1、Resting-state fMRI:Data Processing,嚴(yán)超贛 Ph. D. Candidate ycg. 2008 SKLCNL,1,學(xué)習(xí)交流PPT,Outline,預(yù)處理 ALFF, ReHo, FC 計(jì)算 統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理,2,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,3,學(xué)習(xí)交流PPT,數(shù)據(jù)整理,被試信息整理,4,學(xué)習(xí)交流PPT,數(shù)據(jù)整理,被試信息整理,5,學(xué)習(xí)交流PPT,數(shù)據(jù)整理,被試信息整理 原始數(shù)據(jù)

2、整理,靜息功能數(shù)據(jù) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù) DTI數(shù)據(jù),6,學(xué)習(xí)交流PPT,數(shù)據(jù)整理,被試信息整理 原始數(shù)據(jù)整理,靜息功能數(shù)據(jù) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù) DTI數(shù)據(jù),7,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,8,學(xué)習(xí)交流PPT,DICOM-NIFTI,MRIcroNs dcm2niigui SPM5s DICOM Import,9,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Norm

3、alize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,10,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,11,學(xué)習(xí)交流PPT,Slice Timing,Why?,12,學(xué)習(xí)交流PPT,Slice Timing,Why?,Huettel et al., 2004,13,學(xué)習(xí)交流PPT,Slice Timing,1:2:33,2:2:32,33,2,2-(2/33),33,14,學(xué)習(xí)交流PPT,Slice Timing,

4、15,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,16,學(xué)習(xí)交流PPT,Realign,Why?,17,學(xué)習(xí)交流PPT,Realign,18,學(xué)習(xí)交流PPT,Realign,檢查頭動?,b=load(rp_name.txt); c=max(abs(b); c(4:6)=c(4:6)*180/pi;,19,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normal

5、ize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,20,學(xué)習(xí)交流PPT,Normalize,Why?,Huettel et al., 2004,21,學(xué)習(xí)交流PPT,mean_name.img,r*.img,EPI.nii,-90 -126 -72; 90 90 108,3 3 3,22,學(xué)習(xí)交流PPT,Normalize,23,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,24,學(xué)習(xí)交流PPT,Smooth,Why?

6、,減少被試間的空間結(jié)構(gòu)差異； 有利統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的有效性;,25,學(xué)習(xí)交流PPT,w*.img,平滑核,Smooth,26,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,27,學(xué)習(xí)交流PPT,去線性漂移,28,學(xué)習(xí)交流PPT,預(yù)處理,數(shù)據(jù)整理 DICOM - NIFTI 去前10個時間點(diǎn) Slice Timing Realign,Normalize Smooth 去線性漂移 Filter: 0.01-0.08,29,學(xué)習(xí)交流PPT,濾波,Why

7、?,關(guān)心低頻的活動,30,學(xué)習(xí)交流PPT,濾波,31,學(xué)習(xí)交流PPT,Outline,預(yù)處理 ALFF, ReHo, FC 計(jì)算 統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理,32,學(xué)習(xí)交流PPT,ALFF,Zang et al., 2007,33,學(xué)習(xí)交流PPT,ALFF,34,學(xué)習(xí)交流PPT,ReHo,注意：預(yù)處理時不做平滑，計(jì)算完ReHo后再進(jìn)行平滑。,Zang et al., 2004,35,學(xué)習(xí)交流PPT,ReHo,36,學(xué)習(xí)交流PPT,功能連接,提取協(xié)變量 頭動參數(shù): rp_name.txt 全腦信號、腦脊液、白質(zhì)信號,37,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,38,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,39,學(xué)習(xí)交流

8、PPT,提取協(xié)變量,40,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,41,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,42,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,43,學(xué)習(xí)交流PPT,提取協(xié)變量,44,學(xué)習(xí)交流PPT,功能連接,提取協(xié)變量 頭動參數(shù): rp_name.txt 全腦信號、腦脊液、白質(zhì)信號 協(xié)變量組合：,RPCov=load(rp_name.txt); BCWCov=load(ROI_FCMap_name.txt); Cov=RPCov,BCWCov; save(Cov.txt, Cov, -ASCII, -DOUBLE,-TABS);,45,學(xué)習(xí)交流PPT,功能連接,Voxel-wise ROI-wise,r=0.36

9、,46,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,47,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,48,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,49,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,50,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,51,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,52,學(xué)習(xí)交流PPT,Voxel-wise,1 by 1,Cov.txt,53,學(xué)習(xí)交流PPT,ROI-wise,54,學(xué)習(xí)交流PPT,ROI-wise,55,學(xué)習(xí)交流PPT,ROI-wise,1 by 1,Cov.txt,56,學(xué)習(xí)交流PPT,Outline,預(yù)處理 ALFF, ReHo, FC 計(jì)算 統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理,5

10、7,學(xué)習(xí)交流PPT,統(tǒng)計(jì),單樣本T檢驗(yàn) 雙樣本T檢驗(yàn),58,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),統(tǒng)計(jì)準(zhǔn)備 ALFF: mALFF ReHo: smReHo FC: zFC,59,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),mALFF-1, smReHo-1,m圖像 1by 1,i1-1,60,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),m*-1圖像; zFC圖像,存放SPM.mat的目錄,61,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),上一步生成的 spm.mat,62,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),上一步生成的 spm.mat,1,63,學(xué)習(xí)交流PPT,單樣本T檢驗(yàn),HeightthresholdT = 2.687659 p0.05(F

11、DR) Extentthresholdk = 10 voxels,spmT_0001.img,PD_1T.img 準(zhǔn)備制作雙樣本T檢驗(yàn)的MASK,64,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn),統(tǒng)計(jì)準(zhǔn)備 ALFF：mALFF ReHo: smReHo FC: zFC Mask,65,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn),Mask Mask=PD_1T.img + CON_1T.img0,PD_1T.img CON_1T.img,Mask_2T.img,i1+i20,66,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn),兩組的m*圖像; zFC圖像,存放SPM.mat的目錄,Mask_2T.img,67,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn)

12、,上一步生成的 spm.mat,68,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn),上一步生成的 spm.mat,1 -1,69,學(xué)習(xí)交流PPT,雙樣本T檢驗(yàn),HeightthresholdT = Inf p0.05(FDR) Extentthresholdk = 0 voxels,spmT_0001.img,70,學(xué)習(xí)交流PPT,Outline,預(yù)處理 ALFF, ReHo, FC 計(jì)算 統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理,71,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn),SPM5 xjview rest_sliceviewer MRIcroN,72,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)SPM5,73,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)SPM5,74,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)xjview,75,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)xjview,76,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)rest_sliceviewer,77,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)MRIcroN,78,學(xué)習(xí)交流PPT,結(jié)果呈現(xiàn)MRIcroN,79,學(xué)習(xí)交流PPT,Outline,預(yù)處理 ALFF, ReHo, FC 計(jì)算 統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理,80,學(xué)習(xí)交流PPT,文獻(xiàn)管理,81,學(xué)習(xí)交流PPT,文獻(xiàn)管理,82,學(xué)習(xí)交流PPT,文獻(xiàn)管理