1、第二章化學(xué)編輯排版和分子模擬計(jì)算，第二章化學(xué)編輯排版和分子模擬計(jì)算，第二部分化學(xué)生物辦公軟件的使用，目錄，2。1簡(jiǎn)介2。2 ChemDraw使用2。3 Chem3D使用2。4 ChemFinder的使用，分子式和結(jié)構(gòu)式是化學(xué)家的語言，化學(xué)辦公軟件，主要內(nèi)容，第一部分：ChemWin 1簡(jiǎn)介。chemdraw 2中的ChemWin。鑰匙、戒指、箭頭和箭頭工具3。編輯工具、原子標(biāo)記、軌道、組合工具、菜單命令等。第2部分：chemoffice1。chemdraw2。chem3d3?；瘜W(xué)軟件的集成桌面系統(tǒng)第3部分：數(shù)學(xué)公式和長(zhǎng)文章的布局。數(shù)學(xué)類型2。劍橋軟件公司()的最新版本是世界上最好的、最重要的、

2、最權(quán)威的桌面化學(xué)辦公應(yīng)用軟件，它集成了強(qiáng)大的應(yīng)用功能，為化學(xué)家提供了優(yōu)秀的化學(xué)輔助系統(tǒng)。它可以方便地繪制分子結(jié)構(gòu)圖和化學(xué)反應(yīng)方程式、實(shí)驗(yàn)室儀器和化學(xué)工藝流程圖等。并將其應(yīng)用于文字處理軟件；而且，化合物的名稱可以直接轉(zhuǎn)換成結(jié)構(gòu)圖，省去了繪圖的麻煩；也可以用已知的結(jié)構(gòu)命名化合物，并給出正確的化合物名稱。共有三個(gè)模塊：1 .化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖模塊化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖是世界上最流行的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖軟件，是國(guó)際論文和期刊指定的格式。2.Chem3D模塊具有完整的分子構(gòu)型和模擬分析界面和功能，并提供工作站級(jí)的3D分子等值線圖和分子軌道特征分析，結(jié)合了多種量子化學(xué)軟件。3.ChemFinder模塊化學(xué)信息搜索集成系統(tǒng)智能快

3、速化學(xué)搜索引擎?？梢越ⅰ⒋鎯?chǔ)和搜索化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，也可以使用現(xiàn)成的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。2.2 ChemDraw的使用，2.2.1概述2.2.2化學(xué)結(jié)構(gòu)圖2.2.3 ChemNMR-計(jì)算核磁共振譜2.2.4 ChemProp-計(jì)算分子的物理化學(xué)性質(zhì)和標(biāo)準(zhǔn)命名2.2.5制備原子軌道和分子軌道圖，ChemDraw可以在Win9X/Win2000/WinXP下運(yùn)行雙擊。程序打開后，窗口的主界面類似于一般的窗口軟件，包括菜單欄、工具欄、文檔區(qū)和狀態(tài)欄。工具欄提供了許多常用的化學(xué)分子和化學(xué)鍵。使用時(shí)，只需點(diǎn)擊工具欄中所需的工具。將鼠標(biāo)移動(dòng)到編輯區(qū)后，鼠標(biāo)指針變?yōu)椋缓笤谖臋n區(qū)的適當(dāng)位置點(diǎn)擊鼠標(biāo)，分子結(jié)構(gòu)式就會(huì)出現(xiàn)。

4、它使用起來非常方便，并且支持窗口剪貼板。所有的結(jié)構(gòu)公式都可以方便地剪切粘貼到Word文檔中。當(dāng)您要修改時(shí)，只需雙擊Word文檔中的結(jié)構(gòu)式，打開“化學(xué)繪圖”進(jìn)行修改。2.2.1概述，化學(xué)繪圖所追求的哲學(xué)是：化學(xué)家可以理解它，化學(xué)繪圖也應(yīng)該理解它。ChemDraw是ChemOffice中最常用的組件，包括結(jié)構(gòu)工具欄、主工具欄、格式欄、繪圖區(qū)域、模板工具欄、菜單欄、狀態(tài)欄、主邊界等。套索實(shí)鍵雙鍵虛鍵切割鍵楔鍵黑體楔鍵空心楔鍵波鍵形成長(zhǎng)鏈環(huán)丙烷環(huán)環(huán)戊烷環(huán)庚烷環(huán)環(huán)己烷椅子環(huán)戊二烯環(huán)，天棚橡膠文字筆箭頭軌道繪圖元素原始化學(xué)符號(hào)弧原子反應(yīng)模板環(huán)丁烷環(huán)環(huán)己烷環(huán)辛烷環(huán)環(huán)己烷椅子苯環(huán)，模板，箭頭，軌道，繪圖元素，

5、支架，化學(xué)符號(hào)，查詢工具模板，氨基酸模板，芳香，雙環(huán)，生物藝術(shù)模板，玻璃儀器模板，構(gòu)象異構(gòu)體模板，環(huán)戊二烯模板，環(huán)烷烴模板， DNA模板、官能團(tuán)模板、己糖模板、苯環(huán)模板、多面體模板、立體中心模板、超分子模板，垂直工具欄上的【模板】按鈕包含常用的和重要的模板，如各種復(fù)雜的分子種類和玻璃儀器模板、繪圖示例和繪制阿司匹林結(jié)構(gòu)式點(diǎn)擊選擇框按鈕選擇繪制的阿司匹林結(jié)構(gòu)式； 執(zhí)行菜單命令結(jié)構(gòu)/清理結(jié)構(gòu)，將圖形排列到最佳狀態(tài)。圖形保存ChemDraw文件擴(kuò)展名為 cdx ，執(zhí)行文件/另存為菜單命令保存。圖形的旋轉(zhuǎn)和縮放、檢查結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤和整理結(jié)構(gòu)式、根據(jù)化合物名稱獲得結(jié)構(gòu)式、獲得化合物名稱、預(yù)測(cè)核磁共振化學(xué)位移、

6、估計(jì)分子結(jié)構(gòu)、估計(jì)性質(zhì)、繪制元素周期表符號(hào)、字體和顏色、繪制快捷菜單和快捷鍵、繪制化學(xué)反應(yīng)類型繪制實(shí)驗(yàn)裝置、執(zhí)行結(jié)構(gòu)/檢查結(jié)構(gòu)功能、自動(dòng)執(zhí)行、執(zhí)行結(jié)構(gòu)/將名稱轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu)菜單命令，如阿司匹林、乙二胺四乙酸、嗎啡、2-乙酰氧基苯甲酸等。2.2.2結(jié)構(gòu)圖功能，1。簡(jiǎn)單的無機(jī)反應(yīng)公式和有機(jī)分子公式ChemDraw可以一次輸入反應(yīng)文本，當(dāng)使用“公式”進(jìn)行優(yōu)化時(shí)，其公式格式化智能比其他軟件更強(qiáng)。2.費(fèi)希爾投影公式3?；粑炙雇队肮?。紐曼投影公式5。立體化學(xué)，1。費(fèi)歇爾投影公式，文本工具和單鍵工具。下圖顯示了葡萄糖分子的費(fèi)歇爾投影公式。首先，使用單鍵繪圖工具建立主碳鏈。關(guān)鍵是要確保下一個(gè)單鍵跟隨上一個(gè)單鍵

7、。完成后，仍可使用單鍵繪圖工具建立其他CH和COH鍵，并應(yīng)確保每個(gè)鍵之間的連接點(diǎn)。最后，文本輸入工具用于輸入文本?！耙晥D”菜單的“分析窗口”功能可以提供當(dāng)前結(jié)構(gòu)的一些簡(jiǎn)單信息。這條直線實(shí)際上是由五個(gè)單鍵連接的。2?；粑炙雇队邦愋?，下圖顯示了葡萄糖的霍沃斯投影。要繪制此圖，請(qǐng)使用單鍵、文本、楔形鍵等工具。和縮放等操作。首先，創(chuàng)建一個(gè)六元環(huán)(環(huán)己烷)，選擇六元環(huán)并將其旋轉(zhuǎn)90度(使用鼠標(biāo)或?qū)ο蟛藛沃械男D(zhuǎn)命令)，使用文本輸入工具將六元環(huán)中的一個(gè)碳原子變成氧原子，然后使用單鍵工具欄建立其他化學(xué)鍵。該鍵位于第五個(gè)碳原子的向下方向，為了避免與其他鍵交叉，需要按住Alt鍵并再次繪制。然后選擇整個(gè)圖形，按住

8、Shift鍵進(jìn)行縮放(非對(duì)稱縮放)，將高度降低到50%，用文本輸入工具輸入相應(yīng)的組，然后用楔形鍵工具進(jìn)行修改。使用單鍵工具按住Alt鍵進(jìn)行繪制，并適當(dāng)縮短長(zhǎng)度以避免與后續(xù)鍵接觸。3.紐曼投影，紐曼投影的繪制相對(duì)簡(jiǎn)單。關(guān)鍵在于化學(xué)鍵的堆疊順序(層間相互覆蓋的問題)。方法是選擇一部分對(duì)象，然后按鼠標(biāo)右鍵選擇“發(fā)送到后面”和“帶到前面”，以更改它們的層次關(guān)系。立體化學(xué)，下圖中的四個(gè)結(jié)構(gòu)式是同一物質(zhì)，第二個(gè)圖是使用對(duì)象菜單的顯示立體化學(xué)命令創(chuàng)建的，第三個(gè)圖是第二個(gè)圖的水平反轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)，第四個(gè)圖是第三個(gè)圖垂直旋轉(zhuǎn)180度的結(jié)果。為了顯示“垂直旋轉(zhuǎn)180度”，此菜單項(xiàng)需要同時(shí)按住Alt鍵。2.2.3化學(xué)核磁共

9、振譜的計(jì)算，化學(xué)繪圖提供核磁共振位移的估算計(jì)算，選擇分子后，可以在估算菜單中選擇1H核磁共振位移或1C核磁共振位移，并相應(yīng)給出分子每個(gè)h或c的位移。列表中給出了詳細(xì)信息：心得安，一種心血管藥物，分別執(zhí)行結(jié)構(gòu)/預(yù)測(cè)1h-NMR-shift菜單命令，執(zhí)行結(jié)構(gòu)/預(yù)測(cè)13c-NMR-shift菜單命令，執(zhí)行查看/顯示分析窗口和查看/顯示化學(xué)性質(zhì)窗口菜單命令，執(zhí)行查看/顯示周期表窗口菜單命令，得到該元素的物理性質(zhì)。執(zhí)行視圖/其他工具欄/剪貼畫，第1部分或第2部分的菜單命令，繪制實(shí)驗(yàn)裝置圖。您可以通過毛玻璃儀器的連接器快速構(gòu)建化學(xué)反應(yīng)裝置。2.2.4 ChemProp分子物理化學(xué)性質(zhì)計(jì)算和標(biāo)準(zhǔn)命名。Che

10、mDraw使用軌道繪制工具箱繪制軌道，該工具箱可以繪制S軌道、S軌道、單葉軌道、P軌道等。每個(gè)軌道包括三種填充類型：背景色、陰影和純色，具體顏色可以自行設(shè)置。下圖是一個(gè)例子：7.2.5制作原子軌道圖和分子軌道圖，2.3使用Chem3D，這是一個(gè)與ChemDraw結(jié)合使用的軟件，主要是打開一個(gè)三維結(jié)構(gòu)，然后使用各種量子化學(xué)軟件來計(jì)算和預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)的各種性質(zhì)。它可以很好地與ChemDraw配合使用，在ChemDraw上繪制的二維結(jié)構(gòu)式可以正確地自動(dòng)轉(zhuǎn)換成三維結(jié)構(gòu)。3D-D-葡萄糖在Chem3D中的顯示效果圖，垂直工具欄，模型窗口，旋轉(zhuǎn)手柄，旋轉(zhuǎn)手柄，旋轉(zhuǎn)手柄，線性模型，棒形模型，圓柱形關(guān)鍵模型比例模型

11、，建立3D模型的方法使用關(guān)鍵工具建立，文本工具建立，子結(jié)構(gòu)建立，模板建立，ChemDraw結(jié)構(gòu)公式和3D模型之間的轉(zhuǎn)換，ChemDraw結(jié)構(gòu)公式到3D模型，選擇結(jié)構(gòu)公式，復(fù)制到3D窗口，自動(dòng)轉(zhuǎn)換到3D模型。直接打開chemraw文件，并在3D窗口中執(zhí)行文件/打開菜單命令。選擇“chemraw (*。鍵入文件/打開窗口，點(diǎn)擊“打開”按鈕打開文件。3D模型被轉(zhuǎn)換成平面結(jié)構(gòu)模型。選擇3D模型，執(zhí)行編輯/復(fù)制為/化學(xué)繪圖結(jié)構(gòu)菜單命令，復(fù)制模型并將其粘貼到化學(xué)繪圖窗口中。以乙烯為例，首先使用文本輸入工具輸入分子式CH 2CH 2，然后使用“分析”菜單的“擴(kuò)展哈克曲面”功能，然后使用“查看”菜單的“分子軌

12、道”。對(duì)話框出現(xiàn)后，您可以選擇顯示HOMO或LUMO。根據(jù)不同參數(shù)產(chǎn)生的不同軌道形狀，還可以選擇不同的表面顯示效果。整理結(jié)構(gòu)并簡(jiǎn)單優(yōu)化，執(zhí)行【編輯】/【全選】菜單命令【編輯】/【全選車型】；執(zhí)行工具/清理結(jié)構(gòu)菜單命令，組織結(jié)構(gòu)并執(zhí)行mm2/最小化菜單命令，彈出最小化能量對(duì)話框。點(diǎn)擊運(yùn)行按鈕優(yōu)化模型，最后給出最低能量狀態(tài)。顯示3D模型信息，將鼠標(biāo)移動(dòng)到3D模型的原子上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示原子的相關(guān)信息；將鼠標(biāo)移動(dòng)到3D模型的化學(xué)鍵上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示化學(xué)鍵的相關(guān)信息，包括鍵長(zhǎng)和鍵位。按住Shift鍵，用鼠標(biāo)依次選擇三個(gè)連續(xù)的原子，然后將鼠標(biāo)放在任意一個(gè)原子上，顯示這三個(gè)原子形成的鍵角；要顯示更

13、詳細(xì)的信息，您可以執(zhí)行分析/顯示測(cè)量值/顯示焊接長(zhǎng)度菜單命令。下圖顯示了LUMO(N=7)的顯示效果。2.4化學(xué)查找器的使用，2.4.1概述化學(xué)查找器是一個(gè)智能的快速化學(xué)搜索引擎。ChemInfo是世界上最豐富的數(shù)據(jù)庫(kù)之一。根據(jù)結(jié)構(gòu)式搜索根據(jù)化學(xué)名稱搜索根據(jù)相對(duì)分子量搜索使用化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)查找免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)資源，2.4.2根據(jù)結(jié)構(gòu)式搜索，ChemFinder附帶多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，擴(kuò)展名為“sfw”，啟動(dòng)ChemFinder打開對(duì)話框，包括3個(gè)選項(xiàng)卡。點(diǎn)擊現(xiàn)有選項(xiàng)卡選擇“CS_DEMO”數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)擊“打開”按鈕，根據(jù)分子式搜索，輸入分子式，輸入C5-6N2，按回車鍵，有7個(gè)結(jié)構(gòu)選項(xiàng)與輸入的分子式相關(guān)，可以點(diǎn)

14、擊按鈕逐個(gè)查看，點(diǎn)擊切換到表格按鈕，顯示窗口將變成一個(gè)列表，根據(jù)化學(xué)名稱搜索，然后輸入*。輸入“160-170”，按回車鍵，找到14個(gè)相關(guān)信息，包括尼古丁和鄰苯二甲酸。，使用化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)，執(zhí)行文件/打開菜單命令，彈出打開對(duì)話框查找 ISICCsm 數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)擊打開按鈕顯示主界面，打開化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù) ISICCSm 搜索化學(xué)反應(yīng)并查找免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)資源。如果你注意的話，你會(huì)在ChemFinder的菜單欄上找到一個(gè)在線菜單。這個(gè)網(wǎng)站提供了很多化學(xué)信息，當(dāng)然，我們也可以通過IE直接瀏覽和查找。/chemistry/,retrieval示例：C6H6(苯)，1。輸入分子式2。回收16種異構(gòu)體，3。檢查他們的物理屬性數(shù)據(jù)。顯示紅外光譜數(shù)據(jù)，參考，化學(xué)和化學(xué)工程中的計(jì)算機(jī)