1、 HYPERLINK /KNavi/JournalDetail?pcode=CJFD&pykm=ZYZG t _blank 中醫(yī)正骨 2017,10(29),20-24 計(jì)算機(jī)模擬研究榮筋拈痛方治療骨關(guān)節(jié)炎的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)、作用靶點(diǎn)及作用特點(diǎn) HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E9%83%91%E6%98%A5%E6%9D%BE&code=24322515&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_

2、YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 鄭春松 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E8%8C%83%E5%B1%95%E5%BD%AA&code=38129226&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank

3、 范展彪 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E5%8F%B6%E8%95%BB%E8%8A%9D&code=24322517&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 葉蕻芝 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sf

4、ield=au&skey=%E4%BB%98%E9%95%BF%E9%BE%99&code=36389090&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 付長(zhǎng)龍 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E5%8F%B6%E9%94%A6%E9%9C%9E&code=30043012&uid

5、=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 葉錦霞 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E5%90%B4%E5%B9%BF%E6%96%87&code=23745473&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozW

6、T0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 吳廣文 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=%E5%88%98%E7%8C%AE%E7%A5%A5&code=24322516&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw

7、! t _blank 劉獻(xiàn)祥 HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=in&skey=%E7%A6%8F%E5%BB%BA%E4%B8%AD%E5%8C%BB%E8%8D%AF%E5%A4%A7%E5%AD%A6&code=0907134&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 福建中醫(yī)藥大學(xué) HYPE

8、RLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=in&skey=%E7%A6%8F%E5%BB%BA%E7%9C%81%E4%B8%AD%E8%A5%BF%E5%8C%BB%E7%BB%93%E5%90%88%E8%80%81%E5%B9%B4%E6%80%A7%E7%96%BE%E7%97%85%E9%87%8D%E7%82%B9%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E5%AE%A4&code=0873054&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT

9、0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 福建省中西醫(yī)結(jié)合老年性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 HYPERLINK javascript:void(0); 導(dǎo)出/參考文獻(xiàn) HYPERLINK o 可以去 我的關(guān)注 查看更新 t mycnkitarget 已關(guān)注 HYPERLINK javascript:void(0); o 關(guān)注文獻(xiàn) 關(guān)注 HYPERLINK javascript:void(0); X關(guān)注成功！加關(guān)注后您將方便地在 HYPERLINK t _mycnki 我的關(guān)注中得到本文獻(xiàn)的被引頻次變化的通知！ H

10、YPERLINK /KXReader/Detail?dbcode=CJFD&filename=ZYZG201710003&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! l # 分享 HYPERLINK javascript:common.ShareAction(xl); o 分享到新浪微博 新浪微博 HYPERLINK javascript:common.ShareAction(tx); o 分享到騰

11、訊微博 騰訊微博 HYPERLINK javascript:common.ShareAction(rr); o 分享到人人網(wǎng) 人人網(wǎng) HYPERLINK javascript:common.ShareAction(kx); o 分享到開心網(wǎng) 開心網(wǎng) HYPERLINK javascript:common.ShareAction(db); o 分享到豆瓣網(wǎng) 豆瓣網(wǎng) HYPERLINK javascript:common.ShareAction(wy); o 分享到網(wǎng)易微博 網(wǎng)易微博 HYPERLINK javascript:void(0); o 收藏 收藏 HYPERLINK javascrip

12、t:void(0); 打印 摘要： 目的:從分子水平探討榮筋拈痛方治療骨關(guān)節(jié)炎 (osteoarthritis, OA) 的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)、作用靶點(diǎn)及作用特點(diǎn)。方法:通過(guò)檢索北京大學(xué)中草藥有效成分三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、中藥原植物化學(xué)成分手冊(cè)和相關(guān)文獻(xiàn), 共檢索出榮筋拈痛方中有效化合物411個(gè), 在Discovery studio模擬平臺(tái)上建立榮筋拈痛方化合物分子數(shù)據(jù)集。通過(guò)檢索TTD數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)文獻(xiàn), 確定基質(zhì)金屬蛋白酶 (matrix metalloproteinase, MMP) -1、MMP-3、誘導(dǎo)型一氧化氮合酶 (inducible nitric oxide synthase, i NOS)

13、 、5脂加氧酶 (5 lipoxygenase, 5-LOX) 、轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子1 (transforming growth factor-1, TGF-1) 、白細(xì)胞介素1 (interleukin 1, IL-1) 和腫瘤壞死因子 (tumor necrosis factor-, TNF-) 為榮筋拈痛方治療OA的靶點(diǎn), 從RCSB蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)下載其蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu), 在Discovery studio模擬平臺(tái)上建立其蛋白分子數(shù)據(jù)集。通過(guò)分子對(duì)接和生物網(wǎng)絡(luò)技術(shù), 構(gòu)建榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò), 研究榮筋拈痛方治療OA的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)、作用靶點(diǎn)及作用特點(diǎn)。結(jié)果:建立的榮筋拈痛方化合物-OA

14、靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)中共有159個(gè)節(jié)點(diǎn), 包括7個(gè)OA靶蛋白節(jié)點(diǎn)和152個(gè)榮筋拈痛方化合物節(jié)點(diǎn);7個(gè)OA靶蛋白節(jié)點(diǎn)中, MMP-1節(jié)點(diǎn)可以與90個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、MMP-3節(jié)點(diǎn)可以與18個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、i NOS節(jié)點(diǎn)可以與43個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、5-LOX節(jié)點(diǎn)可以與16個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、TGF-1節(jié)點(diǎn)可以與40個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、IL-1節(jié)點(diǎn)可以與109個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、TNF-節(jié)點(diǎn)可以與53個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接;152個(gè)榮筋拈痛方化合物節(jié)點(diǎn)中, 約76.16%的化合物的作用靶點(diǎn)數(shù)量3個(gè)、11.26%的化合物的作用靶點(diǎn)數(shù)量5個(gè)。榮筋拈痛方的活性成分主要為苷類和黃酮類。榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)的作用關(guān)系曲線

15、遵循冪函數(shù)p (k) =k-1.79411規(guī)律。結(jié)論:榮筋拈痛方治療OA的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)為苷類和黃酮類, 主要作用靶點(diǎn)為IL-1、TNF-和MMP-1, 在緩解疼痛及延緩軟骨退變方面具有廣譜的作用特點(diǎn)。關(guān)鍵詞： HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&skey=%E9%AA%A8%E5%85%B3%E8%8A%82%E7%82%8E&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKP

16、CYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 骨關(guān)節(jié)炎; HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&skey=%E8%8D%A3%E7%AD%8B%E6%8B%88%E7%97%9B%E6%96%B9&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 榮筋

17、拈痛方; HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&skey=%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E6%A8%A1%E6%8B%9F&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank 計(jì)算機(jī)模擬; 作者簡(jiǎn)介：劉獻(xiàn)祥 E-mail:收稿日期：2017-09-11基金：福建省高等學(xué)

18、校新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃資助項(xiàng)目 (閩教科201752號(hào)) A computer simulation study on pharmacodynamic material basis, action targets and characteristics of Rongjin Niantong Fang ( 榮筋拈痛方) in treatment of osteoarthritis HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=ZHENG%20Chunsong&code=&uid=WEEvREcwSlJHSl

19、dRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank ZHENG Chunsong HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=FAN%20Zhanbiao&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKP

20、CYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank FAN Zhanbiao HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=YE%20Hongzhi&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank YE Hongzhi HYPERLINK /kcms/d

21、etail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=FU%20Changlong&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank FU Changlong HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=YE%20Jinxia&code=&uid

22、=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank YE Jinxia HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=WU%20Guangwen&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5

23、obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank WU Guangwen HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=au&skey=LIU%20Xianxiang&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank LIU Xianxiang HYP

24、ERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=in&skey=Fujian%20University%20of%20Traditional%20Chinese%20Medicine&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank Fujian University of Traditional Chinese

25、Medicine; HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=in&skey=Fujian%20Key%20Laboratory%20of%20Integrated%20Medicine%20on%20Geriatrics&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank Fujian Key Labo

26、ratory of Integrated Medicine on Geriatrics; Abstract： Objective: To explore the pharmacodynamic material basis, action targets and characteristics of Rongjin Niantong Fang ( 榮筋拈痛方, RJNTF) in the treatment of osteoarthritis ( OA) at molecular level. Methods: Four hundred and eleven effective chemica

27、l compounds were searched out from RJNTF by searching Peking University database of three-dimensional structure of Chinese herbal effective components, Encyclopedia of Traditional Chinese medicines: Molecular Structures, Pharmacological Activities, Natural Sources and Applications and related litera

28、tures to build the RJNTF chemical compound molecular dataset on the Discovery studio simulation platform. Matrix metalloproteinase ( MMP) -1, MMP-3, inducible nitric oxide synthase ( i NOS) , 5 lipoxygenase ( 5-LOX) , transforming growth factor-1 ( TGF-1) , interleukin 1 ( IL-1) and tumor necrosis f

29、actor- ( TNF-) were identified as the targets of RJNTF for treatment of OA through retrieving TTD database and related literatures, and their protein crystal structures were downloaded from RCSB protein database and the molecular dataset of protein were built on the Discovery studio simulation platf

30、orm. The network of interaction between chemical compounds of RJNTF and targets of OA was built by using molecular docking and bio-network technology, and the pharmacodynamic material basis, action targets and characteristics of RJNTF for treatment of OA were studied. Results: The network of interac

31、tion between chemical compounds of RJNTF and targets of OA consisted of 159 nodes in total, included 7 OA target protein nodes and 152 RJNTF chemical compound nodes. Seven OA target protein nodes consisted of MMP-1, MMP-3, i NOS, 5-LOX, TGF-1, IL-1 and TNF- nods, which could be connected to 90, 18,

32、43, 16, 40, 109 and 53 chemical compound nodes respectively. The number of action targets of about 76. 16% and 11. 26%of the 152 chemical compound nodes of RJNTF were 3 and 5 respectively. The main active ingredients of RJNTF were glycosides and flavonoids. The curve of interaction between RJNTF che

33、mical compounds and OA targets followed the power function p ( k) = k-1. 79411.Conclusion: The pharmacodynamic material basis of RJNTF were glycosides and flavonoids in the treatment of OA, and its main action targets were IL-1, TNF- and MMP-1, and it is characterized with broad effect in alleviatin

34、g pain and delaying cartilage degeneration.Keyword： HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&skey=osteoarthritis&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank osteoarthritis; HYPERLINK /kcms

35、/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&skey=Rongjin%20Niantong%20Fang&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank Rongjin Niantong Fang; HYPERLINK /kcms/detail/knetsearch.aspx?dbcode=CJFD&sfield=kw&ske

36、y=computer%20simulation&code=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1FhdXNXYXFuU2lIUGRrWkMyYmE4ekdzNC91alozWT0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw! t _blank computer simulation; Received： 2017-09-11榮筋拈痛方由牛膝、當(dāng)歸、獨(dú)活、羌活、防風(fēng)和甘草組成, 具有補(bǔ)肝腎、壯筋骨、祛風(fēng)濕和止痹痛的功效?，F(xiàn)代藥理研究顯示, 榮筋拈痛方的組成藥物均對(duì)骨關(guān)節(jié)炎 (osteoarthritis, OA) 有很好

37、的治療作用 HYPERLINK javascript:void(0); 1-6, 這些藥物的作用主要體現(xiàn)在修復(fù)軟骨損傷、緩解軟骨細(xì)胞破壞及減輕滑膜炎癥等方面。但對(duì)于榮筋拈痛方治療OA的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制, 目前尚不清楚。為此, 本研究基于計(jì)算機(jī)模擬 HYPERLINK javascript:void(0); 7-8的方法研究了榮筋拈痛方化學(xué)成分與OA重要靶點(diǎn)的相互作用, 現(xiàn)總結(jié)報(bào)告如下。1 材料與儀器1.1 實(shí)驗(yàn)材料榮筋拈痛方所含化合物數(shù)據(jù)來(lái)源于北京大學(xué)中草藥有效成分三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) HYPERLINK javascript:void(0); 9、中藥原植物化學(xué)成分手冊(cè) HYPERLINK

38、javascript:void(0); 10和文獻(xiàn) HYPERLINK javascript:void(0); 11;靶點(diǎn)信息來(lái)源于TTD數(shù)據(jù)庫(kù) HYPERLINK javascript:void(0); 12和文獻(xiàn) HYPERLINK javascript:void(0); 13, 榮筋拈痛方治療OA的靶點(diǎn)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)來(lái)源于RCSB蛋白數(shù)據(jù)庫(kù) HYPERLINK javascript:void(0); 14。1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)備Discovery studio分子模擬軟件;Cytoscape生物信息網(wǎng)絡(luò)關(guān)系軟件 HYPERLINK javascript:void(0); 15。本實(shí)驗(yàn)所有計(jì)算工作皆

39、在北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院計(jì)算機(jī)模擬實(shí)驗(yàn)室完成, 計(jì)算過(guò)程中除非特別指明, 所選用的參數(shù)均為缺省值。2 方法2.1 榮筋拈痛方化合物分子數(shù)據(jù)集和主要靶點(diǎn)蛋白分子數(shù)據(jù)集的建立通過(guò)檢索北京大學(xué)中草藥有效成分三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、中藥原植物化學(xué)成分手冊(cè)和相關(guān)文獻(xiàn), 共檢索出榮筋拈痛方中有效化合物411個(gè), 在Discovery studio模擬平臺(tái)上建立榮筋拈痛方化合物分子數(shù)據(jù)集。通過(guò)檢索TTD數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)文獻(xiàn), 確定基質(zhì)金屬蛋白酶 (matrix metalloproteinase, MMP) -1、MMP-3、誘導(dǎo)型一氧化氮合酶 (inducible nitric oxide synthase, i

40、 NOS) 、5脂加氧酶 (5 lipoxygenase, 5-LOX) 、轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子1 (transforming growth factor-1, TGF-1) 、白細(xì)胞介素1 (interleukin 1, IL-1) 和腫瘤壞死因子 (tumor necrosis factor-, TNF-) 為榮筋拈痛方治療OA的靶點(diǎn), 從RCSB蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)下載其蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu) (表1) , 在Discovery studio模擬平臺(tái)上建立其蛋白分子數(shù)據(jù)集。表1 榮筋拈痛方治療骨關(guān)節(jié)炎的主要作用靶點(diǎn)信息 下載原表 2.2 榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建在Discovery s

41、tudio模擬平臺(tái), 將榮筋拈痛方化合物分子數(shù)據(jù)集配體與榮筋拈痛方治療OA的重要靶點(diǎn)在Ligand Fit模塊中進(jìn)行分子對(duì)接 HYPERLINK javascript:void(0); 16。具體操作如下:蛋白結(jié)構(gòu)去溶劑、去配體、加氫處理后, 以其所含的活性原配體來(lái)確定活性位點(diǎn);在Input Ligands模塊中輸入榮筋拈痛方分子數(shù)據(jù)集的sd文件, 使用蒙特卡羅方法對(duì)配體進(jìn)行構(gòu)象采樣、Dreiding力場(chǎng)下進(jìn)行打分, 保留得分最高的構(gòu)象, 對(duì)對(duì)接成功的配體DOCK-SCORE進(jìn)行排序, 大于原配體DOCK-SCORE的配體, 視為榮筋拈痛方治療OA的活性成分 HYPERLINK javascr

42、ipt:void(0); 17。將上述化合物與靶點(diǎn)當(dāng)做節(jié)點(diǎn), 兩者相互作用用邊表示, 采用Cytoscape軟件構(gòu)建榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò), 并通過(guò)該軟件Plugins面板下Network Analysis模塊分析榮筋拈痛方化合物與OA靶點(diǎn)的作用情況。同時(shí)定義度分布p (k) 為網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)度值為k的概率 HYPERLINK javascript:void(0); 18, 由此得到網(wǎng)絡(luò)度的分布情況, 以揭示榮筋拈痛方治療OA的作用特點(diǎn)。3 結(jié)果建立的榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò) (圖1) 中共有159個(gè)節(jié)點(diǎn), 包括7個(gè)OA靶蛋白節(jié)點(diǎn)和152個(gè)榮筋拈痛方化合物節(jié)點(diǎn);7個(gè)OA靶蛋白

43、節(jié)點(diǎn)中, MMP-1節(jié)點(diǎn)可以與90個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、MMP-3節(jié)點(diǎn)可以與18個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、i NOS節(jié)點(diǎn)可以與43個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、5-LOX節(jié)點(diǎn)可以與16個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、TGF-1節(jié)點(diǎn)可以與40個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、IL-1節(jié)點(diǎn)可以與109個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接、TNF-節(jié)點(diǎn)可以與53個(gè)化合物節(jié)點(diǎn)連接;152個(gè)榮筋拈痛方化合物節(jié)點(diǎn)中, 約76.16%的化合物的作用靶點(diǎn)數(shù)量3個(gè)、11.26%的化合物的作用靶點(diǎn)數(shù)量5個(gè)。以Network Analysis模塊分析了榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)中重要節(jié)點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)特征, 結(jié)果顯示榮筋拈痛方的活性成分主要為苷類和黃酮類 (表2) 。榮筋拈痛方化合物-O

44、A靶點(diǎn)的作用關(guān)系曲線遵循冪函數(shù)p (k) =k規(guī)律 (圖2) 。圖1 榮筋拈痛方化合物-骨關(guān)節(jié)炎靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò) 下載原圖表2 榮筋拈痛方化合物-骨關(guān)節(jié)炎靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)的重要化合物節(jié)點(diǎn)信息 下載原表 圖2 榮筋拈痛方化合物-骨關(guān)節(jié)炎靶點(diǎn)作用網(wǎng)絡(luò)中化合物節(jié)點(diǎn)度的分布 下載原圖4 討論OA屬于中醫(yī)學(xué)“痹證”范疇 HYPERLINK javascript:void(0); 19, 中醫(yī)學(xué)理論中有關(guān)骨痹的論述始見于黃帝內(nèi)經(jīng)。素問(wèn)六節(jié)臟象論曰:“肝者, 其充在筋?！彼貑?wèn)脈要精微論曰:“膝者, 筋之府, 屈伸不能, 行則僂俯, 筋將憊矣?！彼貑?wèn)長(zhǎng)刺節(jié)論篇曰:“病在骨, 骨重不可舉, 骨髓酸痛, 寒氣至, 名曰骨

45、痹?！彼貑?wèn)痹論曰:“風(fēng)寒濕三氣雜至, 合而為痹也。其風(fēng)氣勝者為行痹;寒氣勝者為著痹也?！敝T病源候論風(fēng)病諸候曰:“亦有血?dú)馓? 受風(fēng)邪而得之者”。從這些論述可以看出, OA多為“本虛標(biāo)實(shí)”“本痿標(biāo)痹”之證, 其形成內(nèi)因是正氣不足, 外因是風(fēng)寒濕邪侵入, 內(nèi)虛外感而成痹。補(bǔ)肝腎、祛風(fēng)濕為中醫(yī)治療OA的重要治法。榮筋拈痛方中牛膝補(bǔ)益肝腎而強(qiáng)壯筋骨, 兼能活血以通利肢節(jié)筋脈, 為君藥;當(dāng)歸養(yǎng)血和血, 以榮筋骨血脈, 為臣藥;獨(dú)活善治伏風(fēng)、除久痹、性善下行, 羌活祛風(fēng)濕、利關(guān)節(jié)、止痛, 防風(fēng)祛風(fēng)勝濕止痛, 三藥相配, 除一身之痹痛, 以達(dá)祛風(fēng)濕止痹痛之效, 為佐藥;甘草緩急止痛, 擅治四肢拘攣, 還能調(diào)

46、和藥性, 為使藥。諸藥合用, 共奏補(bǔ)肝腎, 壯筋骨、祛風(fēng)濕、止痹痛之功。從中醫(yī)理論對(duì)OA的認(rèn)知和榮筋拈痛方的組方特點(diǎn)看, 榮筋拈痛方可用于治療OA。現(xiàn)代醫(yī)學(xué)理論認(rèn)為, OA是以關(guān)節(jié)軟骨退變及破壞為主要病變特征的慢性關(guān)節(jié)疾病 HYPERLINK javascript:void(0); 20。OA病變過(guò)程中, 關(guān)節(jié)軟骨破壞的主要病理表現(xiàn)為軟骨細(xì)胞外基質(zhì)的降解超過(guò)其合成, 導(dǎo)致軟骨基質(zhì)凈含量降低, 進(jìn)而造成關(guān)節(jié)軟骨部分甚至完全損耗 HYPERLINK javascript:void(0); 21。MMP是與軟骨聚蛋白多糖和膠原的降解密切相關(guān)的關(guān)鍵酶之一 HYPERLINK javascript:vo

47、id(0); 22。Kevorkian等 HYPERLINK javascript:void(0); 23應(yīng)用RT-PCR技術(shù)證實(shí)OA患者關(guān)節(jié)軟骨中MMP-1和MMP-3均顯著高于正常對(duì)照組。郭靜等 HYPERLINK javascript:void(0); 24研究發(fā)現(xiàn), OA患者關(guān)節(jié)軟骨及滑膜中TGF-1的高表達(dá)能下調(diào)MMP-9的表達(dá), 對(duì)OA關(guān)節(jié)軟骨起保護(hù)作用, 從而延緩OA進(jìn)展。Okamoto等 HYPERLINK javascript:void(0); 25-26研究發(fā)現(xiàn), OA疼痛的程度和炎癥介質(zhì)如IL-1、TNF-等的參與有密切關(guān)系, 在存在炎癥介質(zhì)的前提下, 關(guān)節(jié)腔內(nèi)痛覺(jué)感受器

48、的敏感性更高, 更容易引起關(guān)節(jié)疼痛。5-LOX和白三烯類產(chǎn)物是各種慢性疼痛的重要介質(zhì)因子, 5-LOX抑制劑對(duì)慢性炎癥引起的疼痛的鎮(zhèn)痛效果明顯優(yōu)于COX-2抑制劑。i NOS參與了對(duì)炎性疼痛維持階段的調(diào)制作用 HYPERLINK javascript:void(0); 27。目前治療OA的目的主要是緩解關(guān)節(jié)疼痛, 改善關(guān)節(jié)功能并重建受損的軟骨和骨的結(jié)構(gòu)。因此, 本研究選擇與疼痛有關(guān)的靶點(diǎn) (IL-1、TNF-、i NOS和5-LOX) 及與軟骨退變及破壞有關(guān)的靶點(diǎn) (MMP-1、MMP-3、TGF-1) 作為榮筋拈痛方治療OA的靶點(diǎn)。本研究建立了榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)的作用網(wǎng)絡(luò), 節(jié)點(diǎn)度和

49、介數(shù)可評(píng)價(jià)該網(wǎng)絡(luò)中榮筋拈痛方化合物和OA靶點(diǎn)的重要性 HYPERLINK javascript:void(0); 8。從作用網(wǎng)絡(luò)上各靶點(diǎn)節(jié)點(diǎn)的介數(shù)值來(lái)看, IL-1、TNF-和MMP-1節(jié)點(diǎn)在榮筋拈痛方化合物-OA靶點(diǎn)的作用網(wǎng)絡(luò)中具有重要作用, 提示榮筋拈痛方可能主要通過(guò)作用于IL-1、TNF-緩解疼痛, 通過(guò)作用于MMP-1延緩軟骨退變。從作用網(wǎng)絡(luò)上榮筋拈痛方化合物節(jié)點(diǎn)來(lái)看, 大部分化合物只能作用于1個(gè)靶點(diǎn), 僅有少數(shù)可作用于多個(gè)靶點(diǎn), 榮筋拈痛方化合物中作用靶點(diǎn)的最大數(shù)量為6個(gè);榮筋拈痛方潛在的多靶點(diǎn)活性物質(zhì)主要為苷類和黃酮類, 如防風(fēng)中的苷類成分Isoquercitrin (節(jié)點(diǎn)362)

50、 能作用于MMP-1、MMP-3、i NOS、5-LOX、IL-1和TNF-, 羌活中的苷類成分BergaptolO-beta-D-glucopyranoside (節(jié)點(diǎn)174) 能作用于MMP-1、MMP-3、TGF-1、i NOS、IL-1和TNF-, 防風(fēng)和甘草中的Rutin (節(jié)點(diǎn)399) 能作用于MMP-1、MMP-3、i NOS、IL-1和TNF-等。這類化合物稱為多重激酶抑制劑 HYPERLINK javascript:void(0); 28, 是未來(lái)OA混雜藥物開發(fā)研究的重要來(lái)源。已有研究表明, Isoquercetrin能降低MMP的活性, Isoquercetrin和Rut

51、in具有抗炎作用 HYPERLINK javascript:void(0); 29-30。此外, 榮筋拈痛方中具有組合藥物性質(zhì)的化合物比例占到35.76%, 這類化合物可以通過(guò)組合發(fā)揮多靶點(diǎn)的作用, 如牛膝中Chrysophanol (節(jié)點(diǎn)1) 能作用TGF-1, Ecdysterone (節(jié)點(diǎn)3) 能作用MMP-1, 二者結(jié)合可能在延緩軟骨退變方面起到協(xié)同作用。本研究的結(jié)果提示, 榮筋拈痛方治療OA的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)為苷類和黃酮類, 主要作用靶點(diǎn)為IL-1、TNF-和MMP-1;榮筋拈痛方治療OA具有混雜藥物及組合藥物的性質(zhì), 在緩解疼痛及延緩軟骨退變方面具有廣譜的作用特點(diǎn)。未來(lái)我們將提取榮筋拈

52、痛方的苷類和黃酮類部位, 以大鼠膝骨關(guān)節(jié)炎和IL-1誘導(dǎo)的退變關(guān)節(jié)軟骨細(xì)胞為模型 HYPERLINK javascript:void(0); 31-32, 開展“中藥-有效部位-有效成分-臨床表型”的系統(tǒng)層次研究, 進(jìn)一步驗(yàn)證榮筋拈痛方治療OA的作用, 為其臨床應(yīng)用提供新的依據(jù)。參考文獻(xiàn)1彭力平, 馬篤軍, 林棟棟, 等.牛膝醇提物體內(nèi)誘導(dǎo)兔骨關(guān)節(jié)炎模型軟骨修復(fù)的病理學(xué)觀察J.湖南中醫(yī)雜志, 2013, 29 (2) :126-129. 2柯暉, 鄭洲.懷牛膝對(duì)骨關(guān)節(jié)炎模型膝關(guān)節(jié)滑膜組織中基質(zhì)金屬蛋白酶-3、13和金屬蛋白酶組織抑制劑-1的影響J.解剖學(xué)雜志, 2015, 38 (6) :67

53、2-674. 3李成付, 王玖忠, 邊瑜健, 等.牛膝醇提物促進(jìn)兔骨關(guān)節(jié)炎軟骨修復(fù)的作用及其機(jī)制的實(shí)驗(yàn)研究J.中國(guó)臨床研究, 2015, 28 (7) :844-847. 4楊安群, 謝獲.當(dāng)歸-牛膝對(duì)兔骨關(guān)節(jié)炎PI3K/AKT通路的影響J.放射免疫學(xué)雜志, 2012, 25 (5) :526-529. 5乙軍, 周業(yè)庭, 潘武, 等.獨(dú)活揮發(fā)油灌胃對(duì)兔膝骨關(guān)節(jié)炎的保護(hù)作用及其機(jī)制J.臨床骨科雜志, 2013, 16 (4) :451-454. 6李小軍, 汪巍, 范雯, 等.甘草多糖抗骨關(guān)節(jié)炎作用及其機(jī)制研究J.中國(guó)藥理通訊, 2009, 26 (2) :51. 7ZHENG C, QIU

54、M, XU X, et al.Understanding the diverse functions of Huatan Tongluo Fang on rheumatoid arthritis from a pharmacological perspectiveJ.Exp Ther Med, 2016, 12 (1) :87-94. 8柯志鵬, 張新莊, 丁玥, 等.利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法研究芪桂痛風(fēng)片的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)與分子作用機(jī)制J.中國(guó)中藥雜志, 2015, 40 (14) :2837-2842. 9QIAO X, HOU T, ZHANG W, et al.A 3D structure da

55、tabase of components from Chinese traditional medicinal herbsJ.Cheminform, 2002, 42 (3) :481-489. 10周家駒, 謝桂榮, 嚴(yán)新建.中藥原植物化學(xué)成分手冊(cè)M.北京:化工工業(yè)出版社, 2004:1165-1211. 11GU J, GUI Y, CHEN L, et al.Use of natural products as chemical library for drug discovery and network pharmacologyJ.PLo S One, 2013, 8 (4) :e62

56、839. 12ZHU F, SHI Z, QIN C, et al.Therapeutic target database update 2012:a resource for facilitating target-oriented drug discoveryJ.Nucleic Acids Res, 2012, 40 (Database issue) :D1128-D1136. 13朱孝芹, 孫大勇.改善疾病的骨關(guān)節(jié)炎治療藥物研究進(jìn)展J.承德醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào), 2010, 27 (4) :421-424. 14DESHPANDE N, ADDESS KJ, BLUHM WF, et al.The RCSB Protein Data Bank:a redesigned query system and relational database based on the mm CIF schemaJ.Nucleic Acids Res, 2005, 33 (Database issue) :D233-D237. 15SMOOT ME, ONO K, RUSCHEINSKI J, et al.Cytoscape 2.8:new features for data integra