonemarrowfailure108genes,總Reads總Reads匹 目標(biāo)區(qū)域Reads平均深度>20×區(qū)域均一性CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-CJ-FANCA:c.1007-21例臨床疑似IBMFS患者明確：12例（12/21,2例性角化不良癥（DC）：DKC1、2例性中性粒細(xì)胞減少癥（SCN）：ELANE、1例性純紅細(xì)胞再生性貧血1例 an-Diamond綜合征（SDS）癥癥狀不典型病例，陽(yáng)性率較Brain5454遺傳病(Inherited內(nèi)代神經(jīng)肌血內(nèi)代神經(jīng)肌血骨遺傳性疾心腎其免表表型復(fù)雜癥狀不典型（早期罕綜合征，涉及多個(gè)專

成本成本)

容 較 一已知102已知102 10175 （約SCMC-InheritedDisease(SCMC-2742genes，10Mb，about4000Database:HGMD,OMIM,Orphanet,Published實(shí)驗(yàn)結(jié)96例患者SCMC-IDT結(jié)果（截止明確“致病”：51例常顯：30例；常隱：12例； X：9例變異（共63個(gè)）：23個(gè)Novel；6個(gè)DeNovo“可疑” 性發(fā)育異常 X隱 白化病4常？腎病綜合征 46,XY性發(fā)育異常？骨化性肌炎 醛固酮缺乏常 腎小管常詳細(xì)病詳細(xì)病史（表型）資料非常重臨床“軟骨發(fā)育不良？、矮小”患非編碼非編碼區(qū)域存在“病理性變異臨床“無(wú)痛、少汗癥”患Genet.2000Jan;106(1):116-24.; 2.JChildNeurol.2013Dec;28(12):1668-72.）臨床臨床 “互動(dòng)”非常重

“性B細(xì)胞免疫缺陷”（IntJImmunogenet.2006Oct;33(5):361-9.；父親攜帶此變異，但無(wú)任何癥狀疑“DNA修復(fù)通路相關(guān)”疾病BRIP1，c.*****C>T,p.Arg****Cys（純合），父母雜合攜BRIP具有對(duì)DNA雙鏈的修復(fù)功能，其突變可引起“貧（Fanconianaemia）”等，并與“”的發(fā)生高度相第四部NGS目前主要存在數(shù)據(jù)質(zhì)AB覆蓋度（高GC含量區(qū)域

?需要“正確可靠、不同人群、大樣本”變異數(shù)據(jù)變異解釋問(wèn)

-變異分問(wèn)-專業(yè)培≠≠≠高通量(二代)包括 產(chǎn)生數(shù) 遺傳咨需要培養(yǎng)臨床遺傳學(xué)醫(yī)生、遺傳咨