生物信息學(xué)

常用軟件簡介前言生物信息學(xué)是一門新興的交叉學(xué)科，它將數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)知識應(yīng)用于生物學(xué)，以獲取、加工、存儲、分類、檢索與分析生物大分子的信息，從而理解這些信息的生物學(xué)意義。上面是狹義的生物信息學(xué)含義,也是現(xiàn)階段生物信息學(xué)的基本工作.內(nèi)容概要一生物信息學(xué)軟件的主要功能簡介1.數(shù)據(jù)的基本處理2.序列的比對3.基因/基因組的注釋4.Snp分析5.進(jìn)化分析6.基因表達(dá)分析7.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測二.生物學(xué)軟件部分常見功能使用技巧PCR引物設(shè)計(jì)DNA、蛋白質(zhì)序列同源分析及進(jìn)化樹構(gòu)建ContigExpress----DNA序列片斷拼接DNA模擬電泳

三生物信息學(xué)軟件的系統(tǒng)平臺生物信息學(xué)軟件一般可以分成商業(yè)的和開源的兩大類,大部份商業(yè)的軟件都是用在windows平臺下的,而大部分開源軟件是在unix/linux平臺下的.大部分的軟件基于unix/linux平臺.一生物信息學(xué)軟件的主要功能簡介1.數(shù)據(jù)的基本處理(1)數(shù)據(jù)的常用格式:生物信息學(xué)中數(shù)據(jù)的常用格式有:Fasta、NBRF/PIR，EMBL、CLUSRAL、Genbank、phylip等。這些格式雖然不同，但用一些軟件可以進(jìn)行轉(zhuǎn)換，下面一起看一下Fasta和EMBLFASTA格式又稱Pearson的格式，該序列格式要求序列的標(biāo)題行以大于號">"開頭，下一行起為具體的序列。一般建議每行的字符數(shù)不超過60個(gè)，以方便程序處理。多條核苷酸序列格式即將該格式連續(xù)列出即可IDidentificationcodeforsequenceinthedatabase

ACaccessionnumbergivingoriginofsequence

DTdatesofentryandmodification

KWkeycross-referencewordsforlookupupthisentry

OS,OCsourceorganism

RN,RP,RX,RA,RT,RLliteraturereferenceorsource

DRi.d.Inotherdatabases

CCDescriptionofbiologicalfunction

FH,FTinformationaboutsequencebybasepositionorrangeofpositiions

sourcerangeofsequence,sourceorganism

misc_signalrangeofsequence,typeoffunctionorsignal

mRNArangeofsequence,mRNA

CDSrangeofsequence,positionofintron

mutationsequenceposition,changeinsequenceformutation

SQcountofA,C,G,Tandothersymbols

gaattcgataaatctctggtttattgtgcagtttatggttccaaaatcgccttttgctgt60

atatactcacagcataactgtatatacacccagggggcggaatgaaagcgttaacggcca120

.

.

//symboltoindicateendorsequenceEMBL格式(2)峰圖轉(zhuǎn)化(phred)Phred是phred\phrap軟件包的一部分，主要是用來分析和裝配基因組中大片段序列。

phred能處理測序儀直接生成的色譜圖，并且產(chǎn)生相關(guān)的信息。

phred\phrap軟件包由華盛頓大學(xué)分子生物技術(shù)學(xué)院的Phil

Green和Brent

Ewing開發(fā)，主要用于學(xué)術(shù)科研活動。官方網(wǎng)站：

http://

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