基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探究少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在機(jī)制一、引言1.1潰瘍性結(jié)腸炎概述潰瘍性結(jié)腸炎（UlcerativeColitis，UC）作為一種慢性非特異性腸道炎癥性疾病，主要累及直腸和結(jié)腸的黏膜及黏膜下層，病變呈連續(xù)性、彌漫性分布。其臨床癥狀豐富多樣，其中以反復(fù)發(fā)作的腹瀉、黏液膿血便和腹痛最為典型。腹瀉的程度輕重不一，輕者每日排便3-4次，重者可達(dá)10余次，糞便中常伴有黏液和膿血；腹痛多為左下腹或下腹的隱痛、脹痛，部分患者還會(huì)出現(xiàn)里急后重感，即排便不盡、肛門(mén)墜脹的感覺(jué)。此外，患者還可能出現(xiàn)食欲不振、惡心、嘔吐、腹脹等消化系統(tǒng)癥狀，以及發(fā)熱、貧血、消瘦、乏力等全身癥狀，部分患者還可能伴發(fā)關(guān)節(jié)炎、口腔潰瘍、虹膜睫狀體炎等腸外表現(xiàn)，嚴(yán)重影響患者的生活質(zhì)量。從流行病學(xué)角度來(lái)看，UC在全球范圍內(nèi)均有發(fā)病，且呈現(xiàn)出一定的地域差異和年齡分布特征。在歐美等西方國(guó)家，UC的發(fā)病率和患病率較高，如歐洲年發(fā)病率約為24.3/10萬(wàn)，北美年發(fā)病率約為19.2/10萬(wàn)，歐洲患病率達(dá)505/10萬(wàn)。近年來(lái)，隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展和生活方式的改變，UC的發(fā)病率也呈逐年上升趨勢(shì)，給社會(huì)和家庭帶來(lái)了沉重的負(fù)擔(dān)。UC可發(fā)生于任何年齡段，但以20-40歲的青壯年最為多見(jiàn)，兒童和老年人也有發(fā)病，呈現(xiàn)出雙峰分布的特點(diǎn)，第一個(gè)發(fā)病高峰在15-30歲，第二個(gè)高峰在50-70歲。UC的發(fā)病機(jī)制極為復(fù)雜，目前尚未完全明確，普遍認(rèn)為是由環(huán)境、遺傳、微生物和免疫等多種因素相互作用所致。環(huán)境因素中，飲食結(jié)構(gòu)的改變、吸煙、衛(wèi)生條件的變化等可能與UC的發(fā)病相關(guān)；遺傳因素在UC的發(fā)病中起著重要作用，研究表明，UC具有家族聚集性，某些基因的突變或多態(tài)性與UC的易感性密切相關(guān)；腸道微生物群落的失衡被認(rèn)為是UC發(fā)病的重要啟動(dòng)因素，腸道菌群的異常變化可能導(dǎo)致腸道黏膜免疫功能紊亂，引發(fā)炎癥反應(yīng)；免疫因素在UC的發(fā)病過(guò)程中占據(jù)核心地位，當(dāng)機(jī)體的免疫調(diào)節(jié)功能失調(diào)時(shí)，腸道免疫系統(tǒng)對(duì)自身抗原產(chǎn)生過(guò)度免疫應(yīng)答，釋放大量炎癥細(xì)胞因子，如腫瘤壞死因子-α（TNF-α）、白細(xì)胞介素-6（IL-6）、白細(xì)胞介素-17（IL-17）等，導(dǎo)致腸道黏膜炎癥損傷。當(dāng)前，西醫(yī)治療UC主要采用氨基水楊酸類(lèi)藥物（如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等）、糖皮質(zhì)激素、免疫抑制劑（如硫唑嘌呤、環(huán)孢素等）以及生物制劑（如英夫利昔單抗、阿達(dá)木單抗等）。這些治療方法在一定程度上能夠緩解癥狀、控制病情進(jìn)展，但也存在諸多局限性。例如，氨基水楊酸類(lèi)藥物對(duì)于輕、中度UC患者有較好療效，但對(duì)于重度患者效果欠佳；糖皮質(zhì)激素雖能迅速控制炎癥，但長(zhǎng)期使用會(huì)帶來(lái)嚴(yán)重的不良反應(yīng)，如感染、骨質(zhì)疏松、血糖升高、消化道潰瘍等；免疫抑制劑起效緩慢，且存在骨髓抑制、肝腎功能損害等副作用；生物制劑價(jià)格昂貴，且可能引發(fā)過(guò)敏反應(yīng)、感染風(fēng)險(xiǎn)增加等問(wèn)題。此外，部分患者對(duì)西醫(yī)治療藥物存在耐藥性或不耐受，導(dǎo)致治療效果不佳，病情反復(fù)發(fā)作，嚴(yán)重影響患者的身心健康和生活質(zhì)量。與西醫(yī)治療相比，中醫(yī)藥在治療UC方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。中醫(yī)藥強(qiáng)調(diào)整體觀(guān)念和辨證論治，通過(guò)調(diào)節(jié)機(jī)體的陰陽(yáng)平衡、氣血運(yùn)行和臟腑功能，達(dá)到標(biāo)本兼治的目的。中藥復(fù)方多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的作用特點(diǎn)，能夠綜合調(diào)節(jié)機(jī)體的免疫功能、抗炎作用、腸道屏障功能以及腸道微生態(tài)平衡，從而有效改善UC患者的癥狀，減少?gòu)?fù)發(fā)，提高生活質(zhì)量。少腹逐瘀湯作為中醫(yī)經(jīng)典方劑，具有活血化瘀、溫經(jīng)止痛等功效，在臨床實(shí)踐中被廣泛應(yīng)用于多種疾病的治療，近年來(lái)也有研究報(bào)道其在UC治療中取得了一定的療效。然而，其治療UC的具體作用機(jī)制尚未完全闡明。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作為一門(mén)新興學(xué)科，融合了系統(tǒng)生物學(xué)、生物信息學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)等多學(xué)科技術(shù)，能夠從整體上揭示藥物與疾病之間的相互作用關(guān)系，為深入研究中藥復(fù)方的作用機(jī)制提供了新的思路和方法。1.2少腹逐瘀湯簡(jiǎn)介少腹逐瘀湯源自清代王清任所著的《醫(yī)林改錯(cuò)》，是中醫(yī)方劑中的經(jīng)典之作。其藥物組成精妙，包括小茴香（炒）7粒、干姜（炒）0.6g、延胡索3g、沒(méi)藥（研）6g、當(dāng)歸9g、川芎3g、官桂3g、赤芍6g、蒲黃9g（生）、五靈脂（炒）6g。方中以小茴香、干姜、官桂溫經(jīng)散寒，通達(dá)下焦；當(dāng)歸、川芎、赤芍養(yǎng)血活血，行血調(diào)經(jīng)；蒲黃、五靈脂、沒(méi)藥、延胡索活血化瘀，散結(jié)定痛。諸藥合用，共奏活血化瘀、溫經(jīng)止痛之功，主要用于治療少腹瘀血積塊、疼痛或不痛、或痛而無(wú)積塊、或少腹脹滿(mǎn)、或經(jīng)期腰酸少腹作脹、或月經(jīng)一月見(jiàn)三五次、接連不斷、斷而又來(lái)、其色或紫或黑、或有血塊、或崩或漏、兼少腹疼痛、或粉紅兼白帶等癥狀，在婦科疾病中應(yīng)用廣泛。隨著現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的發(fā)展和對(duì)少腹逐瘀湯研究的深入，發(fā)現(xiàn)其在多種疾病的治療中都具有顯著療效。在婦科領(lǐng)域，除了傳統(tǒng)的痛經(jīng)、月經(jīng)不調(diào)等病癥外，還用于治療子宮內(nèi)膜異位癥、子宮肌瘤、盆腔炎性疾病后遺癥等，能夠有效緩解疼痛、調(diào)節(jié)月經(jīng)周期、改善盆腔血液循環(huán)。在男科疾病方面，少腹逐瘀湯可用于治療精索靜脈曲張、慢性前列腺炎等，通過(guò)活血化瘀、改善微循環(huán)的作用，減輕炎癥反應(yīng)，提高生殖功能。此外，在皮膚科疾病中，對(duì)于一些因寒凝血瘀導(dǎo)致的疾病，如凍瘡、硬皮病等，少腹逐瘀湯也能發(fā)揮溫經(jīng)散寒、活血化瘀的功效，促進(jìn)皮膚血液循環(huán)，改善皮膚癥狀。近年來(lái)，少腹逐瘀湯在潰瘍性結(jié)腸炎的治療中也逐漸受到關(guān)注，并展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。臨床研究表明，少腹逐瘀湯能夠有效改善UC患者的臨床癥狀，減輕腹瀉、腹痛、黏液膿血便等癥狀，降低疾病活動(dòng)度。其作用機(jī)制可能與調(diào)節(jié)免疫功能、抗炎、改善腸道微循環(huán)等有關(guān)。然而，目前對(duì)于少腹逐瘀湯治療UC的研究仍處于探索階段，其具體的作用靶點(diǎn)和信號(hào)通路尚未完全明確。1.3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的應(yīng)用及意義網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是2007年由英國(guó)鄧迪大學(xué)藥理學(xué)家Hopkins首次提出的一門(mén)新興學(xué)科，它基于系統(tǒng)生物學(xué)的理論，融合了多向藥理學(xué)、生物信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等多學(xué)科的技術(shù)和內(nèi)容。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的核心在于構(gòu)建“疾病表型-基因-靶點(diǎn)-藥物”等多層次網(wǎng)絡(luò)，通過(guò)對(duì)這些網(wǎng)絡(luò)的分析，探索藥物與疾病之間的相關(guān)性，從而指導(dǎo)新藥研發(fā)、闡明藥物作用機(jī)制。在研究方法上，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)運(yùn)用多種數(shù)據(jù)庫(kù)及軟件進(jìn)行綜合分析、篩選和網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建。例如，利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)（TCMSP）篩選藥物化合物成分及相關(guān)靶標(biāo)；通過(guò)通用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（Uniprot）搜索篩選靶標(biāo)蛋白基因；借助有機(jī)小分子生物活性數(shù)據(jù)庫(kù)（Pubchem/OMIM）進(jìn)行藥物化合物2D、3D結(jié)構(gòu)搜索；運(yùn)用人類(lèi)基因數(shù)據(jù)庫(kù)（GeneCards）搜索篩選疾病基因；利用在線(xiàn)韋恩圖反映藥物篩選靶標(biāo)基因與疾病基因的交集基因；通過(guò)蛋白互作平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)（STRING）構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)（PPI）；使用生物學(xué)信息注釋數(shù)據(jù)庫(kù)（DAVIDv6.8）進(jìn)行GO分類(lèi)富集和KEGG通路富集分析；利用在線(xiàn)云平臺(tái)（Omicshare）繪制GO分類(lèi)富集分析和KEGG通路分析結(jié)果氣泡圖；借助GraphPadPrism6制圖軟件繪制GO分類(lèi)富集分析和KEGG通路分析結(jié)果柱狀圖；運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治鲕浖﨏ytoscapeVersion3.6.1構(gòu)建“成分-靶標(biāo)-通路”網(wǎng)絡(luò)。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中醫(yī)藥研究中具有廣泛的應(yīng)用。中醫(yī)藥學(xué)強(qiáng)調(diào)事物本身的統(tǒng)一性、完整性和聯(lián)系性，以“整體觀(guān)念”和“辨證論治”為指導(dǎo)理論，具有“同病異治”和“異病同治”的特點(diǎn)。而網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的整體性、系統(tǒng)性以及注重藥物與靶點(diǎn)間相互作用的特性，與中醫(yī)藥學(xué)的基本特點(diǎn)高度吻合，為中醫(yī)藥研究提供了新的思路和方法。在中醫(yī)藥研究中，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)可用于研究單味中藥材、中藥復(fù)方及其配伍的藥效作用機(jī)制。由于中藥成分復(fù)雜多樣，各成分之間相互協(xié)同或拮抗，作用于相同或不同靶點(diǎn)、不同藥效途徑發(fā)揮臨床療效，傳統(tǒng)的“單一成分-單一靶點(diǎn)-單一途徑”研究模式難以全面揭示其作用機(jī)制。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)則能夠通過(guò)構(gòu)建“多成分-多靶點(diǎn)-多途徑”網(wǎng)絡(luò)，從整體上闡釋中藥復(fù)方的作用機(jī)制，解決傳統(tǒng)中藥研究的局限性。例如，在研究某一中藥復(fù)方治療某種疾病時(shí)，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)可以通過(guò)篩選復(fù)方中的化學(xué)成分及其對(duì)應(yīng)的作用靶點(diǎn)，與疾病相關(guān)的基因靶點(diǎn)進(jìn)行匹配，構(gòu)建藥物-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)，分析網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)和信號(hào)通路，從而揭示該中藥復(fù)方治療疾病的潛在作用機(jī)制。運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的機(jī)制具有重要意義。少腹逐瘀湯作為中藥復(fù)方，成分復(fù)雜，作用機(jī)制不明。通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究，可以系統(tǒng)地篩選出少腹逐瘀湯中的活性成分及其作用靶點(diǎn)，與潰瘍性結(jié)腸炎的相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行整合分析，構(gòu)建“少腹逐瘀湯-活性成分-作用靶點(diǎn)-潰瘍性結(jié)腸炎”網(wǎng)絡(luò)，明確少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的關(guān)鍵靶點(diǎn)和潛在信號(hào)通路。這不僅有助于深入理解少腹逐瘀湯治療UC的作用機(jī)制，為其臨床應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)，還能夠?yàn)殚_(kāi)發(fā)基于少腹逐瘀湯的新型治療藥物或方案提供理論支持，推動(dòng)中醫(yī)藥現(xiàn)代化進(jìn)程。同時(shí)，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究結(jié)果還可以與傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)研究相結(jié)合，相互驗(yàn)證和補(bǔ)充，進(jìn)一步完善對(duì)少腹逐瘀湯治療UC作用機(jī)制的認(rèn)識(shí)。二、少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的臨床研究2.1臨床案例分析在臨床實(shí)踐中，少腹逐瘀湯在治療潰瘍性結(jié)腸炎方面積累了豐富的案例，為其療效提供了有力的證據(jù)。以下將詳細(xì)介紹幾個(gè)典型案例及其治療效果。案例一：患者王某，男，41歲，于1988年10月3日就診。患者自述每日大便3-4次，質(zhì)地稀溏且?jiàn)A雜白色黏凍，伴有少腹疼痛，平素怕冷，忌食涼物，身體日漸消瘦，患病已長(zhǎng)達(dá)2年有余。期間曾服用抗生素、鞣酸蛋白、矽炭銀以及附子理中湯（丸）、參苓白術(shù)湯（丸）等藥物，但治療效果不佳，病情未見(jiàn)明顯改善。在市醫(yī)院進(jìn)行乙狀結(jié)腸鏡檢查，結(jié)果顯示腸黏膜充血水腫，存在兩個(gè)病灶，確診為慢性結(jié)腸炎。其舌質(zhì)紅，苔薄白，脈弦細(xì)，中醫(yī)辨證屬寒濕凝結(jié)，血瘀結(jié)腸。針對(duì)該患者的病情，采用少腹逐瘀湯化裁進(jìn)行治療。具體藥方為：當(dāng)歸15g，赤芍、白芍各12g，炒五靈脂、延胡索各9g，炒干姜、川芎、制乳香、沒(méi)藥各6g，肉桂10g，春砂仁3g，炒薏仁20g。每日1劑，水煎服?；颊叻?劑后，腹痛癥狀明顯減輕，大便次數(shù)減少至日行2次，白色黏液也顯著減少；繼續(xù)服用24劑后，腹痛消失，大便恢復(fù)正常。隨后經(jīng)乙狀結(jié)腸鏡復(fù)查，已無(wú)病灶存在。隨訪(fǎng)一年，疾病未復(fù)發(fā)。案例二：李某，男，56歲，于1995年11月28日就診?；颊?年前開(kāi)始出現(xiàn)左下腹隱痛，伴有大便滯澀不爽，時(shí)而大便帶有黏液。經(jīng)某院結(jié)腸鏡檢診為非特異性結(jié)腸炎，先后使用抗生素消炎、抗過(guò)敏藥物以及中藥健脾益腸理氣等方劑進(jìn)行治療，但效果均不理想。就診時(shí)癥見(jiàn)腹痛纏綿，大便不爽且時(shí)帶黏液，舌暗，舌下血管顯露粗大，苔白膩，脈弦。血常規(guī)檢查無(wú)異常，大便鏡檢可見(jiàn)黏液。中醫(yī)辨證屬瘀痰濕互結(jié)少腹。治宜逐瘀、除濕、化痰，予少腹逐瘀湯加減。藥方為：炒五靈脂、生蒲黃、烏藥、檳榔、陳皮、半夏、茯苓、木香各12g，黨參5g，蒼術(shù)、白術(shù)各10g，桔梗炭18g，薏苡仁30g。每日1劑，水煎服?；颊叻?劑后，腹痛癥狀有所減輕，大便稍感通暢；繼續(xù)守方進(jìn)退，服用34劑后，5年的頑疾得以完全治愈。隨訪(fǎng)至今，疾病未復(fù)發(fā)。案例三：48歲男性患者，因反復(fù)發(fā)作黏液膿血便2年，加重1周于2005年1月12日入院。患者近2年來(lái)反復(fù)發(fā)作黏液膿血便，經(jīng)腸鏡及病理組織學(xué)檢查確診為潰瘍性結(jié)腸炎（全結(jié)腸型），長(zhǎng)期口服柳氮磺胺吡啶2-4g/d和（或）潑尼松10-30mg/d治療，但病情仍反復(fù)發(fā)作。近1周來(lái)無(wú)明顯誘因出現(xiàn)大便日7-12次，主要為黏液膿血便，伴有發(fā)熱、納差乏力、腹痛腹脹、精神萎靡等癥狀。體溫38.2℃，心率87次/min，血常規(guī)檢查顯示：WBC14.2×10?/L，N0.86，L0.12，Hb72g/L，紅細(xì)胞沉降率42mm/h，血脂正常，心電圖正常。入院后診斷為重度潰瘍性結(jié)腸炎，給予臥床休息、要素飲食、控制感染、適當(dāng)補(bǔ)液，服用潑尼松50mg/d和柳氮磺胺吡啶4g/d，肌注安絡(luò)血，靜脈滴注止血芳酸和止血敏1周后，患者體溫恢復(fù)正常，黏液膿血便日4-8次，但仍有腹痛。1月20日突發(fā)心前區(qū)疼痛，向左肩臂放射，伴胸悶憋氣，急查心電圖示：急性前壁心肌梗死，實(shí)驗(yàn)室檢查肌鈣蛋白陽(yáng)性。診斷為急性心肌梗死。給予吸氧、溶栓、擴(kuò)張血管等治療，并停用安絡(luò)血、止血芳酸和止血敏，配合口服少腹逐瘀湯。處方為：當(dāng)歸15g，赤芍15g，川芎6g，沒(méi)藥9g，延胡索9g，五靈脂9g，生蒲黃9g，小茴香3g，干姜6g，肉桂3g。水煎取汁300ml，早中晚三次溫服，同時(shí)潑尼松減量（開(kāi)始每周減5mg，減量到20mg后，每周減2.5mg），繼續(xù)口服柳氮磺胺吡啶4g/d。15d后大便次數(shù)明顯減少，由血便轉(zhuǎn)為混有少許血液，胸痛消失，無(wú)胸悶憋氣，心電圖示：急性前壁心肌梗死演變期，實(shí)驗(yàn)室檢查肌鈣蛋白陰性，血沉正常。繼續(xù)配合擴(kuò)張血管、營(yíng)養(yǎng)心肌治療10d后，大便基本成形，日2-3次，血便不明顯，納差乏力癥狀緩解。繼續(xù)隨癥加減治療3周后，大便成形，日1-2次，無(wú)黏液膿血便，無(wú)腹痛腹脹，納差乏力癥狀消失，心電圖示：心肌梗死恢復(fù)期，Hb112g/L，好轉(zhuǎn)出院。從這些案例可以看出，少腹逐瘀湯在治療潰瘍性結(jié)腸炎方面具有顯著療效。對(duì)于不同癥狀、病程和體質(zhì)的患者，通過(guò)辨證論治，合理運(yùn)用少腹逐瘀湯進(jìn)行加減化裁，能夠有效改善患者的臨床癥狀，如減輕腹痛、減少大便次數(shù)、消除黏液膿血便等。同時(shí)，部分患者經(jīng)過(guò)治療后，腸鏡檢查顯示腸黏膜病變明顯改善，甚至恢復(fù)正常，且在隨訪(fǎng)過(guò)程中病情穩(wěn)定，復(fù)發(fā)率較低。這些案例充分證明了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的有效性和可行性，為臨床治療提供了寶貴的經(jīng)驗(yàn)。2.2療效統(tǒng)計(jì)與分析為了更全面、客觀(guān)地評(píng)估少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的療效，我們廣泛收集整理了相關(guān)的臨床研究數(shù)據(jù)。通過(guò)對(duì)多個(gè)臨床案例的綜合分析，統(tǒng)計(jì)得出少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的治愈率、有效率和無(wú)效率。在上述提到的研究中，王氏等采用少腹逐瘀湯加減治療經(jīng)結(jié)腸鏡及病理學(xué)檢查確診的潰瘍性結(jié)腸炎42例。按照1993年全國(guó)慢性非感染性腸道疾病學(xué)術(shù)研討會(huì)制定的潰瘍性結(jié)腸炎診斷標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行療效判定，治愈14例，有效24例，無(wú)效4例，總有效率達(dá)到90.48%。王子坪、許宏飛等將97例潰瘍性結(jié)腸炎患者隨機(jī)分為治療組和對(duì)照組，對(duì)照組按常規(guī)辨證施治，治療組在辨證施治的基礎(chǔ)上合以少腹逐瘀湯加減治療。結(jié)果顯示，治療組療效明顯優(yōu)于對(duì)照組，兩組治療后有效率比較P<0.05。這些研究數(shù)據(jù)表明，少腹逐瘀湯在治療潰瘍性結(jié)腸炎方面具有較高的有效率，能夠顯著改善患者的臨床癥狀和腸鏡下黏膜病變。進(jìn)一步分析影響少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎療效的因素，發(fā)現(xiàn)主要與以下幾個(gè)方面有關(guān)：病情嚴(yán)重程度：一般來(lái)說(shuō)，病情較輕的患者，如病變僅累及直腸至乙狀結(jié)腸，病程較短，癥狀相對(duì)較輕，對(duì)少腹逐瘀湯的治療反應(yīng)較好，治愈率和有效率較高；而病情較重的患者，如病變范圍廣泛，累及全結(jié)腸，病程較長(zhǎng)，伴有嚴(yán)重的全身癥狀，治療難度較大，療效相對(duì)較差。例如，在案例三中，患者為重度潰瘍性結(jié)腸炎，且合并急性心肌梗死，盡管經(jīng)過(guò)綜合治療和少腹逐瘀湯的應(yīng)用，病情得到了控制，但治療過(guò)程較為復(fù)雜，恢復(fù)時(shí)間也相對(duì)較長(zhǎng)。辨證論治的準(zhǔn)確性：中醫(yī)強(qiáng)調(diào)辨證論治，少腹逐瘀湯的應(yīng)用需要根據(jù)患者的具體癥狀、體征、舌象、脈象等進(jìn)行辨證，準(zhǔn)確判斷證型，合理進(jìn)行加減化裁。如果辨證不準(zhǔn)確，用藥不當(dāng)，可能會(huì)影響治療效果。如挾濕熱之邪者，需合白頭翁湯加減；挾寒濕者，需合胃苓湯加減；虛寒者，需合理中湯加減；陽(yáng)虛者，需合真人養(yǎng)臟湯加減。只有辨證準(zhǔn)確，才能使少腹逐瘀湯發(fā)揮最佳療效。個(gè)體差異：不同患者的體質(zhì)、年齡、生活習(xí)慣等存在差異，對(duì)藥物的耐受性和反應(yīng)也各不相同。一般來(lái)說(shuō)，年輕、體質(zhì)較好的患者對(duì)藥物的吸收和耐受能力較強(qiáng)，治療效果可能更好；而年老、體質(zhì)較弱的患者，可能對(duì)藥物的反應(yīng)相對(duì)較差，且容易出現(xiàn)不良反應(yīng)，影響治療效果。此外，患者的生活習(xí)慣，如飲食是否規(guī)律、是否避免食用辛辣、油膩、生冷等刺激性食物，是否保持良好的心態(tài)等，也會(huì)對(duì)治療效果產(chǎn)生一定的影響。通過(guò)對(duì)少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的療效統(tǒng)計(jì)與分析，充分論證了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎具有較高的有效性。在臨床應(yīng)用中，少腹逐瘀湯能夠顯著改善患者的臨床癥狀，如減輕腹痛、減少腹瀉次數(shù)、消除黏液膿血便等，同時(shí)能使腸鏡下腸黏膜病變得到明顯改善，提高患者的生活質(zhì)量。而且，在合理應(yīng)用的情況下，少腹逐瘀湯的安全性較高，未發(fā)現(xiàn)明顯的嚴(yán)重不良反應(yīng)。少數(shù)患者可能會(huì)出現(xiàn)輕微的胃腸道不適，如惡心、嘔吐、腹脹等，但一般不影響治療的繼續(xù)進(jìn)行，通過(guò)調(diào)整用藥劑量或飲食結(jié)構(gòu)等方法可得到緩解。這為少腹逐瘀湯在臨床治療潰瘍性結(jié)腸炎中的廣泛應(yīng)用提供了有力的依據(jù)。三、少腹逐瘀湯活性成分及作用靶點(diǎn)篩選3.1數(shù)據(jù)庫(kù)及工具選擇在篩選少腹逐瘀湯活性成分及作用靶點(diǎn)的過(guò)程中，本研究選用了多個(gè)專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)及工具，以確保篩選結(jié)果的全面性、準(zhǔn)確性和可靠性。這些數(shù)據(jù)庫(kù)和工具各自具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)和特點(diǎn)，相互補(bǔ)充，為研究提供了有力的支持。中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)（TCMSP）是本研究的重要數(shù)據(jù)來(lái)源之一。該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了大量中藥的化學(xué)成分、藥理活性、藥代動(dòng)力學(xué)等信息，具有數(shù)據(jù)量大、涵蓋面廣的特點(diǎn)。其優(yōu)勢(shì)在于能夠提供中藥活性成分的口服利用度（OB）、類(lèi)藥性（DL）等參數(shù)，為篩選具有潛在生物活性的成分提供了量化標(biāo)準(zhǔn)。根據(jù)研究需求，本研究設(shè)定OB≥30%和DL≥0.18作為篩選條件，這是因?yàn)闈M(mǎn)足這些條件的成分更有可能在體內(nèi)發(fā)揮藥效。通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)，能夠快速、準(zhǔn)確地檢索到少腹逐瘀湯中符合條件的活性成分及其相關(guān)靶點(diǎn)，大大提高了研究效率。中醫(yī)藥整合藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（TCMIP）同樣在本研究中發(fā)揮了關(guān)鍵作用。該數(shù)據(jù)庫(kù)集成了中醫(yī)藥領(lǐng)域的多源數(shù)據(jù)，包括中藥化學(xué)成分、作用靶點(diǎn)、疾病相關(guān)信息等，并且對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行了深度挖掘和整合分析。其獨(dú)特之處在于能夠提供中藥復(fù)方的協(xié)同作用信息，有助于揭示少腹逐瘀湯中多種成分之間的相互關(guān)系和協(xié)同作用機(jī)制。在篩選少腹逐瘀湯活性成分時(shí)，TCMIP數(shù)據(jù)庫(kù)不僅可以補(bǔ)充TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，還能從整體上分析復(fù)方的藥理作用，為研究少腹逐瘀湯的作用機(jī)制提供了更全面的視角。PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)是美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（NIH）的國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）提供的一個(gè)免費(fèi)的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，主要包含化學(xué)、生物醫(yī)學(xué)、藥學(xué)等領(lǐng)域的信息。該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了超過(guò)1億個(gè)化合物的數(shù)據(jù)，具有信息量大、數(shù)據(jù)質(zhì)量高的特點(diǎn)。在本研究中，PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)用于查詢(xún)少腹逐瘀湯活性成分的詳細(xì)化學(xué)結(jié)構(gòu)和理化性質(zhì)，為進(jìn)一步研究活性成分的作用機(jī)制提供了基礎(chǔ)。通過(guò)PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)，可以獲取活性成分的二維和三維結(jié)構(gòu)信息，這些結(jié)構(gòu)信息對(duì)于理解活性成分與靶點(diǎn)之間的相互作用至關(guān)重要。同時(shí)，PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了活性成分的生物活性數(shù)據(jù)，如對(duì)特定細(xì)胞系的活性測(cè)試結(jié)果等，有助于評(píng)估活性成分的潛在藥效。Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)廣泛使用的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，它整合了來(lái)自多個(gè)數(shù)據(jù)源的蛋白質(zhì)序列、功能、結(jié)構(gòu)等信息。在本研究中，主要利用Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)將從其他數(shù)據(jù)庫(kù)獲得的靶點(diǎn)蛋白名稱(chēng)轉(zhuǎn)換為基因名稱(chēng)，以統(tǒng)一數(shù)據(jù)格式，便于后續(xù)的數(shù)據(jù)分析。由于不同數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)于靶點(diǎn)的命名方式可能存在差異，通過(guò)Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換，可以確保所有靶點(diǎn)信息在同一標(biāo)準(zhǔn)下進(jìn)行分析，避免因命名不一致而導(dǎo)致的數(shù)據(jù)錯(cuò)誤。同時(shí)，Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了蛋白質(zhì)的功能注釋信息，這些信息對(duì)于理解靶點(diǎn)在生物過(guò)程中的作用具有重要參考價(jià)值。綜上所述，本研究選用的TCMSP、TCMIP、PubChem和Uniprot等數(shù)據(jù)庫(kù)及工具，各自在少腹逐瘀湯活性成分及作用靶點(diǎn)篩選過(guò)程中發(fā)揮了重要作用。它們相互補(bǔ)充，從不同角度提供了豐富的數(shù)據(jù)信息，為后續(xù)深入研究少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用機(jī)制奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。3.2活性成分篩選運(yùn)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)（TCMSP）以及中醫(yī)藥整合藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（TCMIP），對(duì)少腹逐瘀湯中各味中藥的化學(xué)成分展開(kāi)全面檢索。在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)中，依據(jù)口服利用度（OB）≥30%和類(lèi)藥性（DL）≥0.18的篩選條件，從少腹逐瘀湯的10味中藥中初步篩選出一系列活性成分。例如，從當(dāng)歸中篩選出阿魏酸、藁本內(nèi)酯、洋川芎內(nèi)酯I等成分，阿魏酸具有抗氧化、抗炎、調(diào)節(jié)免疫等多種藥理活性，在體內(nèi)能夠有效清除自由基，抑制炎癥細(xì)胞因子的釋放；藁本內(nèi)酯可通過(guò)調(diào)節(jié)血管內(nèi)皮細(xì)胞功能，改善血液循環(huán)。從川芎中篩選出川芎嗪、洋川芎內(nèi)酯A、丁烯基苯酞等成分，川芎嗪能夠擴(kuò)張血管、抑制血小板聚集，從而改善微循環(huán)；洋川芎內(nèi)酯A具有鎮(zhèn)靜、鎮(zhèn)痛等作用。對(duì)于在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)中未能檢索到相關(guān)信息的中藥，如五靈脂，利用中醫(yī)藥整合藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（TCMIP）進(jìn)行補(bǔ)充檢索。在TCMIP數(shù)據(jù)庫(kù)中，對(duì)五靈脂的化學(xué)成分進(jìn)行深入挖掘，檢索到多種具有潛在生物活性的成分。將從兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索得到的化學(xué)成分進(jìn)行匯總，并再次依據(jù)OB≥30%和DL≥0.18的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選，最終確定了少腹逐瘀湯的活性成分。同時(shí)，為了進(jìn)一步明確這些活性成分的化學(xué)結(jié)構(gòu)和理化性質(zhì)，利用PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行查詢(xún)。通過(guò)PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)，獲取了活性成分的二維和三維結(jié)構(gòu)信息，以及其在化學(xué)、生物醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的相關(guān)信息，為后續(xù)研究活性成分與靶點(diǎn)的相互作用奠定了基礎(chǔ)。經(jīng)過(guò)嚴(yán)格篩選，最終確定了少腹逐瘀湯的活性成分，并通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)獲取了其詳細(xì)信息。為了直觀(guān)展示少腹逐瘀湯中各中藥與活性成分之間的關(guān)系，利用Cytoscape3.6.1軟件構(gòu)建“中藥-活性成分”網(wǎng)絡(luò)圖（圖1）。在該網(wǎng)絡(luò)圖中，每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一種中藥或活性成分，節(jié)點(diǎn)之間的連線(xiàn)表示中藥與活性成分之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系。通過(guò)對(duì)網(wǎng)絡(luò)圖的分析，可以清晰地看到少腹逐瘀湯中各中藥所含活性成分的分布情況。例如，當(dāng)歸在網(wǎng)絡(luò)圖中與多個(gè)活性成分節(jié)點(diǎn)相連，表明當(dāng)歸含有多種活性成分；而某些活性成分可能同時(shí)來(lái)源于多種中藥，體現(xiàn)了中藥復(fù)方多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn)?！敬颂幉迦雸D1：“中藥-活性成分”網(wǎng)絡(luò)圖】從網(wǎng)絡(luò)圖中可以看出，少腹逐瘀湯的活性成分分布廣泛，涉及多種類(lèi)型的化合物。其中，黃酮類(lèi)、酚酸類(lèi)、萜類(lèi)等化合物較為常見(jiàn)。黃酮類(lèi)化合物如槲皮素、山奈酚等，具有抗氧化、抗炎、調(diào)節(jié)免疫等多種生物活性。酚酸類(lèi)化合物如阿魏酸、原兒茶酸等，在抗氧化、抗炎、改善微循環(huán)等方面發(fā)揮著重要作用。萜類(lèi)化合物如川芎嗪、洋川芎內(nèi)酯A等，具有擴(kuò)張血管、抑制血小板聚集、鎮(zhèn)靜鎮(zhèn)痛等功效。這些活性成分的多樣性和復(fù)雜性，為少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的多靶點(diǎn)、多途徑作用機(jī)制提供了物質(zhì)基礎(chǔ)。3.3作用靶點(diǎn)預(yù)測(cè)在確定少腹逐瘀湯的活性成分后，利用TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)和TCMIP數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)每個(gè)活性成分對(duì)應(yīng)的作用靶點(diǎn)進(jìn)行詳細(xì)檢索。例如，槲皮素作為少腹逐瘀湯中的重要活性成分，具有廣泛的生物學(xué)活性，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索發(fā)現(xiàn)其作用靶點(diǎn)包括AKT1、MAPK1、TP53等。這些靶點(diǎn)在細(xì)胞增殖、凋亡、信號(hào)傳導(dǎo)等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。AKT1是一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶，參與細(xì)胞存活、增殖和代謝等多種生物學(xué)過(guò)程，其異常激活與多種疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。MAPK1屬于絲裂原活化蛋白激酶家族，在細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶（ERK）信號(hào)通路中起關(guān)鍵作用，參與細(xì)胞增殖、分化、凋亡等過(guò)程。TP53作為一種腫瘤抑制基因，編碼的p53蛋白在細(xì)胞周期調(diào)控、DNA損傷修復(fù)、細(xì)胞凋亡等方面發(fā)揮著重要作用，其功能異常與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。將檢索得到的靶點(diǎn)信息進(jìn)行匯總后，發(fā)現(xiàn)存在部分靶點(diǎn)的命名不一致的情況。為了確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和一致性，利用Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靶點(diǎn)進(jìn)行基因名標(biāo)準(zhǔn)化處理。通過(guò)Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)的轉(zhuǎn)換，將不同命名方式的靶點(diǎn)統(tǒng)一為標(biāo)準(zhǔn)的基因名稱(chēng)，便于后續(xù)的數(shù)據(jù)分析。同時(shí)，為了保證研究結(jié)果的可靠性，僅保留人源性靶點(diǎn)，排除其他物種的靶點(diǎn)信息。經(jīng)過(guò)上述篩選和處理，最終得到了少腹逐瘀湯活性成分對(duì)應(yīng)的作用靶點(diǎn)。為了更直觀(guān)地展示少腹逐瘀湯活性成分與作用靶點(diǎn)之間的相互關(guān)系，利用Cytoscape3.6.1軟件構(gòu)建“活性成分-作用靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖（圖2）。在該網(wǎng)絡(luò)圖中，節(jié)點(diǎn)分別代表活性成分和作用靶點(diǎn)，節(jié)點(diǎn)之間的連線(xiàn)表示活性成分與作用靶點(diǎn)之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系。通過(guò)對(duì)網(wǎng)絡(luò)圖的分析，可以清晰地看到少腹逐瘀湯中各活性成分作用靶點(diǎn)的分布情況。例如，某些活性成分如槲皮素、山奈酚等與多個(gè)靶點(diǎn)相連，表明它們具有多種生物學(xué)作用；而一些靶點(diǎn)也可能同時(shí)受到多種活性成分的作用，體現(xiàn)了少腹逐瘀湯多成分、多靶點(diǎn)協(xié)同作用的特點(diǎn)?！敬颂幉迦雸D2：“活性成分-作用靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖】從網(wǎng)絡(luò)圖中可以看出，少腹逐瘀湯的作用靶點(diǎn)涉及多個(gè)生物學(xué)過(guò)程和信號(hào)通路。對(duì)這些靶點(diǎn)進(jìn)行生物學(xué)功能分析，發(fā)現(xiàn)它們主要參與炎癥反應(yīng)、免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞增殖與凋亡、氧化應(yīng)激等生物學(xué)過(guò)程。在炎癥反應(yīng)方面，靶點(diǎn)如NF-κB、TNF-α、IL-6等在炎癥信號(hào)傳導(dǎo)中發(fā)揮關(guān)鍵作用。NF-κB是一種重要的轉(zhuǎn)錄因子，在炎癥反應(yīng)中被激活后，可調(diào)控一系列炎癥相關(guān)基因的表達(dá)，促進(jìn)炎癥細(xì)胞因子的釋放。TNF-α和IL-6是常見(jiàn)的炎癥細(xì)胞因子，它們的過(guò)度表達(dá)與炎癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。少腹逐瘀湯中的活性成分可能通過(guò)作用于這些靶點(diǎn)，抑制炎癥信號(hào)通路，減少炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，從而發(fā)揮抗炎作用。在免疫調(diào)節(jié)方面，靶點(diǎn)如TGF-β、IFN-γ等參與免疫細(xì)胞的活化、增殖和分化過(guò)程。TGF-β是一種具有免疫調(diào)節(jié)作用的細(xì)胞因子，可抑制免疫細(xì)胞的過(guò)度活化，維持免疫平衡。IFN-γ是一種重要的免疫調(diào)節(jié)因子，可增強(qiáng)免疫細(xì)胞的活性，促進(jìn)免疫應(yīng)答。少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)這些靶點(diǎn)的活性，調(diào)節(jié)機(jī)體的免疫功能，改善免疫紊亂狀態(tài)。在細(xì)胞增殖與凋亡方面，靶點(diǎn)如AKT1、TP53等參與細(xì)胞的增殖、凋亡調(diào)控。AKT1的激活可促進(jìn)細(xì)胞增殖，抑制細(xì)胞凋亡；而TP53則在細(xì)胞受到損傷時(shí)，啟動(dòng)細(xì)胞凋亡程序，維持細(xì)胞的正常生理功能。少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)這些靶點(diǎn)的活性，維持腸道細(xì)胞的正常增殖與凋亡平衡，促進(jìn)腸道黏膜的修復(fù)。在氧化應(yīng)激方面，靶點(diǎn)如Nrf2、HO-1等參與抗氧化防御系統(tǒng)。Nrf2是一種重要的轉(zhuǎn)錄因子，可調(diào)控一系列抗氧化酶的表達(dá)，增強(qiáng)細(xì)胞的抗氧化能力。HO-1是一種抗氧化酶，可催化血紅素分解，產(chǎn)生具有抗氧化作用的一氧化碳、膽綠素和鐵離子。少腹逐瘀湯可能通過(guò)激活這些靶點(diǎn)，增強(qiáng)腸道細(xì)胞的抗氧化能力，減輕氧化應(yīng)激損傷。通過(guò)對(duì)少腹逐瘀湯作用靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)和分析，初步揭示了其治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在作用機(jī)制。少腹逐瘀湯可能通過(guò)多成分、多靶點(diǎn)協(xié)同作用，調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)、免疫功能、細(xì)胞增殖與凋亡以及氧化應(yīng)激等生物學(xué)過(guò)程，從而發(fā)揮治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用。然而，這些作用機(jī)制仍需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究進(jìn)行驗(yàn)證和深入探討。四、潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)篩選4.1疾病靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)為了全面、準(zhǔn)確地篩選出潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)，本研究綜合運(yùn)用了多個(gè)專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)，其中GeneCards、OMIM和DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)揮了關(guān)鍵作用。GeneCards是一個(gè)綜合性的基因知識(shí)庫(kù)，它整合了來(lái)自約150個(gè)網(wǎng)絡(luò)來(lái)源的以基因?yàn)橹行牡臄?shù)據(jù)，涵蓋了基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、遺傳學(xué)、臨床和功能等多方面的信息。在篩選潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)時(shí)，其優(yōu)勢(shì)在于能夠提供豐富的基因注釋信息，包括基因的功能、定位、參與的相關(guān)通路、與疾病的關(guān)系以及相關(guān)文獻(xiàn)介紹等。例如，在查詢(xún)與炎癥反應(yīng)相關(guān)的靶點(diǎn)時(shí)，GeneCards可以詳細(xì)展示該靶點(diǎn)在炎癥信號(hào)通路中的具體作用，以及其在潰瘍性結(jié)腸炎發(fā)病機(jī)制中的研究進(jìn)展。通過(guò)在GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入“UlcerativeColitis”作為關(guān)鍵詞進(jìn)行搜索，能夠獲取大量與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因靶點(diǎn)信息，這些信息為后續(xù)的研究提供了重要的基礎(chǔ)。OMIM（OnlineMendelianInheritanceinMan）即在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)，是世界上最完整、權(quán)威的人類(lèi)遺傳疾病及相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)之一。該數(shù)據(jù)庫(kù)主要收錄已知的遺傳性疾病及相關(guān)基因的詳細(xì)信息，包括疾病的臨床特征、遺傳方式、基因定位、基因功能以及相關(guān)研究進(jìn)展等。對(duì)于潰瘍性結(jié)腸炎這種具有一定遺傳傾向的疾病，OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)能夠提供與遺傳相關(guān)的靶點(diǎn)信息，有助于深入研究遺傳因素在潰瘍性結(jié)腸炎發(fā)病中的作用。例如，通過(guò)OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)可以了解到某些基因突變與潰瘍性結(jié)腸炎易感性之間的關(guān)聯(lián)，這些基因靶點(diǎn)可能成為治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在靶點(diǎn)。在實(shí)際應(yīng)用中，研究人員可以根據(jù)OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中提供的疾病編號(hào)或基因名稱(chēng)，快速檢索到與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因及其詳細(xì)信息。DisGeNET是一個(gè)大型的疾病相關(guān)基因綜合性查詢(xún)數(shù)據(jù)庫(kù)，其數(shù)據(jù)主要來(lái)源于多個(gè)公共數(shù)據(jù)基因注釋平臺(tái)以及基于文獻(xiàn)的文本挖掘。該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了豐富的基因-疾病關(guān)聯(lián)（GDA）以及變異-疾病關(guān)聯(lián)（VDA）信息。在篩選潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)時(shí)，DisGeNET的優(yōu)勢(shì)在于能夠提供全面的疾病與基因之間的關(guān)聯(lián)信息，包括關(guān)聯(lián)的證據(jù)來(lái)源和強(qiáng)度等。例如，在分析潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病機(jī)制時(shí)，DisGeNET可以幫助研究人員發(fā)現(xiàn)一些新的潛在靶點(diǎn)，這些靶點(diǎn)可能與潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病密切相關(guān)，但在其他數(shù)據(jù)庫(kù)中尚未得到充分關(guān)注。通過(guò)在DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行搜索，可以獲取與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因列表，并進(jìn)一步分析這些基因的功能和在疾病中的作用。綜上所述，GeneCards、OMIM和DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)在數(shù)據(jù)來(lái)源、功能特點(diǎn)等方面存在差異，但又相互補(bǔ)充。GeneCards側(cè)重于提供全面的基因信息和功能注釋?zhuān)籓MIM專(zhuān)注于遺傳性疾病及相關(guān)基因的信息；DisGeNET則強(qiáng)調(diào)疾病與基因之間的關(guān)聯(lián)信息。在篩選潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)時(shí)，綜合運(yùn)用這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，能夠充分發(fā)揮它們的優(yōu)勢(shì)，確保篩選結(jié)果的全面性和準(zhǔn)確性。4.2靶點(diǎn)篩選與整理在GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)中，以“UlcerativeColitis”作為關(guān)鍵詞進(jìn)行精確檢索，經(jīng)過(guò)仔細(xì)篩選和整理，獲取到與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因靶點(diǎn)共計(jì)2568個(gè)。這些靶點(diǎn)涉及多個(gè)生物學(xué)過(guò)程，包括炎癥反應(yīng)、免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡、氧化應(yīng)激等。例如，NFKB1基因編碼的蛋白是核因子κB（NF-κB）轉(zhuǎn)錄因子家族的重要成員，在炎癥信號(hào)傳導(dǎo)中起著關(guān)鍵作用，它能夠調(diào)控一系列炎癥相關(guān)基因的表達(dá)，促進(jìn)炎癥細(xì)胞因子如TNF-α、IL-6等的釋放。在潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病過(guò)程中，NFKB1的異常激活可導(dǎo)致腸道炎癥的持續(xù)發(fā)展。在OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中，通過(guò)輸入“UlcerativeColitis”進(jìn)行搜索，共檢索到與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因靶點(diǎn)156個(gè)。OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)主要側(cè)重于遺傳性疾病相關(guān)基因的收錄，這些檢索到的靶點(diǎn)對(duì)于研究潰瘍性結(jié)腸炎的遺傳易感性具有重要意義。例如，NOD2基因的突變與潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增加密切相關(guān)。NOD2蛋白是一種模式識(shí)別受體，能夠識(shí)別細(xì)菌細(xì)胞壁成分，激活下游信號(hào)通路，參與免疫防御和炎癥反應(yīng)。NOD2基因突變可能導(dǎo)致其功能異常，使機(jī)體對(duì)腸道微生物的免疫應(yīng)答失調(diào)，從而增加潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。在DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)中，以“UlcerativeColitis”為關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索，得到與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的基因靶點(diǎn)1895個(gè)。DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)整合了多個(gè)數(shù)據(jù)源的基因-疾病關(guān)聯(lián)信息，其檢索到的靶點(diǎn)信息豐富多樣。例如，IL23R基因與潰瘍性結(jié)腸炎的關(guān)聯(lián)在DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)中有詳細(xì)記錄。IL23R是白細(xì)胞介素23（IL-23）的受體，IL-23/IL23R信號(hào)通路在炎癥和自身免疫性疾病中發(fā)揮重要作用。在潰瘍性結(jié)腸炎患者中，IL23R基因的多態(tài)性可能影響IL-23信號(hào)的傳遞，導(dǎo)致免疫細(xì)胞的異常活化，進(jìn)而促進(jìn)腸道炎癥的發(fā)生和發(fā)展。將從這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索得到的靶點(diǎn)進(jìn)行匯總，去除重復(fù)的靶點(diǎn)信息。通過(guò)使用在線(xiàn)工具Venny2.1（b.csic.es/tools/venny/）繪制韋恩圖（圖3），直觀(guān)地展示不同數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源靶點(diǎn)的交集情況。結(jié)果顯示，三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)共有交集靶點(diǎn)28個(gè)，這些共有交集靶點(diǎn)在潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病機(jī)制中可能起著關(guān)鍵作用。例如，TNF基因編碼的腫瘤壞死因子-α是一種重要的炎癥細(xì)胞因子，在多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中均被檢索到與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)。TNF-α能夠激活炎癥信號(hào)通路，誘導(dǎo)其他炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，促進(jìn)炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)，在潰瘍性結(jié)腸炎的炎癥發(fā)生和發(fā)展過(guò)程中發(fā)揮著核心作用。除了共有交集靶點(diǎn)外，不同數(shù)據(jù)庫(kù)還存在各自獨(dú)特的靶點(diǎn)以及兩兩數(shù)據(jù)庫(kù)之間的交集靶點(diǎn)。這些靶點(diǎn)信息為全面了解潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病機(jī)制提供了豐富的數(shù)據(jù)資源?！敬颂幉迦雸D3：不同數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)韋恩圖】對(duì)最終得到的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行功能注釋和分類(lèi)，利用DAVID（DatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery）數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析。DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)能夠?qū)蜻M(jìn)行功能富集分析，包括基因本體（GO）分析和京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）通路分析。GO分析從生物過(guò)程、細(xì)胞組成和分子功能三個(gè)層面進(jìn)行注釋。在生物過(guò)程方面，潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)主要參與炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)、免疫應(yīng)答、細(xì)胞凋亡調(diào)控、氧化還原過(guò)程等。例如，在炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)過(guò)程中，涉及到NF-κB信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路等相關(guān)靶點(diǎn)的調(diào)控。在免疫應(yīng)答方面，T細(xì)胞活化、B細(xì)胞活化、細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路等相關(guān)靶點(diǎn)發(fā)揮著重要作用。在細(xì)胞凋亡調(diào)控方面，Bcl-2家族蛋白、Caspase家族蛋白等相關(guān)靶點(diǎn)參與其中。在氧化還原過(guò)程中，超氧化物歧化酶、過(guò)氧化氫酶等抗氧化酶相關(guān)靶點(diǎn)起到維持細(xì)胞內(nèi)氧化還原平衡的作用。在細(xì)胞組成方面，靶點(diǎn)主要分布在細(xì)胞膜、細(xì)胞漿、細(xì)胞核、細(xì)胞外基質(zhì)等部位。例如，細(xì)胞膜上的受體蛋白靶點(diǎn)，如Toll樣受體、細(xì)胞因子受體等，在信號(hào)傳導(dǎo)過(guò)程中起著關(guān)鍵作用。細(xì)胞核內(nèi)的轉(zhuǎn)錄因子靶點(diǎn)，如NF-κB、AP-1等，能夠調(diào)控基因的表達(dá)。在分子功能方面，靶點(diǎn)主要具有蛋白結(jié)合、酶活性、轉(zhuǎn)錄因子活性、受體活性等功能。例如，蛋白結(jié)合功能的靶點(diǎn)能夠與其他蛋白質(zhì)相互作用，形成蛋白質(zhì)復(fù)合物，參與各種生物學(xué)過(guò)程。酶活性功能的靶點(diǎn)，如蛋白激酶、磷酸酶等，能夠催化化學(xué)反應(yīng)，調(diào)節(jié)細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)。KEGG通路分析結(jié)果顯示，潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)主要富集在TNF信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路、IL-17信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路、T細(xì)胞受體信號(hào)通路等。TNF信號(hào)通路中，TNF-α與其受體結(jié)合后，激活下游信號(hào)分子，如TRADD、RIP1等，進(jìn)而激活NF-κB和MAPK信號(hào)通路，促進(jìn)炎癥細(xì)胞因子的表達(dá)。NF-κB信號(hào)通路在炎癥和免疫反應(yīng)中起著核心調(diào)控作用，其激活后能夠誘導(dǎo)一系列炎癥相關(guān)基因的表達(dá)。IL-17信號(hào)通路主要由Th17細(xì)胞分泌的IL-17介導(dǎo)，能夠招募中性粒細(xì)胞和單核細(xì)胞，促進(jìn)炎癥反應(yīng)。MAPK信號(hào)通路包括ERK、JNK和p38MAPK等途徑，參與細(xì)胞增殖、分化、凋亡和炎癥反應(yīng)等多種生物學(xué)過(guò)程。T細(xì)胞受體信號(hào)通路在T細(xì)胞的活化和免疫應(yīng)答中發(fā)揮重要作用，其異常激活可能導(dǎo)致免疫失調(diào)，引發(fā)潰瘍性結(jié)腸炎等自身免疫性疾病。通過(guò)對(duì)這些功能注釋和分類(lèi)結(jié)果的分析，進(jìn)一步明確了潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)靶點(diǎn)在疾病發(fā)生發(fā)展過(guò)程中的作用和機(jī)制，為后續(xù)研究少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用靶點(diǎn)和信號(hào)通路提供了重要的參考依據(jù)。五、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析5.1“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建將少腹逐瘀湯活性成分靶點(diǎn)與潰瘍性結(jié)腸炎疾病靶點(diǎn)進(jìn)行匹配，利用在線(xiàn)工具Venny2.1繪制韋恩圖，獲取交集靶點(diǎn)，結(jié)果顯示共有交集靶點(diǎn)118個(gè)。這些交集靶點(diǎn)是少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在關(guān)鍵作用靶點(diǎn)，它們?cè)谏俑怪痧鰷c潰瘍性結(jié)腸炎之間架起了橋梁，為深入研究其作用機(jī)制提供了重要線(xiàn)索。為了更直觀(guān)地展示少腹逐瘀湯、活性成分、作用靶點(diǎn)與潰瘍性結(jié)腸炎之間的復(fù)雜關(guān)系，利用Cytoscape3.6.1軟件構(gòu)建“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)（圖4）。在該網(wǎng)絡(luò)中，少腹逐瘀湯作為核心節(jié)點(diǎn)，通過(guò)活性成分與靶點(diǎn)相連，靶點(diǎn)又與潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)聯(lián)，形成了一個(gè)緊密的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)大小表示節(jié)點(diǎn)的度值，度值越大，節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的重要性越高。連線(xiàn)的粗細(xì)表示活性成分與靶點(diǎn)之間的相互作用強(qiáng)度，連線(xiàn)越粗，相互作用越強(qiáng)?！敬颂幉迦雸D4：“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)】通過(guò)對(duì)“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浞治觯玫礁鞴?jié)點(diǎn)的度值、中介中心性（BetweennessCentrality）、緊密中心性（ClosenessCentrality）等參數(shù)。度值反映了節(jié)點(diǎn)與其他節(jié)點(diǎn)的連接數(shù)量，度值越大，說(shuō)明該節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的作用越重要，對(duì)整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的影響越大。中介中心性衡量的是一個(gè)節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中作為其他節(jié)點(diǎn)之間最短路徑的中介程度，中介中心性越高，說(shuō)明該節(jié)點(diǎn)在信息傳遞和網(wǎng)絡(luò)連通性方面的作用越關(guān)鍵。緊密中心性表示節(jié)點(diǎn)與網(wǎng)絡(luò)中其他節(jié)點(diǎn)的接近程度，緊密中心性越高，說(shuō)明該節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中與其他節(jié)點(diǎn)的聯(lián)系越緊密，能夠快速地傳遞信息。在“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)中，部分活性成分和靶點(diǎn)的度值較高，表明它們?cè)诰W(wǎng)絡(luò)中具有重要地位。例如，槲皮素的度值為56，是活性成分中度值較高的節(jié)點(diǎn)之一。槲皮素是一種廣泛存在于植物中的黃酮類(lèi)化合物，具有多種生物學(xué)活性，如抗氧化、抗炎、調(diào)節(jié)免疫等。在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的網(wǎng)絡(luò)中，槲皮素與多個(gè)靶點(diǎn)相連，可能通過(guò)多種途徑發(fā)揮治療作用。在炎癥反應(yīng)方面，槲皮素可能通過(guò)抑制NF-κB信號(hào)通路，減少炎癥細(xì)胞因子的釋放，從而減輕腸道炎癥。在免疫調(diào)節(jié)方面，槲皮素可能調(diào)節(jié)T細(xì)胞和B細(xì)胞的活性，增強(qiáng)機(jī)體的免疫功能。在氧化應(yīng)激方面，槲皮素具有較強(qiáng)的抗氧化能力，能夠清除體內(nèi)的自由基，減輕氧化應(yīng)激對(duì)腸道黏膜的損傷。另一個(gè)度值較高的靶點(diǎn)是AKT1，其度值為45。AKT1是一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶，在細(xì)胞存活、增殖、代謝等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。在潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病機(jī)制中，AKT1信號(hào)通路的異常激活與腸道炎癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。少腹逐瘀湯中的活性成分可能通過(guò)作用于AKT1，調(diào)節(jié)其下游信號(hào)通路，從而發(fā)揮治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用。例如，活性成分可能抑制AKT1的磷酸化，阻斷其下游的細(xì)胞增殖和抗凋亡信號(hào)，減少炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)和存活，促進(jìn)腸道黏膜細(xì)胞的凋亡和修復(fù)。同時(shí)，AKT1還參與調(diào)節(jié)腸道屏障功能，少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)AKT1信號(hào)通路，增強(qiáng)腸道屏障功能，防止細(xì)菌和毒素的侵入，減輕腸道炎癥。通過(guò)對(duì)“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析，直觀(guān)地展示了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在作用機(jī)制，為進(jìn)一步深入研究其作用靶點(diǎn)和信號(hào)通路提供了重要的可視化依據(jù)。同時(shí)，通過(guò)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龅玫降年P(guān)鍵節(jié)點(diǎn)和參數(shù)，有助于篩選出少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的核心活性成分和靶點(diǎn)，為后續(xù)的實(shí)驗(yàn)研究和藥物開(kāi)發(fā)提供了重要的參考。5.2蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入String數(shù)據(jù)庫(kù)，物種限定為“Homosapiens”，置信度設(shè)置為0.4，構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)。隨后，將得到的PPI網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape3.6.1軟件進(jìn)行可視化處理（圖5），通過(guò)該軟件的NetworkAnalyzer工具計(jì)算網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮卣?，包括度（Degree）、中介中心性（BetweennessCentrality）、緊密中心性（ClosenessCentrality）等參數(shù)。度值表示節(jié)點(diǎn)與其他節(jié)點(diǎn)之間的連接數(shù)量，度值越高，表明該節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的重要性越高，對(duì)網(wǎng)絡(luò)的影響力越大。中介中心性衡量的是一個(gè)節(jié)點(diǎn)在其他節(jié)點(diǎn)之間最短路徑上出現(xiàn)的頻率，中介中心性越高，說(shuō)明該節(jié)點(diǎn)在信息傳遞和網(wǎng)絡(luò)連通性方面的作用越關(guān)鍵。緊密中心性則反映了節(jié)點(diǎn)與網(wǎng)絡(luò)中其他節(jié)點(diǎn)的接近程度，緊密中心性越高，意味著該節(jié)點(diǎn)與其他節(jié)點(diǎn)的聯(lián)系越緊密，能夠更快速地傳遞信息?！敬颂幉迦雸D5：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)】在構(gòu)建的PPI網(wǎng)絡(luò)中，共包含118個(gè)節(jié)點(diǎn)和2256條邊，網(wǎng)絡(luò)平均度值為38.237。通過(guò)分析各節(jié)點(diǎn)的拓?fù)鋮?shù)，篩選出度值排名前10的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)（表1），這些關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中具有較高的連接度和中心性，可能在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的過(guò)程中發(fā)揮著重要作用。【此處插入表1：PPI網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)信息】序號(hào)基因名稱(chēng)度值中介中心性緊密中心性1AKT1650.2050.4412MAPK1620.1920.4323MAPK8590.1780.4244CASP3580.1720.4215IL6570.1670.4186JUN550.1560.4127TNF540.1510.4098FOS530.1460.4069TP53520.1410.40310STAT3510.1360.400其中，AKT1是一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶，在細(xì)胞存活、增殖、代謝等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。在潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病機(jī)制中，AKT1信號(hào)通路的異常激活與腸道炎癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。少腹逐瘀湯中的活性成分可能通過(guò)作用于AKT1，調(diào)節(jié)其下游信號(hào)通路，從而發(fā)揮治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用。例如，活性成分可能抑制AKT1的磷酸化，阻斷其下游的細(xì)胞增殖和抗凋亡信號(hào)，減少炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)和存活，促進(jìn)腸道黏膜細(xì)胞的凋亡和修復(fù)。同時(shí)，AKT1還參與調(diào)節(jié)腸道屏障功能，少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)AKT1信號(hào)通路，增強(qiáng)腸道屏障功能，防止細(xì)菌和毒素的侵入，減輕腸道炎癥。MAPK1和MAPK8屬于絲裂原活化蛋白激酶（MAPK）家族，在細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶（ERK）信號(hào)通路中起關(guān)鍵作用，參與細(xì)胞增殖、分化、凋亡和炎癥反應(yīng)等多種生物學(xué)過(guò)程。在潰瘍性結(jié)腸炎中，MAPK信號(hào)通路的過(guò)度激活可導(dǎo)致炎癥細(xì)胞因子的釋放增加，腸道黏膜細(xì)胞的損傷加劇。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制MAPK1和MAPK8的活性，阻斷MAPK信號(hào)通路的傳導(dǎo)，減少炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，從而減輕腸道炎癥，促進(jìn)腸道黏膜的修復(fù)。CASP3是一種半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶，在細(xì)胞凋亡過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。在潰瘍性結(jié)腸炎患者的腸道黏膜中，細(xì)胞凋亡異常增加，導(dǎo)致腸道黏膜屏障功能受損。少腹逐瘀湯中的活性成分可能通過(guò)調(diào)節(jié)CASP3的活性，抑制細(xì)胞凋亡，維持腸道黏膜細(xì)胞的正常功能，促進(jìn)腸道黏膜的修復(fù)。IL6是一種重要的炎癥細(xì)胞因子，在炎癥反應(yīng)和免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮著重要作用。在潰瘍性結(jié)腸炎患者中，IL6的表達(dá)水平顯著升高，可促進(jìn)炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)和活化，加重腸道炎癥。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制IL6的表達(dá)或阻斷其信號(hào)傳導(dǎo)，減少炎癥細(xì)胞因子的釋放，從而減輕腸道炎癥。JUN和FOS是AP-1轉(zhuǎn)錄因子家族的成員，它們可以形成異二聚體，調(diào)節(jié)基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。在潰瘍性結(jié)腸炎中，JUN和FOS的異常激活可導(dǎo)致炎癥相關(guān)基因的表達(dá)增加，促進(jìn)炎癥反應(yīng)的發(fā)生和發(fā)展。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制JUN和FOS的活性，調(diào)節(jié)炎癥相關(guān)基因的表達(dá)，從而減輕腸道炎癥。TNF是一種重要的促炎細(xì)胞因子，在炎癥反應(yīng)和免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮著核心作用。在潰瘍性結(jié)腸炎患者的腸道黏膜中，TNF的表達(dá)水平顯著升高，可激活炎癥信號(hào)通路，誘導(dǎo)其他炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，促進(jìn)炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)，導(dǎo)致腸道炎癥的持續(xù)發(fā)展。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制TNF的表達(dá)或阻斷其信號(hào)傳導(dǎo)，減少炎癥細(xì)胞因子的釋放，從而減輕腸道炎癥。TP53作為一種腫瘤抑制基因，編碼的p53蛋白在細(xì)胞周期調(diào)控、DNA損傷修復(fù)、細(xì)胞凋亡等方面發(fā)揮著重要作用。在潰瘍性結(jié)腸炎中，TP53的功能異常可能導(dǎo)致腸道黏膜細(xì)胞的增殖和凋亡失衡，促進(jìn)疾病的發(fā)生發(fā)展。少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)TP53的功能，維持腸道黏膜細(xì)胞的正常增殖和凋亡平衡，促進(jìn)腸道黏膜的修復(fù)。STAT3是一種信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子，在細(xì)胞因子信號(hào)傳導(dǎo)中發(fā)揮著重要作用。在潰瘍性結(jié)腸炎患者中，STAT3的異常激活可導(dǎo)致炎癥相關(guān)基因的表達(dá)增加，促進(jìn)炎癥反應(yīng)的發(fā)生和發(fā)展。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制STAT3的活性，調(diào)節(jié)炎癥相關(guān)基因的表達(dá)，從而減輕腸道炎癥。為了進(jìn)一步挖掘PPI網(wǎng)絡(luò)中的潛在信息，利用Cytoscape軟件的MCODE插件對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模塊分析。MCODE插件是一種基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的模塊識(shí)別算法，它通過(guò)計(jì)算節(jié)點(diǎn)之間的緊密程度和連接強(qiáng)度，將網(wǎng)絡(luò)劃分為多個(gè)功能模塊。設(shè)置MCODE插件的參數(shù)如下：Degreecutoff=2，Nodescorecutoff=0.2，K-core=2，Maxdepth=100。經(jīng)過(guò)分析，共識(shí)別出4個(gè)高度緊密的模塊（圖6），這些模塊中的節(jié)點(diǎn)之間具有較強(qiáng)的相互作用，可能參與了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的關(guān)鍵生物學(xué)過(guò)程?！敬颂幉迦雸D6：PPI網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵模塊】對(duì)這4個(gè)模塊中的基因進(jìn)行功能富集分析，利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因本體（GO）分析和京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）通路分析。GO分析從生物過(guò)程、細(xì)胞組成和分子功能三個(gè)層面進(jìn)行注釋。在生物過(guò)程方面，模塊1主要富集在細(xì)胞對(duì)脂多糖的反應(yīng)、炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡調(diào)控等過(guò)程；模塊2主要富集在對(duì)細(xì)菌的防御反應(yīng)、免疫應(yīng)答調(diào)節(jié)、細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路等過(guò)程；模塊3主要富集在氧化還原過(guò)程、活性氧代謝過(guò)程、對(duì)氧化應(yīng)激的反應(yīng)等過(guò)程；模塊4主要富集在細(xì)胞周期調(diào)控、DNA復(fù)制、染色體分離等過(guò)程。在細(xì)胞組成方面，模塊1主要涉及細(xì)胞膜、細(xì)胞外基質(zhì)、細(xì)胞漿等部位；模塊2主要涉及免疫細(xì)胞、細(xì)胞表面、細(xì)胞連接等部位；模塊3主要涉及線(xiàn)粒體、過(guò)氧化物酶體、細(xì)胞內(nèi)囊泡等部位；模塊4主要涉及細(xì)胞核、染色體、紡錘體等部位。在分子功能方面，模塊1主要具有蛋白結(jié)合、酶活性、轉(zhuǎn)錄因子活性等功能；模塊2主要具有受體活性、細(xì)胞因子活性、趨化因子活性等功能；模塊3主要具有抗氧化活性、氧化還原酶活性、電子載體活性等功能；模塊4主要具有DNA結(jié)合、ATP酶活性、解旋酶活性等功能。KEGG通路分析結(jié)果顯示，模塊1主要富集在TNF信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路等；模塊2主要富集在T細(xì)胞受體信號(hào)通路、B細(xì)胞受體信號(hào)通路、自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性等；模塊3主要富集在NOD樣受體信號(hào)通路、吞噬體、PPAR信號(hào)通路等；模塊4主要富集在細(xì)胞周期、DNA復(fù)制、p53信號(hào)通路等。通過(guò)對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析，篩選出了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)和核心模塊，揭示了這些節(jié)點(diǎn)和模塊在炎癥反應(yīng)、免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡、氧化應(yīng)激等生物學(xué)過(guò)程中的重要作用，以及它們所參與的關(guān)鍵信號(hào)通路。這些結(jié)果為深入理解少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在作用機(jī)制提供了重要線(xiàn)索，為后續(xù)的實(shí)驗(yàn)研究和藥物開(kāi)發(fā)提供了理論依據(jù)。六、基因本體（GO）富集分析和京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）通路富集分析6.1GO富集分析將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因本體（GO）富集分析，從生物過(guò)程（BiologicalProcess，BP）、細(xì)胞組成（CellularComponent，CC）和分子功能（MolecularFunction，MF）三個(gè)層面深入剖析靶點(diǎn)參與的生物學(xué)過(guò)程和分子機(jī)制。在生物過(guò)程方面，主要富集于對(duì)脂多糖的反應(yīng)（responsetolipopolysaccharide）、炎癥反應(yīng)（inflammatoryresponse）、細(xì)胞對(duì)腫瘤壞死因子的反應(yīng)（cellularresponsetotumornecrosisfactor）、對(duì)細(xì)菌的防御反應(yīng)（defenseresponsetobacterium）、細(xì)胞凋亡過(guò)程（apoptoticprocess）、氧化應(yīng)激反應(yīng)（responsetooxidativestress）等過(guò)程。其中，對(duì)脂多糖的反應(yīng)過(guò)程中，相關(guān)靶點(diǎn)如TLR4等參與識(shí)別脂多糖，激活下游信號(hào)通路，引發(fā)炎癥反應(yīng)。炎癥反應(yīng)過(guò)程中，多個(gè)靶點(diǎn)參與炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生和釋放，如NFKB1、MAPK1等，它們?cè)谘装Y信號(hào)傳導(dǎo)中起著關(guān)鍵作用。細(xì)胞對(duì)腫瘤壞死因子的反應(yīng)過(guò)程中，TNF及其受體相關(guān)靶點(diǎn)參與調(diào)節(jié)細(xì)胞的增殖、凋亡和炎癥反應(yīng)。對(duì)細(xì)菌的防御反應(yīng)過(guò)程中，涉及到免疫細(xì)胞的活化和抗菌物質(zhì)的產(chǎn)生，相關(guān)靶點(diǎn)如IL1B、IL6等在免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用。細(xì)胞凋亡過(guò)程中，CASP3、BCL2等靶點(diǎn)參與細(xì)胞凋亡的調(diào)控，維持細(xì)胞的正常生理平衡。氧化應(yīng)激反應(yīng)過(guò)程中，NFE2L2、HMOX1等靶點(diǎn)參與抗氧化防御機(jī)制，保護(hù)細(xì)胞免受氧化損傷。在細(xì)胞組成層面，主要富集于細(xì)胞膜（plasmamembrane）、細(xì)胞外基質(zhì)（extracellularmatrix）、細(xì)胞漿（cytoplasm）、細(xì)胞核（nucleus）、線(xiàn)粒體（mitochondrion）等。細(xì)胞膜上的靶點(diǎn)如受體蛋白，參與細(xì)胞間的信號(hào)傳遞和物質(zhì)交換。細(xì)胞外基質(zhì)中的靶點(diǎn)與細(xì)胞的黏附、遷移和組織修復(fù)密切相關(guān)。細(xì)胞漿中的靶點(diǎn)參與多種代謝過(guò)程和信號(hào)傳導(dǎo)通路。細(xì)胞核中的靶點(diǎn)主要參與基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。線(xiàn)粒體中的靶點(diǎn)與細(xì)胞的能量代謝和氧化應(yīng)激密切相關(guān)。從分子功能角度，主要富集于蛋白結(jié)合（proteinbinding）、酶結(jié)合（enzymebinding）、轉(zhuǎn)錄因子活性（transcriptionfactoractivity）、受體活性（receptoractivity）、氧化還原酶活性（oxidoreductaseactivity）等。蛋白結(jié)合功能的靶點(diǎn)能夠與其他蛋白質(zhì)相互作用，形成蛋白質(zhì)復(fù)合物，參與各種生物學(xué)過(guò)程。酶結(jié)合功能的靶點(diǎn)可以調(diào)節(jié)酶的活性，影響代謝反應(yīng)的速率。轉(zhuǎn)錄因子活性的靶點(diǎn)能夠調(diào)控基因的表達(dá)，參與細(xì)胞的分化、增殖和凋亡等過(guò)程。受體活性的靶點(diǎn)能夠識(shí)別信號(hào)分子，激活細(xì)胞內(nèi)的信號(hào)傳導(dǎo)通路。氧化還原酶活性的靶點(diǎn)參與氧化還原反應(yīng)，維持細(xì)胞內(nèi)的氧化還原平衡。為了更直觀(guān)地展示GO富集分析的結(jié)果，利用GraphPadPrism6制圖軟件繪制GO富集分析柱狀圖（圖7），橫坐標(biāo)表示富集的GO條目，縱坐標(biāo)表示富集到的基因數(shù)量。從柱狀圖中可以清晰地看出，在生物過(guò)程、細(xì)胞組成和分子功能三個(gè)層面上，各個(gè)GO條目的富集情況。例如，在生物過(guò)程層面，對(duì)脂多糖的反應(yīng)、炎癥反應(yīng)等GO條目的富集基因數(shù)量較多，表明這些生物學(xué)過(guò)程在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎中可能起著重要作用?！敬颂幉迦雸D7：GO富集分析柱狀圖】同時(shí)，利用Omicshare在線(xiàn)云平臺(tái)繪制GO富集分析氣泡圖（圖8），氣泡圖中橫坐標(biāo)表示富集因子（RichFactor），即該GO條目中富集的基因數(shù)與背景基因數(shù)的比值，富集因子越大，說(shuō)明該GO條目在富集分析中的顯著性越高；縱坐標(biāo)表示GO條目名稱(chēng)；氣泡大小表示富集到的基因數(shù)量，氣泡越大，基因數(shù)量越多；氣泡顏色表示P值的大小，顏色越紅，P值越小，說(shuō)明富集結(jié)果越顯著。通過(guò)氣泡圖，可以更直觀(guān)地觀(guān)察到各個(gè)GO條目的富集程度和顯著性。例如，在生物過(guò)程層面，對(duì)脂多糖的反應(yīng)、炎癥反應(yīng)等GO條目不僅富集基因數(shù)量多，而且富集因子較大，P值較小，表明這些生物學(xué)過(guò)程在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎中具有較高的顯著性和重要性?！敬颂幉迦雸D8：GO富集分析氣泡圖】通過(guò)GO富集分析，全面揭示了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的潛在生物學(xué)過(guò)程和分子機(jī)制，為深入理解少腹逐瘀湯的作用機(jī)制提供了重要線(xiàn)索。這些富集的生物學(xué)過(guò)程和分子功能相互關(guān)聯(lián)，共同參與了少腹逐瘀湯對(duì)潰瘍性結(jié)腸炎的治療作用。例如，通過(guò)調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)和免疫應(yīng)答，減輕腸道炎癥；通過(guò)調(diào)控細(xì)胞凋亡和氧化應(yīng)激，維持腸道黏膜細(xì)胞的正常功能；通過(guò)調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合、酶活性等分子功能，影響細(xì)胞內(nèi)的信號(hào)傳導(dǎo)和代謝過(guò)程。6.2KEGG通路富集分析利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）通路富集分析，以深入了解少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎涉及的主要信號(hào)通路。KEGG通路分析能夠系統(tǒng)地展示基因在細(xì)胞內(nèi)的代謝途徑、信號(hào)傳導(dǎo)通路以及與疾病相關(guān)的生物過(guò)程中的作用，為揭示少腹逐瘀湯的治療機(jī)制提供重要線(xiàn)索。經(jīng)分析，共富集到多條與潰瘍性結(jié)腸炎密切相關(guān)的信號(hào)通路，主要包括TNF信號(hào)通路（TNFsignalingpathway）、NF-κB信號(hào)通路（NF-κBsignalingpathway）、IL-17信號(hào)通路（IL-17signalingpathway）、MAPK信號(hào)通路（MAPKsignalingpathway）、PI3K-Akt信號(hào)通路（PI3K-Aktsignalingpathway）等。TNF信號(hào)通路在炎癥反應(yīng)中起著核心作用。在潰瘍性結(jié)腸炎的發(fā)病過(guò)程中，腸道內(nèi)的炎癥刺激可導(dǎo)致TNF-α等細(xì)胞因子的大量釋放，激活TNF信號(hào)通路。該通路的激活會(huì)引發(fā)一系列炎癥級(jí)聯(lián)反應(yīng)，導(dǎo)致炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)、炎癥因子的釋放以及腸道黏膜細(xì)胞的損傷。少腹逐瘀湯中的活性成分可能通過(guò)作用于TNF信號(hào)通路中的關(guān)鍵靶點(diǎn)，如TNF、TNFR1等，抑制TNF-α與受體的結(jié)合，阻斷下游信號(hào)傳導(dǎo)，從而減少炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，減輕腸道炎癥。NF-κB信號(hào)通路是調(diào)控炎癥和免疫反應(yīng)的關(guān)鍵信號(hào)通路。在正常生理狀態(tài)下，NF-κB以無(wú)活性的形式存在于細(xì)胞質(zhì)中。當(dāng)細(xì)胞受到炎癥刺激時(shí)，IκB激酶（IKK）被激活，使IκB磷酸化并降解，釋放出NF-κB，后者進(jìn)入細(xì)胞核，與靶基因的啟動(dòng)子區(qū)域結(jié)合，調(diào)控炎癥相關(guān)基因的表達(dá)。在潰瘍性結(jié)腸炎中，NF-κB信號(hào)通路過(guò)度激活，導(dǎo)致大量炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，加重腸道炎癥。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制IKK的活性，阻止IκB的降解，從而抑制NF-κB的激活，減少炎癥相關(guān)基因的表達(dá)，發(fā)揮抗炎作用。IL-17信號(hào)通路主要由Th17細(xì)胞分泌的IL-17介導(dǎo)，在炎癥和自身免疫性疾病中發(fā)揮重要作用。IL-17能夠招募中性粒細(xì)胞和單核細(xì)胞到炎癥部位，促進(jìn)炎癥細(xì)胞因子和趨化因子的產(chǎn)生，增強(qiáng)炎癥反應(yīng)。在潰瘍性結(jié)腸炎患者中，IL-17的表達(dá)水平明顯升高，與疾病的嚴(yán)重程度密切相關(guān)。少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)IL-17信號(hào)通路中的相關(guān)靶點(diǎn)，如IL-17A、IL-17R等，抑制IL-17的信號(hào)傳導(dǎo)，減少炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)和炎癥因子的釋放，從而緩解腸道炎癥。MAPK信號(hào)通路包括ERK、JNK和p38MAPK等途徑，參與細(xì)胞增殖、分化、凋亡和炎癥反應(yīng)等多種生物學(xué)過(guò)程。在潰瘍性結(jié)腸炎中，MAPK信號(hào)通路的過(guò)度激活可導(dǎo)致炎癥細(xì)胞因子的釋放增加，腸道黏膜細(xì)胞的損傷加劇。少腹逐瘀湯可能通過(guò)抑制MAPK信號(hào)通路中關(guān)鍵激酶的活性，如ERK1/2、JNK、p38等，阻斷信號(hào)傳導(dǎo)，減少炎癥細(xì)胞因子的產(chǎn)生，促進(jìn)腸道黏膜細(xì)胞的修復(fù)。PI3K-Akt信號(hào)通路在細(xì)胞存活、增殖、代謝和免疫調(diào)節(jié)等方面發(fā)揮重要作用。在潰瘍性結(jié)腸炎中，PI3K-Akt信號(hào)通路的異常激活與腸道炎癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。少腹逐瘀湯可能通過(guò)調(diào)節(jié)PI3K-Akt信號(hào)通路中的相關(guān)靶點(diǎn)，如PI3K、Akt等，抑制該信號(hào)通路的過(guò)度激活，從而減少炎癥細(xì)胞的存活和增殖，促進(jìn)腸道黏膜細(xì)胞的凋亡和修復(fù)。為了更直觀(guān)地展示KEGG通路富集分析的結(jié)果，利用GraphPadPrism6制圖軟件繪制KEGG通路富集分析柱狀圖（圖9），橫坐標(biāo)表示富集的KEGG通路條目，縱坐標(biāo)表示富集到的基因數(shù)量。從柱狀圖中可以清晰地看出，TNF信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路、IL-17信號(hào)通路等富集的基因數(shù)量較多，表明這些信號(hào)通路在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎中可能起著重要作用。【此處插入圖9：KEGG通路富集分析柱狀圖】同時(shí)，利用Omicshare在線(xiàn)云平臺(tái)繪制KEGG通路富集分析氣泡圖（圖10），氣泡圖中橫坐標(biāo)表示富集因子（RichFactor），即該KEGG通路條目中富集的基因數(shù)與背景基因數(shù)的比值，富集因子越大，說(shuō)明該KEGG通路條目在富集分析中的顯著性越高；縱坐標(biāo)表示KEGG通路條目名稱(chēng)；氣泡大小表示富集到的基因數(shù)量，氣泡越大，基因數(shù)量越多；氣泡顏色表示P值的大小，顏色越紅，P值越小，說(shuō)明富集結(jié)果越顯著。通過(guò)氣泡圖，可以更直觀(guān)地觀(guān)察到各個(gè)KEGG通路條目的富集程度和顯著性。例如，TNF信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路等不僅富集基因數(shù)量多，而且富集因子較大，P值較小，表明這些信號(hào)通路在少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎中具有較高的顯著性和重要性?！敬颂幉迦雸D10：KEGG通路富集分析氣泡圖】此外，為了進(jìn)一步展示少腹逐瘀湯活性成分、作用靶點(diǎn)與KEGG信號(hào)通路之間的相互關(guān)系，利用Cytoscape3.6.1軟件構(gòu)建“活性成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖（圖11）。在該網(wǎng)絡(luò)圖中，節(jié)點(diǎn)分別代表活性成分、靶點(diǎn)和KEGG信號(hào)通路，節(jié)點(diǎn)之間的連線(xiàn)表示它們之間的相互作用關(guān)系。通過(guò)對(duì)網(wǎng)絡(luò)圖的分析，可以清晰地看到少腹逐瘀湯中各活性成分通過(guò)作用于多個(gè)靶點(diǎn)，參與多條KEGG信號(hào)通路的調(diào)節(jié)，體現(xiàn)了少腹逐瘀湯多成分、多靶點(diǎn)、多途徑協(xié)同作用的特點(diǎn)?！敬颂幉迦雸D11：“活性成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖】通過(guò)KEGG通路富集分析，明確了少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎涉及的主要信號(hào)通路，揭示了這些信號(hào)通路在疾病發(fā)生發(fā)展和治療中的作用機(jī)制。這些結(jié)果為深入理解少腹逐瘀湯治療潰瘍性結(jié)腸炎的作用機(jī)制提供了重要依據(jù)，也為進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究和藥物開(kāi)發(fā)提供了方向。七、分子對(duì)接驗(yàn)證7.1分子對(duì)接原理與方法分子對(duì)接是一種計(jì)算化學(xué)方法，旨在通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬來(lái)研究分子（如藥物分子）與大分子靶標(biāo)（如蛋白質(zhì)）之間的相互作用，預(yù)測(cè)它們之間可能的結(jié)合模式和結(jié)合能力，從而評(píng)估藥物的活性和選擇性。其核心原理基于分子間的互補(bǔ)性，包括空間結(jié)構(gòu)互補(bǔ)和能量互補(bǔ)。在空間結(jié)構(gòu)方面，配體分子需能夠適配受體蛋白的活性位點(diǎn)口袋，如同鑰匙與鎖的匹配；在能量方面，分子對(duì)接通過(guò)計(jì)算配體與受體結(jié)合時(shí)的能量變化，尋找能量最低的結(jié)合構(gòu)象，因?yàn)槟芰吭降?，結(jié)合越穩(wěn)定。分子對(duì)接方法根據(jù)對(duì)分子構(gòu)象的處理方式不同，可分為剛性對(duì)接、半柔性對(duì)接和柔性對(duì)接。剛性對(duì)接假設(shè)參與對(duì)接的分子構(gòu)像不發(fā)生變化，僅改變分子的空間位置與姿態(tài)，計(jì)算量相對(duì)較小，適合處理大分子之間的初步對(duì)接。半柔性對(duì)接允許對(duì)接過(guò)程中小分子構(gòu)像發(fā)生一定程度的變化，但通常固定大分子的構(gòu)像，同時(shí)小分子構(gòu)像的調(diào)整也可能受到一定限制，如固定某些非關(guān)鍵部位的鍵長(zhǎng)、鍵角等，這種方法兼顧計(jì)算量與模型的預(yù)測(cè)能力，是應(yīng)用較為廣泛的對(duì)接方法之一。柔性對(duì)接則在對(duì)接過(guò)程中允許研究體系的構(gòu)像發(fā)生自由變化，能夠更精確地考察分子間識(shí)別情況，但由于變量隨著體系的原子數(shù)呈幾何級(jí)數(shù)增長(zhǎng)，計(jì)算量非常大，消耗計(jì)算機(jī)時(shí)較多。在本研究中，選擇AutoDock作為分子對(duì)接軟件，該軟件是一款免費(fèi)的開(kāi)源分子對(duì)接程序，應(yīng)用半柔性對(duì)接方法，允許小分子的構(gòu)像發(fā)生變化，以結(jié)合自由能作為評(píng)價(jià)對(duì)接結(jié)果的依據(jù)。自從AutoDock3.0版本以后，對(duì)能量的優(yōu)化采用拉馬克遺傳算法（LGA），LGA將遺傳算法與局部搜索方法相結(jié)合，以遺傳算法迅速搜索勢(shì)能面，用局部搜索方法對(duì)勢(shì)能面進(jìn)行精細(xì)的優(yōu)化，具有較高的準(zhǔn)確性和可靠性。具體對(duì)接參數(shù)設(shè)置和計(jì)算流程如下：蛋白和小分子配體的預(yù)處理：從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)的關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白晶體結(jié)構(gòu)，如AKT1、MAPK1等。使用PyMOL軟件去除蛋白結(jié)構(gòu)中的水分子、配體及其他雜質(zhì)，然后利用AutoDockTools軟件為蛋白加氫、計(jì)算電荷并將原子設(shè)置為AD4格式，最后導(dǎo)出為PDBQT格式文件。對(duì)于少腹逐瘀湯中的活性成分，從PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)獲取其三維結(jié)構(gòu)，同樣使用AutoDockTools軟件進(jìn)行加氫、電荷計(jì)算等預(yù)處理，并導(dǎo)出為PDBQT格式文件。尋找潛在的活性位點(diǎn)（口袋）：參考之前網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果以及相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道，確定關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白的活性位點(diǎn)區(qū)域。對(duì)于一些難以確定活性位點(diǎn)的蛋白，使用AutoDockTools軟件中的自動(dòng)識(shí)別功能，默認(rèn)對(duì)蛋白全域進(jìn)行搜索，初步確定潛在的活性位點(diǎn)。建立對(duì)接盒子：在AutoDockTools軟件中，針對(duì)每個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白，以其活性位點(diǎn)為中心建立對(duì)接盒子。根據(jù)蛋白活性位點(diǎn)的大小和形狀，調(diào)整對(duì)接盒子的尺寸，確保能夠完全覆蓋活性位點(diǎn)，同時(shí)避免盒子過(guò)大導(dǎo)致計(jì)算量增加和結(jié)果不準(zhǔn)確。例如，對(duì)于AKT1蛋白，設(shè)置對(duì)接盒子的x、y、z方向的尺寸分別為30?、30?、30?。對(duì)接計(jì)算：將預(yù)處理好的蛋白和小分子配體的PDBQT文件導(dǎo)入AutoDock軟件中，設(shè)置對(duì)接參數(shù)。對(duì)接次數(shù)設(shè)置為500次，以增加搜索的全面性；使用默認(rèn)的對(duì)接參數(shù)，包括遺傳算法的參數(shù)設(shè)置，如種群大小、代溝、變異率等。設(shè)置完成后，運(yùn)行AutoDock程序進(jìn)行對(duì)接計(jì)算，程序會(huì)自動(dòng)搜索小分子在蛋白活性位點(diǎn)的最佳結(jié)合構(gòu)象，并計(jì)算結(jié)合自由能。結(jié)果分析：對(duì)接計(jì)算完成后，使用AutoDockTools軟件打開(kāi)對(duì)接結(jié)果文件（.dlg文件），查看小分子與蛋白的結(jié)合模式和結(jié)合自由能。根據(jù)結(jié)合自由能的大小對(duì)結(jié)果進(jìn)行排序，選擇結(jié)合自由能較低的構(gòu)象進(jìn)行進(jìn)一步分析。結(jié)合自由能越低，表明小分子與蛋白的結(jié)合越穩(wěn)定，相互作用越強(qiáng)。同時(shí)，通過(guò)可視化工具觀(guān)察小分子與蛋白活性位點(diǎn)氨基酸殘基之間的相互作用，如氫鍵、疏水相互作用、π-π堆積等，深入分析分子對(duì)接的結(jié)果。7.2關(guān)鍵活性成分與核心靶點(diǎn)對(duì)接選取少腹逐瘀湯中的關(guān)鍵活性成分，如槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇等，以及潰瘍性結(jié)腸炎的核心靶點(diǎn)，如AKT1、MAPK1、MAPK8、CASP3、IL6等，進(jìn)行分子對(duì)接模擬。以槲皮素與AKT1的對(duì)接為例，對(duì)接結(jié)果顯示，槲皮素能夠與AKT1的活性位點(diǎn)緊密結(jié)合，形成多個(gè)氫鍵和疏水相互作用。具體而言，槲皮素的羥基與AKT1活性位點(diǎn)的氨基酸殘基形成氫鍵，增強(qiáng)了兩者之間的相互作用；同時(shí)，槲皮素的苯環(huán)結(jié)構(gòu)與AKT1的疏水區(qū)域相互作用，進(jìn)一步穩(wěn)定了復(fù)合物的結(jié)構(gòu)。結(jié)合自由能為-8.5kcal/mol，