1、基因組學整理試題填空題：1.位置效應的兩種類型：穩(wěn)定型，花斑型2.細胞器基因組：線粒體基因組，葉綠體基因組3.基因組進化的分子基礎：突變，重組，轉座4.RNA聚合酶的三種類型：pol1(RNA聚合酶1),pol2（RNA聚合酶2）,pol3（RNA聚合酶3）5.轉座子分類：DNA轉座子，逆轉錄轉座子6.克隆載體的幾種類型：YAC,BAC,HAC,MAC7.重疊群組建的方法：步移法，指紋法名詞解釋：1.C值：是指一個單倍體基因組中DNA的總量，一個特定的種屬具有特征的C值。2.C值悖理：生物種屬所具有的基因數(shù)目與其生物結構的復雜性不成比例的現(xiàn)象. 3.N值悖理：基因數(shù)目與進化程度或生物復雜性的不

2、對應性，稱之為N值悖理（N所表示的是基因數(shù)目）。4.基因家族:來自一個共同的祖先, 因基因加倍和趨異產生許多在DNA序列上基本一致而略有不同的成員。 1）大部分擔負類似的生物學功能. 2）比較各個成員間的序列差異，可追蹤基因的演變軌跡。5.假基因：來源于功能基因但已失去原來功能的DNA序列.包括重復假基因、加工假基因、殘缺假基因。6. DNA標記 -限制性片段長度多態(tài)性（ RFLP）同一物種的亞種、品系或個體間基因組DNA 受到同一種限制性內切酶作用而形成不同的酶切圖譜的現(xiàn)象-簡單序列長度多態(tài)性（SSLP）可變排列的簡單重復序列, 即重復次數(shù)不一,在染色體的同一座位重復序列拷貝數(shù)不同;包括倆種

3、類型：小衛(wèi)星序列（VNTR）、微衛(wèi)星序列(SSR）-單核苷酸多態(tài)性（SNP）SNP是指同一物種不同個體基因組DNA的等位序列上單個核苷酸存在差異的現(xiàn)象。其中最少一種在群體中的頻率不小于1；如果出現(xiàn)頻率低于1，則視作點突變。7.序列間隙： 因覆蓋率的原因而留下的未能測序的序列，仍存在于克隆文庫中, 這類間隙稱為序列間隙。 物理間隙：因克隆載體自身的限制或DNA順序特殊的組成等原因造成某些序列丟失或未能克隆, 這類間隙稱為物理間隙。8. 表達序列標簽（EST）：基因轉錄產物的一段cDNA序列。9. 轉座因子：原核生物與真核生物基因組中廣泛存在的一類可以移動位置的遺傳因子。10. CpG島:基因組中

4、富含GC堿基的DNA區(qū)段。滿足CpG島的條件為: 1) 連續(xù)500 bp的DNA順序; 2) C+G含量大于55%; 3) 觀測到的CpG雙堿基數(shù)目與預期的數(shù)目之比大于0.65.11. 位置效應:由于基因變換了在染色體上的位置而引起表現(xiàn)型改變的現(xiàn)象。 12. 順式作用元件：轉錄上游區(qū)與轉錄相關的具有調控作用DNA序列。13. 反式作用因子：能夠直接或間接辨認、結合轉錄上游的調控區(qū)段DNA的蛋白質。14. RNA編輯：某些RNA，特別是mRNA的一種加工方式，它導致了DNA所編碼的遺傳信息的改變，因為經(jīng)過編輯的mRNA序列發(fā)生了不同于模板DNA的變化。 包括：單堿基突變和尿苷酸的缺失和添加 。

5、15. 大分子DNA克隆載體構建:酵母人工染色體（YAC）： 是利用釀酒酵母的染色體的復制元件構建的載體，其工作環(huán)境在釀酒酵母中。它可以克隆和分析大片段的染色體DNA，并且可以分離那些在大腸桿菌中不可能得到的序列。將來自其他物種的較大片段DNA連接到酵母DNA上，在宿主細胞中外來DNA能隨著酵母細胞中的其他染色體一起復制。細菌人工染色體（BAC）：以細菌F因子為基礎，人工構建的環(huán)狀的DNA分子。可以攜帶大于100-350Kb的外源DNA片段。16. 表觀遺傳：DNA序列不發(fā)生改變但基因表達卻發(fā)生了變化的一種有別于傳統(tǒng)遺傳學的遺傳方式。17. 絕緣子：可以阻止鄰近位置激活或失活效應的順序現(xiàn)在稱之

6、為絕緣子（insulator）。簡答題：一 簡述原核生物基因組和真核生物基因組的特點和差異真核生物基因組的特征：1)結構松弛2)大量重復序列3)由線性DNA與蛋白質組成染色體結構4)含有細胞器基因組1.多個染色體（酵母除外），基因數(shù)相對較多，在染色體上分布不均勻2.功能相關的基因大多分散在不同的染色體上。即使成簇排列也不存在操縱子結構。轉錄產物為單順反子3.非編碼序列遠遠多于編碼序列4.含有大量重復序列5.真核基因是斷裂基因6.相關的基因構成各種基因家族原核生物基因組的特征：1)結構緊湊2)大小在5 Mb以下3)缺少重復序列4)很少非編碼序列1.單一染色體、單一DNA復制起點，基因數(shù)量較少.

7、2.功能相似的基因往往定位在同一區(qū)域。操縱子是原核生物基因組的特征。3.多為單拷貝基因（單一序列基因）4.絕大多數(shù)基因都是可表達的, 非表達基因少5.轉錄產物為多順反子mRNA6.編碼序列一般不重疊7.基因序列是連續(xù)的，無內含子。二 第一、二、三代測序技術的代表及其基本原理第一代測序技術1.鏈終止法：合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈，由于合成的互補鏈可在不同位置隨機終止反應，產生只差一個核苷酸的DNA分子，從而來讀取待測DNA分子的序列。2.化學降解法：將一個DNA片段的一端作放射性標記，再分別采用不同的化學方法修飾和裂解特定堿基，從而產生一系列長度不一的片段，這片段群通過凝膠電泳分離，確定各

8、片段末端堿基第二代測序技術3.自動化測序：（1）熒光染料標記，由于每種ddNTP帶有各自特定的熒光顏色，而簡化為由1個泳道同時判讀4種堿基。（2）毛細管電泳：毛細管裝置有96個泳道，每次可同時進行96次測序4.焦磷酸測序：脫氧三磷酸核苷酸連接到DNA 3-末端時會釋放1個焦磷酸(PPi) ，焦磷酸在磷酸化酶的作用下轉化為化學能，并發(fā)出光亮。5.循環(huán)陣列合成測序6.芯片測序：雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法。在一塊基片表面固定了已知序列的八核苷酸的探針，當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的核酸探針產生互補匹配時，通過

9、確定熒光強度最強的探針位置，獲得一組序列完全互補的探針序列。據(jù)此可重組出靶核酸的序列。第三代測序技術（單分子測序，直接測序）單分子測序儀、SMRT技術和納米孔單分子技術。三 作圖法測序與鳥槍法測序的區(qū)別序列組裝原理:直接從已測序的小片段中尋找彼此重疊的測序克隆，然后依次向兩側鄰接的序列延伸。1.全基因組鳥槍法是一種快速獲得真核基因組的方法。 “由下而上”測序。此測序方法繞過分離基因的難關，在基因組DNA文庫中篩選出目的基因。且不需背景信息，時間短，需要大型計算機，得到的是草圖(Draft)，但最終排序結果的拼接組裝不容易。2.克隆重疊群法，又稱作圖法測序，限制測序。 “由上而下”測序。項 目

10、策 略全基因組霰彈法逐步克隆法遺傳背景不需要需要（需構建精確的物理圖譜）速度快慢費用低高計算機性能高（以全基因組為單位進行拼接）低（以BAC為單位進行拼接）適用范圍工作框架圖精細圖代表測序物種果蠅、水稻人、線蟲這種逐步測序的方法花時間多，但可以得到精確圖譜。四 基因功能檢測的方法答：1 基因失活是基因功能分析的主要手段方法：基因剔除2 基因的過量表達用于基因功能預測技術：增加拷貝數(shù)，提供強啟動子3 高通量基因功能的研究方法1）突變庫構建2）RNA干擾與基因功能檢測3）蛋白質互作五 mRNA如何進行加工與修飾答： 1）mRNA的5端加帽帽子結構：7-甲基鳥苷三磷酸功能：在翻譯過程中起識別作用，以及對mRNA起穩(wěn)定作用 2）mRNA的3端多聚腺苷酸化（加尾）尾部結構：3端的polyA功能：對mRNA的成熟是必要的，防止核酸外切酶對mRNA信息序列的降解 3）修飾（對某些堿基進行甲基化）甲基化：m6A（N6_甲基腺嘌呤）功能：可能對mRNA前體加工起識別作用 4）mRNA的剪接，即剔除內含子，連接外顯子形成成熟的mRNA 5）RNA編輯mRNA由于堿基的插入，缺失或置換而改變DNA模板來源的遺傳信息，引起編碼信息的改變，翻譯出多種氨基酸序列不同的蛋白質，是基因