GaussianGaussView使用教程的教案第1頁/共59頁GaussView與GaussianGaussView是Gaussian軟件的圖形用戶界面；GaussView5.0Gaussian09GaussView4.0GaussView3.0Gaussian03GaussView2.0GaussView1.0Gaussian98第2頁/共59頁GaussView與GaussianGaussView5.0完美的支持Gaussian09：搭建或者導入分子結構，用以創(chuàng)建輸入文件；以圖形化的方式自然直觀的查看輸出結果；繪制各種圖譜；即時提交和監(jiān)控計算（需要本機裝有Gaussian軟件）第3頁/共59頁GaussView簡介

本章提綱：

GaussView

的窗口組成

GaussView鼠標鍵盤操作 構建工具面板【Builder】

文件工具欄【File】

坐標工具欄【Coordinates】

視圖工具欄【View】

文件窗口工具欄【Windows】

計算工具欄【Calculate】

查看計算結果【Results】第4頁/共59頁GaussView的窗口組成

第5頁/共59頁獨立工具條視圖-----分子工具欄-----計算工具欄-----文件工具欄-----坐標工具欄-----視窗工具欄----文件窗口工具欄構建工具面板第6頁/共59頁GaussView的窗口組成主控窗口 含有菜單條和當前選擇的分子碎片。各類工具 默認時，位于主控窗口的菜單條下面。這些工具可以被分開，也可按要求重新排列在主控窗口內。各類對話窗口 對應于GaussView的不同用途。一個或多個分子模型視窗控制程序功能的各類預置參數(shù) 點擊【File】→【Preferences】第7頁/共59頁GaussView鼠標鍵盤操作﹡鼠標的操作在窗口內任意位置點擊鼠標左鍵并按住，此時移動鼠標，窗口內所有分子跟隨轉動。在窗口內任意位置點擊鼠標右鍵并按住 上下移動鼠標：分子會放大縮小 左右移動鼠標：分子沿垂直屏幕的軸轉動。在窗口內任意位置點擊鼠標中鍵（或者滾輪）并按住，此時移動鼠標，屏幕內的所有分子將跟隨平移。使用滾輪前后滾動，當前窗口內分子放大縮小。第8頁/共59頁鍵盤與鼠標配合當窗口中有多個分子,只想轉動或者移動其中一個分子,按住鍵盤【Alt】鍵用鼠標左鍵點擊某個分子并按住，此時移動鼠標，只有被點擊的分子會轉動；用鼠標中鍵（或滾輪）點擊某個分子并按住，移動鼠標，只有被點擊的分子會跟隨鼠標移動用鼠標右鍵分子點擊某個分子并按住，左右移動鼠標，只有被點擊的分子會沿一個垂直屏幕的軸轉動；如果鼠標沒有中鍵/滾輪，或者使用中失效的處理：

按住【Alt】+【Shift】鍵，用鼠標左鍵點擊你要轉動的分子并按住，只有被點擊的分子會跟隨鼠標移動第9頁/共59頁練習1

使用剛才講述的鍵盤鼠標操作知識將三個苯環(huán)擺到相互重疊的位置GV_exercise_1.gjfGV_exercise_1_OK.gjf第10頁/共59頁調出獨立的Builder面板

點擊【View】菜單中的【Builder】即可調出獨立的Builder面板，該面板是一個前置的面板，即始終顯示在其它面板/窗口的上方，有利于全屏幕搭建分子時使用。第11頁/共59頁構建工具面板【Builder】元素工具第12頁/共59頁工具欄“圖釘”“圖釘”未按下選擇了需要的元素片斷之后窗口會關閉。“圖釘”已按下選擇了需要的元素片斷之后窗口不關閉。第13頁/共59頁環(huán)工具1第14頁/共59頁常見分子片斷和生物分子殘基常見分子片斷和生物分子殘基第15頁/共59頁自定義分子片斷第16頁/共59頁鍵長、鍵角、二面角第17頁/共59頁圖形顯示中的化學鍵優(yōu)化完了，用GaussView打開，發(fā)現(xiàn)鍵斷了或者鍵級變了怎么辦？這是很正常的現(xiàn)象，圖形界面中為了清晰顯示，使用各種球棒模型來表示原子和化學鍵，用棒的多少表示鍵級，但真實的體系中只存在很小的原子核和它們周圍相互重疊的電子云。GaussView的顯示也只是經驗性的，不能因為GaussView顯示了化學鍵就認為原子間成鍵，沒有顯示就認為沒有成鍵。建模時，你可以給離得很遠的兩個原子之間定義化學鍵，使它們一起移動，也可以移除離得很近的的兩個原子之間定義的化學鍵來調整員之間的相對位置。第18頁/共59頁練習2通過轉動二面角將全重疊式丁烷轉成全交叉式GV_exercise_2.gjfGV_exercise_2_OK.gjf全重疊式全交叉式第19頁/共59頁Builder面板一些圖標的意義選擇所有的原子不選擇任何原子選擇單個原子選擇多個原子查詢重新鍵和添加一個鍵合原子(默認添加H)刪除一個原子第20頁/共59頁在質心添加一個原子/碎片GaussView5.0新增功能例如,在C60

中所有原子的質心放置一個原子第21頁/共59頁GaussView的三個層次視圖

分子集合-----分子模型-----模型視圖1.分子集合（MolecularGroup）2.分子模型（Molecule）3.模型視圖（View）第22頁/共59頁分子集合(MoleculeGroup)分子集合中可以包括一個或多個分子。對于包括一個以上分子的分子集合，有兩種顯示模式:單分子視圖模式和多分子視圖模式。單分子視圖模式每次只顯示單個分子，當前顯示的分子編號顯示在工具欄上，并可在單分子視圖模式和多分子視圖模式間切換。如果有多個窗口打開同一分子，可能涉及不同的觀察視圖。因此，可以按不同視圖觀察、顯示同一分子的不同取向和不同性質。第23頁/共59頁標題欄的識別信息每個視圖上的標題欄也顯示當前分子集合、分子模型及模型視圖的信息每一個分子集合用不同顏色加以區(qū)別，與某分子集合相關的其他視圖都將采用與分子集合相同的圖標顏色，即用顏色識別分子集合。除了顏色標識外，每個視圖都通“Group/Molecule/View”標識符進行唯一識別。該標識符由分子集合(G)、分子編號(M)和視圖編號(V)組成。分子集合中的每個分子從1開始連續(xù)編號，如果某個分子被從分子集合中刪除，分子將重新編號以保持其連續(xù)性。第24頁/共59頁標題欄識別Group3Molecule2View1第25頁/共59頁視圖顯示設置第26頁/共59頁文件工具欄【File】從瀏覽器中拖入GV窗口 可以次選擇多個文件用鼠標左鍵直接拖入GV窗口中，此時默認是為每個文件創(chuàng)建一個分子集合窗口； 用鼠標右鍵拖入GV窗口，松開右鍵時可以選擇打開模式每個文件一個分子集合所有文件做成一個分子集合用所有文件創(chuàng)建一個分子第27頁/共59頁File菜單：文件打開保存【New】

新建分子模型，有兩種創(chuàng)建形式：

(1)創(chuàng)建新的分子集合；

(2)在當前分子集合中添加新的分子?！綩pen】

打開已有模型和其他輸出文件【RecentFiles】

快速打開最近打開過的文件；【RelatedFiles】

快速打開與當前活動分子相關的文件【Refresh】

從原始文件重新加載當前分子?！綱iewFile】

打開計算結果文件【Results】

打開當前模型分子的結果文件?！維ave】

保存分子，將當前分子保存成輸入文件。第28頁/共59頁File菜單：其它功能【Print】

命令或點擊打印按鈕進行打印?！維aveImageFile】

將當前視圖窗口中的影像保存到一個外部影像文件中?！維aveMovie】

用于保存當前分子集合中的不同幀作為一個電影文件?！綪references】

指定GaussView的各項默認設置。第29頁/共59頁剪切、復制、粘貼、刪除粘貼有三種方式：添加到同一個分子集合中的新的分子替換當前視圖中的分子（不可恢復，慎重使用?。└郊拥疆斍耙晥D中刪除執(zhí)行后不可恢復，慎重使用！第30頁/共59頁坐標工具欄【Coordinates】原子列表編輯器【Edit】→【AtomList】第31頁/共59頁連接關系編輯器【Edit】→【Connection】第32頁/共59頁冗余坐標編輯器【Edit】→【RedundantCoordinates】第33頁/共59頁點群對稱性【Edit】→【Pointgroup】

有對稱性的分子，在計算中使用對稱性能 極大的提升計算速度。第34頁/共59頁練習從頭構建二茂鐵分子，并將分子對稱化到D5d。推薦步驟如下：搭建茂環(huán)（D5hC5H5）將搭建好的茂環(huán)append一份到窗口中，然后將兩個茂環(huán)放置為堆積狀態(tài)，調整環(huán)間距離約3.3埃旋轉其中一個環(huán)，使兩個茂環(huán)處于交叉構象，并使用點群對稱化。用在質心加入原子的方法加入鐵原子并對稱化。調整鍵長到標準距離并定義聯(lián)接關系。目標鍵長RC-C=1.44RC-H=1.07RC-Fe=2.10GV_Exercise_3_OK.gjf第35頁/共59頁分子軌道編輯器【Edit】→【MOs】要查看分子軌道圖形需要打開chk或者fchk文件第36頁/共59頁一些注意事項連接編輯器 使用鼠標也可對原子進行重排，其操作以參考原子為基礎進行:①左鍵點擊。指定點擊原子為參考原子。②右鍵點擊。點擊原子與參考原子交換原子標簽，該原子成為新的參考原子。冗余坐標編輯器 用于創(chuàng)建和編輯冗余坐標,冗余坐標常用于Gaussian優(yōu)化或勢能面掃描中。分子軌道編輯器 注意需從檢查點文件中讀入文件。第37頁/共59頁計算工具欄【Calculate】◆創(chuàng)建Gaussian作業(yè)【Calculate】→【GaussianCalculationSetup】第38頁/共59頁【JobType】選項卡第39頁/共59頁【Method】選項卡第40頁/共59頁【Title】選項卡第41頁/共59頁【Link0】選項卡第42頁/共59頁【General】和【Guess】第43頁/共59頁NBO、Solvation和PBC7.【NBO】面板8.【Solvation】面板9.【PBC】面板第44頁/共59頁為計算設置默認值【File】→【Preferences】→【GaussianSetup】在GaussianCalculationSetup對話框的底部可以看到已有的計算方案。點擊【Calculate】→【GaussianCalculationScheme】,可彈出GaussianCalculationSchemes窗口，從中選擇要使用的計算方案，并應用到當前分子中。對于新分子，初始將采用Default方案。但可以在如下對話框中查看或修改各種已有方案的屬性。第45頁/共59頁底部按鈕說明【Submit】

使用當前輸人文件運行Gaussian計算?！綫uickLaunch】

直接運行Gaussian作業(yè)?！綜ancel】

關閉對話框返回所有選項為默認值?！綞dit】

使用外部文本編輯器直接編輯輸入文 件，未保存之前，是不可直接編輯的?！綬etain】

關閉對話框，但輸入文件不會被創(chuàng)建或 更新，也不會提交Gaussian作業(yè)?！綝efaults】

恢復所有的選項為默認值?！綡elp】

提供對話框的在線幫助。第46頁/共59頁快速運行作業(yè)傳統(tǒng)方法

點【Calculate】→【GaussianCalculationSetup】，然后在其中修改其作業(yè)選項，完成后點擊【Submit】按鈕，并為要保存的輸入文件指定文件名和文件位置?？焖龠\行作業(yè) 點擊【Calculate】→【GaussianQuickLaunch】，或在工具欄的圖標 (QuickLaunch)上點擊右邊的下拉菜單，引出含有【TempFile】(從臨時輸入文件提交計算作業(yè))、【SaveFile】(保存輸入文件后提交計算作業(yè))以及【SaveandEditFile】(保存并編輯后提交計算作業(yè))三項的子菜單。本機需要安裝有Gaussian09軟件第47頁/共59頁觀察和控制計算【Calculate】→【CurrentJobs】該窗口顯示了當前正在運行的由GaussView啟動的所有計算作業(yè)(只有本次GaussView啟動以后的作業(yè)才會顯示)。這里顯示的作業(yè)包括由Gaussian對話框提交的Gaussian作業(yè)、GaussVie