1、SNP分子標(biāo)記簡介,目錄,1.SNP的定義 2.SNP的研究意義 3.SNP的分類和特點(diǎn) 4.SNP的不足 5.SNP的篩選及常用分型方法 6.SNP在水產(chǎn)動(dòng)物中的應(yīng)用,1.SNP的定義,單 核 苷 酸 多 態(tài) 性（single nucleotide polymorphisms，SNP） 主要是指由于單個(gè)核苷酸的變異而引起基因組水平上DNA序列多態(tài)性，形式包括單堿基的缺失、插入、轉(zhuǎn)換及顛換等。 原理上分析，突變處的堿基可以是C、G、A、T，而實(shí)際上SNP多發(fā)生在T和C之間。,2.研究意義,1.作為第三代分子標(biāo)記，用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。 2.基因多態(tài)性研究：研究SNPS本身對(duì)機(jī)體的影響

2、（生理特征、病理?xiàng)l件下的差異）,3.SNP的分類,1.根據(jù)基因組分布位置： 基 因 編 碼 區(qū) SNPs（cSNPs） 基 因 間 SNPs (iSNPs) 基 因 周 邊 SNPs(pSNPs) 2.根據(jù)對(duì)生物遺傳性狀的影響： 蛋白編碼SNP 非蛋白編碼SNP,3.SNP的特點(diǎn),1.遺傳穩(wěn)定性高 相比串聯(lián)重復(fù)微衛(wèi)星等多態(tài)性標(biāo)記，SNP是基于單核苷酸的突變，突變頻率較低，遺傳穩(wěn)定性相對(duì)較高。 2.位點(diǎn)豐富且分布廣泛 一般認(rèn)為，在含30億個(gè)堿基的人類基因組中，估計(jì)每1000個(gè)堿基可出現(xiàn)1個(gè),那么整個(gè)基因組中有超過300萬個(gè)核苷酸多態(tài)位點(diǎn)?？梢栽谌魏我阎蛭粗幕騼?nèi)及其附近找到SNP位點(diǎn)。 3.

3、多態(tài)性高 同微衛(wèi)星標(biāo)記相比較而言，雖然單個(gè)SNP位點(diǎn)只有兩種多態(tài)性，但其在整個(gè) 人類基因組中卻占據(jù)多態(tài)性位點(diǎn)的90%以上。 4.二態(tài)性和等位基因性 SNP標(biāo)記一般只有2種等位型的堿基組成，具有二態(tài)性；由于具有等位基因性，因而在 任何種群中其等位基因頻率都可估計(jì)出來 5.檢測(cè)快速，易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化分析 無需測(cè)量片段長度，可以擺脫電泳分型的瓶頸。,4.SNP的不足,開發(fā)成本較高，標(biāo)記量少。在海洋水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物中，SNP標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用處于初級(jí)階段，目前還未廣泛應(yīng)用于遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建。,5.SNP的篩選,1.大規(guī)?；蚪M測(cè)序 2. EST、GSS等公共數(shù)據(jù)庫中發(fā)掘,5.SNP的常用分型鑒定方法,1.基于

4、酶切的 SNP 分型方法 2.基于雜交的 SNP 分型方法 3. 基于測(cè)序技術(shù)的 SNP 分型方法 4. 基于等位基因特異性擴(kuò)增的 SNP 分型方法,5.1 SNP的常用分型鑒定方法,1.基于酶切的 SNP 分型方法 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP) 一種或一種以上的限制性內(nèi)切酶 DNA片段 存在SNP位點(diǎn) 酶切片段大小和數(shù)目出現(xiàn)差異,5.2 SNP的常用分型鑒定方法,2.基于雜交的分型方法 TaqMan 技術(shù),5.3 SNP的常用分型鑒定方法,3. 基于測(cè)序技術(shù)的 SNP 分型方法 PCR 擴(kuò)增目的片段 純化并回收目的片段 測(cè)序分析,5.4 SNP的常用分型鑒定方法,4. 基于等位基因特異性擴(kuò)增的 SNP 分型方法 引物 3端核苷酸與 SNP 等位基因序列錯(cuò)配時(shí)，模板不會(huì)被擴(kuò)增或擴(kuò)增效率急劇降低。PCR 產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳及染色以后，根據(jù) DNA 條帶的有無或者大小即可確定 SNP 基因型,6. SNP在水產(chǎn)動(dòng)物中的應(yīng)用,1.群體