1、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介,生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類(lèi),生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類(lèi),序列數(shù)據(jù)庫(kù) 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)(Swissprot,PIR) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)( PDB ) 蛋白質(zhì)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)(SCOP、CATH ) 其它數(shù)據(jù)庫(kù),Protein Data Bank 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) /pdb/home/home.do,一、基本概況,美國(guó)Brookhaven實(shí)驗(yàn)室1971年建立的大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù),PDB蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫(kù) (Protein Date Bank)。 PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的維護(hù)由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織 (

2、Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 負(fù)責(zé)。,1、數(shù)據(jù),來(lái)源 主要通過(guò)實(shí)驗(yàn)（X射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等）測(cè)定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。 主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，還包括核酸、糖類(lèi)、蛋白質(zhì)與核酸復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。 信息 原子的空間坐標(biāo)、引用文獻(xiàn)、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、雙硫鍵連結(jié)模式、與蛋白質(zhì)結(jié)合的ligand、參與生化功能的residue等。,2、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),結(jié)構(gòu)記錄,名稱、參考文獻(xiàn)、 序列、一級(jí)結(jié)構(gòu)、 二級(jí)結(jié)構(gòu)和原子坐 標(biāo)等信息。,顯式序列 信息,隱式序列 信息,以關(guān)鍵字SEQRES

3、 作為顯式序列標(biāo) 記，以該關(guān)鍵字 打頭的每一行都 是關(guān)于序列的信 息。,即為立體化學(xué) 數(shù)據(jù)，包括每 個(gè)原子的名稱 和原子的三維 坐標(biāo)。,3、數(shù)據(jù)查詢,PDB中的記錄有唯一的PDB-ID，包括4個(gè)字符串，可由大寫(xiě)字母AZ和數(shù)字09組合而成，如1LDM。 PDB和它的鏡像站點(diǎn)提供每個(gè)PDB記錄的查詢，可按一些專(zhuān)門(mén)的查詢項(xiàng)目（如提交數(shù)據(jù)、作者姓名、結(jié)構(gòu)表達(dá)）進(jìn)行檢索。,是pdb文件在數(shù)據(jù)庫(kù)中的編號(hào), 從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載結(jié)構(gòu)常會(huì)得 到一個(gè)以這個(gè)編號(hào)命名的 pdb文件，如1LDM.pdb,二、簡(jiǎn)單使用,搜索欄,高級(jí)搜索,搜索到408條結(jié)果,精化搜索結(jié)果,檢索CDK2,相關(guān)介紹,下載氨基酸序列及 二級(jí)結(jié)構(gòu)的信息,分辨率不同,配體不同,PDB數(shù)據(jù)庫(kù)文件,包括分子類(lèi)別、發(fā)布日期，PDB-ID,關(guān)鍵字列表,測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的試驗(yàn)方法,以關(guān)鍵字SEQRES打頭 306個(gè)氨基酸的顯式序列信息,X軸坐標(biāo),Y軸坐標(biāo),Z軸坐標(biāo),原子,氨基酸,PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明,PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明,PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明,詳細(xì)信息,三維結(jié)構(gòu),-螺旋,-折疊,配體小分子,三、結(jié)構(gòu)模型顯示,生物大分子三維立體結(jié)構(gòu)顯示的軟件：PyMol、RasMol、Chimer