1、miRBase-microRNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)目錄 microRNA簡(jiǎn)介 miRBase簡(jiǎn)介 miRBase的主要功能: miRNA注冊(cè) miRNA搜索 特定miRNA具體信息 miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè) 數(shù)據(jù)下載microRNA簡(jiǎn)介microRNA(miRNA)是一類(lèi)長(zhǎng)約22個(gè)核苷酸的非編碼小RNA分子，最早在線(xiàn)蟲(chóng)中發(fā)現(xiàn)，并廣泛存在于許多真核生物和細(xì)胞中，包括植物、動(dòng)物、單細(xì)胞藻類(lèi)、病毒等。miRNA主要通過(guò)與靶mRNA的結(jié)合，在轉(zhuǎn)錄后水平介導(dǎo)mRNA降解(多見(jiàn)于植物)或翻譯抑制(多見(jiàn)于動(dòng)物)來(lái)調(diào)控基因表達(dá)。研究表明miRNA在動(dòng)植物生長(zhǎng)發(fā)育、動(dòng)物細(xì)胞凋亡、癌癥發(fā)生以及植物應(yīng)答脅迫等方面發(fā)揮重要作用。m

2、icroRNA的命名規(guī)則：將物種縮寫(xiě)置于miRNA之前，成熟miRNA用miR表示，miRNA的基因或初級(jí)轉(zhuǎn)錄本中預(yù)測(cè)的莖環(huán)結(jié)構(gòu)則用mir表示；miRNA簡(jiǎn)寫(xiě)成miR，再根據(jù)其被克隆的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，并且編號(hào)是連續(xù)的;不同物種中同源的miRNA最好用同一個(gè)名字，同一物種中高度同源的miRNA在數(shù)字后加上英文小寫(xiě)字母；由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同miRNA成熟序列而premiRNA序列不同的miRNA，則在后面加上阿拉伯?dāng)?shù)字以區(qū)分；1. 如果一個(gè)前體的2個(gè)臂分別加工產(chǎn)生miRNA，則根據(jù)克隆試驗(yàn)，看看哪個(gè)是主要的成熟產(chǎn)物，次要的在后面加“*”號(hào)。miRBase1822

3、6 hairpin precursor miRNAs21643 mature miRNAs 168 speciesmiRBase miRBase序列數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)提供包括miRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測(cè)基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫(kù)，是存儲(chǔ)miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫(kù)之一；庫(kù)中所有數(shù)據(jù)都可以從首頁(yè)Download page或直接進(jìn)入FTP站點(diǎn)下載。 miRBase主要由三部分組成：miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。 而miRBase Targets database則已經(jīng)更名為microcosm，并托管于EBI。

4、miRNA注冊(cè)提交所用的格式為Fasta格式。最終，提交的序列將會(huì)加入到miRBase Sequence Database中。miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索hsa-let-7a-1 MI0000060 hsa-let-7a-1 MI0000060 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA m

5、iRNA搜索miRNA搜索特定miRNA具體信息 信息主要包括三部分：莖環(huán)結(jié)構(gòu)，成熟序列(包括miRNA*)和參考文獻(xiàn)。莖環(huán)結(jié)構(gòu)和成熟序列的序列信息都可以通過(guò)“Get sequence”得到相應(yīng)FASTA格式的序列。 莖環(huán)結(jié)構(gòu)部分除Accession、ID、Description、Stemloop信息之外，還包括Deep sequencing數(shù)據(jù)、Genome context、該基因相關(guān)的Database links、基因所屬Gene family。 成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deep sequencing信息，但還有試驗(yàn)證明(包括克隆、Northern以及

6、Solexa測(cè)序等)和通過(guò)不同軟件預(yù)測(cè)的靶標(biāo)，并可通過(guò)鏈接查看。 References部分列的主要是Pubmed中有關(guān)該miRNA文獻(xiàn)的鏈接，這有利于用戶(hù)對(duì)該miRNA進(jìn)行全面了解。特定miRNA具體信息莖環(huán)序列Deepsequencing信息特定miRNA具體信息成熟序列Deep sequencing信息特定miRNA具體信息參考文獻(xiàn)miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè) miRNA預(yù)測(cè)靶標(biāo)的查詢(xún)由Targets database負(fù)責(zé)，它主要針對(duì)動(dòng)物miRNA靶標(biāo)的查詢(xún)。目前Targets database已更名為microCosm并托管于EBI。它運(yùn)用的是miRanda算法，從多種物種基因組3UTR信息中找出潛在的miRNA靶標(biāo)。 用戶(hù)可以通過(guò)主頁(yè)鏈接或直接進(jìn)入MicroCosm(http：wwwebiacukenright-srvm