1、生物信息學(xué)網(wǎng)站分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)綜合目錄1. SRS序列查詢系統(tǒng)(分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)瀏覽器) http:/www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及服務(wù)器概覽 /people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet圖書館 4. DBGET數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接 http:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因組研究數(shù)據(jù)庫(kù)與精選服務(wù)器 6. 約翰. 霍普金斯大學(xué)

2、(Johns Hopkins University) OWL網(wǎng)絡(luò)服器 /Dan/proteins/owl.html7. 生物網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)列表(LiMB) gopher://11/molbio/other9. 病毒學(xué)的WWW服務(wù)器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人類基組圖譜計(jì)劃研究中心 http

3、:/www.hgmp.mrc.ac.uk/11. 生物學(xué)家和生物化學(xué)家的WWW資源 http:/www.yk.rim.pr.jp/aisoai/index.html12. 其他生物網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器的鏈接 /biolinks.html13. 分子模型服務(wù)器與數(shù)據(jù)庫(kù) /lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO實(shí)際結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) http:/xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白質(zhì)科學(xué)家的網(wǎng)絡(luò)資源 /protein/

4、ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物學(xué)服務(wù)器 http:/expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗體研究網(wǎng)頁(yè) 18. 生物信息網(wǎng)址 http:/biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 喬治.梅森大學(xué)(George Mason University)的生物信息學(xué)與計(jì)算分子生物學(xué)專業(yè) /michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN數(shù)據(jù)

5、庫(kù)目錄 biogen.fr/services/dbcat/21. 國(guó)家生物技術(shù)信息研究室 /data/data.html22. 人類基因組計(jì)劃情報(bào) /TechResources/Human_Genome23. 生物學(xué)軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)檔案 /Dan/software/biol-links.html24. 蛋白質(zhì)組研究：功能基因組學(xué)的新前沿(著作目錄) http:/expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列與結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)一 主要的公共序列數(shù)據(jù)

6、庫(kù)1. EMBL WWW服務(wù)器 http:/www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 數(shù)據(jù)庫(kù)查詢形式(得到Genbank的一個(gè)記錄) /genbank/query_form.html3. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)WWW服務(wù)器(得到一PDB結(jié)構(gòu)) 4. 歐洲生物信息學(xué)研究中心(EBI) http:/www.ebi.ac.uk/5. EBI產(chǎn)業(yè)支持 http:/industry.ebi.ac.uk/6. SWISS-PROT(蛋白質(zhì)序列庫(kù)) http:/www.e

7、xpasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) http:/BioMedN/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及觀察一蛋白質(zhì)分子) /modeling/net_services.html9. PIR國(guó)際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) /Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)分類)，MRC http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.l.ht

8、ml11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫數(shù)據(jù)庫(kù) /immuno/index.html12. TIGR數(shù)據(jù)庫(kù) /tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez瀏覽器 /Entrez/index.html14. 劍橋結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(小分子有機(jī)的及有機(jī)金屬的結(jié)晶結(jié)構(gòu)) http:/www.ccdc.cam.ac.uk15. 基因本體論壇 /GO/二. 專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)1. ANU生物信息學(xué)超媒體服務(wù)(病毒數(shù)

9、據(jù)庫(kù)、分類及病毒的命名法) .au/2. O-GLYCBASE(O聯(lián)糖基化蛋白質(zhì)的修訂數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因組序列數(shù)據(jù)序(GSDB)(已注釋的DNA序列的關(guān)系數(shù)據(jù)序) 4. EBI蛋白質(zhì)拓?fù)鋱D http:/www3.ebi.ac.uk/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陳代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù)(EMP) /6. 大腸桿菌數(shù)據(jù)庫(kù)收集(ECDC)(大腸桿菌K12的DNA

10、序列匯編) http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大腸桿菌基因及其新陳代謝的百科全書) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy實(shí)驗(yàn)室的snoRNA數(shù)據(jù)庫(kù) /snoRNAdb/9. GenproEc(大腸桿菌基因及蛋白質(zhì)) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞桿菌的非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(釀酒酵母蛋白

11、質(zhì)) /YPDhome.html12. 酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù) /Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源數(shù)據(jù)庫(kù)匯編) /14. MPDB(分子探針數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列匯編 http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trn

12、a/index/html16. 貝勒醫(yī)學(xué)院(Baylor College of Medicine)的小RNA數(shù)據(jù)庫(kù) /dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信號(hào)識(shí)別粒子數(shù)據(jù)庫(kù)) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)計(jì)劃) /19. 小核糖體亞蛋白R(shí)NA結(jié)構(gòu) http:/rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖體亞蛋白R(shí)NA結(jié)構(gòu) http:/rrna.uia.ac.be/

13、lsu/index.html21. RNA修飾數(shù)據(jù)庫(kù) /RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖體RNA突變數(shù)據(jù)庫(kù)) /Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25.

14、KabatMan(抗體結(jié)構(gòu)及序列信息數(shù)據(jù)庫(kù)) .uk/abs26. ALIGN(蛋白質(zhì)序列比對(duì)一覽) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類系統(tǒng)) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath28. ProDom(蛋白質(zhì)域數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks數(shù)據(jù)庫(kù)(蛋白質(zhì)分類系統(tǒng)) /30. HSSP(按同源性導(dǎo)出的蛋白

15、質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于結(jié)構(gòu)比對(duì)的蛋白質(zhì)折疊分類) http:/www2.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白質(zhì)域(已注釋的蛋白質(zhì)序列片斷) http:/www.icgeb.trieste.it/sbasessrv/33. TransTerm(翻譯控制信號(hào)數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/uther.otago.ac.nz/Transterm.html34. GRBase(參與基因調(diào)控的蛋白質(zhì)的相關(guān)信息數(shù)據(jù)庫(kù))

16、/regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性內(nèi)切酶和甲基化酶數(shù)據(jù)庫(kù)) /rebase/36. RNaseP數(shù)據(jù)庫(kù) /RNaseP/home.html37. REGULONDB(大腸桿菌轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)) http:/www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(轉(zhuǎn)錄因子及其DNA結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC結(jié)合肽數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/wehih

17、..au/mhcpep/40. ATCC(美國(guó)菌種保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的組蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù) /Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域定義數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/barton.ebi.ac.uk/servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白質(zhì)域以及功能位點(diǎn)的完整資源) http:/www.ebi.ac.uk/interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究網(wǎng)頁(yè) http:/www.ebi.ac.uk/searches/s

18、earches.html2. NCBI: BLAST注釋 /BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索 http:/www.ebi.ac.uk/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服務(wù)器 http:/www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白質(zhì)或核苷酸的模式瀏覽 /compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白質(zhì)超二級(jí)結(jié)構(gòu)模體發(fā)現(xiàn)與研究) http:/mem

19、/meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的識(shí)別) http:/www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT瀏覽(搜索motif數(shù)據(jù)庫(kù)) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 蘇黎世ETH服務(wù)器的DARWIN系統(tǒng) http:/cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用動(dòng)態(tài)規(guī)劃找出序列相似性的Pima II http:/bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.

20、html11. 利用與模式庫(kù)進(jìn)行哈希碼(hashcode)比較找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸組成的搜索) http:/www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索協(xié)議(集成模式搜索) http:/www.bochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白質(zhì)的自動(dòng)層次分類) tomap.cs.huji.

21、ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索) http:/www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(對(duì)特定數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索) http:/watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列譜搜索) http:/www.embl-heidelberg.de/bork/pattern.html18. PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)搜索(搜索序列的功能位點(diǎn)) http:/www.ebi.ac

22、.uk/searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白質(zhì)信息檢索) /index.html序列和結(jié)構(gòu)的兩兩比對(duì)1. 蛋白質(zhì)兩兩比對(duì)(SIM) http:/expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比對(duì)可視化觀察程序 ftp:/expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索裝置(兩兩序列比對(duì)) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋

23、白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)比較 http:/www2.ebi.ac.uk/dali/5. DIALIGN(無(wú)間隙罰分的比對(duì)程序) http:/www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比對(duì)及系統(tǒng)進(jìn)行樹1. ClustalW(BCM的多重序列比對(duì)) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推測(cè)系統(tǒng)進(jìn)行樹的程序) /phylip.html3. 其它系統(tǒng)進(jìn)行樹程序，PHYLIP文檔的匯編 http:/expasy

24、.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系統(tǒng)進(jìn)行樹分析程序(生命樹列表) /tree/programs/programs.html5. 遺傳分類學(xué)軟件(Willi hennig協(xié)會(huì)提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比對(duì)的BCM搜索裝置 /multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比對(duì)中的序列) http:/barton.ebi.ac.uk

25、/servers/amas_server.html8. 維也納RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)軟件包 http:/www.tbi.univie.ac.at/ivo/RNA/四. 有代表性的預(yù)測(cè)服務(wù)器1. PHD蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)服務(wù)器，用于二級(jí)結(jié)構(gòu)、水溶性以及跨膜片斷的預(yù)測(cè) http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折疊方法預(yù)測(cè)、識(shí)別折疊類) http:/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器)

26、http:/insulin.brunel.ac.uk/psipred4. THREADER(戴維. 瓊斯) http:/www.biochem.ucl.ac.uk/jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的預(yù)測(cè)) http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析， BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白質(zhì)域和折疊預(yù)測(cè)的提交表 http:/genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8.

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28、e=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白質(zhì)跨膜片斷的預(yù)測(cè)服務(wù)) http:/www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜區(qū)域和方向的預(yù)測(cè)) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比對(duì)的序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)) http:/kestrel.ludwig.ucl.ac.uk/zpred.html15. BCM搜索裝置(蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)) /seq-se

29、arch/struc-predict.html16. COILS(蛋白質(zhì)的卷曲螺旋區(qū)域預(yù)測(cè)) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) http:/www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由單序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)) http:/www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EVA(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器的自動(dòng)評(píng)估) http: