尋找啟動子區(qū)域和預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)PPT演示文稿當(dāng)前1頁，總共18頁。優(yōu)選尋找啟動子區(qū)域和預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)PPT當(dāng)前2頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域用NCBI：用UCSC：用Ensembl：用公司信息（只包含公司擁有promoterclones的信息）：/當(dāng)前3頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域NCBI選擇Gene,輸入ankh,點(diǎn)擊search選擇第一項，人類Homosapiens的ANKHChromosome5location14704909-14871887,complement(反義鏈)即-14871887到-14704909為基因范圍此例中選取-14873887到-14871887約2000bp核苷酸序列作為啟動子區(qū)域當(dāng)前4頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域圖形顯示FASTA格式顯示的核苷酸序列輸入序列可以查詢?nèi)旧w位置ANKHgene在反義鏈上，所以用負(fù)數(shù)表示可以查詢具體核苷酸序列點(diǎn)擊GraphicsToolsSequeceTextView當(dāng)前5頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域點(diǎn)擊GoToPosition,輸入-14873887，點(diǎn)擊PrevPage找到具體位置復(fù)制白底黑色區(qū)域即為promoter區(qū)域。白底黑字為啟動子區(qū)域紫底黑字為基因區(qū)域粉底黑字為編碼區(qū)，ATG為啟示密碼子當(dāng)前6頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域在前兩張幻燈片中選擇FASTA在右邊Changeregionshown輸入14871887到14873887Displayoptions選擇Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一個bp的差距，可以輸入14871887到14873886）當(dāng)前7頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域

選擇genomes在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的數(shù)據(jù)庫，gene中輸入ANKH點(diǎn)擊Tables在track中選擇RefSeqGenes，在outputformat中選擇sequence點(diǎn)擊getoutput。選擇genomic。當(dāng)前8頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外顯子大寫，其他小寫當(dāng)前9頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域選擇Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外顯子大寫，其他小寫當(dāng)前10頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域小寫字母為promoter區(qū)域大寫字母為基因區(qū)域，與NCBI結(jié)果相同ATG為CDS區(qū)起始密碼子當(dāng)前11頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域

選擇human輸入ankh選擇Gene，點(diǎn)擊GeneIDENSG00000154122點(diǎn)擊左邊的Exportdata當(dāng)前12頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域5Flankingsequence輸入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic選5Flankingsequence，deselectall點(diǎn)擊Next當(dāng)前13頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域得到2000

bases的核苷酸序列當(dāng)前14頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域點(diǎn)擊searchproduct，選擇promoterclones，因為沒有ANKH的信息，此處輸入FIBRONECTIN選擇目的基因當(dāng)前15頁，總共18頁。尋找promoter區(qū)域點(diǎn)擊clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息當(dāng)前16頁，總共18頁。預(yù)測Transcriptionfactorbindingsite用Jaspar用PROMO用TFSEARCH（據(jù)說用的是TRANSFAC很舊的數(shù)據(jù)庫）

用商業(yè)數(shù)據(jù)庫TRANSFAC（要付費(fèi)）當(dāng)前17頁，總共18頁。預(yù)測Transcriptionfactorbindingsite

點(diǎn)擊JASPARCOREvetebrata左邊轉(zhuǎn)錄因子選擇MA0061.1

NF-kappaB，右邊輸入ANKH啟動