v1.0可編輯可修改v1.0可編輯可修改軟件使用詳細(xì)說(shuō)明一.數(shù)據(jù)處理方法:excel5/95格式數(shù)據(jù)1）首先得到0/1數(shù)據(jù)，輸入excel中，格式如圖所示：其中1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix,12表示數(shù)據(jù)共12行（本例中表示12個(gè)個(gè)體），30表示數(shù)據(jù)共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)），0表示無(wú)缺失數(shù)據(jù)（若有缺失，則用1表示，缺失值可用-999或其它數(shù)字代替）。 Va■￥①nr1130□LOCQ1LOC0ZLOC03LOCD4LDCO3LocUbLOC0TLindUlUU11Li1UindQEu1QQQ1QQ001010ini0401n1010ind0511nJ0010indOG111.Q110indo?110Q011indOS110Q010110Q010indW11Q0110indll.0110110indll L1Q00002）格式及數(shù)據(jù)輸入正確后，點(diǎn)擊另存為 excel5/95格式，命名為。3）采用NTedit數(shù)據(jù)編輯器打開(kāi)所保存的文件 file>openfileinagrid,在文件類型中選擇excel格式，找到要分析的文件并打開(kāi)， 查看是否有錯(cuò)誤，或需要修改的地方，沒(méi)有問(wèn)題后，保存為.nts格式。:txt格式數(shù)據(jù)1）另一種數(shù)據(jù)處理方法，首先在excel中得到數(shù)據(jù)，如下圖（注意：第一行與第一種方法不同，1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix;12B表示共12行（本例中表示12個(gè)個(gè)體，行標(biāo)簽位于數(shù)據(jù)主體的開(kāi)始， B表示Beginningofeachrow）,30L表示共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)，L：label表示列標(biāo)簽），0表示無(wú)缺失）。A匚口-p J12BSQL0LodOILndJSLdcDCILocUlLccOSJL。匚岷 一口口口17 101I01 n1Q0Q] QQd1IIJ 0二:nd出1010J JxmlOS1k|Qn1□indDB111□Ii ciuuUTTi1U001 11indDB1IQ■fl■二:110L0二」indlU1IUD1] aJ.ndl]011aLi ol1mII?]I盯0(1件 F或者如下圖格式（其中第一行為 112L30L0,解釋略；第二行為每行的行標(biāo)簽；第三行為每列的列標(biāo)簽；第四行起為數(shù)據(jù)主體。 ）：Ap1cDEF012Ln￡LTldUiind02ind03irdMmd.D&indOSindlD?*3LocOlLuc02LocCJSLccMLocO&Ldc06LocOT[4lorii0LaS0i000IaJS00口IQIQ7DiDiQ1aS1ifa0010g1iLL0110101if00aII111ifD0aL01if000.013100i12iJ40i10iL0IB1i000002）格式及數(shù)據(jù)都處理好之后，點(diǎn)文件另存為，保存為文本文件 .txt格式。3）得到txt格式文件后，即可直接用 ntsys進(jìn)行分析（只要格式正確， ntsys可以對(duì)txt文件進(jìn)行分析，而不用再轉(zhuǎn)換或保存成 .nts格式）。:直接采用NTedit進(jìn)行數(shù)據(jù)的輸入和保存1）對(duì)于數(shù)據(jù)量不大的數(shù)據(jù)，可以直接采用 NTedit進(jìn)行數(shù)據(jù)的輸入，如圖所示：BlirdLit1.2Ell七I.LMI3 口無(wú)1。,jlriHgi?Rsr1(jpjutr*1Conrntni M和m；A.量YU [12 Ho.cols|30MiE^lna：It斤口1 3qyQM IzQ爭(zhēng)由皿 i i amm L 1 gI 1 01C1 1 112）數(shù)據(jù)輸入好后，點(diǎn)擊 file>savefile 將數(shù)據(jù)保存.nts格式。二.計(jì)算遺傳距離矩陣或相似性矩陣（distancematrixorsimilaritymatrix ）對(duì)于0/1數(shù)據(jù)和定性數(shù)據(jù)：打開(kāi)ntsys軟件，在similarity模塊中選擇simqual,inputfile中輸入要分析的文件名稱，如，計(jì)算方法中矩陣系數(shù) coefficient選才Idice,outputfile命名輸出文彳名稱如aflp01-dice。之后點(diǎn)compute,得到相似性矩陣。注：1.本例中由于個(gè)體是按行排列的，所以要在Byrows進(jìn)行勾選（口表選中）。如果個(gè)體是按列進(jìn)行排列的，則不勾選。.系數(shù)可根據(jù)要求選擇不同的系數(shù)，如DICE,J,SMPHI等。.DICE,J只能得到相似性矩陣， 可以采用1-dice系數(shù)，或者1-J系數(shù)得到距離矩陣。只針對(duì)定性數(shù)據(jù)或二元數(shù)據(jù) （0/1）,對(duì)于其它數(shù)據(jù)如DNA數(shù)據(jù)則采用simgend進(jìn)行遺傳距離計(jì)算，對(duì)于定量數(shù)據(jù)或間隔數(shù)據(jù)則采用 simint計(jì)算距離矩陣。

聚類分析(clustering)SAHN進(jìn)彳fupgma聚類分析1)在得到相似性矩陣或距離矢I陣文件之后，采用clustering模塊中的SAHNinputfile 選擇相似性矩陣文件，如，outputfile 命名輸出文件的名稱，如，聚類方法中選擇upgma,incaseofties選擇find或者warn,點(diǎn)擊compute得到結(jié)果，在程序左下角可以看到I互圖標(biāo)，點(diǎn)擊即可得到聚類結(jié)果。2)Upgma聚類結(jié)果如圖所示，在該圖中可點(diǎn)擊2)Upgma聚類結(jié)果如圖所示，在該圖中可點(diǎn)擊options菜單對(duì)聚類圖的文字格式和線條樣式等進(jìn)行修改，以得到滿意的圖片。Cophenetic相關(guān)性檢驗(yàn)UpgmaM類分析之后，為了檢驗(yàn)聚類Z果的好壞，一般要進(jìn)行copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering 模塊中選擇Coph,如下圖，inputtree中輸入聚類分析得到的結(jié)果文件，如，在輸出文件中命名，點(diǎn)擊 compute,得到cophenetic值文件。計(jì)算完成后在graphics模塊中選擇MxComp在inputfile1 (x)中選擇相似性矩陣文件，如，在inputfile2 (y)中選擇coph計(jì)算得到的文件，如，numberofpermutation可選擇1000次，或不選。點(diǎn)擊computeo

計(jì)算結(jié)束后得到分析結(jié)果， 會(huì)出現(xiàn)矩陣比較圖 matrixcomparison和correlationtest結(jié)果，如下面的兩個(gè)圖所示（相關(guān)性系數(shù)為 r=,說(shuō)明聚類結(jié)果較好）窯? 66poiDtAMMitK* 0.004IM* OiMXMemy- QI.C€D1a?y- OIT€3S了■?￡?ffil 4MHiMatttJtU。肥上■1!.金電工?后E 云= 0_i42iil#—flbfpl.IX凄>11.■ttal?t.七1/*tiu工[iT-ttKl!E■5?我MFroluT?EriH3H,Z-<0113-.Zap-1/口090OVt1U9F,商可■p寸箱IDOwere工&Dwer-e■%&oc30>3ab-ffiic-vfiilcoBLptiEis>M11Mil1101山“Anth+中?。亦utfiu.|ith-an^-tw-i-1|iirate?lj.i..lityiv；p[enndonZ聲=obvaE-vndJS|— □.Und:cgclH-tat-kiExia:tZD1--JL1-517:32upgma聚類分析batch上述的分析步驟可以采用batch進(jìn)行批處理分析，命令如下（將下面的命令保存到文本文件，再保存成*.ntb格式）："Computeadistancematrix*simqualo=r=c=diced=row"Doaclusteranalysisofthedistancematrix*sahno=r=cm=upgma"Displayphenogram*treeo="Computecopheneticvalues*copho=r="Computethecopheneticcorrelation*mxcompx=y=NJ聚類分析-Njoin

1）得到距離矩陣：Simqual只能得到各種相似性矩陣，如 DICE或J相似性矩陣，但進(jìn)行NJ聚類分析是，需要距離矩陣數(shù)據(jù)，可以采用 1-相似性矩陣的方法得到距離矩陣（采用excel進(jìn)行，但比較麻煩，還沒(méi)有找到快捷的方法。 transf命令中好像沒(méi)有1-矩陣的操作,O當(dāng)然也可以采樣其它的命令如只有矩陣-1O當(dāng)然也可以采樣其它的命令如simgend或simint得到DIST、歐式或其它距離矩陣之后進(jìn)行 NJ分析；或者采用其它的分析軟件如Genalex軟件得到距離矩陣用于ntsys分析。2）打開(kāi)ntsys的clustering模塊，選擇Njoin命令，inputfile 中輸入距離矩陣文件，命名保存的tree和graph文件,incaseofties中選擇find,maximumno.tiedtrees中的數(shù)字不能小于OTUs的個(gè)數(shù)。點(diǎn)擊compute,即得到nj聚類樹(shù)。中的數(shù)字不能小于PriiaiMlais:linpilOiDiPriiaiMlais:linpilOiDi卻uriiQKlMD?|jpuMalicn 歸孫的g唐Mflwartll口電內(nèi)引鼻刖doy)lpiijlsli-iijfrnoic& stTx-i-elEMiiIIhmIWFI&KEDhiul&FIND9UQ電sTiato|$iiiiKQi100D.OWQOOOORovfingVINtlHMlMIWOINTDiHyiQuipOTUDMSTuuK.uiairansf口mW」Ordinwlicxi四.PCoA分析或PCA分析PCoA分析1）在得到相似性或距離矩陣之后， 在output&transf 模塊中選擇Dcenter命令，input和output中分別輸入要分析的數(shù)據(jù)和結(jié)果文件的名稱。點(diǎn)擊 compute進(jìn)行分析，將數(shù)據(jù)進(jìn)行Dcenter轉(zhuǎn)換。之后在ordination 模塊中選擇eigen,選擇要分析的文件，如，numerofdimensions中選擇3或者2（分別得到三維或二維圖形，），命名eigenvactor和eigenvalue文件名稱，點(diǎn)擊compute,得到分析結(jié)果。分析完成后界面上會(huì)出現(xiàn) 口㈤圖標(biāo)，點(diǎn)擊進(jìn)去可查看二維和三維圖形，并可進(jìn)行修改保存等操作。

PjLMIWtW工◎加出收時(shí)一二二ResultITMtllX「l2T招?H9D也步1川忖眥0.Hm'in。中葉喉加PjLMIWtW工◎加出收時(shí)一二二ResultITMtllX「l2T招?H9D也步1川忖眥0.Hm'in。中葉喉加rJtfid.iC'pcauitiorgErshte1ulpiJ良:rn不白3酎fiqF)?制llMiH機(jī)05口「uUE尸rwii毋4?IfaiirlMirililmsiHUK金J 舊Ifeaqen?士陸、』*加QIU?題口用KidhkfSQRTUWe匚2窕H啪山qD*!jWI<lT*^kril04內(nèi)■ZH?！鯨^irrtiulE2）在得到eigenvactor文件后，可采用graphics模塊下的mod3d命令，顯示pcoa分析圖，inputfile中選擇保存的eigenvactor文件，plotbyrows不選，進(jìn)行分析，如下圖所示。3）進(jìn)行mod3d分析時(shí)可以在plotsymbolinputfile中可輸入樣本分組文件，如下圖所示（其中1120L0表示數(shù)據(jù)類型為1;共1行，20列數(shù)據(jù)；0表無(wú)缺失，數(shù)據(jù)主體為1111111222222等，表示哪個(gè)個(gè)體定義的分組為 1,那個(gè)為分組2等等）。1zulUEHJ3D3I33J3L5IXJSL4II3LCDJIEDLCD?ICDLCL2IIWTL?IKDFDLIKDFD2IEKDFD4IKDF3&IENDF37IEKDF3DIEKDF12JI11LL122222Z在定義分組進(jìn)行分析后，得到的二維或三維plot圖中，可以在plotoption 中對(duì)各個(gè)分組顯示采用的圖標(biāo)以及字體大小等參數(shù)進(jìn)行修改， 如圖所示。當(dāng)然plotsymbolinputfile也可以不輸入，即全部個(gè)體為同一分組。pShowpoints?Points

pShowpoints?注：上述分析采用的是0/1或者定性數(shù)據(jù)，在采用數(shù)量或連續(xù)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時(shí)， 要先采用output&transf模塊中的stand命令對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，然后在采用 simint命令分析得到相似或不相似矩陣，然后采樣Dcenter命令對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行中心化處理，之后在采用eigen命令進(jìn)行分析。4)PCoA4)PCoA分析batch命令"Computesmiilanb/jmti"Computesmiilanb/jmti?xamn唾objetts*即唧閡o^dataillsindictrfs-"Doublestntathedistantcmto?dcenterg似小rdeertiik"eucuvcctorscouespondtoprojeeIionsofobj3**eigtno=<fceitrt3if3F=praj,ntsWriDi$phy-Nt4eIhalilutitioiih，詞詞叮㈣.價(jià)drM"Shndardizcdanitindffieitntumts^Lttiiji：c山鴻11及電ainvil」妙L中ids-gadfllH，庾廠由池力氏［卜陽(yáng)thedttaumAh相centereFis(mEcwuu據(jù)"eiiscnvcKoiscon堂poM2piojeelionsofdbj?恒W騏守deemiusifSrpiqjnts."Display_NoleIhaldueelionis1re『.,jiKulkl-j-pi'i.'fiUs五.相關(guān)性分析（manteltest）Manteltest 可對(duì)兩個(gè)矩陣的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行檢驗(yàn)，這是由于對(duì)于某一特點(diǎn)的研究對(duì)象，可能有不同角度的特征描述，如根據(jù)表型數(shù)據(jù)得到表型距離矩陣， 根據(jù)分子數(shù)據(jù)得到遺傳距離矩陣，或者根據(jù)樣本間地理位置得到地理距離矩陣， 得到這些矩陣數(shù)據(jù)之后， 我們可能會(huì)想了解不同描述間有沒(méi)有相關(guān)關(guān)系（如遺傳距離與地理距離之間相關(guān)性） ，這時(shí)即可進(jìn)行矩陣的相關(guān)性分析。2）具體操作如下：首先根據(jù)其它的軟件如 AFLPdat或Genalex等軟件根據(jù)地理位置計(jì)算地理距離矩陣（例如X）,打開(kāi)ntsys軟件，根據(jù)simint命令計(jì)算遺傳距離矩陣（如Y）,之后在graphics模塊下選擇MxCompinputfile中選擇要比較的距離矩陣文件，進(jìn)行分析。分析結(jié)果如下圖所示:Xni^rlifL■'aiSLcnts:gefietlzil4t&削HINT.HpU睜D.'即punUMn蝦MUO JiStWiftVNTIO； 1tflI國(guó)占tf。耳type--Z,31re-3Bf33lai= y■方lotcode- dijLCityYj^