ChromatinImmunoprecipitationAssay

(ChIP)染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)基因體現(xiàn):反式因子和順式作用元件之間互相作用。真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的互相作用是闡明真核基因體現(xiàn)機(jī)制的基本途徑。概述原理措施比較舉例

基因表達(dá)調(diào)控功能基因組學(xué)

染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)(CHIP)研究體內(nèi)DNA－蛋白質(zhì)互相作用的重要工具。它不僅可以敏捷地檢測目的蛋白與特異DNA片段的結(jié)合狀況，還可以用來研究組蛋白與基因體現(xiàn)的關(guān)系。概述原理措施比較舉例CHIP原理在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物將其隨機(jī)切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段通過免疫學(xué)措施沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段對目的片斷的純化與檢測概述原理措施比較舉例概述原理措施比較舉例操作環(huán)節(jié)一、固定在活細(xì)胞狀態(tài)下，用甲醛固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，然后用化學(xué)（微球菌酶）或者機(jī)械（超聲波）的手段將其隨機(jī)切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段。二、免疫沉淀運(yùn)用目的蛋白質(zhì)的特異抗體通過抗原-抗體反應(yīng)形成DNA-蛋白質(zhì)-抗體復(fù)合體，然后沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段。三、純化與檢測經(jīng)蛋白質(zhì)與DNA解偶聯(lián)，DNA片段純化等處理后，用PCR等措施檢測DNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合狀況.概述原理措施比較舉例概述原理措施比較舉例注意事項(xiàng)超聲波破碎條件的選擇抗體量的選擇PCR反應(yīng)條件的選擇概述原理措施比較舉例Input對照陽性對照：如組蛋白抗體陰性對照：陰性引物條件選擇對照設(shè)置比較：蛋白質(zhì)-DNA互相作用常用措施凝膠電泳遷移率變化分析（EMSA）DNaseⅠ足跡法（footprinting）染色質(zhì)免疫沉淀試驗(yàn)(CHIP)體內(nèi)體外概述原理措施比較舉例EMSACHIP由于許多轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白有相似或相同的DNA結(jié)合位點(diǎn)，EMSA獲取的結(jié)果不一定能真實(shí)地反映體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白和DNA結(jié)合的狀況。能真實(shí)完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的最好方法。概述原理措施比較舉例應(yīng)用舉例概述原理措施比較舉例MantovaniF,ToccoF,GirardiniJ,etal.TheprolylisomerasePin1orchestratesp53acetylationanddissociationfromtheapoptosisinhibitoriASPP.NatStructMolBiol.Oct;14(10):912-920.概述原理措施比較舉例SalehA,Alvarez-VenegasR,AvramovaZ.Anefficientchromatinimmunoprecipitation(ChIP)protocolforstudyinghistonemodificationsinArabidopsisplants.NatProtoc.;3(6):1018-1025.擴(kuò)展應(yīng)用舉例CHIP-on-chip概述原理措施比較舉例ChiSW,ZangJB,MeleA,DarnellRB.ArgonauteHITS-CLIPdecodesmicroRNA-mRNAinteractionmaps.Nature.Jul23;460(7254):479-486.概述原理措施比較舉例crosslinkingim