生物信息學(xué)將傳統(tǒng)科學(xué)的“二元研究”分化為“三足鼎立”狀態(tài)。理論實(shí)驗(yàn)理論傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)計(jì)算機(jī)實(shí)驗(yàn)生物信息學(xué)生物信息學(xué)的幾個(gè)層次方法學(xué)研究生物學(xué)，生物信息學(xué)，數(shù)學(xué)，物理學(xué)，化學(xué)，計(jì)算機(jī)科學(xué)專業(yè)軟件的應(yīng)用研究主要是生物信息學(xué)，生物學(xué)，化學(xué)，計(jì)算機(jī)科學(xué)實(shí)驗(yàn)工作者的應(yīng)用主要是生物學(xué)，計(jì)算機(jī)科學(xué)，生物信息學(xué)的基本概念充分利用已有的生物信息學(xué)工具軟件生物信息學(xué)軟件核酸序列分析（序列同源性比較，分子進(jìn)化樹構(gòu)建，結(jié)構(gòu)信息分析等）蛋白質(zhì)序列分析（序列同源性比較，結(jié)構(gòu)信息分析等）基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析分子進(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育分析基因組多態(tài)性分析基因表達(dá)及蛋白質(zhì)調(diào)控分析文本信息挖掘分析引物或者探針設(shè)計(jì)分析文獻(xiàn)管理分析……一、核酸序列分析核酸序列分析序列同源性比較:同源序列是指從某一共同祖先經(jīng)過趨異進(jìn)化而形成的不同序列。相似性是指序列比對(duì)過程中檢測(cè)序列和目標(biāo)序列之間相同堿基或氨基酸殘基序列所占比例的大小。核酸序列分析核苷酸含量及密碼子的運(yùn)算密碼子是指三聯(lián)體核苷酸，代表一個(gè)氨基酸或者翻譯終止信號(hào)。MEGA對(duì)DNA序列4種核苷酸及密碼子統(tǒng)計(jì)結(jié)果核酸結(jié)構(gòu)信息分析啟動(dòng)子查詢：?jiǎn)?dòng)子是位于結(jié)構(gòu)基因5’端上游的一段DNA序列，能夠指導(dǎo)全酶(holoenzyme)同模板正確結(jié)合，活化RNA聚合酶，啟動(dòng)基因轉(zhuǎn)錄。OMIGA線性查看功能區(qū)域核酸結(jié)構(gòu)信息分析結(jié)構(gòu)信息分析開放閱讀框（ORF）：開放讀碼框是從一個(gè)起始密碼子開始到一個(gè)終止密碼子結(jié)束的一段序列。CDS：外顯子：OMIGA環(huán)行查看ORFOMIGA線形查看ORF核酸結(jié)構(gòu)信息分析酶切點(diǎn)：DNA上一段堿基的特定序列，限制性內(nèi)切酶能夠識(shí)別出這個(gè)序列并在此將DNA酶切成兩段。OMIGA線形查看酶切位點(diǎn)核酸結(jié)構(gòu)信息分析熱力學(xué)曲線RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)是指RNA分子中有以氫鍵聯(lián)接堿基（A對(duì)U；G對(duì)C）形成的二級(jí)結(jié)構(gòu)。二級(jí)結(jié)構(gòu)圖RNAdraw進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)二、蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析序列同源性比較CLUSTALX進(jìn)行蛋白質(zhì)同源性比對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)ANTHEPROT進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)H代表螺旋，圖中表示為藍(lán)色；E代表折疊，圖中表示為橙色；T代表轉(zhuǎn)角，圖中表示為綠色；C代表其它松散結(jié)構(gòu)，圖中表示為黑色。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析氨基酸殘基組成ANTHEPROT進(jìn)行氨基酸殘基計(jì)算蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析，計(jì)算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn)滴定曲線：表示滴定過程中溶液PH溶液隨標(biāo)準(zhǔn)溶液用量變化而變化的曲線。等電點(diǎn)：在某一pH的溶液中氨基酸解離成陽(yáng)離子和陰離子的趨勢(shì)及程度相等，所帶凈電荷為零，呈電中性，此時(shí)溶液的pH稱為該氨基酸的等電點(diǎn)。ANTHEPROT進(jìn)行滴定曲線與等電點(diǎn)殘基計(jì)算蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息分析進(jìn)行潛在的信號(hào)肽與斷裂位點(diǎn)預(yù)測(cè)三、基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析基因或蛋白質(zhì)芯片信息分析芯片探針設(shè)計(jì)（

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Designer）芯片閱讀圖像分析軟件（ScanAlyze）基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件（基于R語(yǔ)言的Bioconductor)表達(dá)芯片數(shù)據(jù)分析軟件包

BIOCONDUCTOR聚類分析四、分子進(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育分析分子進(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育分析CLUSTALX

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PAUP

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view+選擇類型分析（PAML）CLUSTALX

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viewModeltest：模型檢驗(yàn)五、基因組多態(tài)性分析基因組多態(tài)性內(nèi)容基因組多態(tài)性：基因組多態(tài)性分析haploview

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PHASE連鎖分析關(guān)聯(lián)分析單體型推斷基因組多態(tài)性分析基因組多態(tài)性分析PLINK

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HAPLOVIEW六、基因表達(dá)及蛋白質(zhì)調(diào)控分析基因表達(dá)及蛋白質(zhì)調(diào)控分析DAVID網(wǎng)站中的KEGG庫(kù)果糖和甘露糖代謝通路基因表達(dá)及蛋白質(zhì)調(diào)控分析CYTOSCAPE：具有收集已經(jīng)確認(rèn)的蛋白質(zhì)或者基因間的互作信息，可以構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖。七、文本信息挖掘分析文本信息挖掘分析生物信息學(xué)軟件主要功能分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間核酸和蛋白質(zhì)序列分析、基因組多態(tài)分析、芯片數(shù)據(jù)分析等。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的自動(dòng)化管理⑴實(shí)驗(yàn)室結(jié)果的儲(chǔ)存、管理和申報(bào)工作；⑵從網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)獲得的序列文件生物信息學(xué)軟件主要功能3.提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn)⑴用軟件設(shè)計(jì)PCR引物，測(cè)序引物或雜交探針；⑵設(shè)計(jì)克隆策略，構(gòu)建載體；⑶做模擬電泳實(shí)驗(yàn)，即模擬核酸內(nèi)切酶或內(nèi)肽酶對(duì)相應(yīng)的底物分子切割后的電泳行為；⑷蛋白跨膜區(qū)域分析，信號(hào)肽潛在斷裂點(diǎn)預(yù)測(cè)。尋找、預(yù)測(cè)新基因及其結(jié)構(gòu)、