1、什么是生物信息學(xué)biinformationcs、電子愛沙尼亞克朗in silico cloning、第8章、電子愛沙尼亞克朗？ 電子愛沙尼亞克朗的條件和特征電子愛沙尼亞克朗的思維方法和具體例子電子愛沙尼亞克朗中最常見的問題和解決方案電子愛沙尼亞克朗中常用的生物信息學(xué)和web網(wǎng)站介紹電子愛沙尼亞克朗的應(yīng)用前景、內(nèi)容提要：更多的電子愛沙尼亞克朗：水稻功能基因的電子克隆策略，中國水稻科學(xué)， 2002、16333650295-298水稻葡萄糖-6-磷酸去氫化酶基因電子愛沙尼亞克朗、遺傳學(xué)報，2002， 29336352525252525252525252525252525252525252525252

2、5252525252525252525252525252525252525252525322什么？首先，基因克隆和什么是傳統(tǒng)的基因克??？ 1 .什么是電子愛沙尼亞克朗？ 電子愛沙尼亞克朗(in silico cloning )是近年來伴隨著染色體組和EST計劃發(fā)展的基因克隆新方法，其主要原理是利用日益發(fā)展的生物信息技術(shù)，利用電子計算機的巨大運算能力，通過EST和染色體組的排列組合和連接，實現(xiàn)RT-PCR的基于原理化學(xué)基：同源蛋白氨基酸排列順序的相似性(保守性)，1 .什么是電子愛沙尼亞克朗？2 .電子愛沙尼亞克朗的條件和特征：的前提條件種研究核酸序列信息豐富的比較種：多種基因研究強大的計算機，

3、對硬件和軟件的子通訊端口進行分析。2 .電子愛沙尼亞克朗條件和特征：目前已基本完成染色體組測序的常見生物：小鼠線蟲、果蠅、擬南芥、家雞、各種生物的EST數(shù)：人基因電子愛沙尼亞克朗：2002年4月16日第7屆國際人類基因組學(xué)大會上，中國唯一獲得Poster獎的他們在電子愛沙尼亞克朗的4個人基因中，發(fā)現(xiàn)了3個與對應(yīng)的GenBank染色體組注釋不同的基因，實驗確認(rèn)了這是GenBank的注釋錯誤。 證明了染色體組評語有很多問題，需要進行實驗確認(rèn)。 現(xiàn)在發(fā)表的人基因克隆大部分利用了人的染色體組和EST數(shù)據(jù)。 三分之二的人類基因需要實驗確認(rèn)！ 電子愛沙尼亞克朗的特點：投入低、速度快、技術(shù)要求不高等。2 .

4、電子愛沙尼亞克朗條件和特征：種子氨基酸排列順序、tBLASTn、水稻基因組contig或BAC/PAC、外顯子預(yù)測、RT-PCR、愛沙尼亞克朗、序列、人工、計算機、3 .電子愛沙尼亞克朗的基本構(gòu)想和具體例：est splicing、 PCR引物、水稻幼苗、總RNA提取、RT-PCR、愛沙尼亞克朗、測序、生物信息學(xué)分析、種子氨基酸排列順序、tBLASTn、水稻基因組接觸或BAC、外顯子預(yù)測、RT-PCR、愛沙尼亞克朗、測序、人工、計算機、 3 OsG6PDH的愛沙尼亞克朗，用小麥G6PDH蛋白(BAA97662 )檢索水稻nr數(shù)據(jù)庫的結(jié)果3 OsG6PDH的愛沙尼亞克朗，用小麥G6PDH蛋白(B

5、AA97662 )檢索水稻nr數(shù)據(jù)庫的結(jié)果4 OsG6PDH蛋白(baa 9772 ) 在水稻nr數(shù)據(jù)庫中搜索的結(jié)果，3 OsG6PDH的愛沙尼亞克朗，小麥G6PDH蛋白質(zhì)(BAA97662 )在水稻nr數(shù)據(jù)庫中搜索的結(jié)果，3 OsG6PDH的愛沙尼亞克朗，3 OsG6PDH的愛沙尼亞克朗，3. OsG6PDH的愛沙尼亞克朗， 以包含取得的OsG6PDH的水稻基因組排列為對象，在基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測部：軟berry站點進行基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)合而得到的預(yù)測排列能夠檢索和驗證水稻OsG6PDH的染色體組結(jié)構(gòu)，OsG6PDH染色體組排列為約5 kb，在15個外顯子、15個3. OsG6PDH的愛沙尼亞克朗是

6、對水稻OsG6PDH的染色體組結(jié)構(gòu)進行預(yù)測的結(jié)果，得到預(yù)測的cDNA序列(包括ORF )，并設(shè)計了PCR引物。 但是，如何決定選擇怎樣來源的cDNA數(shù)字大板塊？ 最后用RT-PCR的方法分離該基因，進行序列測定，得到3. OsG6PDH的愛沙尼亞克朗、種子核苷酸序列、BLASTn、水稻EST數(shù)據(jù)庫、序列連接、RT-PCR、愛沙尼亞克朗、序列確定、人工、計算機、4. Os6PGDH的愛沙尼亞克朗： 或具有完全ORF的4.os6pggdh的愛沙尼亞克朗：4.os6pggdh的愛沙尼亞克朗：設(shè)計了與玉米6PGDH (AF061837 )相匹配的水稻ESTs，4.os6pggdh的愛沙尼亞克朗：EST

7、 contig，PCR引物， 水稻各組織分別檢索到全RNA，合成cDNA第一鏈，水稻亞金屬鉛提取蛋白氨基酸排列順序，得到的水稻基因組庫，水稻亞金屬鉛指向蛋白質(zhì)基因排列，PCR擴增、愛沙尼亞克朗、EST剪接、OsZFP基因家族電子愛沙尼亞克朗的程序流程圖，3. OsZFP 3.OsZFP基因家族的愛沙尼亞克朗：oszpf家族、3.oszpf基因家族的愛沙尼亞克朗：對每個zpf基因進行完全性分析基因表達(dá)特性分析.設(shè)計引物、PCR擴增5末端完全性可能很難確定：序列比較Kozak規(guī)則A/GNNAUGG起始密碼子上游的同讀框排列中是否存在琥珀突變Northern雜交RACE技術(shù)，4 .在電子愛沙尼亞克朗

8、中最常見的問題和解決方法時很難確定其表達(dá)的時間和條件： EST的表達(dá)時間(Unigene數(shù)據(jù)庫，EST profile ) 其他類似基因的表達(dá)時間從多組織中擴增(特別是基因家族的分離)，查詢GEO數(shù)據(jù)庫，4 .電子愛沙尼亞克朗中最常見的問題和解決方案，最常用的序列數(shù)據(jù)庫GenBank，GenBank包括所有公開的染色體組、EST數(shù)據(jù)。 Nr冗馀數(shù)據(jù)庫(包括mrna ) DNA.) dbEST數(shù)據(jù)庫GenBank提供的搜索工具blasternnucleotide-nucleotideblastnstandardprotein-proteinblastpnucleotidequery-protei

9、n b lastxprotein stnnucleotidequery-translatedbtblastx，5 .電子愛沙尼亞克朗中常用的生物信息軟件和web網(wǎng)站介紹，常用的染色體組分析軟件：FGENESH:的最佳分析軟件是預(yù)測許多生物的染色體組結(jié)構(gòu)gens can 3333http:/genes.MIT.edu/gens can.html人，只能分析擬南芥和玉米的rice ha :3358 rice ha.DNA.affrc.go.jpricehmm 33333333 ricehmmsplicepredictor : web gene : r.it/web gene /， 5 .電子愛沙尼

10、亞克朗常用的生物信息學(xué)和網(wǎng)站介紹，常用的染色體組解析軟件啟動程序TATA-box/TSS預(yù)測： http:/www.fruuit /seq _ tools/promoter.html起始密碼子上游2Kb的配置5 .電子愛沙尼亞克朗中常用的生物信息軟件和網(wǎng)站介紹，5 .電子愛沙尼亞克朗中常用的生物信息軟件和網(wǎng)站介紹，5 .電子愛沙尼亞克朗中常用的生物信息軟件和網(wǎng)站介紹，TSS， 電子結(jié)合：3358 biotinfo.bi 3339090/clone.html，5 .電子愛沙尼亞克朗中經(jīng)常使用的生物信息學(xué)和網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)站介紹，確實是人類的電子愛沙尼亞克朗進一步發(fā)展，越來越

11、多的基因以電子愛沙尼亞克朗的方式獲得目前只有擬南芥和水稻在植物中發(fā)表了染色體組序列，在電子愛沙尼亞克朗中占主要地位。 特別是水稻基因的愛沙尼亞克朗，利用散發(fā)的序列信息資源的增加。 6 .電子愛沙尼亞克朗的應(yīng)用前景是，隨著基于遺傳圖和序列的物理圖的整合，將目的基因(或QTL )和鏈標(biāo)記的遺傳距離直接轉(zhuǎn)換為物理圖距離的電子愛沙尼亞克朗可能成為取代傳統(tǒng)二進制位愛沙尼亞克朗的重要措施(擬南芥)，6 .電子愛沙尼亞克朗的應(yīng)用前景是、 抑制差異減少雜交，用差異顯示和基因表達(dá)序列分析等方法得到的EST采用電子愛沙尼亞克朗的方法獲得完整基因的策略成為取代RACE和cDNA實況拉力賽的最佳方案。電子愛沙尼亞克朗

12、的應(yīng)用前景使基因的染色體分布、結(jié)構(gòu)、啟動子、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的信息、基因的鑒定和功能記述變得更容易。 在植物中，除了擬南芥和水稻以外，EST數(shù)量多的植物也可以利用EST策略制作電子愛沙尼亞克朗。 電子愛沙尼亞克朗也是發(fā)現(xiàn)新基因的重要方法。6、電子愛沙尼亞克朗的應(yīng)用前景的確，電子愛沙尼亞克朗的出現(xiàn)可以大大加快基因的分離和鑒定，而功能愛沙尼亞克朗(二進制位圖譜愛沙尼亞克朗、SSH等)方法依然無法替代，電子愛沙尼亞克朗可以大大加快和極簡化這些個的傳統(tǒng)基因分離途徑。 相對于其他物種中功能鑒定為一盞茶的基因，電子愛沙尼亞克朗對于功能基因的分離利用，研究基因的結(jié)構(gòu)、起源、分類和進化具有非常重要的意義。 對于新的基因，電子愛沙