生物醫(yī)學(xué)研究性課題報告：新型冠狀病毒的基因組變異研究目錄TOC\o"1-2"\h\u21110生物醫(yī)學(xué)研究性課題報告：新型冠狀病毒的基因組變異研究 111493摘要 1245640引言 1225651實驗 1292241.1材料與試劑 2144111.2實驗儀器 255161.3實驗方法 2271992結(jié)果與討論 2298073結(jié)論 3摘要快速和準(zhǔn)確的分子診斷是防治傳染病和疫情的一個關(guān)鍵工具。隨著新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）引起的肺炎患者的迅速增加和疫情的蔓延，SARS-CoV-2基因組測序和核酸檢測的診斷試劑和方法應(yīng)運而生，深度全基因組測序和RT-PCR是目前檢測SARS-CoV-2的重要方法。然而，越來越多的冠狀病毒（COVID-19）肺炎新病例的核酸檢測結(jié)果為陰性，而影像學(xué)檢查結(jié)果為陽性，因此有必要提高分子核酸診斷的效率和敏感性。關(guān)鍵詞：新型冠狀病毒；序列變異；比較基因組0引言2019年12月感染肺炎新型冠狀病毒（COVID-19）對全球公眾健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅，根據(jù)《中華人民共和國傳染病防治法》，COVID-19屬于乙類傳染病，按甲類傳染病管理。感染源主要是感染了SARS-CoV-2的人，但無癥狀的攜帶者也是一個感染源。臨床數(shù)據(jù)表明，危重病人感染SARSCoV-2主要發(fā)生在老年人、糖尿病患者、高血壓患者和有其他基礎(chǔ)疾病的人身上，但也有因密切接觸而感染的家族性病例。流行病學(xué)COVID-19在普通人群中具有普遍的易感性，潛伏期為1-14天，最常見的為3-7天。主要的臨床癥狀是發(fā)熱、乏力和干咳，危重病人會出現(xiàn)急性呼吸窘迫綜合征、膿毒性休克和DIC，與感染SARS的病人類似。它已經(jīng)引起了全世界的關(guān)注，許多國家已經(jīng)采取積極措施防止該疾病的傳播。在分子水平上對傳染病進(jìn)行快速和準(zhǔn)確的診斷，以及對其起源機(jī)制的了解，是控制流行病的關(guān)鍵工具。1實驗1.1材料與試劑新冠病毒基因重組蛋白S-RBD；標(biāo)記用S-RBD蛋白；過氧化物酶新型冠狀病毒中和抗體檢測試劑盒（ELISA）；SM-3檢測系統(tǒng)全自動酶標(biāo)儀1.2實驗儀器快檢儀器和采樣管1.3實驗方法在這個研究組中使用了一種控制方法。根據(jù)分析，發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2與SARS和蝙蝠冠狀病毒的關(guān)系最為密切。SARS與蝙蝠冠狀病毒有共同的祖先序列，整個基因組的序列相似度很高。SARS-CoV-2基因組與蝙蝠冠狀病毒全序列的同源性為87.99%，SARS-CoV-2基因組與SARS基因組全序列的同源性為79.5%。2結(jié)果與討論NCBI公布了SARS-2全基因組序列，全長29.9kb?；蚪M結(jié)構(gòu)和注釋表明，SARS-2中有11個功能基因，3個與SARS-2同源，7個與蝙蝠冠狀病毒同源，1個功能未知。在基因組中發(fā)現(xiàn)22個單核苷酸多態(tài)性位點。在SARS-2基因組22個SNP位點中，17個位于編碼區(qū)，5個位于非編碼區(qū)。對SARS-2的ORF3A和ORF8基因的單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點進(jìn)行了檢測?；蚪M中未發(fā)現(xiàn)STR基因變異?；赟ARS-CoV-2的標(biāo)準(zhǔn)參考序列，全基因組序列比對表明，這兩個菌株都有缺失序列。第一個在序列的開頭有15個堿基的刪除，第二個刪除序列結(jié)束時的11個堿基。在SARS-2病毒復(fù)制過程的基礎(chǔ)上，有許多檢測SARS-2病毒的技術(shù)或方法，如定量PCR、多重PCR、反轉(zhuǎn)錄等。許多實驗室和企業(yè)已經(jīng)根據(jù)這些原則研制出SARS-2診斷試劑。然而，目前還沒有關(guān)于第三方評估不同工具包公司業(yè)績的數(shù)據(jù)。目前還沒有關(guān)于不同企業(yè)集團(tuán)第三方績效評價的數(shù)據(jù)。對假陰性結(jié)果的報告可以評估試劑盒的敏感性、特異性和性能。評價試劑盒的敏感性、特異性和準(zhǔn)確性已成為當(dāng)務(wù)之急。目的研究病毒RNA序列的多態(tài)性，設(shè)計一對基于全基因組序列的引物，包括病毒基因組序列。本研究的目的是設(shè)計一對包含RNA序列和基因組變異的全基因組序列引物。本研究的目的是設(shè)計一對包含RNA序列和基因組變異的全基因組序列引物，以鑒定SARS病毒，包括SARS-CoV2、SARS-CoV和SARS-Mars。所述引物對被設(shè)計用于將RNA序列中的變體包括在基因組中，所述RNA序列包括SARS-CoV、SARS-CoV和Mers。第三代納米孔序列可以直接捕獲RNA，檢測SARS病毒基因組變異。無需RNAi，無需反轉(zhuǎn)錄和RNA擴(kuò)增，可以直接檢測病毒RNA中的SNPs。可以直接檢測病毒RNA中的SNP位點，而無需逆轉(zhuǎn)錄和RNA擴(kuò)增。因此，通過提高COVID-19患者樣本中RNA亞型的可行性，可以為基于亞型的病毒鑒定和毒力分析建立一個基礎(chǔ)。這將使基于亞型的病毒確認(rèn)和毒株變異分析成為可能。3結(jié)論SARS-2已經(jīng)在基因組測序和臨床試驗的基礎(chǔ)上得到了廣泛的研究，但目前仍缺乏準(zhǔn)確、快速的檢測技術(shù)，以及針對SARS-2的抗病毒藥物和預(yù)防性疫苗。隨著環(huán)境的變化，人類住區(qū)動物病原菌數(shù)量不斷增加，從2011年到2018年，世界衛(wèi)生組織在172個國家監(jiān)測了1483起傳染病爆發(fā)，新出現(xiàn)的不可預(yù)測的傳染病仍在繼續(xù)存在于此。從遺傳學(xué)、基因組學(xué)、病毒學(xué)和進(jìn)化生物學(xué)等方面理解SARS-2，追蹤病毒傳播的源頭，根據(jù)基因組變異信息了解新的冠狀病毒在動物、人類和環(huán)境中的傳播為疫情的源頭控制和預(yù)警提供有力的依據(jù)。將病毒的進(jìn)化機(jī)制、基因變異、臨床表型、醫(yī)學(xué)影像學(xué)和分子病理學(xué)相結(jié)合，可將COVD-19患者的基因型與臨床表型相結(jié)合。SARS-2亞型的臨床表現(xiàn)和診斷標(biāo)準(zhǔn)，對有效防治傳染病具有重要的指導(dǎo)意義。參考文獻(xiàn)[1]白靜.新冠病毒變異株的特點和防控[J].中國科技產(chǎn)業(yè),2021(9):22-23.[2]徐莉,郭勝楠,郭占東,等.國外新型冠狀病毒變異株疫苗研發(fā)與評價技術(shù)要求的比較與分析[J].中國生物制品學(xué)雜志,2021,34(9):5.[3]任勝勇,王興偉,趙霞飛,等.德爾塔新冠病毒變異株的特點及防控對策[J].中華危重病急救醫(yī)學(xué),2021,33(9):4.[4]張珂,沈潔綜述,胡麗華審校.新型冠狀病毒變異株對新型冠狀病毒疾病診治及防疫的影