1、基因變異的表述方法,武漢分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室,1,學(xué)習(xí)交流PPT,上集回顧, DNA的化學(xué)結(jié)構(gòu)。 查找序列。 正義鏈和反義鏈。 堿基書寫順序。 mRNA和前體mRNA。 外顯子和內(nèi)含子。 CDS和UTR。 外顯子 Coding DNA。 全基因突變、熱點(diǎn)突變和已知突變。,2,學(xué)習(xí)交流PPT,HGVS規(guī)范了基因及蛋白的變異表述,表述不統(tǒng)一將造成互相理解障礙,3,學(xué)習(xí)交流PPT,“突變”與“多態(tài)性”的不同,Mutation 突變,Change 改變（罕見(jiàn)的） Disease-causing change 致病改變,Polymorphism多態(tài)性,Change in 1% in population 人

2、類群體中大于1%的改變 Not disease causing change 不致病的改變,4,學(xué)習(xí)交流PPT,建議使用的詞語(yǔ),Mutation 突變,Polymorphism多態(tài)性,負(fù)面,正面,建議使用中性詞,Variant / Alteration 變異 CNV 拷貝數(shù)變異 SNV（Not SNP） 單核苷酸變異,5,學(xué)習(xí)交流PPT,“指南”的定義,測(cè)序技術(shù)的個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測(cè)應(yīng)用技術(shù)指南（試行） 國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測(cè)技術(shù)專家委員會(huì)制定,6,學(xué)習(xí)交流PPT,PGM中的Variant,7,學(xué)習(xí)交流PPT,VariantCaller的導(dǎo)出結(jié)果,寫成“SNV” 為好,8,學(xué)習(xí)交流PPT,報(bào)告

3、有待規(guī)范,寫成“變異” 為好,9,學(xué)習(xí)交流PPT,規(guī)范的基因名稱-1,網(wǎng)址：或搜索引擎搜索關(guān)鍵詞“HGNC gene”,10,學(xué)習(xí)交流PPT,規(guī)范的基因名稱-2,11,學(xué)習(xí)交流PPT,參考序列出處-1,基因的核酸信息包括染色體基因組DNA序列和mRNA序列，核酸信息參考NCBI GenBank核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)參考序列（Reference Sequence，RefSeq）。基因組DNA序列GenBank注冊(cè)號(hào)前面用NT、NC或AC加下劃線進(jìn)行標(biāo)注，其中以“NT_”標(biāo)注的序列為BAC克隆或鳥(niǎo)槍測(cè)序法獲得的不完整的基因組測(cè)序序列。如10號(hào)染色體上的片段NT_030059，同一序列號(hào)有不同的版本號(hào)時(shí)，后

4、面用點(diǎn)加版本號(hào)表示，如NT_030059.14。成熟mRNA轉(zhuǎn)錄本序列的注冊(cè)號(hào)前用NM加下劃線（NM_）進(jìn)行標(biāo)注。微小RNA（microRNA，miRNA）的核酸序列信息參考miRBase序列數(shù)據(jù)庫(kù)，miRNA前體序列前用“MI”標(biāo)注，miRNA的成熟體序列前用“MIMAT”標(biāo)注。 測(cè)序技術(shù)的個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測(cè)應(yīng)用技術(shù)指南（試行） 國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測(cè)技術(shù)專家委員會(huì)制定,12,學(xué)習(xí)交流PPT,參考序列出處-2,美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）收錄的參考序列編碼具有權(quán)威性及唯一性。其中前綴“NM_”表示為mRNA序列，“NP_”表示多肽序列，“NG_”表示基因組序列?；蚪M參考序列應(yīng)列出

5、完整基因序列，包括5以及3非編碼區(qū)（UTR）。當(dāng)使用某段編碼DNA參考序列描述突變時(shí)，應(yīng)選擇合適的轉(zhuǎn)錄體，且轉(zhuǎn)錄體的起始轉(zhuǎn)錄點(diǎn)應(yīng)當(dāng)明確，例如選擇最常見(jiàn)的轉(zhuǎn)錄體，或者是已知的最大轉(zhuǎn)錄體，或者具有組織特異性的編輯轉(zhuǎn)錄體。當(dāng)某一參考序列具有多種轉(zhuǎn)錄方式時(shí)，選擇NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里注釋最全面的版本。 腫瘤個(gè)體化檢測(cè)治療指南（試行） 國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測(cè)技術(shù)專家委員會(huì)制定,13,學(xué)習(xí)交流PPT,參考序列出處-HGVS有不同看法,HGVS建議使用LRG（Locus Reference Genomic）序列作為首選參考序列。 如果該基因沒(méi)有LRG序列，則采用RefSeq作為參考序列。,HGNC的 頁(yè)面,

6、14,學(xué)習(xí)交流PPT,LRG序列的web頁(yè)面,點(diǎn)擊這些綠色的+號(hào)得到有意思的內(nèi)容,15,學(xué)習(xí)交流PPT,前綴應(yīng)指出突變位于哪種序列中,“g.”表示基因組序列，如g.476AT。 “c.”表示Coding DNA（編碼DNA）序列，如c.76AT。 “m.”表示線粒體DNA序列，如m.8993TC。 “r.”表示RNA序列，如r.76au。 “n.”表示非編碼RNA序列。 “p.”表示蛋白質(zhì)序列，如p.Lys76Asn。,對(duì)于DNA變異的表述，“c.”優(yōu)于“g.”直觀地得知該變異點(diǎn)在外顯子上還是內(nèi)含子上，會(huì)不會(huì)造成氨基酸編碼改變，與表型聯(lián)系起來(lái)。,16,學(xué)習(xí)交流PPT,序列位置編號(hào)-1,基因組、

7、線粒體DNA、RNA、非編碼RNA、蛋白序列： 以參考序列的第一個(gè)堿基或氨基酸確立為1，直接數(shù)其在對(duì)應(yīng)參考序列中的位置即可。 如：g.476，m.9222，p.76。,17,學(xué)習(xí)交流PPT,序列位置編號(hào)-2,Coding DNA（編碼DNA）序列： 將Coding DNA看成連續(xù)的（排除內(nèi)含子間隔），以起始密碼子ATG的第一個(gè)堿基A確立為1，以終止密碼子的最后一個(gè)堿基確立為結(jié)束N。若堿基在Coding DNA范圍內(nèi)，則其位置為1N區(qū)間內(nèi)的自然數(shù)，如c.112。 起始密碼子ATG的上游的第一個(gè)堿基確立為-1，一直向5端推移編號(hào)為-2、-3，整個(gè)5UTR區(qū)域位置均為負(fù)數(shù)表示，如c.-72。沒(méi)有“0

8、”堿基。 終止密碼子下游的第一個(gè)堿基確立為*1，一直向3端推移編號(hào)為*2、*3，整個(gè)3UTR區(qū)域位置均為“*自然數(shù)”表示，如c.*85。 對(duì)于內(nèi)含子起始片段內(nèi)的位點(diǎn)，以上一外顯子最后一個(gè)堿基的位置、加號(hào)和距離這個(gè)堿基的位置表示，如c.77+1；對(duì)于內(nèi)含子末端的位置，以下一外顯子第一個(gè)堿基的位置、減號(hào)和距離這個(gè)堿基的位置表示，如c.77-2。“+”和“-”的分界線需謹(jǐn)慎決定。 5UTR若有內(nèi)含子，內(nèi)含子上的堿基位置以“-23+1, -23+2, ., -22-2, -22-1”形式表示； 3UTR若有內(nèi)含子，內(nèi)含子上的堿基位置以“*154+1, *154+2, ., *155-2, *155-1

9、”形式表示。,不建議使用c.IVS1+1G，c.IVS1-2G形式的表示（IVS： intervening sequence ）。原因：外顯子/內(nèi)含子的編號(hào)比Coding DNA編號(hào)更易引起混亂。,18,學(xué)習(xí)交流PPT,序列位置編號(hào)-列表舉例,19,學(xué)習(xí)交流PPT,c.171,c.247,c.246,c.312,序列位置編號(hào)-外顯子4)(p21.2;q35)(c.301-148_301-147)。 重排（rearrangement detected by FISH and Array）：如hg19 chrX:g.(32218983_32238146)_(32984039_33252615)de

10、l。 嵌合（mosaicism and chimerism）：如c.83G=/83GC，c.=/83GC。 在同一等位基因上/在不同等位基因上/不確定是否在同一等位基因上：如c.76AC;83GC，c.76AC;83GC，c.76AC(;)83GC，p.Trp13*; Pro43Ala，p.Trp13*;Cys28Arg。,37,學(xué)習(xí)交流PPT,關(guān)于SNP和基因型的表述,HGVS不贊成多態(tài)性描述成“c.76A/G”類似形式。 多態(tài)性、突變、變異應(yīng)用同一種形式描述： c.76AG。 原因：判斷某個(gè)變異是致病還是不致病通常是很困難的，不應(yīng)在表述上有所區(qū)別，否則會(huì)造成誤解。 建議多態(tài)性描述方式： OPRM1:c.118AG;= OPRM1:c.=;= OPRM1:c.118AG;118AG OPRM1:c.118AA homozygotes OPRM1:c.118GA heterozygotes OPRM1:c.118GG homozygotes,38,學(xué)習(xí)交流PPT,關(guān)于從基因變異到蛋白變異,HGVS認(rèn)為，基因上發(fā)生了變異，不代表蛋白一定會(huì)發(fā)生變異。 只有做過(guò)了mRNA水平和蛋白水平的研究確證，有了證據(jù)支持后，才能認(rèn)為該基因變異會(huì)導(dǎo)致蛋白變異。 沒(méi)有做過(guò)mRNA水平和蛋白水平研究，不能肯定地認(rèn)為基因變