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文檔簡介
ICS65.020.01
CCSB04
15
內(nèi)蒙古自治區(qū)地方標準
DB15/T4109—2025
番茄病毒RT-PCR檢測技術(shù)規(guī)程
CodeofpracticeforRT-PCRdetectionoftomatoviruses
2025-07-10發(fā)布2025-08-10實施
內(nèi)蒙古自治區(qū)市場監(jiān)督管理局發(fā)布
DB15/T4109—2025
前言
本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導則第1部分:標準化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定
起草。
請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機構(gòu)不承擔識別專利的責任。
本文件由內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧廳提出。
本文件由內(nèi)蒙古自治區(qū)果蔬標準化技術(shù)委員會(SAM/TC25)歸口。
本文件起草單位:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學、內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學院、內(nèi)蒙古中天現(xiàn)代農(nóng)牧業(yè)開發(fā)有限
責任公司、鄂爾多斯市農(nóng)牧技術(shù)推廣中心。
本文件主要起草人:張磊、李正男、孫平平、劉燕、王永、楊永青、高婧、廉勇、付崇毅、趙沁、
徐文俊、韓靜宇、張靜春、徐磊、張佳。
I
DB15/T4109—2025
番茄病毒RT-PCR檢測技術(shù)規(guī)程
1范圍
本文件規(guī)定了番茄病毒檢測中的術(shù)語和定義、檢測對象、抽樣、取樣、檢測方法和判定規(guī)則等內(nèi)容。
本文件適用于番茄病毒的檢測。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB/T34265Sanger法測序技術(shù)指南
GB/T40974核酸樣本質(zhì)量評價方法
SN/T2497.21進出口危險化學品安全試驗方法第21部分:瓊脂糖凝膠電泳試驗
3術(shù)語和定義
下列術(shù)語和定義適用于本文件。
RNA病毒RNAviruses
核糖核酸病毒,其遺傳物質(zhì)為RNA。
DNA病毒DNAviruses
脫氧核糖核酸病毒,其遺傳物質(zhì)為DNA。
反轉(zhuǎn)錄Reversereversetranscription(RT)
以RNA為模板,逆轉(zhuǎn)錄酶催化合成DNA的過程。
互補DNAcomplementaryDNA(cDNA)
由逆轉(zhuǎn)錄酶催化合成的、與RNA模板互補的DNA。
聚合酶鏈式反應(yīng)polymerasechainreaction(PCR)
1
DB15/T4109—2025
利用DNA聚合酶,對DNA或cDNA模板的特定區(qū)域進行體外擴增的技術(shù)。反應(yīng)混合物通常由DNA聚合酶、
脫氧核苷三磷酸、引物和緩沖液組成,反應(yīng)過程主要包括變性、退火和延伸三個步驟。
引物primers
人工合成的具有一定長度的單鏈DNA分子,與DNA模板鏈的特定區(qū)域互補,其3’末端在PCR過程中作
為復制延伸的起始位點。
4檢測對象
主要RNA病毒種類
苜?;ㄈ~病毒(Alfalfamosaicvirus,AMV)。
黃瓜花葉病毒(Cucumbermosaicvirus,CMV)。
南方番茄病毒(Southerntomatovirus,STV)。
番茄斑駁花葉病毒(Tomatomottlemosaicvirus,ToMMV)。
番茄花葉病毒(Tomatomosaicvirus,ToMV)。
番茄斑萎病毒(Tomatospottedwiltvirus,TSWV)。
主要DNA病毒種類
番茄黃化曲葉病毒(Tomatoyellowleafcurlvirus,TYLCV)。
5抽樣方法
采用5點法抽樣。
種植面積在2001m2以內(nèi)(含2001m2),抽檢100株。種植面積在2001m2到20010m2之間(含
20010m2),前2001m2抽100株,之后每增2001m2增檢50株。種植面積超過20010m2時,前20010
m2按上述方法抽樣,之后每增加2001m2增檢20株。
6取樣方法
對樣方內(nèi)的番茄進行采樣,取靠近頂部的新鮮葉或枝條,撣掉灰塵或其他附著物,除去蚜蟲,放置
于自封采樣袋內(nèi)。
采樣點距離檢測點較遠時,用濕紙巾、海綿或布條包裹葉或枝條的切割處,置于采樣自封袋內(nèi)進行
運輸。
樣品在檢測點存儲時間較短時(一般不超過24h),在4℃存放即可。長期存放樣品時,需要將樣
品用液氮預(yù)冷后,保存于-80℃超低溫保存箱。
7檢測方法
樣品前處理
避開葉片中脈,切取葉片組織用于檢測。
2
DB15/T4109—2025
樣品核酸提取
選擇市售的用于提取含有多糖多酚材料的RNA或DNA的試劑盒,按照試劑盒自帶的說明書進行操作。
核酸質(zhì)量評價按照GB/T40974執(zhí)行。
反轉(zhuǎn)錄
DNA病毒檢測不執(zhí)行該步驟。以提取的質(zhì)量合格的總RNA為模板,選擇市售的具有基因組DNA去除功
能的反轉(zhuǎn)錄試劑盒進行反轉(zhuǎn)錄,合成cDNA。反應(yīng)體系和反應(yīng)程序按照試劑盒自帶的說明書進行設(shè)置。
PCR擴增
7.4.1PCR反應(yīng)體系
市售產(chǎn)品通常為預(yù)混液或單品,根據(jù)所選產(chǎn)品提供的說明書,進行PCR反應(yīng)混合物配制,并按說明
書指示加入cDNA或DNA模板以及病毒檢測引物。各種病毒的特異性檢測引物見表1。
表1番茄病毒的特異性檢測引物
病毒名稱引物名稱引物序列/(5’→3’方向)目標DNA片段大小/(bp)
AMVAMV-FaGTGCGTATAGATGCCGGTTC900
AMVAMV-RbGAGCGAATAGGACTTCATACC900
CMVCMV-FGTTTATTTACAAGAGCGTACGG632
CMVCMV-RGGTTCGAARRWATAACCGGG632
STVSTV-FTGATGGAGGATATCTACTGTCATT582
STVSTV-RACAAGATGTTTAAAGCCGTGTCC582
ToMMVToMMV-FCTGGAGAAGACTGGGTCTAG1193
ToMMVToMMV-RTTCGGTAAGTTCAATGGGACCT1193
ToMVToMV-FTCTCAAGAATGTTACACGGGAAG980
ToMVToMV-RCGCATTCTCCGTAATTTTGATC980
TSWVTSWV-FTCACTGTAATGTTCCATAGCAA861
TSWVTSWV-RAGAGCAATYGTGTCAATTTTATTC861
TYLCVTYLCV-FTAATCATTTCCACGCCCGTCTCG648
TYLCVTYLCV-RGGTTCTCATACTTGGCTGCCTCCT648
TYLCVTYLCV-FCGGGATCCACTTCTAAATG2800
TYLCVTYLCV-RCGGGATCCCACATATTGCAAG2800
aF表示上游引物。
bR表示下游引物。
3
DB15/T4109—2025
7.4.2PCR反應(yīng)程序
95℃預(yù)變性2min。35個反應(yīng)循環(huán):95℃變性20s;退火20s,退火溫度按引物合成報告設(shè)置,
兩個引物退火溫度不一致時,取較低溫度;72℃延伸,延伸時間根據(jù)所選產(chǎn)品說明書提供的參數(shù)進行
計算。最后,72℃終延伸5min。
瓊脂糖凝膠電泳檢測
7.5.1瓊脂糖凝膠制備
用Tris-乙酸緩沖液溶解瓊脂糖,制備質(zhì)量體積比為1%的瓊脂糖凝膠。瓊脂糖凝膠的制備按照SN/T
2497.21執(zhí)行。
7.5.2電泳檢測
用Tris-乙酸緩沖液,在水平板電泳槽中進行電泳。上樣、電泳按照SN/T2497.21執(zhí)行。電泳結(jié)束
時,凝膠置于紫外燈或凝膠成像系統(tǒng)進行觀測和拍照,獲取的圖片用于結(jié)果判定。
8結(jié)果判定
異常結(jié)果
根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳圖,與圖中DNA相對分子質(zhì)量標準品相比,從陰性對照樣品擴增到了預(yù)期大小
的DNA片段,或從陰性對照和陽性對照樣品均未擴增到預(yù)期大小的DNA片段。此時,判定為檢測錯誤,應(yīng)
重新進行檢測。
陽性結(jié)果
從陰性對照樣品未擴增到預(yù)期大小的DNA片段,從被檢測樣品擴增到了預(yù)期大小的DNA片段。有陽性
對照時,從陽性對照擴增的DNA片段大小,與
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