本文格式為Word版，下載可任意編輯——番茄OFP基因家族生物信息學分析α-螺旋占比，其余OFP蛋白二級結構中都是α-螺旋占比>延伸鏈占比，并且所有蛋白的二級結構中，α-螺旋和無規(guī)矩卷曲占據(jù)主體部分。因此可以判斷，α-螺旋和無規(guī)矩卷曲是番茄OFP蛋白的主要組成成分，β-轉角和延伸鏈散布于整個蛋白序列中，起輔助修飾作用。

2.7番茄OFP基因家族蛋白三維結構模擬

為了解析番茄OFP基因家族的三維構象，采用同源建模法，利用Swiss-Modle在線軟件進行同源建模。結果說明，SlOFP4、SlOFP6、SlOFP10、SlOFP14、SlOFP16、SlOFP17、SlOFP20、SlOFP22和SlOFP24蛋白的三級結構相像;SlOFP2和SlOFP21蛋白的三級結構相像;SlOFP5和SlOFP19蛋白的三級結構也相像（圖5）。說明番茄OFP基因家族蛋白之間既存在保守性又存在差異性。

2.8番茄OFP基因家族基因啟動子區(qū)域順式作用元件分析

通過SGN數(shù)據(jù)庫獲取番茄OFP基因家族成員起始密碼子ATG上游3000bp的序列，接著利用PlantCARE網(wǎng)站對其進行啟動子順式作用元件分析，結果（圖6）顯示，番茄OFP基因家族成員起始密碼子上游存在著光響應順式元件（G-Box、ACE、GT1-motif）、激素響應應答元件（CGTCA-motif、P-box、ABRE、TCA-element、AuxRR-core）以及逆境脅迫響應順式元件（ARE、TC-richrepeats、LTR、MBS、DRE）。此外，胚乳表達元件（GCN4_motif）、種子特異性調(diào)控（RY-element）以及分生組織表達元件（CAT-box）在番茄OFP基因家族成員啟動子上也很常見。僅有SlOFP27基因啟動子上存在干旱、低溫及鹽脅迫響應元件（DRE），猜測該基因可能參與多個逆境脅迫響應過程;SlOFP23、SlOFP26、SlOFP27等3個基因啟動子上存在黃酮類生物合成基因調(diào)控元件（MBSI），預計這3個基因可能參與黃酮類生物合成過程。

2.9番茄OFP基因家族成員轉錄表達模式分析

為了更好地探究番茄OFP基因家族在番茄生長發(fā)育過程中的生物學功能，本研究利用3萬多差異基因表達的番茄RNA-seq數(shù)據(jù)分析了番茄OFP基因在10個番茄組織中的表達水平。結果說明，OVATE和SlOFP82個基因在番茄花和果實中大量表達，SlOFP14和SlOFP292個基因主要在青果時期大量表達，SlOFP20基因則主要在番茄花和根中大量表達（圖7）。

3探討與結論

番茄是全球消費量最大的蔬菜作物之一，兼具豐富的營養(yǎng)價值和巨大的商業(yè)價值[1]。OFP基因家族是植物特有的轉錄因子家族之一，通過赤霉素[8，17]、油菜素內(nèi)酯[18-19]、乙烯[20]以及生長素[2]等多種激素途徑，參與調(diào)控植物生長發(fā)育和非生物脅迫響應的多個方面。近年來，隨著高等植物基因組測序的不斷發(fā)展，研究人員在馬鈴薯、葡萄、擬南芥、水稻、玉米等13種陸地植物中檢測出OFP基因[5]。但僅有少部分OFP基因的功能已被鑒定。因此，本研究利用生物信息學方法，對番茄中31個OFP基因進行對比全面的生物信息學分析，為探究番茄OFP基因的生物學功能提供參考價值。

本研究通過對番茄OFP蛋白的基本理化性質(zhì)進行分析發(fā)現(xiàn)，番茄OFP蛋白均為親水性蛋白，且大部分蛋白不穩(wěn)定，這說明番茄OFP蛋白成員之間存在保守性。此外，通過對番茄OFP蛋白的二級結構進行分析發(fā)現(xiàn)，α-螺旋和無規(guī)矩卷曲結構是主要的二級結構成分，少量延伸鏈和β-轉角散布于蛋白序列中，起一定輔助修飾的作用。番茄OFP蛋白的三維構象則更為直觀的表達出α-螺旋和無規(guī)矩卷曲是番茄OFP蛋白的主要組成部分。

在組織特異性表達方面，OVATE、SlOFP8、SlOFP14、SlOFP20以及SlOFP29基因在果實中大量表達。另外，OVATE、SlOFP3、SlOFP8、SlOFP10、SlOFP11、SlOFP12、SlOFP18、SlOFP19及SlOFP20基因在花中表達量對比高，這說明大部分番茄OFP基因可能參與調(diào)控番茄花和果實的生長發(fā)育。然而這些番茄OFP基因具體的功能如何還需后續(xù)研究鑒定。

綜上，本研究利用各種生物信息學分析網(wǎng)站和軟件對番茄OFP基因家族進行了全面的生物信息學分