ICS

Xxx

備案號(hào)：T/XXX

廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)

T/GDPMAAxxxx—2020

產(chǎn)前外顯子組測(cè)序遺傳咨詢及報(bào)告規(guī)范

（征求意見(jiàn)稿）

（本稿完成時(shí)間：2020-xx-xx）

2020-xx-xx發(fā)布2020-xx-xx實(shí)施

廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)發(fā)布

廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)（GDPMAA）是廣東省組織開(kāi)展精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)交流、國(guó)際交流、人才

培養(yǎng)、出版刊物、科技創(chuàng)新、產(chǎn)學(xué)研相結(jié)合等活動(dòng)的省級(jí)社會(huì)團(tuán)體。制定廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)

標(biāo)準(zhǔn)（以下簡(jiǎn)稱：粵精準(zhǔn)醫(yī)標(biāo)準(zhǔn)），滿足企業(yè)需要，推動(dòng)企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化工作，是廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)

會(huì)的工作內(nèi)容之一。中國(guó)境內(nèi)的團(tuán)體和個(gè)人，均可提出制、修訂粵精準(zhǔn)醫(yī)標(biāo)準(zhǔn)的建議并參與有關(guān)工作。

粵精準(zhǔn)醫(yī)標(biāo)準(zhǔn)按《廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)管理辦法(試行)》進(jìn)行制定和管理。

粵精準(zhǔn)醫(yī)標(biāo)準(zhǔn)草案經(jīng)向社會(huì)公開(kāi)征求意見(jiàn)，并得到參加審定會(huì)議的75%以上的專家、成員的

投票贊同，方可作為粵精準(zhǔn)醫(yī)標(biāo)準(zhǔn)予以發(fā)布。

考慮到本標(biāo)準(zhǔn)中的某些條款可能涉及專利權(quán)，廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)不負(fù)責(zé)對(duì)任何該類專利權(quán)

的鑒別。

在本標(biāo)準(zhǔn)實(shí)施過(guò)程中，如發(fā)現(xiàn)需要修改或補(bǔ)充之處，請(qǐng)將意見(jiàn)和有關(guān)資料寄給廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用

學(xué)會(huì)，以便修訂時(shí)參考。

該標(biāo)準(zhǔn)為廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)制定，其版權(quán)為廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)所有。除了用于國(guó)家法律

或事先得到廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)文字上的許可外，不許以任何形式再?gòu)?fù)制該標(biāo)準(zhǔn)。

廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)地址：廣東省廣州市越秀區(qū)天河路45-21號(hào)

郵政編碼：510075電話真/p>

網(wǎng)址：電子信箱：pm@

I

T/GDPMAAXXXX-2020

前言

本標(biāo)準(zhǔn)按GB/T1.1-2009給出的規(guī)則起草。

本標(biāo)準(zhǔn)由廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)提出并歸口。

本標(biāo)準(zhǔn)起草單位：廣東省婦幼保健院、廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第三醫(yī)院、中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院、

中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院、深圳華大基因股份有限公司、廣州嘉檢醫(yī)學(xué)檢測(cè)有限公司、北京貝瑞和

康生物技術(shù)有限公司、貝勒醫(yī)學(xué)院、深圳市人民醫(yī)院、深圳市婦幼保健院、深圳市龍崗區(qū)婦幼保

健院、深圳南山區(qū)婦幼保健院、東莞市婦幼保健院、惠州市第一婦幼保健院、中山市博愛(ài)醫(yī)院、

江門(mén)市婦幼保健院、廣東省人民醫(yī)院、粵北人民醫(yī)院、清遠(yuǎn)市人民醫(yī)院、廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一

醫(yī)院、暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院、南方醫(yī)科大學(xué)珠江醫(yī)院。

本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人：尹愛(ài)華、張彥、劉維強(qiáng)、章鈞、林少賓、黃輝、張巍、任志林、王游聲、

楊亞平；參與修改人：黎青、陳敏、郭輝、謝建生、魏鳳香、張靜、劉彥慧、何怡、陳劍虹、王

德剛、唐佳、李萍、范舒舒、譚衛(wèi)荷、何志暉、查慶兵、閆瑞玲、江凌曉、楊芳、丁紅珂、劉暢、

劉玲、齊一鳴、黃演林、張琪、曾玉坤、劉淵、余麗華、王興旺、李發(fā)科。

本標(biāo)準(zhǔn)首次制定，將根據(jù)國(guó)內(nèi)外行業(yè)最新發(fā)展陸續(xù)完善更新。

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引言

隨著基因包（panel）測(cè)序、臨床/醫(yī)學(xué)外顯子組測(cè)序（clinical/medicalexomesequencing）、

全外顯子組測(cè)（wholeexomesequencing）甚至全基因組測(cè)序（wholegenomesequencing）等下

一代測(cè)序（NextGenerationSequencing,NGS）技術(shù)在臨床的廣泛應(yīng)用，疾病診斷、治療和預(yù)后

都得到了更豐富、更精準(zhǔn)的提示和建議。

在產(chǎn)前診斷領(lǐng)域，近年來(lái)也有逐漸增多的基于外顯子組測(cè)序（exomesequencing,ES）技術(shù)

的應(yīng)用嘗試。雖然國(guó)外針對(duì)這些技術(shù)的臨床應(yīng)用出臺(tái)了相關(guān)指南、共識(shí)以及聯(lián)合聲明[1-4]，但目

前國(guó)際上對(duì)這些技術(shù)在胎兒產(chǎn)前診斷應(yīng)用中的很多方面，如檢測(cè)方案、數(shù)據(jù)解讀、結(jié)果報(bào)告等還

處于摸索和循證階段[5-8]。在產(chǎn)前診斷領(lǐng)域，由于胎兒表型信息嚴(yán)重匱乏，針對(duì)臨床意義不確定

（variantsofuncertainsignificant,VUS）的基因變異及與檢測(cè)指征不相符的意外發(fā)現(xiàn)等，

一般建議依照檢測(cè)前咨詢溝通意見(jiàn)形成的協(xié)議進(jìn)行報(bào)告[2]。

目前國(guó)內(nèi)對(duì)ES的產(chǎn)前診斷應(yīng)用缺乏專家共識(shí)或指南，針對(duì)具體操作過(guò)程中諸如知情告知的主

要覆蓋內(nèi)容、數(shù)據(jù)分析的流程、結(jié)果的解讀、報(bào)告的撰寫(xiě)及遺傳咨詢等方面均亟需細(xì)化。鑒于此，

國(guó)內(nèi)多家已經(jīng)開(kāi)展產(chǎn)前外顯子組測(cè)序檢測(cè)的產(chǎn)前診斷機(jī)構(gòu)或?qū)嶒?yàn)室在以國(guó)內(nèi)外最新指南和專家共

識(shí)為參考的前提下，針對(duì)ES在產(chǎn)前診斷中的臨床應(yīng)用細(xì)節(jié)展開(kāi)討論，重點(diǎn)對(duì)產(chǎn)前外顯子組測(cè)序的

檢測(cè)前咨詢要點(diǎn)、數(shù)據(jù)分析流程、報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)及內(nèi)容和檢測(cè)后咨詢等提供技術(shù)層面建議，以期達(dá)到

ES在產(chǎn)前診斷中規(guī)范應(yīng)用的目的。

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產(chǎn)前外顯子組測(cè)序遺傳咨詢及報(bào)告規(guī)范

1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)旨在規(guī)定產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷中外顯子組測(cè)序（ES）的檢測(cè)前咨詢、知情同意書(shū)、數(shù)據(jù)分

析流程、報(bào)告內(nèi)容與要求以及檢測(cè)后咨詢。

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷中，外顯子組測(cè)序（ES）的應(yīng)用前提、知情同意、檢測(cè)前中后

的質(zhì)量控制、數(shù)據(jù)分析流程、報(bào)告內(nèi)容及要求。

本標(biāo)準(zhǔn)適用于具備產(chǎn)前診斷資質(zhì)（分子遺傳）的醫(yī)院或與其合作建立的大學(xué)分子診斷實(shí)驗(yàn)室

以及獨(dú)立醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所等機(jī)構(gòu)在開(kāi)展NGS測(cè)序技術(shù)對(duì)胎兒標(biāo)本進(jìn)行人類基因組變異檢測(cè)時(shí)進(jìn)行全流

程規(guī)范管理（包括但不局限于數(shù)據(jù)分析、結(jié)果判讀以及報(bào)告出具過(guò)程）。

2規(guī)范性引用文件

下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于

本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。

GB/T29859-2013生物信息學(xué)術(shù)語(yǔ)。

GB/T34798-2017核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列格式規(guī)范。

3術(shù)語(yǔ)和定義

下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。

3.1

外顯子exon

基因序列中能夠編碼產(chǎn)生蛋白質(zhì)氨基酸序列的部分，在人類基因組中往往呈不連續(xù)的片段分

布。

3.2

外顯子組測(cè)序exomesequencing；ES

基于大規(guī)模并行測(cè)序的原理，在基因組范圍內(nèi)對(duì)某一部分編碼序列或者全部編碼序列進(jìn)行相

關(guān)檢測(cè)，用于分析存在于基因組中的某些變異的一種測(cè)序技術(shù)。

3.3

臨床/醫(yī)學(xué)外顯子組測(cè)序技術(shù)clinical/medicalexomesequencing；CES/MES

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基于下一代測(cè)序技術(shù)，對(duì)目前已明確的與疾病相關(guān)的基因編碼以及相關(guān)非編碼序列進(jìn)行打包

檢測(cè)，用于分析與疾病相關(guān)的DNA序列變異或結(jié)構(gòu)變異的一種檢測(cè)技術(shù)。

3.4

全外顯子組測(cè)序wholeexomesequencing；WES

基于下一代測(cè)序技術(shù)，對(duì)所有已知的人類基因編碼序列進(jìn)行打包檢測(cè)的一種檢測(cè)技術(shù)。

3.5

全基因組測(cè)序wholegenomesequencing；WGS

基于下一代測(cè)序技術(shù)，對(duì)整個(gè)人類基因組序列進(jìn)行全覆蓋檢測(cè)的一種技術(shù)。

4縮略語(yǔ)

以下縮略語(yǔ)適用于本文件。

ES——外顯子組測(cè)序(ExomeSequencing)

WES——全外顯子組測(cè)序(WholeExomeSequencing)

WGS——全基因組測(cè)序(WholeGenomeSequencing)

NT——頸項(xiàng)透明層（NuchalTranslucency）

DNA——脫氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAcid)

PCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PolymeraseChainReaction）

chr——染色體（Chromosome）

STR——短串聯(lián)重復(fù)序列（ShortTandemRepeat）

SNP——單核苷酸多態(tài)性（SingleNucleotidePolymorphism）

SOP——標(biāo)準(zhǔn)操作流程（StandardOperationProcedure）

DECIPHER——人類基因組變異和表型數(shù)據(jù)庫(kù)（DatabasEofgenomiCvarIationandPhenotype

inHumansusingEnsemblResources）

OMIM——在線人類孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)（OnlineMendelianInheritanceinMan）

DGV——人類基因組結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)庫(kù)（DatabaseofGenomicVariants）

ACMG——美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（AmericanCollegeofMedicalGeneticsand

Genomics）

ISCN——人類細(xì)胞遺傳學(xué)術(shù)語(yǔ)國(guó)際命名體制（InternationalSystemforHumanCytogenomic

Nomenclature）

HGVS——人類基因組變異協(xié)會(huì)（HumanGenomeVariationSociety）

CHPO——中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)聯(lián)盟（ChineseHumanPhenotypeOntologyConsortium）

LDT——實(shí)驗(yàn)室自建方法檢測(cè)（LaboratoryDevelopedTest）

LOF——喪失功能（LossofFunction）

5檢測(cè)前咨詢、知情同意書(shū)及產(chǎn)前診斷申請(qǐng)單要求

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5.1檢測(cè)前咨詢要求

鑒于檢測(cè)技術(shù)和醫(yī)學(xué)認(rèn)知水平所限，目前ES的產(chǎn)前診斷應(yīng)用僅限于超聲檢查或核磁共振影像

學(xué)發(fā)現(xiàn)胎兒存在結(jié)構(gòu)畸形的情況進(jìn)行相關(guān)遺傳病因?qū)W篩查。對(duì)于有過(guò)不良孕產(chǎn)史但本次妊娠未見(jiàn)

胎兒畸形的情況、孕婦或家屬想排查遺傳病以及緩減焦慮的情況，目前階段暫不推薦使用該項(xiàng)檢

測(cè)。

鑒于檢測(cè)周期和技術(shù)限制，產(chǎn)前ES的臨床適宜時(shí)間段為孕12周至孕33周。此范圍外的胎兒

目前不建議進(jìn)行ES檢測(cè)。

胎兒表型信息主要以超聲等影像學(xué)檢查結(jié)果作為參考依據(jù)，因此超聲檢查指標(biāo)及檢測(cè)原因等

信息收集極為重要。根據(jù)相關(guān)指南及專家共識(shí)，孕11-13+6周時(shí)超聲測(cè)量的頸項(xiàng)透明層（Nuchal

Translucency，NT）厚度≥3.0毫米（>95%頭臀徑）[9]、有一個(gè)或多個(gè)器官結(jié)構(gòu)異?；蛑囟忍?/p>

宮內(nèi)生長(zhǎng)發(fā)育受限（FGR）的胎兒建議行ES產(chǎn)前檢測(cè)的胎兒建議行ES產(chǎn)前診斷。常見(jiàn)的胎兒超聲

結(jié)構(gòu)異常包括但不限于以下內(nèi)容：心血管異常、中樞神經(jīng)系統(tǒng)異常、囊狀水瘤/積液、先天性顱面

部/頸部畸形、腹壁缺損、胃腸異常、泌尿生殖系統(tǒng)異常、肢體/指趾異常、肺/胸/胸廓/膈異常、

內(nèi)臟反轉(zhuǎn)，此外，重度羊水過(guò)多/過(guò)少、胎兒宮內(nèi)生長(zhǎng)受限（>3SD）、雙側(cè)腦室增寬等異常情況也

建議進(jìn)行胎兒ES。對(duì)于超聲軟指標(biāo)異常（包括鼻骨缺如或發(fā)育不良、腸管回聲增強(qiáng)、輕度腎盂分

離及單臍動(dòng)脈等）等情況，ES不作為首選推薦，可根據(jù)臨床具體溝通情況以及各實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)，交

代殘余風(fēng)險(xiǎn)后酌情建議[8,10-14]。

強(qiáng)烈建議胎兒與其母親和父親同時(shí)進(jìn)行ES的家系檢測(cè)，在檢測(cè)前應(yīng)當(dāng)就報(bào)告范圍進(jìn)行告知和

協(xié)商，對(duì)于成年期腫瘤以及與胎兒表型不相關(guān)的父母遺傳病攜帶狀態(tài)等意外發(fā)現(xiàn)情況是否需要報(bào)

告進(jìn)行約定。

對(duì)于外單位已有的檢測(cè)結(jié)果應(yīng)當(dāng)有應(yīng)對(duì)和評(píng)估機(jī)制以及相關(guān)處理流程和SOP。咨詢醫(yī)生應(yīng)當(dāng)

明確告知本實(shí)驗(yàn)室ES檢測(cè)方法、檢測(cè)范圍、陽(yáng)性率、各種可能的檢測(cè)結(jié)果及后續(xù)應(yīng)對(duì)策略，同時(shí)

要告知目前ES在胎兒遺傳疾病查因上的產(chǎn)前診斷局限性及殘余風(fēng)險(xiǎn)。

5.2知情同意書(shū)

開(kāi)展產(chǎn)前ES檢測(cè)的知情告知同意書(shū)應(yīng)至少涵蓋以下內(nèi)容：

a)遺傳病、基因組及基因等基本概念簡(jiǎn)介；

b)檢測(cè)方法、檢測(cè)目的和內(nèi)容；

c)技術(shù)優(yōu)勢(shì)和局限性；

d)臨床適應(yīng)征；

e)檢測(cè)方案及報(bào)告周期（建議不超過(guò)4周，見(jiàn)附錄A）；

f)報(bào)告范圍及可能出現(xiàn)的檢測(cè)結(jié)果；

g)告知可能獲得臨床意義不明確的結(jié)果，可能需要進(jìn)行家系驗(yàn)證，可能存在遺傳/表型異質(zhì)

性、外顯率和表現(xiàn)度的差異等特殊情況而導(dǎo)致對(duì)預(yù)后及表型預(yù)測(cè)的困難，以及可能存在

檢測(cè)失敗退費(fèi)情況；

h)可能檢測(cè)到腫瘤易感性變異、遲發(fā)性疾病相關(guān)的基因、基因組變異，告知是否書(shū)面報(bào)告

此類結(jié)果；

i)在不涉及病人隱私及利益的前提下，標(biāo)本和數(shù)據(jù)有可能用于非盈利目的的醫(yī)學(xué)研究及論

著發(fā)表；

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j)知情告知及擬開(kāi)檢查申請(qǐng)單的臨床咨詢醫(yī)生、孕婦分別簽字（知情同意書(shū)模板請(qǐng)見(jiàn)附錄

A）。

5.3產(chǎn)前外顯子組測(cè)序申請(qǐng)單

申請(qǐng)單應(yīng)涵蓋但不限于以下內(nèi)容：

a)基本信息：申請(qǐng)單抬頭、受檢者姓名、性別、年齡、民族、唯一識(shí)別號(hào)（如診療卡號(hào)）、

聯(lián)系電話、申請(qǐng)科室、申請(qǐng)醫(yī)生、申請(qǐng)日期、樣本類型、臨床初步診斷（如有）等；

b)病史信息：現(xiàn)病史、生育史、既往史、家族史及既往檢測(cè)結(jié)果等；

c)胎兒超聲或磁共振等影像學(xué)信息：盡可能詳細(xì)、建議復(fù)印或拍照胎兒影像學(xué)詳細(xì)檢查報(bào)

告隨申請(qǐng)單一起送到實(shí)驗(yàn)室。胎兒超聲結(jié)構(gòu)異常的具體情況（按組織系統(tǒng)進(jìn)行結(jié)構(gòu)分類，

建議以中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)聯(lián)盟CHPO標(biāo)準(zhǔn)術(shù)語(yǔ)描述表型信息），如有測(cè)量數(shù)值應(yīng)當(dāng)寫(xiě)

明測(cè)量值對(duì)應(yīng)孕周以及與正常范圍的偏離程度。

d)標(biāo)本信息：注明標(biāo)本類型是絨毛、羊水、臍血、外周血或流產(chǎn)組織等；

e)檢測(cè)內(nèi)容：特定基因包、醫(yī)學(xué)外顯子組全外顯子組或者全基因組測(cè)序；

f)標(biāo)本的接收情況：實(shí)驗(yàn)室核對(duì)申請(qǐng)單及標(biāo)本信息是否一致，判斷標(biāo)本采集是否合格，核

查取樣醫(yī)生、取樣時(shí)間及聯(lián)系電話（申請(qǐng)單模板請(qǐng)見(jiàn)附錄B）。

6產(chǎn)前ES標(biāo)本質(zhì)量評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)

6.1標(biāo)本選擇

應(yīng)當(dāng)根據(jù)胎兒異常情況和孕周盡早決定檢測(cè)方案和取材方式，如早孕期檢出的胎兒結(jié)構(gòu)畸形

或NT增厚盡量取絨毛標(biāo)本、中晚孕期檢出的胎兒結(jié)構(gòu)畸形應(yīng)取羊水或臍帶血標(biāo)本，強(qiáng)烈建議胎兒

和父母樣本同時(shí)送檢。

為避免細(xì)胞培養(yǎng)過(guò)程可能對(duì)不同類別細(xì)胞產(chǎn)生偏好性選擇的影響[10,11]，原則上建議采用未

培養(yǎng)原始標(biāo)本（血性羊水可酌情采用培養(yǎng)后羊水細(xì)胞）提取DNA后直接檢測(cè)。

6.2標(biāo)本合格性判斷

判斷產(chǎn)前標(biāo)本是否合格的重要指標(biāo)是提取后的DNA純度和濃度以及有無(wú)母源DNA污染，同時(shí)

可參考以下經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行判斷：

a)產(chǎn)前羊水標(biāo)本：清亮，離心后細(xì)胞沉淀足量且無(wú)肉眼可見(jiàn)的血污染，STR分型實(shí)驗(yàn)證實(shí)

標(biāo)本為胎源性；

b)產(chǎn)前絨毛標(biāo)本：顯微鏡下可見(jiàn)絨毛分支，STR分型實(shí)驗(yàn)證實(shí)標(biāo)本為胎源性；

c)產(chǎn)前臍血標(biāo)本：STR分型實(shí)驗(yàn)或臍血血紅蛋白電泳證實(shí)標(biāo)本為胎源性；

d)流產(chǎn)或死胎組織標(biāo)本：建議盡早取材，對(duì)死胎或流產(chǎn)時(shí)間未知的標(biāo)本以提取的DNA是否

嚴(yán)重降解及DNA質(zhì)量來(lái)判斷是否進(jìn)行下一步檢測(cè)；

e)雖然胎兒及父母ES可以分辨有無(wú)樣本交叉污染，但鑒于成本和檢測(cè)周期考慮，所有行

ES的產(chǎn)前診斷標(biāo)本均建議進(jìn)行STR等檢測(cè)方法以排除母源性DNA污染。

6.3羊水標(biāo)本的處理

產(chǎn)前羊水標(biāo)本若有咖啡色樣或肉眼可見(jiàn)血色，建議實(shí)驗(yàn)室與醫(yī)生溝通，并由醫(yī)生通知受檢者，

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告知檢測(cè)失敗風(fēng)險(xiǎn)，必要時(shí)可采用培養(yǎng)后的羊水細(xì)胞提取DNA進(jìn)行后續(xù)檢測(cè)。

6.4不合格標(biāo)本處理方式

不合格的標(biāo)本須退回或拒收，包括但不局限于以下情形：

a)嚴(yán)重腐敗的流產(chǎn)或死胎組織標(biāo)本或使用福爾馬林浸泡的標(biāo)本，存在DNA嚴(yán)重降解或交聯(lián)；

b)絨毛、臍血標(biāo)本經(jīng)驗(yàn)證存在嚴(yán)重的母源污染且無(wú)法去除；

c)非胎源性標(biāo)本，如臍血中混有大量母血，絨毛中混有大量蛻膜；

d)DNA質(zhì)量不合格，如總量不夠或者純度不夠；

e)使用肝素鈉抗凝等可能導(dǎo)致PCR擴(kuò)增失敗的標(biāo)本（包含PCR步驟的實(shí)驗(yàn)）。

7產(chǎn)前ES的實(shí)驗(yàn)操作標(biāo)準(zhǔn)化要求

在開(kāi)展產(chǎn)前ES臨床服務(wù)前，應(yīng)對(duì)本實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)平臺(tái)、檢測(cè)方案和試劑盒進(jìn)行方法學(xué)性能確認(rèn)，

以評(píng)估檢測(cè)方案的精密度和準(zhǔn)確度等指標(biāo)，并制定現(xiàn)行有效的SOP，如SOP有修改，應(yīng)當(dāng)重新進(jìn)

行方法學(xué)性能評(píng)估。

不同的ES檢測(cè)方案、試劑盒以及實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，在操作流程上會(huì)存在細(xì)節(jié)差異，但針對(duì)每種方案、

試劑盒和實(shí)驗(yàn)平臺(tái)均應(yīng)當(dāng)建立相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)室SOP，技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)嚴(yán)格遵照現(xiàn)行有效的SOP執(zhí)行實(shí)

驗(yàn)操作。

產(chǎn)前標(biāo)本原則上不建議培養(yǎng)后進(jìn)行ES檢測(cè)，因?yàn)榧?xì)胞培養(yǎng)可能引起部分細(xì)胞優(yōu)勢(shì)生長(zhǎng)且可能

引入新的變異類型，對(duì)ES檢測(cè)結(jié)果和數(shù)據(jù)分析造成干擾。

8產(chǎn)前ES的室內(nèi)質(zhì)控和室間質(zhì)評(píng)要求

在開(kāi)展產(chǎn)前ES檢測(cè)臨床服務(wù)前，需對(duì)數(shù)據(jù)分析過(guò)程、實(shí)驗(yàn)方案、試劑盒、儀器平臺(tái)以及數(shù)據(jù)

分析流程進(jìn)行性能確認(rèn)[12,13]。對(duì)于使用無(wú)國(guó)家藥品監(jiān)督管理局（NationalMedicalProducts

Administration，NMPA）醫(yī)療器械注冊(cè)證的儀器和試劑開(kāi)展檢測(cè)時(shí)，應(yīng)當(dāng)依照LDT[14]進(jìn)行項(xiàng)目

管理。

要求參加每年度國(guó)家衛(wèi)健委臨檢中心組織的室間質(zhì)評(píng)，以評(píng)估實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)檢測(cè)、分析和解

讀能力。

9產(chǎn)前外顯子組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析規(guī)范

產(chǎn)前ES下機(jī)數(shù)據(jù)應(yīng)當(dāng)進(jìn)行兩條獨(dú)立的生信管線分析，采用兩套不同開(kāi)源軟件、商業(yè)軟件或自

建算法進(jìn)行含數(shù)據(jù)質(zhì)控、過(guò)濾和注釋等全流程雙人雙線獨(dú)立分析再匯總報(bào)告。所采用的生信分析

軟件及分析流程必須經(jīng)過(guò)臨床應(yīng)用前的性能確認(rèn)，包括但不限于對(duì)已經(jīng)過(guò)其他可靠方法（如Sanger

測(cè)序）驗(yàn)證的含變異位點(diǎn)的樣本的檢出敏感性和特異性等指標(biāo)。評(píng)估分析生信管線的精密度、準(zhǔn)

確度等指標(biāo)。

9.1產(chǎn)前外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制

ES的數(shù)據(jù)分析質(zhì)控指標(biāo)很多，應(yīng)用于臨床產(chǎn)前的ES數(shù)據(jù)分析對(duì)于數(shù)據(jù)質(zhì)量要求應(yīng)當(dāng)更高。

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在進(jìn)行每一步分析或過(guò)濾前應(yīng)當(dāng)對(duì)當(dāng)前數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)進(jìn)行評(píng)價(jià)。包含但不限于以下指標(biāo)：Q30，

測(cè)序平臺(tái)的相關(guān)測(cè)序錯(cuò)誤率、有效數(shù)據(jù)量，覆蓋情況（未覆蓋區(qū)域以及低深度區(qū)域）；覆蓋均一

度（CNV分析）；變異位點(diǎn)測(cè)序深度。

對(duì)于在臨床使用的數(shù)據(jù)分析流程和相關(guān)數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)，需要有足夠陽(yáng)性和陰性樣本進(jìn)行

矯正和驗(yàn)證，需要對(duì)每個(gè)樣本建立臨床級(jí)別的數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)來(lái)定義其可以接受的敏感度

（sensitivity）和特異度（specificity）。對(duì)于有異常的數(shù)據(jù)質(zhì)量關(guān)鍵指標(biāo)，需要有明確的預(yù)

警不合格通知。

9.2變異分類原則

9.2.1總則

按ACMG、ClinGen等發(fā)布的國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)對(duì)變異進(jìn)行五分類（致病性、可能致病、臨床意義不明

確、可能良性、良性）[15-17]。對(duì)變異分類判斷的主要依據(jù)包括SNV和CNV是否影響蛋白編碼基

因或重要調(diào)控元件功能，受累基因或區(qū)域的劑量敏感性、文獻(xiàn)報(bào)道、ClinVar、ClinGen、DECIPHER、

OMIM、Genereviews、Uniprot等數(shù)據(jù)庫(kù)報(bào)道情況、實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)收錄情況、普通人群頻率

（DGV/DGV-gold/gnomAD）數(shù)據(jù)庫(kù)收錄情況、家系共分離情況、變異來(lái)源（新發(fā)或遺傳自父母）等。

9.2.2變異分類

致病性

一個(gè)或多個(gè)可信來(lái)源（公共數(shù)據(jù)庫(kù)或文獻(xiàn)）已明確其致病性，即使該基因的變異存在外顯不

全和表現(xiàn)度差異也應(yīng)判定為致病性。需要特別注意，致病性變異（pathogenic）并非臨床表型相

關(guān)性變異（diseasecausing）。

可能致病

有較強(qiáng)證據(jù)表明其致病的可能性非常大，但目前的證據(jù)尚不足以完全確定其致病性。

良性

多篇文獻(xiàn)已證實(shí)或權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)報(bào)道為良性變異，特別是良性特性已經(jīng)非常明確或是常見(jiàn)的多

態(tài)性變異。

可能良性

有較強(qiáng)證據(jù)表明該變異很可能與孟德?tīng)栠z傳疾病不相關(guān)，但目前還沒(méi)有達(dá)到“良性”分類的

充分證據(jù)。

臨床意義不明確

不符合以上任何一類的變異，是一個(gè)范圍廣泛的分類，其中一些可能在以后通過(guò)額外的證據(jù)

將被證實(shí)為致病性或良性的變異

9.2.3變異分類依據(jù)

對(duì)于各類變異的分類依據(jù)，建議遵循ACMG評(píng)分指南進(jìn)行逐條評(píng)判。SNV和indel的分類依據(jù)

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參照2015年ACMG變異位點(diǎn)判讀指南及其中文版[15,17]，結(jié)合近年ClinGen等更新的補(bǔ)充建議和

共識(shí)[16,18,19]；基因內(nèi)CNV分類依據(jù)依據(jù)2019年ACMG建議,不涉及轉(zhuǎn)錄本間差異和疾病-基因

相關(guān)性等方面的建議[20]；涉及多個(gè)基因的CNV及UPD等結(jié)構(gòu)變異的分類參見(jiàn)相關(guān)團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)[21]

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變異致病性證據(jù)鏈和良性證據(jù)鏈參見(jiàn)表1，各級(jí)證據(jù)的強(qiáng)弱程度根據(jù)已有研究及文獻(xiàn)報(bào)道可能進(jìn)行升降級(jí)，本規(guī)范暫不引入證據(jù)的升降

級(jí)體系，可自行參考文獻(xiàn)進(jìn)行實(shí)際操作。變異分類標(biāo)準(zhǔn)參見(jiàn)表2。

表1變異致病性證據(jù)鏈

證據(jù)鏈證據(jù)鏈?zhǔn)褂酶陆ㄗh基因內(nèi)CNV證據(jù)鏈?zhǔn)褂眯薷慕ㄗh[22]

1.致病性PVS1：當(dāng)一個(gè)疾病的致病機(jī)制為功能喪失1.并非所有的移碼均可以使用PVS1，鑒1.對(duì)于喪失功能致病基因的缺失

(LOF)時(shí)，無(wú)功能變異（無(wú)義突變、移碼突變、于該證據(jù)鏈對(duì)變異位點(diǎn)的分類具有重要CNV涉及所有編碼外顯子，使用

經(jīng)典±1或2的剪接突變、起始密碼子變異、影響，需慎重使用。PVS1_stand-alone可以單獨(dú)判為“致

單個(gè)或多個(gè)外顯子缺失）2.建議遵照變異對(duì)蛋白功能影響程度的病”；

【注：1）該基因的LOF是否是導(dǎo)致該疾病執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)[23]，遵照基因與疾病的關(guān)系（必2.對(duì)于喪失功能致病基因的缺失

的明確致病機(jī)制(如GFAP,MYH7)；2）3'端末須至少是“中等”相關(guān)以上，否則不可CNV涉及蛋白重要功能域的多個(gè)(2

端的功能缺失變異需謹(jǐn)慎解讀；3）需注意外使用PVS1證據(jù)）。3.當(dāng)PVS1用于經(jīng)典個(gè)以上)外顯子且導(dǎo)致嚴(yán)重異常的蛋

顯子選擇性缺失是否影響到蛋白質(zhì)的完整剪切位點(diǎn)變異分類證據(jù)時(shí)，不再同時(shí)使白，建議使用PVS1；

性；4）考慮一個(gè)基因存在多種轉(zhuǎn)錄本的情用PP3；3.移碼或涉及起始密碼的缺失CNV

況。】4.用軟件預(yù)測(cè)LOF變異的不計(jì)入本證據(jù)（無(wú)可替代起始密碼）建議使用

鏈，歸入PP3。PVS1；

5.已使用任意強(qiáng)度的PVS1時(shí)不能再同4.對(duì)于小于2個(gè)外顯子的缺失，如果

時(shí)使用PM4。涉及整碼或3’端的缺失CNV，在確

PS1：與先前已確定為致病性的變異有相同的1.“先前已知致病變異”需適合本標(biāo)準(zhǔn)定導(dǎo)致蛋白嚴(yán)重異常時(shí)建議使用

氨基酸改變。例如：同一密碼子，G>C或G>T評(píng)級(jí)，經(jīng)過(guò)評(píng)級(jí)確定其致病性，且對(duì)其PVS1，影響不確定時(shí)建議使用PM4；

改變均可導(dǎo)致纈氨酸→亮氨酸的改變。注意評(píng)級(jí)時(shí)不使用PS1和PM5證據(jù)亦至達(dá)到5.對(duì)于重復(fù)型CNV，如確定為串聯(lián)重

剪切影響的改變致病級(jí)別；復(fù)，且已經(jīng)明確導(dǎo)致蛋白嚴(yán)重異常，

PS2：患者的新發(fā)變異，且無(wú)家族史(經(jīng)雙親2.PS2與PM6互相排斥，只能取其一，建議使用PVS1，影響未知時(shí)建議使

驗(yàn)證)。注：僅僅確認(rèn)父母還不夠，還需注意該項(xiàng)與表型相關(guān)，表型越特異、越吻合，用PM4，預(yù)測(cè)可能有嚴(yán)重影響的視具

捐卵、代孕、胚胎移植的差錯(cuò)等情況證據(jù)強(qiáng)度越高；體情況使用PVS1或PM4；

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PS3：體內(nèi)、體外功能實(shí)驗(yàn)已明確會(huì)導(dǎo)致基因3.新發(fā)變異的特殊情況：對(duì)新發(fā)的X連6.不能明確是否為串聯(lián)重復(fù)的CNV

功能受損的變異?！咀ⅲ汗δ軐?shí)驗(yàn)需要驗(yàn)證鎖變異的未患病母親，除了其兒子攜帶視情況使用PVS1或PM4。

是有效的，且具有重復(fù)性與穩(wěn)定性?！看俗儺惽野l(fā)病外，其家族內(nèi)其他男性親7.PS1的使用可以擴(kuò)展到有類似變異

PS4：變異出現(xiàn)在患病群體中的頻率顯著高于屬不攜帶此變異且不患病，此時(shí)可用該的CNV，涉及最后一個(gè)外顯子的缺

對(duì)照群體。【注：1）可選擇使用相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)值證據(jù)；常染色體隱性遺傳基因中一個(gè)新失，如果有已知類似截短的致病變異

或者OR值來(lái)評(píng)估，建議位點(diǎn)OR大于5.0且發(fā)變異，如果該基因中沒(méi)有找到其他已時(shí)可以用；已有小的致病整碼缺失，

置信區(qū)間不包括1.0的可列入此項(xiàng)；2）極罕知的致病或可能致病的變異時(shí)，新發(fā)變CNV預(yù)測(cè)為整碼缺失時(shí)可用。

見(jiàn)的變異在病例對(duì)照研究可能無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意異證據(jù)強(qiáng)度應(yīng)下調(diào)；明顯的生殖腺嵌合8.PM2/BA1/BS1的使用，可以參照

義，原先在多個(gè)具有相同表型的患者中觀察（如連續(xù)生育多個(gè)攜帶相同變異的患DGV、gnomAD[31]和內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)。需

到該變異且在對(duì)照中未觀察到可作為中等水兒，父母檢測(cè)變異為陰性），可使用此要明確的是數(shù)據(jù)庫(kù)的頻率需要確認(rèn)，

平證據(jù)?！孔C據(jù)，但需確定變異的父系或母系來(lái)源；而且各類疾病的閾值并不一致。

3.PS3與PP3不能同時(shí)使用。是否適合

使用PS3建議依照ClinGen規(guī)范[24]

4.PS4極少用到病例對(duì)照數(shù)據(jù)，一般用先

證者例數(shù)來(lái)計(jì)算[19]對(duì)于常染色體隱性遺

傳病的變異，該條證據(jù)鏈改用PM3。

PM1：位于熱點(diǎn)突變區(qū)域，和/或位于已知無(wú)1.PM1僅用于錯(cuò)義突變及讀碼框內(nèi)的

良性變異的關(guān)鍵功能域（如酶的活性位點(diǎn)）indel變異，對(duì)于截?cái)嘧儺惡屯x變異不

PM2：ESP數(shù)據(jù)庫(kù)、千人數(shù)據(jù)庫(kù)、EXAC數(shù)可使用。建議引入本地統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，根據(jù)

據(jù)庫(kù)中正常對(duì)照人群中未發(fā)現(xiàn)的變異（或隱數(shù)據(jù)庫(kù)給出“熱點(diǎn)”的頻率；得到公認(rèn)

性遺傳病中極低頻位點(diǎn)）?！咀ⅲ焊咄繙y(cè)的熱點(diǎn)區(qū)域建議使用，如KCNQ4基因

序得到的插入/缺失人群數(shù)據(jù)質(zhì)量較差】第271-292氨基酸[16]

PM3：在隱性遺傳病中，在反式位置上檢測(cè)2.人群基因型頻率應(yīng)當(dāng)有特定閾值，不

到致病變異?！咀ⅲ哼@種情況必須通過(guò)患者同類型遺傳病不盡相同，如常染色體顯

父母或后代驗(yàn)證】性和隱性耳聾和的閾值分別設(shè)置為

PM4：非重復(fù)區(qū)框內(nèi)插入/缺失或終止密碼子0.002%和0.07%[16]，部分已經(jīng)明確的高

喪失導(dǎo)致的蛋白質(zhì)長(zhǎng)度變化頻致病位點(diǎn)應(yīng)當(dāng)列為實(shí)驗(yàn)室白名單；

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PM5：新的錯(cuò)義突變導(dǎo)致氨基酸變化，此變3.PM4不適用于移碼突變、無(wú)義突變和

異之前未曾報(bào)道，但是在同一位點(diǎn)，導(dǎo)致另剪切位點(diǎn)突變，已使用PVS1時(shí)不能再

外一種氨基酸的變異已經(jīng)確認(rèn)是致病性的，同時(shí)使用PM4；涉及翻譯起始位點(diǎn)的應(yīng)

如：現(xiàn)在觀察到的是Arg156Cys，而當(dāng)用PVS1評(píng)估。

Arg156His是已知致病的，注意剪切影響的改

變

PM6：未經(jīng)父母樣本驗(yàn)證的新發(fā)變異

PP1：突變與疾病在家系中共分離（在家系多1.符合PM2條件下使用PP1，要求至少

個(gè)患者中檢測(cè)到此變異）?！咀ⅲ喝缬懈嘣谝粋€(gè)家系中看到有共分離現(xiàn)象，不同

的證據(jù)，可作為更強(qiáng)的證據(jù)】的基因或疾病對(duì)于共分離的個(gè)體或家系

PP2：對(duì)某個(gè)基因來(lái)說(shuō)，如果這個(gè)基因的錯(cuò)義要求不同。具體使用請(qǐng)請(qǐng)參見(jiàn)ClinGen

變異是造成某種疾病的原因，并且這個(gè)基因給出的部分基因該條證據(jù)鏈的使用示例

中良性變異所占的比例很小，在這樣的基因[25]

中所發(fā)現(xiàn)的新的錯(cuò)義變異2.PP2可查詢gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因

PP3：多種統(tǒng)計(jì)方法預(yù)測(cè)出該變異會(huì)對(duì)基因或錯(cuò)義變異Z-score（genemissense

基因產(chǎn)物造成有害的影響，包括保守性預(yù)測(cè)、Z-score），當(dāng)Z-score≥3.09時(shí)可認(rèn)為適

進(jìn)化預(yù)測(cè)、剪接位點(diǎn)影響等。【注：由于做用PP2證據(jù)[26]

預(yù)測(cè)時(shí)許多生物信息學(xué)算法使用相同或非常3.PP3用于臨床產(chǎn)前有需要格外小心，如

相似的輸入，每個(gè)算法不應(yīng)該算作一個(gè)獨(dú)立確需用到建議使用綜合多種算法的軟

的標(biāo)準(zhǔn)。PP3在一個(gè)任何變異的評(píng)估中只能件，目前建議參考對(duì)錯(cuò)義變異REVEL

使用一次。】的評(píng)分，當(dāng)評(píng)分>0.75時(shí)可使用PP3證

PP4：變異攜帶者的表型或家族史高度符合某據(jù)（Hearingloss的REVEL值≥0.7）[27]；。

種單基因遺傳疾病4.表型一般不用于判斷位點(diǎn)致病性，除

PP5：有可靠信譽(yù)來(lái)源的報(bào)告認(rèn)為該變異為致非是相關(guān)疾病表型很特異，且遺傳方式

病的，但證據(jù)尚不足以支持進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室獨(dú)立與變異吻合，且該基因很少見(jiàn)良性變異，

評(píng)估可以用PP4；

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5.PP5已經(jīng)棄用

2.良性BA1：ESP數(shù)據(jù)庫(kù)、千人數(shù)據(jù)庫(kù)、EXAC數(shù)獨(dú)立證據(jù)。需要扣除已經(jīng)明確的高頻致

據(jù)庫(kù)中等位基因頻率>5%的變異病位點(diǎn)（白名單）,至少觀察2000個(gè)等

位基因位點(diǎn)。對(duì)于少數(shù)變異雖然等位基

因頻率大于5%仍可能為致病變異，需特

別注意（涉及例外基因至少有

ACAD9,GJB2,HFE,MEFV,PIBF1,ACAD5

,BTD）[28]

BS1：等位基因頻率大于疾病發(fā)病率1.ClinGen變異解讀工作組對(duì)不同疾病

BS2：對(duì)于早期完全外顯的疾病，在健康成年或基因的BS1應(yīng)用頻率有建議，如

人中發(fā)現(xiàn)該變異(隱性遺傳病發(fā)現(xiàn)純合、顯性RASopathy，等位基因頻率>0.025%；

遺傳病發(fā)現(xiàn)雜合，或者X連鎖半合子)CDH1，PTEN等位基因頻率>0.1%；

BS3：在體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)中確認(rèn)對(duì)蛋白質(zhì)功能和剪2.注意BS2的應(yīng)用條件，對(duì)不完全外顯

接沒(méi)有影響的變異疾病不能應(yīng)用此證據(jù)；

BS4：在一個(gè)家系成員中缺乏共分離?！咀ⅲ?.對(duì)于剪切位點(diǎn)，BS3需要注意與軟件

這部分需要考慮復(fù)雜疾病和外顯率下降、性結(jié)果的PP3沖突；

別依賴性外顯、擬表型等問(wèn)題】4.BS1/BS2/BA1都涉及人群頻率數(shù)據(jù)，

不同疾病應(yīng)當(dāng)有不同的閾值，部分疾病

的參考閾值建議參照已有研究數(shù)據(jù)設(shè)定

[29-30]

BP1：已知一個(gè)疾病的致病原因是由于某基因1.當(dāng)某基因的致病變異全部或絕大部分

的截短變異，在此基因中所發(fā)現(xiàn)的錯(cuò)義變異（>90%）為截短變異時(shí)，該基因上發(fā)現(xiàn)

BP2：在顯性遺傳病中又發(fā)現(xiàn)了另一條染色體的錯(cuò)義變異可用BP1；

上同一基因的一個(gè)已知致病變異（反式位2.應(yīng)用BP3時(shí)可通過(guò)UCSC網(wǎng)站

置)，或者是任意遺傳模式遺傳病中又發(fā)現(xiàn)了RepeatMasker工具欄查詢重復(fù)區(qū)域位

同一條染色體上同一基因的一個(gè)已知致病變置；

異（順式位置）3.BP5需要排除以下情況：常染色體隱

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BP3：功能未知重復(fù)區(qū)域內(nèi)的缺失/插入，同性遺傳病攜帶者、導(dǎo)致表型更嚴(yán)重的第

時(shí)沒(méi)有導(dǎo)致基因編碼框改變二個(gè)變異、導(dǎo)致合并第二種遺傳病、雙

BP4：多種統(tǒng)計(jì)方法預(yù)測(cè)出該變異會(huì)對(duì)基因或基因遺傳病和修飾基因；

基因產(chǎn)物無(wú)影響，包括保守性預(yù)測(cè)、進(jìn)化預(yù)4.BP6已經(jīng)棄用；5.BP7的使用需要慎重

測(cè)、剪接位點(diǎn)影響等?！咀ⅲ河捎谧鲱A(yù)測(cè)時(shí)排除影響剪切。

許多生物信息算法使用相同或非常相似的輸

入，每個(gè)算法不應(yīng)該算作一個(gè)獨(dú)立的標(biāo)準(zhǔn)。

BP4在任何一個(gè)變異的評(píng)估中只能使用一

次。】

BP5：在已經(jīng)有另一分子致病原因的病例中發(fā)

現(xiàn)的變異

BP6：有可靠信譽(yù)來(lái)源的報(bào)告認(rèn)為該變異為良

性的，但證據(jù)尚不足以支持進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室獨(dú)立

評(píng)估。

BP7：同義變異且預(yù)測(cè)不影響剪接

表2變異分類標(biāo)準(zhǔn)

變異分類證據(jù)條件

致病性(i)1個(gè)非常強(qiáng)(PVS1)和

(a)≥1個(gè)強(qiáng)(PS1～PS4)或

(b)≥2個(gè)中等(PM1～PM6)或

(c)1個(gè)中等(PM1～PM6)和1個(gè)支持(PP1～PP5)或

(d)≥2個(gè)支持(PP1～PP5)

(ii)≥2個(gè)強(qiáng)(PS1～PS4)或

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(iii)1個(gè)強(qiáng)(PS1)和

(a)≥3個(gè)中等(PM1～PM6)或

(b)2個(gè)中等(PM1～PM6)和≥2個(gè)支持(PP1～PP5)或

(c)1個(gè)中等(PM1～PM6)和≥4個(gè)支持(PP1～PP5)

可能致病性(i)1個(gè)非常強(qiáng)(PVS1)和1個(gè)中等(PM1～PM6)或

(ii)1個(gè)強(qiáng)(PS1～PS4)和1～2個(gè)中等(PM1～PM6)或

(iii)1個(gè)強(qiáng)(PS1～PS4)和≥2個(gè)支持(PP1～PP5)或

(iv)≥3個(gè)中等(PM1～PM6)或

(v)2個(gè)中等(PM1～PM6)和≥2個(gè)支持(PP1～PP5)或

(vi)1個(gè)中等(PM1～PM6)和≥4個(gè)支持(PP1～PP5)

良性(i)1個(gè)獨(dú)立(BA1)或

(ii)≥2個(gè)強(qiáng)(BS1～BS4)

可能良性(i)1個(gè)強(qiáng)(BS1～BS4)和1個(gè)支持(BP1～BP7)或

(ii)≥2個(gè)支持(BP1～BP7)

臨床意義不明(i)不滿足上述標(biāo)準(zhǔn)或

(ii)良性和致病標(biāo)準(zhǔn)相互矛盾

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9.3數(shù)據(jù)分析流程

ES下機(jī)數(shù)據(jù)分析前應(yīng)當(dāng)檢查完善運(yùn)行環(huán)境和必備數(shù)據(jù)庫(kù)，以illumina測(cè)序平臺(tái)為例，應(yīng)當(dāng)

在數(shù)據(jù)分析前具備完整的運(yùn)行環(huán)境，如linux操作系統(tǒng)，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、拆分軟件，參考基因組、基

因組注釋數(shù)據(jù)庫(kù)、變異數(shù)據(jù)庫(kù)等，各個(gè)軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)當(dāng)備注版本號(hào)和日期。

ES數(shù)據(jù)分析SNV和indel有較強(qiáng)優(yōu)勢(shì)，對(duì)于CNV的檢測(cè)和分析能力會(huì)根據(jù)不同的檢測(cè)方案有

較大差異，小至數(shù)個(gè)基因的panel到全外顯子組均是針對(duì)特定基因組區(qū)域的不連續(xù)檢測(cè)，因此在

CNV檢測(cè)時(shí)會(huì)面臨信號(hào)不連續(xù)和斷點(diǎn)不準(zhǔn)確的問(wèn)題，WGS可以較為全面的檢測(cè)CNV。從下機(jī)數(shù)據(jù)到

最后的變異列表的分析流程簡(jiǎn)圖如下。

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10變異結(jié)果報(bào)告建議

10.1概述

鑒于胎兒表型信息不足、胎兒的快速發(fā)育變化以及目前醫(yī)學(xué)對(duì)于疾病的認(rèn)知水平所限，產(chǎn)前

ES的報(bào)告范圍（含基因范圍和變異范圍）應(yīng)該在檢測(cè)前做好設(shè)定。原則上應(yīng)當(dāng)以保護(hù)胎兒為前提，

將報(bào)告范圍限定于表型—基因型關(guān)系證據(jù)充分的基因范圍，如ClinGen評(píng)級(jí)Strong和Definitive

的基因（查詢網(wǎng)址：/kb/gene-validity），其余基因上的

發(fā)現(xiàn)應(yīng)該在檢測(cè)前知情同意書(shū)限定的范圍內(nèi)進(jìn)行報(bào)告，且僅在結(jié)果附表中做為額外發(fā)現(xiàn)報(bào)告（如

需報(bào)告）。如發(fā)現(xiàn)表型部分相似但表型-基因型關(guān)系證據(jù)尚不夠充分的基因、明確的遲發(fā)性疾病致

病基因型或者其他有明確臨床意義的變異或可能產(chǎn)生其他后果的，應(yīng)在檢測(cè)前明確商定是否報(bào)告。

結(jié)果描述中需寫(xiě)明基因名（規(guī)范名稱，避免使用舊稱）、轉(zhuǎn)錄本號(hào)、變異位置（須規(guī)范）和

類型（編碼區(qū)變異需注明氨基酸改變）。所有對(duì)基因變異的描述均應(yīng)當(dāng)依照人類基因組變異協(xié)會(huì)

（HGVS）規(guī)范（HGVSRecommendationsfortheDescriptionofSequenceVariants:2016Update）

進(jìn)行；涉及CNV的描述應(yīng)當(dāng)依照人類細(xì)胞遺傳學(xué)術(shù)語(yǔ)國(guó)際命名體制（ISCN）規(guī)范（ISCN2016:An

InternationalSystemforHumanCytogenomicNomenclature(2016)），變異應(yīng)當(dāng)寫(xiě)明新發(fā)或

親本來(lái)源。

每一個(gè)變異的臨床意義均需要提供說(shuō)明，含分類依據(jù)及代表性病例的相關(guān)產(chǎn)前產(chǎn)后臨床表現(xiàn)，

并給與書(shū)面咨詢意見(jiàn)。

對(duì)于CNV，尤其是包含一個(gè)以上基因的CNV，報(bào)告規(guī)范參照已有標(biāo)準(zhǔn)共識(shí)[21]，本文僅重點(diǎn)闡

述SNV，Indel和基因內(nèi)CNV的報(bào)告建議。

10.2對(duì)“范圍內(nèi)”基因變異的報(bào)告建議

此處“范圍內(nèi)”基因是特指產(chǎn)前ES檢測(cè)時(shí)可以進(jìn)行預(yù)測(cè)性分析和報(bào)告的基因列表，需要在檢

測(cè)前擬定（如ClinGen評(píng)級(jí)Strong和Definitive的基因作為目標(biāo)范圍，參見(jiàn)附錄D），并在檢

測(cè)前知情同意書(shū)中說(shuō)明。“范圍內(nèi)基因”可以根據(jù)實(shí)際情況增補(bǔ)，建議動(dòng)態(tài)更新并在檢測(cè)前說(shuō)明。

10.2.1對(duì)“致病性”和“可能致病”變異的報(bào)告建議

對(duì)“范圍內(nèi)”基因的變異位點(diǎn)，評(píng)價(jià)為“致病性”和“可能致病”應(yīng)當(dāng)報(bào)告，寫(xiě)明基因名（規(guī)

范名稱，避免使用舊稱）、轉(zhuǎn)錄本號(hào)、變異位置（須規(guī)范）和類型（編碼區(qū)變異需注明氨基酸改

變）。變異應(yīng)當(dāng)寫(xiě)明新發(fā)或親本來(lái)源。

對(duì)“范圍內(nèi)”基因所檢測(cè)到評(píng)價(jià)為“致病性”和“可能致病性”的涉及一個(gè)或數(shù)個(gè)外顯子的

CNV，因精確度較低，在決定是否報(bào)告前必須用其他實(shí)驗(yàn)方法確認(rèn)CNV的準(zhǔn)確性。

需要對(duì)每一個(gè)變異的臨床意義提供說(shuō)明，含分類依據(jù)或代表性病例的相關(guān)產(chǎn)前產(chǎn)后臨床表現(xiàn)

并給與書(shū)面咨詢意見(jiàn)，（詳見(jiàn)附錄C）

10.2.2對(duì)“臨床意義不明確”變異的報(bào)告建議

對(duì)“范圍內(nèi)”基因的“臨床意義不明確”的變異位點(diǎn)建議結(jié)合臨床具體情況報(bào)告：（1）變異

所涉及疾病的相關(guān)特異性表型（如“草莓頭”、“臼齒征”）與胎兒超聲或MRI表現(xiàn)高度吻合的

位點(diǎn)，建議報(bào)告；（2）變異相關(guān)非特異性表型（如“腸管回聲增強(qiáng)”、“脈絡(luò)叢囊腫”）與胎兒

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