1、從遺傳病的角度看變形檢查醫(yī)學(xué)，廣東省婦幼保健院轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心：張亮博士，1。技術(shù)日報：今年1月30日，美國總統(tǒng)貝拉克侯賽因奧巴馬在白宮正式宣布了“精密醫(yī)學(xué)”研究計劃。什么是精確醫(yī)學(xué)？美國開始的精密醫(yī)學(xué)研究計劃的主要內(nèi)容是什么？曹雪濤：精密醫(yī)學(xué)以個性化醫(yī)療為基礎(chǔ)，基因組測序技術(shù)迅速發(fā)展，生物信息和大數(shù)據(jù)科學(xué)相互應(yīng)用發(fā)展起來的新醫(yī)學(xué)概念和醫(yī)學(xué)模式實質(zhì)上通過基因組、蛋白質(zhì)組學(xué)等群體技術(shù)和醫(yī)學(xué)前沿技術(shù)，對大樣本人口和特定疾病類型進(jìn)行生物標(biāo)記分析、確認(rèn)和應(yīng)用，準(zhǔn)確找出病因和治療對象，以及，2，的診斷需要早期診斷，早期干預(yù)，經(jīng)常采集血液樣本個體化治療，已經(jīng)診斷出疾病，經(jīng)常收集病變組織樣本，為腫瘤量身定制治療

2、，3，林爽提供的樣品，外周血樣品；腦脊液等其他體液糞、尿等糞便新鮮組織樣本；石蠟包埋組織樣品；4，圍繞外周血液樣本的醫(yī)學(xué)研究，血漿，自由DNA，自由RNA，蛋白質(zhì)，細(xì)胞內(nèi)DNA，細(xì)胞內(nèi)RNA，細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)，5。血漿中生物分子的使用，血漿，自由DNA:鄭智薰侵襲性產(chǎn)前篩查，腫瘤早期診斷，腫瘤治療療效評價，自由RNA，蛋白質(zhì)：鄭智薰侵入性產(chǎn)前篩查，腫瘤早期診斷，腫瘤治療療效評價，6，血漿中自由DNA的用途之一：鄭智薰侵入產(chǎn)前篩查；方法學(xué)：第二代測序；高密度SNP芯片技術(shù)。21，13，18歲染色體的三體7，高度甲基化的Septin9基因是結(jié)直腸癌癌變過程中特定早期診斷的標(biāo)記之一，在結(jié)直腸癌發(fā)病初期，

3、高度甲基化的Septin9基因被癌細(xì)胞釋放，參與血液循環(huán)，通過檢測外周血中Septin9基因的甲基化程度，可以初步判斷被檢查者患大腸癌的危險。腫瘤細(xì)胞，正常細(xì)胞，注冊號：國家機器注入201434056；制造商名稱：EpiGenomics AG(德國)產(chǎn)品名稱；Septin9基因甲基化檢測套件(PCR熒光探針法):僅需要一個基因的甲基化檢測，因此，我國首次批準(zhǔn)了DNA甲基化中腫瘤的早期診斷產(chǎn)品，8，結(jié)直腸癌的致癌和Septin9基因甲基化，腫瘤細(xì)胞，正常細(xì)胞，未甲基化細(xì)胞，9，血漿中自由DNA的用途3:腫瘤治療效果監(jiān)測，Science translation medicine，19 febrar

4、y 2014，vol6 ctDNA: circulating tumor DNA，10。使用ctDNA監(jiān)測腫瘤療效，CT DNA含量，腫瘤組織體積，左側(cè)，化療后肺癌組織體積沒有明顯變化，但CT DNA消失22個月后患者沒有復(fù)發(fā)；右，化療后肺癌組織體積明顯減少，但ctDNA含量上升，結(jié)果12個月后發(fā)現(xiàn)腫瘤轉(zhuǎn)移，13個月內(nèi)患者死亡的Newman，a.m et al .nature medicine，2014，20(5)336058-5558，要研究外周血中自由DNA的關(guān)鍵因素，找出病變組織特征DNA甲基化、DNA點突變(非先天性體細(xì)胞突變)等biomarker。例如，如果乳腺癌患者的癌癥組織中有B

5、RAF基因突變，就可以通過血漿檢測到。方法：第二代測序和數(shù)字PCR技術(shù)，12，提取腫瘤患者5ml外周血，其中提取ctDNA，檢測0.01以下的突變DNA，稀釋數(shù)萬倍，每油包進(jìn)口商最多包含1個DNA副本，VIC熒光通道，dPCR熒光檢測，圍繞外周血液樣本的醫(yī)學(xué)研究，血漿，自由DNA，自由RNA，蛋白質(zhì)，細(xì)胞內(nèi)DNA，細(xì)胞內(nèi)RNA，細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)，14。血細(xì)胞DNA手指遺傳性，細(xì)胞內(nèi)DNA，細(xì)胞內(nèi)RNA，細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)，致病突變，易感基因，15，基因的致病突變，單遺傳?。旱刂泻Ｘ氀巡?，DMD。新生兒氣短綜合征中的ABCA3、SFTPB、SFTPC、FOXF1、NKX2.1、CSFR2A、CSFR

6、2B基因突變可以引起藥體患者，GALNTL5基因突變基本上是基因突變對蛋白質(zhì)編碼的功能致病突變、多態(tài)性和林爽意義不明確的突變(核酸堿基，基因芯片在地面貧基因突變檢測中的應(yīng)用，基因芯片，膜基質(zhì)基因芯片，玻璃基質(zhì)基因芯片，基于流道的基因芯片-液相芯片，17，濟貧基因突變檢測液體芯片技術(shù)，1，目前市場上有一些貧窮的基因突變檢測工具包，為什么要開發(fā)基于液體芯片的工具包？2、為什么我國廣東、廣西、海南等熱帶沿海一代的土地貧困到地中海沿岸一代的高發(fā)病率？3.隨著濟貧基因檢查的繼續(xù)進(jìn)行，中貧兒童的出生越來越少，濟貧基因檢查是否越來越重？18，目前地貧點突變的主要診斷方法-斑點反相膜雜交技術(shù)，19，當(dāng)前濟貧部

7、落損失的診斷方法-GapPCR，20，逆相粘性膜雜交方法的缺陷，1，樣品通量不足，自動化程度低；2、結(jié)果的審判需要實驗者積累更長的經(jīng)驗；3、點突變和缺失突變檢測分為不同的試劑盒測試。特別是在新體質(zhì)項目中，工作量增加，21，國內(nèi)2004年液體芯片開發(fā)地賓基因診斷的好前景，22，逆相性斑點雜交引起的地貧診斷原理設(shè)計圖，檢查對象基因片段或玻璃片或硝酸纖維素膜，探針，23，1，2，3，多達(dá)100種微球，被檢查的基因片段和液相芯片雜交原理圖，高水平自動化，大測試樣本，準(zhǔn)確結(jié)果，24，damentanginex 100種代碼，其他紅外材料混合，25，反相斑點混合，行和列位置編碼，基因組DNA、PCR A系

8、統(tǒng)、擴增點突變、PCR B系統(tǒng)、擴增缺失突變、標(biāo)記序列、生物素、A系統(tǒng)和B系統(tǒng)PCR產(chǎn)品混合、使用8系列或96孔板中的MAGPIX自動檢測、MAGPIX液體懸浮芯片技術(shù)檢測吉賓基因突變的技術(shù)途徑、全程6小時，廣東省mch醫(yī)院開發(fā)了地貧液芯片，廣東省分子流動曹征，14332個家庭，共制作了40808個樣品。，27，廣東省戶籍人口中土地貧困的平均攜帶率為16.8。其中13.31%是土地貧困的突變，4.53%是區(qū)域貧困的突變，在地貧芯片技術(shù)的應(yīng)用中，地方貧困的基因攜帶分子流調(diào)控。28、以上分子流動調(diào)節(jié)是自身專利液相芯片套件技術(shù)，29，Amj hematol.2014 aug 13。doi : 10.

9、1002，脂肪mch發(fā)表的runex液體芯片方法文章，30。液體芯片的優(yōu)點是1，在液體環(huán)境下完全完成芯片反應(yīng)，所以重復(fù)性高，準(zhǔn)確度高。2、高自動化，系統(tǒng)集每天完成500個樣品測試，測試能力為目前方法的8倍以上；3、檢測突變網(wǎng)站，中國人口中常見的23個突變網(wǎng)站對吉彬的17個點突變，對吉彬的3個點突變，對吉彬的3個缺失突變，可以一次檢查；4、結(jié)果不需要人的肉眼判斷，通過數(shù)據(jù)處理自動給出；31，Luminex是呼吸機病原體液相芯片，32，血細(xì)胞DNA手指遺傳性，細(xì)胞內(nèi)DNA，細(xì)胞內(nèi)RNA，細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)，致病突變，易感基因，33。但迄今為止通過GWAS方法發(fā)現(xiàn)了與子癇前期相關(guān)的兩個易感基因，STOX1

10、和ACVAR2A。即使在統(tǒng)計上稍有注意的情況下，危險系數(shù)OR值也不超過1.5倍，沒有實際臨床價值，很多疾病(如懷孕疾病)都有遺傳特性，因此在懷孕前通過血液樣本的DNA分析預(yù)測女性懷孕的可能性，進(jìn)行早期干預(yù)，基因的易感SNP部位，34，35，如何評價易感基因的臨床應(yīng)用是否可行，安徽省醫(yī)學(xué)院獎學(xué)金組，銀屑病易感基因GWAS研究nature genetics，2009，vol41 psols1基因的rs1265181部位，p=1.9310-208，OR22，多囊卵巢綜合征，早產(chǎn)，唇腭裂迄今尚未發(fā)現(xiàn)可應(yīng)用林爽的易感基因。BRCA1/A2基因，基因的易感突變，plon，S.E .et al.human

11、mutation，2008，37。a1，b5，B4，B2，B3，B6，B1，C1，/-，-，-/-，-/-，-/-，-/-，外周血中核細(xì)胞基因表達(dá)RNA的研究價值，細(xì)胞內(nèi)DNA，細(xì)胞內(nèi)RNA，細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)，基因芯片技術(shù)和第二代測序技術(shù)，外周血中3萬多個基因的表達(dá)信息，39，39等環(huán)境變化，腫瘤細(xì)胞分泌某些化學(xué)因子，刺激外周血中核細(xì)胞的基因表達(dá)變化，40，篩選外周血中結(jié)核感染活性狀態(tài)的基因表達(dá)標(biāo)記，Nature，19 August 2010，大多數(shù)人在結(jié)核病感染后無癥狀，處于潛伏期。只有10人會發(fā)展成活躍的結(jié)核病。目前還無法檢測到什么樣的人會發(fā)展成活性結(jié)核病。41，實驗樣本來源，最初測試三名患者

12、：59人，分析過程中排除了19人。一名患者超出實驗設(shè)計，在5名活性TB患者的培養(yǎng)中未發(fā)現(xiàn)TB，7名潛伏TB患者被檢測為IGRA陰性，2名狀態(tài)測試組陽性，1名比較IGRA結(jié)果未得到確認(rèn)。實驗中，一名參加者的RNA提取后也不足，分析也排除在外，最終有42名參加者，包括12名正常對照組；17名TB潛伏者；13例活動TB患者。第一批驗證集患者：英國London地區(qū)75名參與者，8名活動TB患者陽性語音，1名活動TB患者血液樣本不足，1名活動TB患者HIV陽性，7名潛伏期IGRA檢測語音，1名TST陽性對照狀態(tài)，3名IGRA陽性狀態(tài)等分析過程中排除了21人最終54個樣本參與了分析，包括12名對照組、12

13、名潛在TB患者和21名活性TB患者。來自南非開普敦地區(qū)85名參加者的第二名validation set患者，32名沒有象征多種標(biāo)準(zhǔn)，最終有51名藝人參與，將31名潛伏期TB患者、30名活躍期TB患者分開，沒有設(shè)置健康對照組。42，篩選結(jié)果表明，基因可以反應(yīng)治療療效，這393個基因的表達(dá)變化會隨著活動患者的治療而消失，可以通過監(jiān)測外周血的表達(dá)變化來監(jiān)測治療效果。thus the blood transcription al signature of patients with active TB could be used to monitor effecticacy of treatment，

14、And is reflective of ttreatment，對TB感染進(jìn)行了特定的基因篩選，之前發(fā)現(xiàn)的這393個基因可能出現(xiàn)在很多疾病中的共同炎癥反應(yīng)，因此作者進(jìn)一步篩選了86個基因，與其他細(xì)菌感染疾病及炎癥疾病相比，將這393個基因指定為TB級患者。44，經(jīng)過篩選的TB-specific的86個基因仍然是疾病的差異，45，這86個基因也有治療效果，46，文章結(jié)論，this signature of active TB，activated in 10-20% of patients with latent TB，May identify those individuals who will

15、 deviduals，48，未經(jīng)確認(rèn)的致病源高吞吐量篩選基因芯片技術(shù)的歷史發(fā)展：國際上已經(jīng)開發(fā)了針對未確認(rèn)病原體引起的突發(fā)疾病的快速檢測芯片技術(shù)，但還僅限于美國，例如美國加州大學(xué)舊金山迪里斯I研究所開發(fā)的1500多種病毒的Virochip芯片1，美國哥倫比亞大學(xué)利普金研究所和美軍合作開發(fā)的1710種病毒，135種細(xì)菌，73種真菌，66種MDA芯片3由美國勞倫斯利弗莫爾全球安全國家實驗室開發(fā)，同時檢測所有排序的細(xì)菌和病毒，在實際臨床應(yīng)用中解決了大量未確認(rèn)的致病源檢測問題。4，1 chiu，c.y .et al .j clin microbiol，2007.45(7): 2340-3.3 ，49，國內(nèi)開發(fā)的高吞吐量致病源篩選芯片，廣東mch簽署了文章，49，50，1，芯片上共6萬個探針，能檢測以脊椎動物為宿主的2554種病毒；124種細(xì)菌，38種真菌，47種寄生蟲。而且，每個致病源檢測指標(biāo)都設(shè)計了多個探