1、好文章，三要素,張輝 中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所 Email: ,1,學(xué)習(xí)交流PPT,SCI (Science citation index) 由美國科學(xué)信息研究所(ISI)1961年創(chuàng)辦出版的引文數(shù)據(jù)庫 SCI(科學(xué)引文索引 )、EI (工程索引 )、ISTP (科技會議錄索引 ) 是世界著名的三大科技文獻(xiàn)檢索系統(tǒng) SCI 論文：在SCI所收錄的科學(xué)期刊上發(fā)表的論文,2,學(xué)習(xí)交流PPT,影響因子 (impact factor，IF),指的是某一期刊的文章在特定年份或時期被引用的頻率， 是衡量 學(xué)術(shù)期刊 影響力的一個重要指標(biāo)。 計算方式：某雜志2008年的IF： 2006，2007兩年論文 在2

2、008年被引總數(shù)，除以在2006，2007兩年所發(fā)論文總數(shù)。,3,學(xué)習(xí)交流PPT,雜志的IF愈高，品牌效應(yīng)愈大，審稿更嚴(yán)格，投稿 難度愈大 但是，發(fā)表在IF高的雜志，不見得學(xué)術(shù)價值就大。 單篇學(xué)術(shù)論文的引用頻率更重要。引用頻率愈高， 其學(xué)術(shù)價值愈大。 所發(fā)雜志的IF高，單篇的引用頻率也高，就是最有 價值的論文？也不見然,4,學(xué)習(xí)交流PPT,IF：5-6 Citations：40,5,學(xué)習(xí)交流PPT,6,學(xué)習(xí)交流PPT,一篇SCI學(xué)術(shù)論文的產(chǎn)生流程：,提出假說 實(shí)驗(yàn)設(shè)計 + 預(yù)實(shí)驗(yàn) 全面展開實(shí)驗(yàn) 結(jié)果分析 論文寫作與修改 送出發(fā)表 補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)和回答審稿人的問題,至少3月，一般半年， 可達(dá)1-2年,

3、Read + Hard work + Pray,自己掌握時間,第一階段,第二階段,第三階段,7,學(xué)習(xí)交流PPT,好文章 三要素 1、 好主意 （Good idea) 2、 有邏輯的結(jié)構(gòu) （Logic structure) 3、 精美的數(shù)據(jù) （Beautiful data),8,學(xué)習(xí)交流PPT,1、 好主意 （假說）,眼光 （Vision） 知識面（Knowledge) 靈感 (Inspiration) 機(jī)遇 (Chance) 計算 (Calculation) 勇氣 (Courage),新穎性和意義（Novelty and significance),9,學(xué)習(xí)交流PPT,（1） 眼光 （Visi

4、on） 洞察力 手握水晶球預(yù)見未來的能力 預(yù)知本學(xué)科發(fā)展的方向 既考導(dǎo)師也考你,諾查丹瑪斯的預(yù)言 李淳風(fēng)與袁天罡的推背圖 劉伯溫的燒餅歌,10,學(xué)習(xí)交流PPT,（2）靈感 (Inspiration) “鬼點(diǎn)子” “腦筋急轉(zhuǎn)彎” 多與導(dǎo)師，同學(xué)討論，互相啟發(fā)。,真理面前, 人人平等,11,學(xué)習(xí)交流PPT,（3）知識面（Knowledge),本行：“熟讀唐詩三百首，不會作詩也會吟”,他行：“他山之石，可以攻玉” 不相關(guān)：“功夫在詩外”,尤其是要緊跟本行中的最新進(jìn)展，積極追蹤時尚元素,12,學(xué)習(xí)交流PPT,讀文獻(xiàn)十問,1 此文解決了什么問題？ 2 你能用一句話概括此文的中心思想嗎？ 3 此文的log

5、ic flow清楚嗎？試簡述之 4 此文最重要，最創(chuàng)新的的圖表（數(shù)據(jù)）是哪一個？ 5 此文最切合主題圖表（數(shù)據(jù)）是哪一個？ 此文最大的紕漏是什么？ 若你是此文的第一作者，你下一步干嘛？ 哪個圖表最值得你學(xué)習(xí)和效仿？ 9 有值得你學(xué)習(xí)的實(shí)驗(yàn)方法嗎？ 10 你最欣賞哪句英語？,（Journal club上要回答的問題）,13,學(xué)習(xí)交流PPT,(4) 機(jī)遇 （Chance） Chance favors the prepared mind 機(jī)遇偏愛有準(zhǔn)備的頭腦-巴斯德,14,學(xué)習(xí)交流PPT,什么是“有準(zhǔn)備的頭腦”？ 1、有足夠的知識面 2、有所需的技術(shù) 3、正在從事類似的工作 （位置站得不錯） 4、完

6、成了前期工作（打伏擊戰(zhàn)）,15,學(xué)習(xí)交流PPT,16,學(xué)習(xí)交流PPT,Nature, July 2002,Nature, May 2003,17,學(xué)習(xí)交流PPT,November 2003,18,學(xué)習(xí)交流PPT,19,學(xué)習(xí)交流PPT,20,學(xué)習(xí)交流PPT,（5）計算 (Calculation) 自己，對手，時間，資源，風(fēng)險. 知己知彼，百戰(zhàn)不殆-孫子 夫未戰(zhàn)而廟算勝者，得算多也；未戰(zhàn)而廟算不勝者，得算少也。多算勝，少算不勝，而況于無算乎 -孫子 凡事預(yù)則立，不預(yù)則廢-禮記中庸,21,學(xué)習(xí)交流PPT,（6）勇氣 (Courage) 若你的發(fā)現(xiàn)是真的，而你所從事的工作又在熱點(diǎn)上，那你就有競爭者。i

7、dea愈好，競爭愈烈。-本人 因此，要有強(qiáng)烈的競爭意識和危機(jī)感：,兩軍相逢勇者勝-劉伯承,古代劍客們,在與對手狹路相逢時,無論對手有多么強(qiáng)大,就算對方是天下第一劍客,明知不敵,也要亮出自己的寶劍，即使倒在對手的劍下,也雖敗猶榮.這就是亮劍精神-李云龍,若遇到可發(fā)CNS文章的課題，哪怕不吃不喝，睡在實(shí)驗(yàn)室，也要把工作盡早完成 -An unknown PhD student,22,學(xué)習(xí)交流PPT,2、結(jié)構(gòu) （Logic structure),23,學(xué)習(xí)交流PPT,編一個完整的故事 （Make a perfect story) 組織你的數(shù)據(jù)，從生化實(shí)驗(yàn), 動物實(shí)驗(yàn), 到臨床實(shí)驗(yàn)。 做實(shí)驗(yàn)的順序和論文

8、的順序會大不相同,24,學(xué)習(xí)交流PPT,邏輯流 （Logic flow ） 內(nèi)涵與外延，因果，判斷和推理等等,學(xué)一點(diǎn)形式邏輯,25,學(xué)習(xí)交流PPT,每張圖表、每個數(shù)據(jù)的重要性是不一樣的 （骨骼與肌肉的關(guān)系）,26,學(xué)習(xí)交流PPT,搶先回答別人可能的問題,27,學(xué)習(xí)交流PPT,3、 精美的數(shù)據(jù) （Beautiful data),28,學(xué)習(xí)交流PPT,對照 （Control! Control! Control!),29,學(xué)習(xí)交流PPT,叫人印象深刻的發(fā)現(xiàn) (Impressive findings),30,學(xué)習(xí)交流PPT,多重驗(yàn)證 （同一結(jié)果，兩種以上的方法證實(shí)） 公認(rèn)的技術(shù)驗(yàn)證,31,學(xué)習(xí)交流PP

9、T,統(tǒng)計學(xué)分析 樣本量 統(tǒng)計方法 說服你自己,32,學(xué)習(xí)交流PPT,問泉那得清如許 為有源頭活水來,實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家 （Experimental biologist）： 是手巧的工匠，更是思想家,33,學(xué)習(xí)交流PPT,34,學(xué)習(xí)交流PPT,Biochemical Purification and Identification of APOBEC3G-Associated Proteins by Tandem Purification Assay (TAP),35,學(xué)習(xí)交流PPT,“腦筋急轉(zhuǎn)彎”,MicroRNA 有可能抑制了HIV-1什么環(huán)節(jié)， 而且有重大意義？ 在潛伏感染時，HIV-1的蛋白表達(dá)

10、明顯減少， 是不是由于miRNA抑制所致？,36,學(xué)習(xí)交流PPT,Genomic DNA,Pol II,Drosha,Exportin5,Dicer,Pri-miRNA,Pre-miRNA,miRNA,Target mRNA,protein,miRISC,P-body,Generation and function of microRNA,37,學(xué)習(xí)交流PPT,HIV-1的生活周期,結(jié)合受體,膜融合和進(jìn)入,反向轉(zhuǎn)錄,入核和整合,轉(zhuǎn)錄,出核,裝配,翻譯,出芽,成熟,RNA,DNA,前病毒,RNA,病毒蛋白質(zhì),病毒顆粒,38,學(xué)習(xí)交流PPT,HIV-1 latency Pre-integratio

11、n latency. (APOBEC3G could play a key role). Post-integration latency. The major HIV-1 reservoir in the post-HAART era.,39,學(xué)習(xí)交流PPT,Resting CD4 T-cells,Activated or incompleted activated CD4 T-cells,Activation,Formation of post-integration HIV-1 latency,No stimulation,40,學(xué)習(xí)交流PPT,Mechanism of HIV-1 po

12、st-integration latency Transcriptional inefficiency NF- kB, NFAT, CDK9, Cyclin T1 Tat protein Post-transcriptional suppression Rev,41,學(xué)習(xí)交流PPT,Adapted from Han and Siliciano. Nature Medicine 2007. 13: 1138-40,42,學(xué)習(xí)交流PPT,Furtado, M. R. et al. N EJ M. 340, 1614-22 (1999). Chun, T. W. et al. PNAS. 100,

13、1908-13 (2003). Lassen, K. G. et al.PLoS Pathog 2, e68 (2006). Zhang, L. et al. N EJM. 340, 1605-13 (1999). Patterson, B. K. et al. AIDS. 15, 1635-41 (2001).,Latently-infected resting CD4 T-cells harbor various viral RNAs,Incompleted transcript,Multiple-spliced RNA,Unspliced RNA,Integrated viral DNA

14、,43,學(xué)習(xí)交流PPT,vpr,RRE,LTR,vif,pol,env,vpu,nef,gag,1.9-Kb (72619172 nt),A (72617960 nt),B (79618351 nt),C (82918691 nt),D (86318981 nt),F (90479172 nt),LTR,E (89219046 nt),tat,rev,1.2-Kb (79619172 nt),HIV-1 RNA genome and its 3-UTR,3-UTR shared by most HIV-1 RNAs,44,學(xué)習(xí)交流PPT,pCMV,pA,eGFP,Fragments of HI

15、V-1 3-UTR,Nucleofection with AMAXA,Resting CD4 T-cells,45,學(xué)習(xí)交流PPT,Relative GFP MFI,骨干數(shù)據(jù) +,46,學(xué)習(xí)交流PPT,Isolation of resting primary CD4 T-lymphocytes.,Resting CD4+ T cells,Activated CD4+ T cells,CD25,CD69,47,學(xué)習(xí)交流PPT,CD25,CD69,CFSE,Resting CD4 T cells,Resting CD4 T cells+combined anti-mirs,Resting CD4

16、T cells+pNL4-3,Resting CD4 T cells+pNL4-3+anti-mir neg ctl,Resting CD4 T cells+pNL4-3+combined anti-mirs,Activated CD4 T cells+pNL4-3,The analysis of cell proliferation status of resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3 and anti-microRNA inhibitors.,48,學(xué)習(xí)交流PPT,49,學(xué)習(xí)交流PPT,MiRNA array analysis to c

17、ompare cellular miRNAs in resting and activated CD4 T-cells.,50,學(xué)習(xí)交流PPT,Putative binding sites for resting CD4 T-cell-enriched cellular miRNAs,B5,D3,D9,F3,51,學(xué)習(xí)交流PPT,Confirm the enrichment of several cellular miRNAs in resting CD4 T-lymphocytes by “stem-loop” RT-PCR.,52,學(xué)習(xí)交流PPT,NL4-3 (nt 9097) 5-AUC

18、UG-AGCCUGGGAGCUCUC-3 l l l l l l l l l l l l l l mir-28 3-GAGUUAUCUGACACUCGAGGAA-5,NL4-3 (nt 8096) 5-ACGAGGAUUGUGGAACUUCUGGGACGCAGGGG-3 l l l l l l l l l l l l l l l mir-125b 3-AGUGUUCAAU-CCCAGAGUCCCU-5,NL4-3 (nt 8957) 5-UCGAGCUUGCUACAAGGGACUUU-3 l l l l l l l l l l l l l l l l l l l mir-382 3-GCUUA

19、GGUGGUGCUUGUUGAAG-5,NL4-3 (nt 8113) 5-UCUGGGACGCAGGGGGUGGGAA-3 l l l l l l l l l l l l l l l l mir-150 3-GUGACCA-UGUUCCCAACCCUCU-5,NL4-3 (nt 8720) 5-AGGGGUCA-GAUAUCCACUGACC-3 l l l l l l l l l l l l l l l mir-223 3-CCCCAUAAACUGUU-UGACUGU-5,Interaction of cellular miRNAs and their targets in the 3-en

20、d of HIV RNA,53,學(xué)習(xí)交流PPT,mir-125b,GFP,GGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTC,GFP,GGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGTCTATCTC,mir-28,GFP,ACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGCAGGGG,GFP,ACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGACTTTT,GFP,GTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGGGAA,GFP,GTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGTTCC,mir-150,GFP,CACCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCACTGACC

21、,GFP,CACCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCAAGTCAA,mir-223,GFP,CTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGGACTTT,GFP,CTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGTCAGGG,mir-382,F5 mF5 B13 mB13 B12 mB12 D10 mD10 D11 mD11,Mutations in the “seed” sequences,54,學(xué)習(xí)交流PPT,Mutations in “seed” sequence eliminate the miRNA-mediated inhibition,骨干數(shù)據(jù) +,55,學(xué)習(xí)交流P

22、PT,Ago,Ago cleaves passenger strand,Two strands are dissociated by an RNA helicase,Ago loading,Bind to target mRNA,Remove passenger strand,miRNA,Antisense inhibitor (2-O-methyl- oligonuceotides),Translation inhibition,56,學(xué)習(xí)交流PPT,Effect of antisense inhibitor on the GFP expression of pGFP-1.2kb,57,學(xué)習(xí)

23、交流PPT,HIV-1 infectious clone,Nucleofection,A simple HIV-1 latency model: Transduce HIV-1 infectious clone into the nucleus of resting CD4 T-cells with AMAXA,miRNA,58,學(xué)習(xí)交流PPT,CD25,CD69,CFSE,Resting CD4 T cells,Resting CD4 T cells+combined anti-mirs,Resting CD4 T cells+pNL4-3,Resting CD4 T cells+pNL4-

24、3+anti-mir neg ctl,Resting CD4 T cells+pNL4-3+combined anti-mirs,Activated CD4 T cells+pNL4-3,The analysis of cell proliferation status of resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3 and anti-microRNA inhibitors.,59,學(xué)習(xí)交流PPT,HIV-1 mRNA expression in the CD4 T-cells transfected with pNL4-3.,60,學(xué)習(xí)交流PPT

25、,Induction of HIV-1 production from the resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3.,61,學(xué)習(xí)交流PPT,Effect of miRNA antisense inhibitors on HIV-1 production from resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3,骨干數(shù)據(jù) +,62,學(xué)習(xí)交流PPT,63,學(xué)習(xí)交流PPT,HIV,-,1 copy numbers,5,000 500 50 5 0,-,-,No. 1 No. 2 No. 3 SP NEG,Actin-b,Alu-PCR,HIV-1