Blast結(jié)果的詳細(xì)解析Postedon2009年7月9日byboyun要使用程序?qū)last結(jié)果進(jìn)行解析、分析，就必須對(duì)BLAST勺結(jié)果形式有深入的了解，本篇文章將向你詳細(xì)說(shuō)明Blast結(jié)果的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，供參考。這里的指的是blast默認(rèn)的結(jié)果，也是我們應(yīng)用最多的結(jié)果。結(jié)果文件的結(jié)構(gòu)一個(gè)BLAST的結(jié)果文件，大致結(jié)構(gòu)如下：每個(gè)blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAS礎(chǔ)序名稱，版本與Reference信息。接下來(lái)包含一個(gè)或多個(gè)Query,每個(gè)query包含以下內(nèi)容：QueryinformationSequencesproducingsignificantalignmentsSubjectsQueryinformation是對(duì)——個(gè)query序歹U的基本信息描述，Sequencesproducingsignificantalignments是對(duì)所有subjects的簡(jiǎn)要list。每個(gè)subjects是query序列在數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)上的一條序列。HEADER每個(gè)blast結(jié)果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAS礎(chǔ)序名稱，版本與Reference信息。DU5TN2.2.10[Ma^25-2Q07]Refeience：Altschul,StephenF.ThomasLMadderiaALejandro丸Schaffer,JinghuiZhang,ZhengZhang,WebbHillsr,andDavid工Lipman(1337)j^GappedBLASTand.PSI-BLAST1：anewgeneiationofprottmdatabasesearchproglams,NucleicAcidsRes.25：3339_3402.blast結(jié)果解讀-headerQUERY每個(gè)blast結(jié)果文件包含一個(gè)或多個(gè)Query,每個(gè)query包含以下內(nèi)容：QueryinformationSequencesproducingsignificantalignmentsSubjectsQu申O=gi|S011743i|gb|AAT70102lS13S.11限E營(yíng)審口口mesequence序列名稱A.G2019000,1工vh&legenonie三hfttgunseqtiaMe(162letters)長(zhǎng)度Database:/espoxf2/srs_xo□t/blastdb/nebi/blast/db/FASTA/env_nt6,OSlj415sequences;OOB,22S,876totalletters數(shù)據(jù)庫(kù)SqSQTchuiw*****1i■.■■■■?*?*■*?*i*i**?*■*■k??■■*■^1*??，*a*i**?己qno固定的信息blast結(jié)果解讀-QueryQUERYINFORMATIONQueryinformation是對(duì)一個(gè)query序列的基本信息描述。該部分包括Name：Fasta序列對(duì)于序列描述的部分(見本文檔部分說(shuō)明)Accession:接收號(hào)，或者locationDescription:序列描述Length:序列的長(zhǎng)度Database:用戶使用的數(shù)據(jù)庫(kù)信息SEQUENCESPRODUCINGSIGNIFICANTALIGNMENTS該處的信息是所有subjects的簡(jiǎn)要list。TOC\o"1-5"\h\zSgqr號(hào)ESequenessprodvieingEignifieaatalignjri&ntsi(bits)Valuegb|AAF^a1028135.11MetagenoniesequenceAGZ01M00.g2j心口genont...321le-S5gb|AAG啦100225011sequence3G34300_fasta.screeu.Cont.,.2S04e_73gb|aAF7D1O20S0O.11MetagenomesequenceAGZO19600.^halegencm...1964e-48gb|AAF201001560.11^etagenonesequoace3G34299_fasta.acrean.Contt.11842e一44gb|AACYD20294239.1|Mai-ineme-tagenojniieWy6626925014.Mi口1egenoiil-.400.58blast結(jié)果解讀-subjectslistSUBJECTS每個(gè)subjects是query序列在數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)上的一條序列。每個(gè)subject部分包括一個(gè)或多個(gè)alignmentSUBJECT序歹U信息Subject序列信息包括該序列的：Name：Fasta序列對(duì)于序列描述的部分Accession:接收號(hào)，或者locationDescription:序列描述Length:序列的長(zhǎng)度1028153.11Met^enoniBsequence解20L兆00?vholegennmc序列名稱Accession描注信息Length-162長(zhǎng)度BLAST-subjectsALIGNMENT一個(gè)query序列和一個(gè)subject序列的比對(duì)結(jié)果，可能是一個(gè)或多個(gè)alignment,每個(gè)alignment包括如下信息，其中strand,frame和positives三項(xiàng)，隨著所用blast程序的不同而有變動(dòng)：Score:281Expect:2e-54Percent_identityIdentitiesbits:110LengthMismatches=Length—IdentitiesGaps：為空時(shí)，Gaps=0Strand(blastn)Frame(blastx,tblastn,tblastx)Positives(blastp,blastx,tblastn,tblastx)Query_startQuery_endSubject_startSubject_endScoxe-1SS9bi七m(9E9);Expect=0-0score?bits?EspectIdenlitiss=1005/1031(97%)Gaps=6/1031(IX).t「.identity(1005^Length(1031),PeTcent_Ld.entity(97),Gaps(6)Stiand=Plus/Pl-usstrandOuexystartQueiy：1153caagatgttatcgactattleaclgtcgattgcacttataattgaggtaacatctgtcat1212ii[niiiiiiiniiiiiiiiiiiiNiiiiiiiiiiiiiiiiiiiimniiiHHSbjci；1573caagat^'t+atcgactattgc3.c-tg-tcgattgcacttataattiTaggtaacratctg-tcat1632Subjectstart虱氏ryeniiQueiy二2175gaattcjatet2IS3IIIIHIllllShjc-t:2593gaattegitet2603Subject片ndScoxs-1S￡bits(Sl(3),Aspect-0.0~F—alignmentIdentitiesn830/346?%)Strand-Pitts/PlusQueiy：210gcatagcaltaattftctttcnTLniinrinnrina'tlgct269iiNiiiiiiiiiiiiiiniiiiiiiiiniiiiiiiiiiiiiminSbjet:630gcata.gGaltaatttgcatta.t-t^ccgatggta-tgg：tgtctttctttttlttltattgct5SSBLAST-subjects數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)總結(jié)比對(duì)結(jié)果分三個(gè)層次Query下面有一個(gè)或